Rédaction Médicale et Scientifique

COVID-19 : les fake news sur l'étude Lancet / chloroquine sont nombreuses, notamment celles de Ph Douste-Blazy

L'article du Lancet du 22 mai 2020 a attiré les FAKE NEWS... et en a attiré beaucoup. Pour les FAKE NEWS, c'est Ph Douste-Blazy parlant du Lancet ! Reconnaissons qu'il sait s'excuser de ses erreurs... Un bon point ! Il saura reconnaître les erreurs décrites ci-dessous.

L'article du Lancet a consisté à analyser des données de vie réelle selon des méthodologies connues, à partir d'une base de données existante, utilisée pour des recherches cardiovasculaires, chez des malades hospitalisés. Il n' s'agit pas d'un essai randomisé dont les preuves sont meilleures, et des essais viendront. L'analyse de 96 000 dossiers de patients mérite que l'on regarde de plus près ! Les 1000 malades de Raoult ne sont toujours pas dans une bonne revue comme BMJ ou JAMA, puisqu'il pense que The Lancet est une mauvaise revue...

Ph Douste-Blazy a mal lu l'article !!  Il dit des mensonges dans cette vidéo de BFMTV , et j'évoque ce que je connais.

Quand Ph Douste-Blazy évoque Richard Horton, rédacteur du Lancet, et lui attribue des propos sur le fait que des recherches publiées sont fausses, il a raison. Ph Douste-Blazy évoque une réunion Chattam House d'où rien ne sort immédiatement, c'est vrai..  Mais Ph Douste-Blazy fait des raccourcis, par ignorance :

• il oublie de dire qu'il s'agit de propos d'avril 2015 ayant donné lieu à cet éditorial que je lui suggère de lire ; ces propos ont 5 ans, et dans un contexte qui n'a rien à voir avec le contexte chloroquine ;
• il oublie de dire que la réunion du 1 et 2 avril 2015 portait sur la reproductibilité des données en biologie et pas sur la recherche clinique ; le thème : "The Academy of Medical Sciences held a symposium to explore the challenges and opportunities for improving the reproducibility and reliability of biomedical research in the UK."
• il oublie de dire qu'il y avait 74 personnes à la réunion, et il se trompe car il dit que c'était une réunion de rédacteurs de revues scientifiques FAUX..    Il ne sait pas que moins de 10 participants étaient rédacteurs de revues (Nature, Lancet, PLOS ONE, BMC, PubMed, et The Guardian,..) ; 
• il oublie de dire que cette réunion a donné lieu à un rapport qu'il n'a pas lu (80 pages) :  c'était une réunion de chercheurs anglais sur la reproductibilité en biologie... il aurait pu avoir des information puisqu'il y avait un représentant de l'Institut de Recherche de Servier ;
• il dit que le rédacteur du New England Journal of Medicine (NEJM) participait à la réunion...  FAKE NEWS, j'ai relu la liste des participants en pages 77 et 78 du rapport ; il n'y était pas... et je connais au moins 10 des participants à cette réunion... pour vérifier si besoin ;
• Ph Douste-Blazy parle de la notion de 'crime' en science à propos de cette réunion : où est le mot ... je n'ai pas trouvé !!!

 

D'autres pseudo-experts disent qu'il s'agit d'un essai industriel dans The Lancet... FAKE NEWS  Lisez l'article, et ne confondez pas le financement qui est clairement précisé (hôpital à Boston) avec les liens d'intérêts ! D'autres disent que 4 auteurs ne peuvent pas voir 96 000 malades VRAI, mais FAKE NEWS car les auteurs ont clairement expliqué la méthode... une analyse automatique d'une base de données existante à visée cardiovasculaire, par une société dont c'est le métier...   méthode assez similaire à celle qui a mis en évidence les effets indésirables du Médiator à partir des données de l'Assurance maladie !!!!!

L'analyse des erreurs de Ph Douste-Blazy est détaillée et exacte sur Conspiracy-Watch le 25 mai. 

PS : puisque Ph Douste-Blazy a vu les résultats de D Raoult, qu'il les montre car personne ne les a encore vu sauf sur YouTube... Ph Douste Blazy sait très très bien que ce que veut l'Agence du médicament, ce sont les données brutes : où sont-elles ?

 

Si vous voulez d'autres FAKE NEWS sur cette étude, écoutez Mme Violaine Guérin sur BFMTV qui ne connait pas du tout la méthode de l'analyse de registres de données de vie réelle... Elle dit qu'il a fallu 50 millions de $ ??? Probablement faux.. a-t-elle la source ? Analyser une base existante ne coûte pas 50 millions !!!  Elle n'a pas lu l'article et ne connait pas les méthodes de recherche.... Je la rassure : les 96 000 dossiers n'ont pas été analysés par 4 chercheurs... qu'elle se renseigne sur la méthode qui existe aussi en endocrinologie !!!

Un autre roi, c'est JD Michel : quand il parle de ce qu'il connait, c'est bien... mais trop souvent il parle de ce qu'il ne connait pas...évitez JD Michel, gourou suisse.

COVID-19 : les anglais (BMJ et Lancet) reviennent dans la compétition en montrant que hydroxychloroquine ne marche pas

Deux articles dans le BMJ n'ont pas montré d'efficacité de l'hydroxychloroquine... puis The Lancet...  mais attendons encore des résultats d'autres essais randomisés. Ces deux articles BMJ ont été déposés sous forme de préprints le même jour, 14 avril 2020, sur medRxiv, et publiés le même jour (14 mai). Ce sont des essais académiques. Le travail du BMJ est tout autre que le travail des bulletins paroissiaux de D Raoult...   

Une étude observationnelle comparative d'origine française.  Un preprint a été déposé le 14 avril dans medRxiv. Le BMJ pratique un peer review ouvert, et il est passionnant d'aller lire les commentaires des 3 relecteurs (dont deux statisticiens) et de voir le travail important des auteurs dans des délais incroyables. Article soumis au BMJ le 15 avril, avis des 3 relecteurs et du comité de rédaction BMJ le 23 avril, réponse et V2 des auteurs le 29 avril (14 pages de réponses BRAVO), avis de 2 des 3 relecteurs et du comité de rédaction du BMJ le 1 mai, réponse des auteurs et V3 le 3 mai, accepté le 5 mai et publié en ligne le 14 mai après editing, contrôle qualité etc... La lecture des avis montre l'excellent apport du peer review et le travail monstrueux de tous les acteurs. Le titre a été modifié entre preprint et article... en enlevant dans le titre : 'no evidence', et 'emulate' que les relecteurs n'ont pas aimé. je préfère le titre initial des auteurs, mais il va peut-être trop loin. Les auteurs ont un peu changé... car 4 auteurs ont été ajoutés entre preprint et article, et un a changé de position. Ceci témoigne de quelques jeux dont nous ne connaîtrons pas les circonstances, sans prendre en compte les recommandations de l'AP-HP sur les auteurs. Cet article a été qualifié de 'possible scientific misconduct' par l'agité de Marseille !! Il y a 5 commentaires en ligne (25 mai) pour lesquels les réponses des auteurs seraient bienvenues.

