Rédaction Médicale et Scientifique

Médecin de passage, le témoignage d'un gilet jaune de la recherche biomédicale : salut l'artiste Ménard

J'ai lu avec plaisir un livre écrit par Joël Ménard "Médecin de passage". Connaissant l'auteur, j'ai apprécié certains chapitres, et j'ai découvert une grande érudition littéraire et cinématographique, avec des dialogues imaginés avec deux auteurs : Archibald Cronin (médecin écossais) et David Lodge (écrivain anglais). L'auteur se demande s'il ne s'agit pas de Archibald Ménard ou Joël Cronin. C'est un livre à compte d'auteur mis en vente sur Amazon.

Je reprends un extrait de la 4ème de couverture : "J'aurais voulu être un artiste...!'' » De 1965 à 2015, cinquante années de vie médicale, en Europe comme en Amérique du Nord, ont été partagées entre soins, recherche publique, enseignement, recherche industrielle et administration de la santé. Le mélange du témoignage et de l'essai, entre les écrits d'Archibald Cronin et de David Lodge, illustre une réflexion globale sur une vocation et ses multiples visages, jusqu'au moment du passage de l'autre côté du miroir, lors d'un combat personnel contre le cancer. 

Gilet jaune, car Joël Ménard nous décrit l'attirance et le rejet de la Haute administration. 

• Sur la formation des médecins (pages 74/75): 'Il suffit de lire les projets de 2016 sur ce qui est devenu le développement professionnel continu pour voir l'échec annoncé. Les anagrammes s'enrichissent autant que la pensée s'étiole. Peut-on même comprendre le langage ministériel ? Une agence nationale de développement professionnel continu, l'ANDPC -- bien sûr ! -- remplacera l'organisme gestionnaire actuel, l'OGDPC ! -- c'est évident ! -- que personne n'a eu le temps de connaître...  L'ANDPC aura -- à coup sûr ! -- un Conseil d'administration, un conseil de gestion, un comité d'éthique, et sept conseils scientifiques indépendants."
• Créer des systèmes d'évaluation et de contrôle a le double avantage de faire travailler les autres et de mettre en valeur l'intelligence organisationnelle distillée par certaines écoles (pages 155/156). Les systèmes d'évaluation et de contrôle ne peuvent que proliférer.
• Il est moins risqué d'avoir tort en groupe que d'avoir raison tout seul (page 156). C'est pourquoi les comités d'experts se multiplient.

Le chapitre 10 "David Bowie : le dernier message" est surprenant, car cet artiste a su mettre en scène sa mort. Est-ce un message ?

Au moins 400 articles devraient être rétractés (Chine) car les recherches ont été faites avec des organes prélevés à des prisonniers exécutés

C'est une histoire connue, mais dont le volume n'a jamais été évalué : en Chine, des prisonniers sont exécutés, et leurs organes prélevés pour des transplantations..  Tout ceci est absolument condamné par les principes éthiques de la recherche. Mais ces transplantations donnent lieu à publication d'articles scientifiques... Nous avons déjà cité un cas (564 transplants) mais cette fois-ci ce sont plus de 85 000 transplants qui seraient concernés.

Le 5 février 2019, un article du BMJ Open accuse la communauté scientifique de n'avoir pas été capable de réguler ces pratiques ! L'article intitulé "Compliance with ethical standards in the reporting of donor sources and ethics review in peer-reviewed publications involving organ transplantation in China: a scoping review" a inclu 445 articles pour cette 'scoping review'. Ces articles proviennent de Chine et le résultat principal est :

445 included studies reported on outcomes of 85 477 transplants. 412 (92.5%) failed to report whether or not organs were sourced from executed prisoners; and 439 (99%) failed to report that organ sources gave consent for transplantation. In contrast, 324 (73%) reported approval from an IRB. Of the papers claiming that no prisoners’ organs were involved in the transplants, 19 of them involved 2688 transplants that took place prior to 2010, when there was no volunteer donor programme in China.

Dans ce travail, il est difficile d'avoir des preuves.. mais un faisceau d'argument permet de proposer ce type d'hypothèse. The Gardian du 5 février 2019 a relayé cet article du BMJ Open en demandant la rétractation de ces articles : Call for retraction of 400 scientific papers amid fears organs came from Chinese prisoners.

Les transpalantations les plus concernées sont le foie, et les revues en langue anglaise, à comité de lecture : ce sont des revues prestigieuses, non chinoises. Ces revues devraient être vigilantes....

Seuil du « p » à une valeur égale à 0,005 qui pourrait être considérée comme un compromis acceptable entre significativité un peu laxiste ou trop stricte

C'est avec plaisir que j'ai découvert qu'une revue française s'interrogeait sur la valeur seuil de p pour les statistiques. C'est un bon article dans la revue Médecine et Maladies Métaboliques de décembre 2018, intitulé : "Le seuil du « p » statistique à 0,05 est-il fiable ou non ? Telle est la question". Un changement de seuil en appelant statistiquement significatif les valeurs de p < 0,005 est demandé par de nombreux experts.