Un essai randomisé contrôlé ouvert d'origine chinoise. Cet article a eu un preprint déposé le 14 avril dans medRxiv, avec 27 commentaires (20 mai), et une deuxième version du preprint déposée le 7 mai, avec 25 commentaires (20 mai). Les auteurs sont les mêmes. Le titre de l'article a ajouté que les malades étaient 'mild to moderate'. De manière surprenante, sans explication convaincante, les avis des relecteurs ne sont pas disponibles ! L'article a été accepté les 6 mai, et publié en ligne le 14 mai. L'article a un supplément électronique de 398 pages avec le protocole et autres documents de l'étude. Donne l'impression d'un bon travail fait exclusivement par des chercheurs chinois. Sur le BMJ, il y a 10 commentaires (25 mai).

 

Est arrivé, par surprise un article du Lancet le 22 mai avec 96 000 malades ! La méthodologie est connue, à partir d'une base existante, utilisée en cardiovasculaire. Les résultats sont importants... soyons prudents, car ce n'est pas un essai contrôlé. The Lancet ne donne pas la date de soumission, ni la date d'acceptation, ni les noms des relecteurs ; The Lancet n'est pas transparent car les avis, même anonymisés, des relecteurs ne sont pas disponibles. The Lancet ne permet pas aux lecteurs de commenter en ligne.... Un bon éditorial écrit par deux français (Pr C Funck-Brentano et JE Salem) accompagne cet article de Harvard. Article et éditorial sont très bien écrits... la classe ! Mais les FAKE NEWS pour le démonter sont incroyables, Ph Douste Blazy en première ligne !!!! 

COVID-19 : diminution de 50 % des délais entre soumission et publication pour des revues de spécialités

Il s'agit d'un preprint, donc non reviewé, mais dont les méthodes semblent correctes. Il a été déposé le 18 avril 2020 sur bioRxiv, et n'est pas encore publié dans une revue. Cet auteur hollandais a considéré 14 revues scientifiques et analysé les délais soumission publication des articles avant et après COVID-19.

Ce sont des revues de spécialités, dont cetaines revues qui publient des trucs mieux validés que les revues prestigieuses qui recherchent les 'hot papers'. Les 14 revues : Archives of Virology, Eurosurveillance, International Journal of Infectious Diseases, Journal of Hospital Infection, Journal of Medical Virology, Journal of Virology, PloS ONE, Scientific Reports, Travel Medicine and Infectious Disease, Vaccine, Veterinary Microbiology, Virology, Virus Research, Viruses. Donc 529 articles de ces revues, 259 publiés après janvier 2020 et 270 avant le 1er octobre 2019.

La durée moyenne entre soumission et publication était de 117,4 jours (IC 95 % 103.9-130.9) avant pandémie, versus 60.3 jours (IC 95 % 50.9-69.8) après pandémie. Il est intéressant de noter que 4 de ces revues ont eu un délai allongé pour les publications...  car trop de travail des rédacteurs/reviewers probablement. La diminution moyenne de ce temps est due aux articles COVID-19, car les délais étaient inchangés pour les articles non-COVID-19. Nous observerons un retour aux habitudes anciennes après la pandémie. Ne nous imaginons pas que les délais de publication post-pandémie vont être raccourcis. Notons qu'il s'agit des articles publiés, sans information sur les refus.

Une information moins solide, et sur un petit échantillon de préprints. Ce  sont 129 préprints publiés dans 68 revues. Il semble que le délai entre dépôt du préprint et soumission à la revue soit de 8,6 jours pour PLoS ONE, 25,4 jours pour Journal of Virology, et 56,1 jours pour Scientific Reports. PRUDENCE sur cette donnée. Il faudra évaluer plus tard combien de préprints COVID-19 ont donné lieu à publication dans une revue à comité de lecture. Mon pari : 40 % ou moins !

Très bonne discussion... Attendons la publication car le peer-review améliore souvent les articles.

COVID-19 : à l'AP-HP, le DG doit avoir un conseiller marseillais qui a modifié les consignes de signatures des articles

Pour la publications sur les attentats de novembre 2015, c'est Martin Hirsch, le directeur général de l'AP-HP, qui était le premier auteur dans The Lancet. Quelques remous sur cet article, mais il y a mieux. Probablement que D Raoult a conseillé le directeur général de l'AP-HP sur COVID ! Tout a changé ! Pour publier sur la COVID-19, les chercheurs de l'AP-HP ont des règles :

C'est marrant ce truc...  pourquoi limiter cette politique aux articles COVID-19 ??  Quelle logique ? Il faut pour toutes les publicatioons ??  et que faire dans les autres CHU de France, quelle politique ??? A Marseille par exemple, pour les chercheurs IHU, ils ajoutent tous D Raoult ! L'armée est obéisssante à Marseille.  Qu'en pensez-vous ??? Quelle sanction pour tous ceux qui ne suivront pas ces instructions ?? J'en connais qui n'ont pas appliqué la règle...   regardez articles et préprints des auteurs parisiens !

Le document est détaillé (deux pages), avec une liste d'exceptions, des instructions précises, la possibilité d'avoir deux 'corresponding authors'... SIGAPS marche avec ces règles  !!! Ces instructions s'appliquent jusqu'à quand ? Comment vont réagir les revues ???

Il y a des réactions diverses de certains cliniciens. Certains sont contents, d'autres critiquent fortement....  Je rejoins totalement JF Bergman dans le Quotidien du Médecin le 15 mai 2020 : "Dans le cadre du Covid 19, l’étonnante décision de l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris de ne pas mettre de signatures nominatives dans les publications des études promues par l’AP-HP, ne donne pas envie aux plus jeunes de s’impliquer dans la recherche clinique."

Le nombre et l'ordre des auteurs sont des questions très très sensibles !!  Et tout dysfonctionne en général !

COVID-19 : bonne réflexion sur un protocole marseillais qui a franchi la ligne jaune... pas si simple

A propos d'un essai de l'IHU de Marseille, cet article de Médecine Sciences du 15 mai 2020 apporte des arguments pour qualifier cette recherche : protocole de soins ou protocole de recherche ? La dernière phrase de cet article :

Une situation d’urgence ne saurait justifier l’abandon des règles éthiques et juridiques protégeant les personnes.

Voici l'introduction qui pose bien le problème :

Une étude sur 80 sujets, visant à prouver l’efficacité de l’association hydroxychloroquine-azithromycine dans le traitement du Covid-19, a été publiée par une équipe de l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée Infections.

Cette recherche a été approuvée, dit l’article, par un comité d’éthique de l’IHU Méditerranée Infections, dont on ne trouve nulle trace sur le site Internet de l’établissement. En tout état de cause, la question qui se pose est de savoir si le recours à un tel comité est approprié ou non pour conduire une telle étude : le protocole présenté par les auteurs est-il un protocole de soins – auquel cas l’avis d’un comité d’éthique local, qui n’est d’ailleurs pas obligatoire, est suffisant – ou un protocole de recherche, auquel cas il aurait dû, comme le prévoit l’article L 1121-4 du code de la santé publique (CSP), être soumis pour autorisation à l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM), d’une part, et à un comité de protection des personnes (CPP) institué par la loi, d’autre part, pour que celui-ci examine le projet et rende un avis sans lequel l’ANSM ne peut autoriser la recherche ?

Seule une investigation de l'agence du médicament pourrait répondre...  mais aller voir ce qui marche dans l'IHU de Marseille semble compliqué !

Les lignes directrices pour écrire des articles ne sont pas des outils pour évaluer la qualité des articles

Le titre de ce billet est simple, mais trop de chercheurs n'ont pas totalement compris les objectifs des lignes directrices disponibles sur le site EQUATOR. Les plus connues sont CONSORT? STARD, STROBE, etc...

L'article publié dans le numéro 2 (juin) de la revue Health Science Reports explique ce qui devrait être considéré comme évident. Les auteurs viennent du centre anglais d'EQUATOR. Health Science Reports est une jeune revue de Wiley publiant dans la plupart des domaines de la médecine, avec un APC de 1 672 €. Cet article ne donne pas explicitement des listes d'outils pour évaluer la qualité des articles. Combien de fois ai-je vu des thèses de médecine dont l'objectif était de faire une revue systématique, et les grilles utilisées pour sélectionner les articles étaient des 'reporting guidelines' ou lignes directrices du site EQUATOR ! C'est une erreur commune, et les thésards font un score à partir des items de ces lignes directrices. C'est une erreur ! De plus, quand ces lignes directrices sont utilisées pour évaluer la qualité, les scores ne sont jamais calculés de la même façon...

Les lignes directrices sont utilisées pas de nombreuses revues lors de la soumission des manuscrits. Des revues demandent de remplir la ligne directrice adaptée lors de la rédaction. Un site permet de les remplir en ligne et d'imprimer le document à joindre à son manuscrit lors de la soumission. Les lignes directrices peuvent apporter des informations sur la qualité de la publication (présence de tous les items) mais en aucun cas sur la qualité de la recherche (pertinence de la question, méthodes adaptées à la question,...).

A reporting guideline is ‘a checklist, flow diagram, or explicit text to guide authors in reporting a specific type of research, developed using explicit methodology’. Pour chaque ligne directrice, il serait souhaitable que des conseils soient adjoints afin d'évaluer la qualité des recherches.

COVID-19 : le site ethique-pandemie.com nous apporte de bonnes réflexions sur la COVID-19

C'est utile de suivre l'actualité et d'être réactif. C'est ce qu'a fait l'équipe du Pr Emmanuel Hirsch en lançant un site dédié aux réflexions éthiques sur la pandémie. Voici une copie de l'écran d'accueil : "Notre objectif, à la fois humble et ambitieux, est de nous comprendre mutuellement et de nous mettre d’accord sur nos désaccords. Cette médiation est plus que nécessaire aujourd’hui pour faire naître un débat public éclairé, ouvert, respectueux et informé sur les enjeux politiques, éthiques, sociaux, juridiques et économiques que pose la crise du Covid-19."

Vous trouverez des billets, sous un format court, classés en 3 thèmes : Politique et Démocratie ; Société et Economie ; Science et Médecine. Il s'agit d'un site pour le public averti. Je dois remercier la rédaction qui a accepté deux billets que j'ai proposé :

1) Intégrité de la recherche. Quels principes en temps de crise ? (3 mai 2020)

2) Intégrité de la recherche (2) Quelle communication en temps de crise ? (5 mai 2020)

TheMetaNews : bon projet avec deux newsletter hebdomadaires pour les jeunes chercheurs

J'ai découvert une lettre périodique à l'attention des chercheurs, et je n'ai pas pour habitude de faire de promotion pour ce genre de média, mais EXCEPTION, SVP.

Je trouve que l'équipe rédactionnelle jeune est bien pondérée. Ils sont trois avec des compétences complémentaires. Les news sont objectives et nombreuses.

TheMetaNews envoie deux newsletters par semaine sur la vie de la recherche en France et dans le Monde. C'est en français. Vous pouvez tester gratuitement pendant un mois. Plein d'informations sur le recherche pour les jeunes chercheurs.

L'intégrité des essais randomisés contrôlés : la partie émergée d'un iceberg... enregistrement des protocoles, CONSORT ne suffisent pas

Est-ce que la moitié des publications seraient fausses comme l'a suggéré R Horton, rédacteur en chef du Lancet, en 2015 ? Qu'en est-il des meilleurs méthodologies, à savoir les essais randomisés contrôlés ? Bon article d'auteurs australiens et hollandais dans Fertility and Sterility en mai 2020, avec des exemples en gynécologie, et plein d'interrogations.

Article difficile à synthétiser, et j'ai traduit le résumé : "Nous pouvons être inquiets quant à l'intégrité compromise des essais contrôlés randomisés (ECR), car elle sape l'autorité de cette méthode de haut niveau de preuves et met les patients en danger. Les ECR douteux compromettent également la validité des revues systématiques et des méta-analyses lorsqu'ils sont inclus. L'environnement de la recherche axé sur la publication est responsable de l'émergence de problèmes d'intégrité dans les ECR, ce qui a été facilité par l'insuffisance des efforts déployés pour prévenir, identifier et divulguer les cas d'inconduite en matière de recherche. La capacité à évaluer l'intégrité des ECR est importante pour dissuader les cas d'inconduite dans la recherche. L'intégrité des données dans les ECR peut être évaluée dans trois domaines : l'évaluation générale, l'analyse avec des données résumées et la vérification des données individuelles des participants. Les méthodes statistiques ont un rôle important dans la recherche de preuves contre la fabrication ou la falsification des données dans les ECR. Il est important d'appliquer strictement la politique d'enregistrement prospectif et la déclaration CONSORT (Consolidated Standards of Reporting Trials) pour la publication des ECR, mais il faut consacrer plus d'efforts au développement et à la validation des méthodes statistiques qui identifient les différents modèles de manipulation des données. Idéalement, le système de soumission, d'examen et de publication devrait être réformé de manière à permettre l'examen et la rétractation en temps utile des ECR compromis. Les auteurs des revues systématiques devraient être conscients de l'incertitude que représentent les ECR douteux pour la qualité des preuves synthétisées, et ils devraient participer à la campagne de lutte pour l'intégrité de la recherche."

L'enregistrement obligatoire des protocoles des essais a été demandé en 2005, et 15 ans plus tard, ce n'est pas suffisamment respecté. Les lignes directrices CONSORT sont anciennes : premières réflexions en 1993 avec deux groupes distincts, pour publier en 1996 une première version... donc après 25 ans, CONSORT n'est pas suffisamment suivi !!! La checklist REAPPRAISED proposée en 2020 pourrait faciliter le développement de l'intégrité. Open Access, disponibilités des données sources, etc...   ????

Un anglais, John Carlisle, a débusqué de nombreuses fraudes lors des ECR, et il a développé des méthodes statistiques pour faciliter ces recherches. Son portrait dans Nature en 2019 explique ses méthodes. Dans cet article de Fertility ans Sterility, les méthodes statistiques, dont celles de J Carlisle, sont développées.

Les fraudes de Mart Bax, anthropologue hollandais, découvertes 18 ans après les premiers soupçons et 10 ans après sa retraite

Le cas de Mart Bax est exemplaire de la lenteur pour mettre en évidence les fraudes de certains chercheurs. Mart Bax, encore vivant, a pris sa retraite en 2002 et ses fraudes ont été décrites après sa retraite, bien que des soupçons majeurs aient été identifiés dès 1995. Neuf de ses articles ont été rétractés, dont 7 récemment, et la première rétractation est de 2014. La fiche Wikipedia résume quelques aspects de sa vie. Le site RetractionWatch reprend les rétractations.