Bon article car il prend des exemples d'essais de la discipline et commente les seuils de significativité. Je ne peux que copier/coller les points essentiels qui sont bien faits :

• La détermination du « p » statistique est une étape importante dans l’évaluation de l’efficacité et de la sécurité d’un médicament à partir des résultats obtenus dans les grandes études randomisées.
• En général, l’effet d’un médicament est jugé supérieur, inférieur, ou non-inférieur à son comparateur quand le « p » est < 0,05.
• La valeur de ce seuil est aujourd’hui débattue, car il ne permet pas toujours une distinction claire entre significativité et non-significativité des effets observés, certains étant considérés comme bénéfiques ou délétères alors qu’ils ne le sont pas.
• Pour étayer la proposition de ramener le seuil de 0,05 à 0,005, quatre exemples sont proposés après avoir été choisis parmi des études réalisées dans le diabète de type 2 au cours des dernières années.
• Quand les statistiques classiques donnent des résultats ambigus (« p » entre 0,05 et 0,005), il est préférable de compléter par une analyse utilisant la méthode Bayésienne. C’est grâce à elle que les effets cardiovasculaires bénéfiques du liraglutide (étude LEADER) et de l’empagliflozine (étude EMPA-REG OUTCOME) ont pu être confirmés.

Colloque 12 et 13 mars 2019 : Intégrité scientifique à l'aune du droit (Panthéon-Assas)

Saluons une excellente initiative sous l'égide du Pr Olivier Descamps, Université Panthéon-Assas : c'est un colloque sur l'intégrité scientifique avec une vision juridique, Paris les 12 et 13 mars 2019. Vous êtes bienvenus, et nous y serons nombreux.

Le programme est très varié, et permettra d'ouvrir des réflexions, notamment en sortant du champ de la biomédecine. Il y aura des présentations sur des pratiques discutables en recherche, et sur les causes et conséquences de ces pratiques. J'ai été sollicité pour une communication avec un titre "De la culture POP à la culture TOP !". POP pour 'Publish Or Perish', et TOP pour 'Transparency Openess Promotion'. Mon hypothèse est que des chercheurs honnêtes font ce qu'attendent les revues (des contes de fées en sculptant les données), et ce qu'attendent les Universités pour assurer les promotions (publier beaucoup, et mesures avec des indicateurs de substitution) et les agences qui allouent des ressources (pas d'argent pour ceux qui ne publient pas)/

Les colloques sur l'intégrité scientifique sont de plus en plus fréquents. C'est une très bonne nouvelle, même si l'intégrité scientifique ne progresse pas très vite. Ces colloques sont parfois inégaux :

• un colloque sous l'égide de l'OFIS (Office Français d'Intégrité Scientifique) le 4 avril 2019 semble intéressant : Intégrité et Science Ouverte ;
• un colloque sous l'égide de la blanchisserie de Paris 5 n'apportera rien ; c'est dans le temple des thèses de complaisance, et des orateurs ne sont pas des modèles d'intégrité. Par exemple, demandez aux co-auteurs de l'article du BMJ sur l'identification de la tête de Henri IV si les tests ADN sont solides...   les non-réponses sont édifiantes ! Pourtant, le premier auteur est orateur. Ce genre de colloque mondain attire des experts aveugles.

Non aux preprints pour des revues d'orthopédie

Dans le domaine de la médecine, des voix s'élèvent pour ne pas accepter les preprints.. et cette fois-ci, ce sont 4 revues prestigieuses d'orthopédie qui publient un éditorial commun début 2019((voir tirte dans l'image de gauche). Cet éditorial rappelle d'abord la sacro-sainte règle d'Ingelfinger, un ancien rédacteur en chef du NEJM qui avait institué cette règle : une revue scientifique ne prend pas en considération des articles dont tout ou une partie des résultats ont été diffusés au grand public. La communauté scientifique doit garder la primeure des résultats des recherches. Nous avons déjà relaté les réserves des rédacteurs du JAMA, avec la publication d'opinions réservées. L'archive médicale pour les preprints (MedArXiv), prêtre depuis plus de 2 ans, n'est pas officiellement lancée. Par contre Lancet et BMJ sont en faveur des preprints.

Voici les arguments principaux :

1. Les serveurs de préprints peuvent être perçus par certains (et utilisés par des chercheurs moins scrupuleux) comme des preuves même si les études n'ont pas fait l'objet d'un examen par les pairs ; le public peut ne pas être en mesure de discerner un préprint non revu par les pairs d'un article important dans une revue prestigieuse.
2. Il semble peu probable que le genre de dialogue préalable à la publication qui a eu lieu dans d'autres disciplines universitaires (comme les mathématiques et la physique) aura lieu en médecine ou en chirurgie parce que les incitatifs sont très différents.
3. Les serveurs de préprints peuvent conduire à 2 versions concurrentes, voire contradictoires, du "même" contenu disponible en ligne en même temps, ce qui peut causer (au moins) de la confusion et (au plus) de graves dommages.
4. Pour la plupart des diagnostics médicaux (et surtout chirurgicaux), quelques mois d'examen des résultats d'une étude ne font aucune différence ; le rythme de la découverte et de la diffusion est généralement adéquat.
5. Il existe de meilleurs moyens d'atténuer les biais positifs et de promouvoir la transparence, qui sont les deux avantages principaux présumés des serveurs de préprints.