C'est dans la revue Ethnologia & Europaea qu'un article et un éditorial reviennent sur la vie de ce fraudeur hollandais, le plus important après Stapel. L'auteur de l'article est Peter Jan Margry de l'Université d'Amsterdam, et cet anthropologue a travaillé sur les pélerinages comme Bax. En 12 pages, c'est un roman facile à lire avec tous les détails. L'anthropologie utilise l'anonymisation des données pour protéger les informateurs, et Bax a aussi anonymisé les lieux de pélerinages... si bien anonymisés, que même les spécialistes comme P Margry, après rendrez-vous avec Bax, ne pouvaient pas localiser les sources des recherches de Bax !!!! Trois sites ont été inventés par Bax dans trois pays : Irlande, Hollande et Bosnie-Herzégovine. L'article contient de nombreux témoignages de spécialistes ou collègues de Bax ayant des soupçons. Comme c'est l'habitude, les chercheurs du même labo ne rapportaient pas de soupçons alors qu'ils étaient les mieux placés pour savoir.

Les dates principales : soupçons en 1995 par Peter Margry... il rencontre Bax qui dément et ne veut pas donner les localisations de ses recherches. Puis en 2012, par hasard, un jounaliste enquête sur des fraudes et rencontre P Margry. Le journaliste évoque Bax dans un livre puis les journaux hollandais et Free University engage une commission d'enquête en juillet 2013. Conclusion de l'enquête : fraudes avérées, presque avouées et non démenties par Bax lors des auditions, et surtout 64 articles des 161 du CV de bax n'ont pas existé. Puis en 2019, analyse de la thèse de Bax (non faite par la commission universitaire), divulguée par un journal hollandais...  Que faire ? La thèse est toujours archivée sans avertissement...

Bonnes réflexions dans l'article : limites de l'anonymisation, utilité du peer review pour détecter des fraudes,...

Dans un éditorial de ce même numéro de Ethnologia & Europaea, les deux rédactrices en chef reviennent sur le car et annoncent la rétractation de 7 articles de Bax dans leur revue (articles de 1988 à 2000). C'est bizarre : à l'occasion de la migration du site internet de leur revue, ces 7 articles disparaissent... ils restent dans les numéros papiers de la revue.

Ce cas me rappelle surtout celui de Cyril Burt... dont les fraudes ont été décrites après sa mort.

Ethnologia Europaea is an interdisciplinary, peer-reviewed journal, founded in 1967, focusing on European cultures and societies. In 2015 it was adopted by the International Society for Ethnology and Folklore (SIEF) as its flagship journal. Ethnologia Europaea is a membership journal supported by the International Society for Ethnology and Foklore and funded by the Nordic Board for Periodicals in the Humanities and Social Sciences (NOP-HS).

COVID-19 : la bonne règle d'Ingelfinger est obsolète ! Il fut un temps où les revues scientifiques ne considéraient pas les manuscrits dont les données avaient été communiquées au public

Je reprends quelques éléments d'un billet que j'ai publié sur Univadis le 4 mai 2020 sous le titre "COVID-19 : Des données non validées par des revues scientifiques sont diffusées par les médias". Avec les réseaux sociaux, les préprints, et l'accélération liée volume de publications COVID-19, la diffusion des preuves scientifiques a changé : est-ce un progrès ? Je vous parle d'un temps....

En 1969, John F Ingelfinger, rédacteur en chef de la revue New England Journal of Medicine, a proposé une politique qui a été rapidement adoptée par la plupart des revues scientifiques quel que soit leur domaine. Cette règle a été conservée par les rédacteurs successifs du NEJM, dont Arnold Relman. Cette règle a été revisitée en 1991 à l’occasion de l’épidémie du SIDA par marcia Angell et JP Kassirer. Cette règle donnait satisfaction à la communauté scientifique. L’engagement des revues était de ne pas considérer, ni publier des manuscrits dont les résultats avaient été présentés aux médias, ou déjà publiés, hormis lors des congrès. Cette règle a été longtemps respectée ; elle était basée sur le principe que les revues, par leur processus d’évaluation par les pairs (peer-review) et de contrôle qualité (mise en forme,..) assuraient la validité des données divulguées. Des détracteurs ont pensé qu’il s’agissait plutôt de protéger un modèle économique.

En 2020, cette règle n'a plus lieu d'être : les chercheurs déposent des manuscrits sur des serveurs de préprints. La mention « Les préprints sont des rapports préliminaires de travaux qui n'ont pas été certifiés par un examen par les pairs. Ils ne doivent pas servir à orienter la pratique clinique ou les comportements liés à la santé et ne doivent pas être présentés dans les médias comme des informations établies » semble totalement ignorée par les chercheurs et surtout les médias...  Quelle est alors la place des revues ? Voire des dépôts sur dropbox, des réseaux sociaux, ou des communiqués de presse pris pour publication..... Ensuite tout cela est débattu sur des plateaux de télévision où l'on entend parler pour ne rien dire. Pour savoir si l'hydroxychloroquine est efficace contre le SARS-CoV-2, une source BMJ ou JAMA est considérée comme aussi valide qu'une source Quotidien du Médecin, ou Le Parisien par un ancien ministre de la santé qui n'a aucune crédibilité au sein de la communauté scientifique mais une autorité sur les crédules ! HORREUR HORREUR !!!

Pourra-t-on revenir à la diffusion d'une science validée par des pairs ? NON

COVID-19 : les serveurs de préprints semblent avoir été vigilants, ayant même refusé des preprints !

Une news de Nature du 7 mai 2020 revient sur le fonctionnement des serveurs de préprints pandant la pandémie du virus SARS-CoV-2. L'article commence par une anecdote : le serveur bioRxiv aurait refusé de mettre en ligne un préprint, ca qui n'est normalement jamais fait par ces serveurs. Un serveur peut refuser de déposer un préprint si l'article n'est pas construit comme un article, ou s'il y a des insultes, du sexisme, etc..  mais pas après une évalaution du contenu : "The biomedical repository would no longer accept manuscripts making predictions about treatments for COVID-19 solely on the basis of computational work." Les archives ouvertes ont donc été attentives pour éviter que des manuscrits trompeurs soient mis en ligne. Ils ont reçu beaucoup de mauvaises modélisations générées par des ordinateurs, et les ont refusées.

Au 11 mai 2020, il y a plus de 4000 préprints sur 4 archives : medRxiv, bioRxiv, arXiv et chemRxiv. Sans compter d'autres archives ouvertes (OSF, Zenodo,..). Les contrôles sont plus stricts pour medRxiv, car des articles 'complotistes' ont été observés. Pour les deux serveurs (medRxiv et bioRxiv), il y a deux niveuax de contrôle : "In the first stage, papers are examined by in-house staff who check for issues such as plagiarism and incompleteness. Then manuscripts are examined by volunteer academics or subject specialists who scan for non-scientific content and health or biosecurity risks."

Les revues ont reçu beaucoup d'articles (mauvais ?), et diminué par deux le temps nécessaire au peer review. "Howard Bauchner, the editor-in-chief of JAMA, notes that low-quality submissions are rising. Journals in the JAMA Network have received 53% more submissions in the first quarter of this year than in the same period in 2019. “Many of these are related to COVID-19, but most are of low quality,” Bauchner says."

Le modèle préprint devrait changer nos façons de communiquer la science. Certains auteurs semblent se contenter de préprints sans soumettre leurs manuscrits à des revues. Les serveurs de préprints pourraient faire un peer review simplifié... et des avis de reviewers sont déjà postés sur des serveurs de préprints. La politique des 'withdrawals' devra être mieux définie à l'avenir.

COVID-19 : quel bordel avec tous ces auteurs qui ne montrent pas leurs données ! Les débats auraient été pacifiés sur la chloroquine

A l'époque de l'ouverture de tout : open access, open data, etc...   Quelle erreur de n'avoir pas eu les données sources de tous ces essais de médicaments soit disant efficaces ! A commencer par tous ceux qui vous disent que l'hydroxychloroquine est efficace ! Il y a encore des essais dont les résultats sont des communiqués de presse ou des pseudo-rapports manifestement arrangés.

Je viens de regarder un essai médicamenteux chinois (lopiavir-ritonavir) publié le 7 mai 2020 dans le NEJM. Voici une copie d'écran du 'data sharing' :

C'est simple quand les chercheurs travaillent correctement, et ce sont des chinois qui nous montrent comment faire. Cette copie d'écran est incomplète, car d'autres informations sont disponibles. Dans ce cas, les auteurs demandent un délai d'un an, mais des autorités de santé voudraient les données, ce délai ne serait pas respecté. Ils expliquent aussi que les données seront communiquées aux chercheurs qui ont une question de recherche, un protocole, et c'est normal. Le protocole (136 pages) est aussi disponible (en chinois). L'article est en anglais, et traduit en chinois sur le site NEJM. En pratique, le partage des données est souvent compliqué.

Le bordel créé par D Raoult qui publie sur YouTube, dropbox, le site de son IHU et dans des bulletins paroissiaux n'est pas acceptable. S'il avait partagé ses données, voire publié dans le NEJM, tout aurait été simple. Le non partage des données est un aveu de non confiance dans les données. La monopolisation des débats par des journalistes non scientifiques et des politiques explique en partie ce bordel : de bons experts auraient dit 'sans les données, pas de conclusion possible'.

COVID-19 : le concept des mains sales s'applique dans les pratiques d'auteurs (IHU Marseille) !

Est-ce que toutes les situations d'auteurs de courtoisie sont semblables ? Dans certains cas, la prise en otage, c'est plus difficile à accepter. Cela s'appelle la pratiques des mains sales ! Ce concept de mains sales existe en politique, dans des domaines juridiques. C'est expliqué sur wikipedia anglais 'dirty hands'. De nombreuses explications pour des situations rencontrées en politique quand des actions immorales sont faites, justifiées car une contrainte existe....

Il existe des jargons pour qualifier les auteurs ajoutés alors qu'ils n'ont rien fait, avec quelques subtilités : honorary authorship, guest authorship, gift authorship, gratuitous authorship, prestige authorship, courtesy authorship. C'est très fréquent et des données existent : "plus de 50 % des auteurs ajouteraient sans problème des auteurs sur les articles, plus de 50 % ont été auteurs de complaisance (courtoisie, cadeau, .. c'est à dire qu'ils n'ont rien fait..) d'articles, et plus de 50 % se plaignent de ne pas avoir eu le rang attendu dans la liste des auteurs, etc..."

Dans un article de Research Ethics (2018) dont le titre est 'Hostage authorship and the problem of dirty hands', deux suédois (département de philosophie, et centre d'éthique en santé) distinguent des situations différentes pour ce concept :

1. Ajouter un auteur car cela va faciliter l'acceptation de l'article (auteur connu du comité de rédaction par exemple) ;
2. Ajouter un auteur car il augmentera la visibilité et l'impact de l'article (les rédacteurs de la revue gagnent aussi car les citations augmentent) ;
3. Le renvoi d'ascenseur : j'ajoute ton nom sur mon article, et tu ajoutes le mien sur tes articles ;
4. Ajouter un auteur car, avec son CV, il pourra aider dans les demandent de ressources aux financeurs ;
5. Faire une faveur à un collègue qui a besoin d'articles pour une promotion de carrière ;
6. Ajouter un collègue pour lui faire plaisir, sans aucune raison ;
7. 'Coerced authorship' : ajout d'un collègue qui fait pression alors qu'il n'a aucune légitimité d'être parmi les auteurs, par exemple le chef du laboratoire ;
8. L'otage : le chercheur ne peut pas faire ou continuer ses recherches sans mettre un collègue comme auteur ; par exemple, un chercheur a besoin d'une technique brevetée, ou d'utiliser brièvement une salle d'un collègue ; la mise à disposition de cette salle n'est acquise que si le collègue a son nom sur les publications (normalement, ce devrait être un remerciement).

Pour les auteurs de cet article, la situation 8 est totalement illégitime, et la plus grave. Par exemple l'IHU de Marseille applique cette pratique des mains sales : quand un chercheur rejoint l'IHU, a priori, aucune publication ne sort sans le nom du chef !!!  ETONNANT  !!!

Les situations 1 à 6 seraient moins graves d'après les auteurs de cet article ! A vous de juger ! Je ne suis pas d'accord.

COVID-19 : une méta-analyse de l'IHU de Marseille considère que des chercheurs parisiens ont de mauvaises conduites

Dans Science il y a quelques jours, des chercheurs ont expliqué que les crises n'étaient pas une excuse pour diminuer les standards de la recherche. Ils ont raison. Mais Science ne doit pas être lu à l'IHU de Marseille. Une méta-analyse sur les données de la chloroquine pour traiter la COVID-19 a été mise en ligne sur le site de l'IHU pour tromper citoyens et journalistes qui ne vérifient pas leurs sources. La littérature est récente sur la COVID-19, déjà des revues de la littérature, des revues systématiques, et des méta-analyses ont été diffusées !!! Il faut du temps, de l'expertise, des moyens pour faire de bonnes méta-analyses...  et la plupart sont de mauvaise qualité, inutiles, trompeuses. Dans les remerciements, je cite : "This work has received support from the French Gouvernment through the Agence Nationale pour la Recherche (ANR)....."

Ils ont inclu des publications, des préprints, des articles non publiés, voire dropbox !!! C'est une compilation de type 'cherry-picking' qui a consisté à habiller une conclusion faite a priori. La plupart des études incluses ont des risques de biais importants ou très importants. La méta-analyse est courte avec 976 mots..hors illustrations. La méthodologie ne semble pas suivre le handbook de la Cochrane, et la rédaction ignore les lignes directrices PRISMA ! Je conseille de soumettre au bulletin paroissial NMNI ! Il ne s'agit pas d'une méta-analyse faite sur des données sources des patients ! 

Dans la discussion : "This meta-analysis....identifies a favourable trend toward the benefit of chloroquine derivatives in the treatment of COVID-19 patients, enabling us to make a grade I recommendation for its use against the disease". Qu'est ce que c'est que ce truc : une recommandation de grade I savon de Marseille ? ou du fumier ?

Un truc qui peut faire plaisir aux parisiens, à lire dans le tableau excel : l'étude Mahevas et al est qualifiée de haut risque de biais et aussi de "Possible scientific misconduct"...  ! Les co-auteurs vont être assez contents (Viet-Thi Tran, Mathilde Roumier, Amelie Chabrol, Romain Paule, Constance Guillaud, Sebastien Gallien, Raphael Lepeule, Tali-Anne Szwebel, Xavier Lescure, Frederic Schlemmer, Marie Matignon, Mehdi Khellaf, Etienne Crickx, Benjamin Terrier, Caroline Morbieu, Paul Legendre, Julien Dang, Yoland Schoindre, Jean-Michel Pawlotski, Marc Michel, Elodie Perrodeau, Nicolas Carlier, Nicolas Roche, Victoire De Lastours, Luc Mouthon, Etienne Audureau, Philippe Ravaud, Bertrand Godeau, Nathalie Costedoat). Pour information; l'étude 'Gautret et al' n'a pas le "Possible scientific misconduct" alors que l'International Society of Antimicrobial Chemotherapy a exprimé ses réserves !

Affiliations des auteurs : Université d'Aix-Marseille, Assistance Publique de Marseille.. et financement de l'ANR... Les dirigeants de ces institutions devraient s'intéresser à l'intégrité de la recherche : sans expression de réserves de leur part, le public considère que ces institutions cautionnent.

Les convenances sociales vont dicter l'omerta sur cette manipulation Raoultienne.

J'ai traduit la première phrase d'un billet du 2 mai sur Bloomberg Opinion ; il s'agit de sciences sociales, mais je pense que toutes les disciplines de recherche sont concernées : "L'appétence du public pour plus d'informations sur Covid-19 est naturellement insatiable. Les spécialistes des sciences sociales ont réagi rapidement. Ils rédigent des articles à un rythme record, et les revues universitaires accélèrent le processus d'examen par les pairs afin que ces nouveaux résultats passionnants puissent être publiés en temps utile et de manière digne d'intérêt. Si je comprends cette impulsion, la précipitation à publier rapidement les résultats en pleine crise ne fait pas grand-chose pour le public et nuit à la discipline des sciences sociales."

PS : j'ai une pensée pour mes nombreux collègues marseillais qui sont intègres. Je remercie le collègue qui m'a informé.

Médecine d'urgence : 44 % des résumés d'essais randomisés ont des spin ! Conforme aux autres spécialités

C'est heureux d'avoir de nouvelles données sur la prévalence des spins dans les articles scientifiques. Cette étude a été faite à partir d'essais randomisés en médecine d'urgence, et les auteurs sont américains. Leurs résultats sont conformes à la littérature. Rappelons que les spins sont ces manipulations du langage pour embellir des données et tromper le lecteur.

Quelques informations reprises du résumé de cet article :

Les auteurs ont examiné les spins des résumés d'essais contrôlés randomisés en médecine d'urgence, avec des études de 2013 à 2017 provenant de 10 revues(American Journal of Emergency Medicine, Annals of Emergency Medicine, British Medical Journal, JAMA, Journal of Emergency Medicine, Journal of Trauma and Acute Care Surgery, Lancet, New England Journal of Medicine, PLoS One, Resuscitation). La preuve d'une manipulation existait si les auteurs se concentraient sur des résultats statistiquement significatifs, interprétaient des résultats statistiquement non significatifs comme équivalents ou non inférieurs, utilisaient une rhétorique favorable dans l'interprétation des résultats non significatifs ou revendiquaient le bénéfice d'une intervention malgré des résultats statistiquement non significatifs.

Sur les 772 résumés examinés, 114 essais contrôlés randomisés ont fait état de paramètres primaires statistiquement non significatifs. Le spin a été trouvé dans 50 des 114 résumés (44,3 %). Les essais financés par l'industrie étaient plus susceptibles d'avoir des signes de spin dans le résumé (rapport de cotes non ajusté de 3,4 ; intervalle de confiance de 95 % de 1,1 à 11,9). Dans les résultats des résumés, la preuve d'un spin était le plus souvent due au fait que les auteurs ont mis l'accent sur une analyse de sous-groupe statistiquement significative (n=9). Le spin est le plus souvent dû au fait que les auteurs affirment avoir atteint un objectif qui n'était pas un critère d'évaluation prédéfini (n=14).

Cet article est au sommaire de Mai 2020 de Annals of Emergency Medicine, alors qu'il était en ligne en juillet 2019 !

Cet article est accompagné d'un bon éditorial d'Isabelle Boutron, Paris. Elle utilise la bonne terminologie de Detrimental Research Pratice, qui est préférable à Questionable Research Practice. Son édito contient les bonnes références sur les spins.

 

La famille Lancet grandit encore avec "The Lancet Microbe" et les 6 "The Lancet Regional Health"

Ce sont 20 déclinaisons dans la famille The Lancet ! Chaque année des lancements, et obligatoirement en open access, ce qui est très agréable. Mais les APCs (Article Processing Charges) élevés quand il s'agit de publier dans une revue sans facteur d'impact : les mentalités évoluent car l'absence de facteur d'impact au début ne semble pas un obstacle. En avril 2019, j'avais annoncé le lancement de The Lancet Rhumatology qui a déja publié 9 numéros, et de The Lancet Digital Health a publié 13 numéros.

The Lancet Microbe vient d'être lancé et il a mis en ligne 5 contributions, dont un article original de Chine. Les 5 contributions concernent le SARS-CoV-2...   comme toutes les revues, car les thèmes non-COVID-19 ne semblent pas attirer... APC à $ 5000.

Une sous-famille de 6 revues est annoncée : The Lancet Regional Health avec premier appel d'articles pour Western Pacific. APC à $ 3 500. Ces 6 revues sont basées sur les régions OMS. Pour Western Pacific, la rédactrice en chef, Dr Jie Cai, est d'origine chinoise, avec un PhD en Hollande. L'appel est : 'The journal invites submissions on topics pertaining to regional health, including but not limited to infectious diseases, non-communicable diseases, child and adolescent health, maternal and reproductive health, aging health, mental health, the health workforce and systems, and health policy.'

Les 5 autres The Lancet Regional Health concerneront : Africa, Americas, Esatern Mediterranean, Europe, Southest Asia.

COVID-19 : la productivité en recherche des femmes diminuerait pour certains... données contradictoires

Deux revues ont expliqué recevoir beaucoup plus de manuscrits pendant cette période de confinement, mais que la proportion de femmes parmi les auteurs avait beaucoup diminué. Il y a beaucoup de spéculations sur les travail à domicile, avec les femmes prenant en charge les enfants.. et n'ayant plus de temps pour écrire des articles. Ces deux revues (British Journal for the Philosophy of Science et Comparative Political Studies) font partie du segment SSH (Social Sciences & Humanities), c'est à dire avec des modes de fonctionnement différents de nos pratiques en STM (Science Technology Medicine) Dans les SSH, il n'y a pas beaucoup d'auteurs par articles (ils écrivent tous !) alors que dans les STM... les auteurs de courtoisie sont facilement invités.

C'est l'inverse qui a été observé pendant le confinement pour la revue AJPS. En analysant les 108 manuscrits soumis entre mi-mars et mi-avril 2020, la proportion de femmes a augmenté ! SURPRISE ! L'image ci-contre n'a pas besoin de beaucoup d'explications sur les répartitions H/F parmi les auteurs de manuscrits de 2017 à 2019 ! AJPS (American Journal of Political Science) fait partie du segment SSH. Dans cette note des rédacteurs en chef (20 avril 2020), il s'agit de l'analyse de 2 672 manuscrits soumis en presque 3 ans. Regardez la place des femmes dans cette discipline ! De haut en bas : 36 % des manuscrits ont une seul auteur homme, 29 % des hommes seulement, 21 % mixte, 10 % une seule femme, 4 % des femmes seulement.

Avez-vous des opinions pour le domaine STM ? Que se passe-t-il ?

COVID-19 : les crises ne sont pas une excuse pour diminuer les standards de la recherche

En situation d'urgence, quel est le bon équilibre entre la préservation de méthodes rigoureuses et l'attente de résultats pour traiter la maladie ? Il n'est pas toujours possible de réaliser des essais randomisés comparatifs de qualité... mais comment faire ? Les données précliniques, et les études avec de petits effectifs apportent des arguments, mais jamais de preuve d'une efficacité avec une tolérance acceptable. La publication de petits essais compassionnels n'apporte pas de réponse formelle... même si le NEJM publie ce type de 'hot paper'.

Ce court article (Science 23 avril 2020) insiste sur 5 conditions qui doivent être respectées :

1. La première est l'importance. Les essais doivent combler les principales lacunes en matière de preuves.
2. Le deuxième élément est une méthode rigoureuse. Les essais doivent être conçus pour détecter des effets cliniquement significatifs, de sorte que les résultats positifs et négatifs répondent aux besoins d'information des cliniciens et des systèmes de santé.
3. Le troisième élément est l'intégrité des analyses. Les méthodes doivent être pré-spécifiées dans des protocoles, enregistrées de manière prospective et les analyses faites conformément au protocole.
4. Quatrièmement, les essais doivent être rapportés de manière complète, rapide et cohérente en respectant les méthodes d'analyse prédéfinies. L'un des risques habituels en matière de publication, et qui risque de réapparaître lors des pandémies, est le dépôt des résultats positifs dans les serveurs de préprints plus tôt que les études non positives.
5. Le cinquième élément est la faisabilité : les études doivent avoir une perspective crédible d'atteindre leur objectif de recrutement et être achevées dans un délai où les preuves sont encore exploitables.

Des critiques sur l'hydroxychloroquine...      "Au moment où nous écrivons ces lignes, plus de 18 essais cliniques impliquant plus de 75 000 patients ont été enregistrés en Amérique du Nord pour tester différents schémas d'hydroxychloroquine pour COVID-19.Cet engagement massif concentre les ressources sur des hypothèses cliniques presque identiques, crée une concurrence pour le recrutement et ne sélectionne pas les opportunités de tester d'autres hypothèses cliniques."

 

Les revues scientifiques publient les études négatives : les vieilles croyances résistent

J'entends toujours fréquemment des collègues soutenir en public l'idée que les revues scientifiques ne publient que des études positives, c'est à dire des études montrant un résultat 'statistiquement significatif'.

C'est en 2013 que j'ai observé les premières données présentées par un vieil ami hollandais lors d'un congrès du peer review à Chicago. Les résultats ont ensuite été publiés dans PLOS One en août 2014. Qu'ont-ils fait ? Ils ont considéré tous les manuscrits soumis entre janvier 2010 et avril 2012 à 8 revues anglaises (BMJ, Annals of Rheumatic Diseases, British Journal of Ophtalmology, Gut, Heart, Thorax, Diabetologia, Journal of Hepatology). Parmi les 15 972 manuscrits soumis, 472 (3,0 %) étaient des essais contrôlés randomisés (ECR) et 98 (20,8 %) ont été publiés.

Parmi les 472 soumis, 287 (60,8 %) étaient qualifiés de positifs, et 185 (39,2 %) de négatifs.

Parmi les 98 publiés, 60 (20,9 %) étaient qualifiés de positifs, et 38 (20,5 %) de négatifs.

Il y a les données par revue, montrant quelques variations, dont le BMJ ayant publié un peu plus de négatifs !

Donc l'hypothèse est que s'il existe un biais de publication, il est plutôt lié au fait que les auteurs ne soumettent pas les essais dits négatifs. Lors de ce même congrès du peer review, une présentation complémentaire analysant les raisons pour lesquelles des présentations de congrès ne donnent jamais lieu à publication. Ce travail a été publié en février 2015 dans JCE. Il montre que les raisons pour lesquelles les chercheurs ne soumettent pas certains travaux sont : pas de temps, manque de ressources, pas d'objectif de publier, pas prioritaire, étude incomplète, conflits d'auteurs....

Les études négatives deviennent plus fréquentes, par exemple 3 dans un même numéro de JAMA Pediatrics, une bonne étude française négative dans JAMA, etc..  Mais n'allez pas chercher des études négatives dans le NEJM, bras armé de l'industrie !!! Le meilleur modèle est probablement le 'Registered Reports'.

COVID-19 : AFIS et Science & Pseudo-sciences ont une chronique actualisée pour le public averti

L'Association Française pour l'Information Scientifique (AFIS) a mis en lignes des informations pour informer le public sur le SARS-CoV-2. Une rubrique Coronavirus - Comment s'informer ? liste des ressources publiques par ordre chronologique pour suivre les informations principales. Tout va plutôt un peu trop vite. Il y a aussi 7 billets thématiques en ligne à la date du 27 avril 2020.

J'ai rédigé le dernier billet avec pour titre : les publications scientifiques à l'heure de la pandémie. J'alerte sur le volume important des publications dont plus de la moitié sont de mauvaise qualité. Course entre les revues, les auteurs, etc... avec adoption des préprints par la communauté médicale.. Mais comment les revues reviendront-elles à l'ère d'avant alors que tout est 'gratuit' pour la COVID-19 avec des délais de publication raccourcis....

Le dernier numéro (332) vient de sortir, et est disponible dans mes montagnes où je suis confiné. Le sommaire est ici. Il y a un dossier sur l"Intelligence artificielle, et les rubriques habituelles. La peur infondée du compteur Linky, alors que les téléphones portables et box internet font moins peur ! Une analyse d'une fiction 'Le nuage' est incroyable : ce film de fiction sur un accident nucléaire est complètement improbable...  avec l'épisode d'arroser l'enceinte de confinement (40 m de diamètre et 1 m d'épaisseur) pour refroidir le coeur du réacteur !!! Dans ma rubrique sur l'intégrité scientifique, j'ai décrit les revues prédatrices pour le public (cet article n'est pas encore en accès libre, mais seulement dans le numéro). Les anciens articles de ma rubrique sont en accès libre.

COVID-19 : appel pour trouver des reviewers d'articles rendant des avis en 5 jours

Nous avons souvent évoqué ces publications très rapides par de nombreuses revues, parfois 48 heures après la soumission. Comment faire un peer-review, demander aux auteurs de réviser leur article aussi vite ! Le summum étant les publications de complaisance du Dr D Raoult... avec son salon de ses articles refusés.

Sous l'égide de l'Open Access Scholarly Publishers Association (OASPA), un groupe d'éditeurs et d'organisations de communications ont lancé un appel le 27 avril 2020 aux auteurs, reviewers, rédacteurs pour améliorer la publication en temps de crise. Si vous voulez être dans une liste de reviewers volontaires, vous remplissez un formulaire sur vos compétences en vous engageant à reviewer en 5 jours, et en acceptant que vos avis de lectures puissent être transférés à d'autres revues, en cas de refus d'une première revue.

L'appel est fait pour des reviewers qui accepteraient de signaler des préprints d'intérêt. Il y a énormément de préprints déposés (au moins 60 par jour), et les revues ont toutes des veilles sur ces préprints. Il existe un site dédié pour cela : OutBreakScience qui est en version béta. Ce site a des sections pour toutes les pandémies. Il s'agit de déposer des avis de lecture pour les préprints, avant qu'ils ne soient en évaluation dans une revue. Soutenu par Wellcome Trust. Puis les revues veillent pour attirer des manuscrits !

L'appel propose aussi de faciliter les préprints, etc... et surtout sur la disponibilité des données sources des articles. Il y a toutes les explications pour mieux partager les données, notamment avec FAIRsharing.

COVID-19 : Claude Bernard s'adresse aux bobologues de tous bords, aux druides de Marseille, à des politiques et à D Trump

J'ai deux exemplaires de la Médecine expérimentale de Claude Bernard, et cette introduction à l'étude de la médecine expérimentale mérite toujours d'être relue, bien que des passages soient parfois un peu verbeux. Voici un extrait qui est d'actualité :

"Un médecin qui essaye un traitement et qui guérit ses malades est porté à croire que la guérison  est due à son traitement. Souvent des médecins se vantent d'avoir guéri tous leurs malades par un remède qu'ils ont employé. Mais la première chose qu'il faudrait leur demander, ce serait s'ils ont essayé de ne rien faire, c'est-à-dire de ne pas traiter d'autres malades ; car, autrement, comment savoir si c'est le remède ou la nature qui a guéri ?" (Claude Bernard, "Introduction à l'étude de la médecine expérimentale", Paris, J.-B. Baillière et fils,1865, p. 341 ; ou Flammarion, 1984, p. 272-273).

Cette citation a été reprise dans des cours sur l'Evidence-based-medicine) et des articles comme celui de R Boussageon : "L'evidence based medicine (ebm) et la légitimité du pouvoir de guérir" dans la Revue d'éthique et de théologie morale en 2011. Le livre est en accès libre sur internet.

Je remercie François Locher qui m'a transmis des tweets

COVID-19 : la pérennité de l'archive ouverte medRxiv est assurée.. environ la moitié de ces préprints seront ultérieurement publiés par des revues à comité de lecture... et les autres inutiles ?

Avec la COVID-19, nous avons découvert l'acceptation des préprints par la communauté médicale. Le serveur medRxiv devient une référence, mais combien de préprints ont été déposés depuis janvier, et donneront-ils lieu à publication, et dans quelles revues ?

Amis documentalistes, vous en savez beaucoup plus que moi : vos commentaires SVP !! MERCI

COMBIEN de préprints 'COVID-19 et SARS-CoV-2' ? Probablement plus de 3 000 depuis début janvier 2020...

• medRxiv en a 1 663, et bioRxiv en 450 a le 23 avril 2020 ; pour ces deux archives le total et de 2 113 ; la croissance est très (trop ?) rapide avec 1 000 le 31 mars, 1 500 le 11 avril et 2 000 le 22 avril soit 1 000 déposés en 22 jours (45 par jour) ;
• arXiv, l'archive historique en physique héberge 600 préprints COVID le 23 avril 2020 ;
• HAL a 267 documents ; intéressant, avec certains en français ; j'ai aimé le préprint de Ph Mouron qui a été publié dans la Revue des Droits et Libertés Fondamentaux avec pour titre 'Coronavirus et fausses informations. Les aléas de la liberté d'expression en période de crise sanitaire'. Je cite une phrase Au final, le problème de l’information relative au coronavirus participe d’une crise plus générale de désinformation et de manipulation de l’information.
• Il y a des préprints COVID sur les plateformes de OSF (COS, Charlottesville, USA), de F1000Research ;  sur Zenodo, vous trouvez des trucs comme la compilation de 200 millions de tweets COVID-19 : "A large-scale COVID-19 Twitter chatter dataset for open scientific research - an international collaboration".....

Est-ce que ces préprints donneront tous lieu à publication ? NON, la moitié seront publiés (ou moins ?)

• Kent Anderson (un des chefs du blog Scholarly Kitchen) a estimé que pour bioRxiv (sur 5 ans), environ 30 % des préprints ne donnent pas lieu à publication dans une revue à comité de lecture.
• Pour un autre estimation, ce sont 58 % de ces préprints qui ne seraient pas publiés. Est-ce généralisable aux préprints COVID-19 ? Si l'on prend les analyses de littérature COVID-19 comme celles de EPPI, environ 2/3 des articles COVID-19 publiés par des revues ne contiennent pas de données originales (ce sont des opinions, revues diverses,...) et n'ont pas d'intérêt...
• Mon pari : 50 % des préprints COVID-19 ne donneront pas lieu à publication dans une revue à comité de lecture.

Dans quelles revues seront publiées ces préprints ? Mégarevues ou revues de médecine ???

• Nous n'avons pas de données sur des préprints de médecine pour répondre.
• Sur 30 000 préprints de bioRxiv, nous savons que les 3 premières revues publiant ces préprints étaient Scientific Reports (Springer), eLife (non-profit, supporté par des fondations), et PLoS ONE (non-profit, bibliothèque de l'unviersité Stanford, USA). Ensuite, Nature Communications (Springer),et deux autres revues du groupe PLoS sont dans le top 10.

COVID-19 : STROBE et CONSORT sont des lignes directrices inconnues à l'IHU de Marseille

Une petite musique monte enfin pour attirer l'attention sur les méconnaissances méthodologiques des chercheurs de l'IHU de Marseille (D Raoult et ses colonels). Nombreux sont les articles qui analysent la littérature hydroxychloroquine / COVID-19 pour montrer les gaspillages de ressources pour conduire des études avec de mauvaises méthodologies. J'en retiens deux assez simples, parmi les nombreux que vous pourrez consulter :

• Dans Drug Safety, Nicholas Moore (Inserm, Bordeaux) le 7 avril 2020 a publié un éditorial (accès libre) : 'Chloroquine for COVID-19 infection' ; c'est simple et clair pour expliquer que nous n'avons pas encore de données sur l'efficacité de la chloroquine, et que des risques existent. Je retiens une phrase que j'ai traduite sur l'utilisation de ces médicaments : "Promouvoir leur utilisation sans discernement et sans aucune preuve objective est inadmissible, et certainement pas médicalement responsable."  BRAVO !
• Dans Journal of Clinical Epidemiology, un article du 21 avril 2020, avec des auteurs de McMaster (Canada), a pour titre : 'COVID-19 research has overall low methodological quality thus far: case in point for chloroquine/hydroxychloroquine'. Comme d'autres articles, il y a un tableau récapitulant des mauvaises études cliniques, mais surtout un tableau avec des conseils dirigés aux cliniciens pour éviter les mauvaises études... c'est la base, manifestement ignorée par les mages qui envahissent les médias. J'ai partiellement repris en français ce tableau :

Ces conseils seraient très utiles pour les revues ayant publié des articles COVID-19, dont le bulletin paroissial NMNI ! Je connais de très bons experts marseillais qui connaissent l'intérêt des bonnes méthodes en recherche, mais ils ne sont pas à l'IHU. Le site EQUATOR-NETWORK liste toutes les lignes directrices pour bien écrire, et un outil (GoodReports) permet de les remplir en ligne.

Il faudra bien revenir aux réalités :

• Passé les urgences, l'agence du médicament pourrait investiguer les essais marseillais selon APMnews : "L'ANSM attend de Didier Raoult qu'il démontre le caractère observationnel de sa dernière étude". Bonne nouvelle.
• Avec juste prudence, le Nouvel Observateur du 22 avril titre : "La chloroquine ne montre aucun signe d’efficacité contre le Covid-19, affirme une étude américaine. Les chercheurs ont même constaté plus de décès parmi les patients recevant ce traitement par rapport à ceux qui ont reçu des soins standard. Mais cette nouvelle étude est à manier avec précaution."

Attendons pour conclure ; nous n'avons pas assez de données de qualité, mais espérons que des antiviraux marcheront !