Cette position concerne les recherches humaines, et pas la biologie.

Newsletter de janvier 2019 envoyée le 1 février avec le titre "Mort du facteur d'impact : enfumage ?"

En janvier, les billets importants étaient : la non déclaration intentionnelle de liens d'intérêts est une fraude d'après le groupe de Vancouver (ICMJE), dont la version française des recommandations 2018 est en ligne ; la supervision d'un groupe de recherche n'est pas suffisante pour être auteur d'un article d'après le Conseil National de Recherches Canada : NORMAL, mais je connais des séniors qui abusent ; L'Université Paris-Saclay vient de diffuser le numéro 1 de POLETHIS sur l'éthique de la recherche et l'intégrité scientifique : excellent ! Poléthis a publié 13 vidéos sur sa chaîne vidéo YouTube.

Nouveaux indicateurs : Altmetric ? Progrès ou plutôt enfumage ? ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Les 25 travaux les plus cités en sciences sociales : un domaine très différent du segment STM (Science Technique Medicine)

J'ai lu avec intérêt un billet de 2016 sur le blog de LSE. "What are the most-cited publications in the social sciences (according to Google Scholar)?" Le billet décrit correctement ses méthodes pour sélectionner des publications.

Compte tenu de la dynamique et des habitudes de publications dans les Sciences sociales, ce billet est d'actualité. L'auteur a utilisé Google Scholar (plus de 20 000 citations) et inclu les disciplines suivantes : Anthropology, Economics, Education, Geography, Linguistics, Management, Philosophy, Political Science and Psychology. Normal, il a identifié surtout des livres. Il y a 4 bons tableaux, et des figures. La plupart des ouvrages ont été publiés avant les années 2000 (Marx, Keynes, Weber,..).

Dans la liste des 25 ouvrages (image ci-contre) les plus cités (81 000 à 37 000 citations), il y a Michel Foucault (deux fois), et Pierre Bourdieu. Sur ces 25 (tous avant 2000), je n'ai pas lu le numéro un, mais j'ai lu plusieurs fois le numéro deux qui est fantastique (E Rogers, Diffusion of Innovations). J'ai lu Michael Porter, et Peter M Senge... excellents livres très connus dans le management. Donc, j'en ai que 3 sur 25 dans ma bibliothèque : et vous ?

Les nombres de citations sont vertigineux pour un chercheur en biomédecine...

Je remercie Chérifa Boukacem qui m'a fait découvrir ce billet pas un tweet.

La rédaction des articles en psychologie.. différente de la biomédecine, mais plein de messages utiles

J'ai l'habitude de lire des livres de rédaction dans des disciplines qui ont des règles différentes. Si nos articles biomédicaux sont standardisés, avec 3 500 mots, 30 références, une introduction courte, les articles en psychologie ont des règles différentes. Le deuxième édition, datée 2019, de l'ouvrage ci-contre est intéressante. C'est un livre multi-auteurs, avec des auteurs prestigieux, et il est d'actualité. Il y a beaucoup de références au texbook de la discipline, 

La première partie du livre distingue les 'empirical articles' et les literature reviews'.

• Les articles de recherche (empirical) ne sont pas standardisé IMRaD (mais proches) comme en biomédecine qui tend à imposer l'article de 3 500 mots avec 30 références et une introduction courte. L'introduction en psychologie est détaillée dans un chapitre du livre avec 3 parties : 1) The opening : rhetorical question, everyday experience, analogy/metaphor, striking statistic/fact, historical fact, lack of previous research : 2) The literature review ; 3) Transition to your study. Ensuite méthodes, résultats, discussion comme dans nos articles IMRaD.
• Les revues de la littérature peuvent être classées en 5 types : 'generation of new knowledge (dont les méta-analyses) -- theory testing -- theory intergation or thepory testing -- develop and evaluate new therory or conceptual arguments -- integration and presentation of existing knowledge'. Il faut lire le livre pour bien comprendre.

Le livre est très à jour en ce qui concerne les enregistrements de protocoles, les archivages de données et les bonnes pratiques statistiques. C'est dans cette discipline qu'ont été d'abord développés les modèles de revues utilisant les 'registered reports'. Le chapitre 15 liste 50 'general tips' assez bien faits. Le dernier : Ne jamais terminer un article en disant que d'autres recherches sont nécessaires...   C'est tellement évident ! Un chapitre de Stephen P Ceci sur les stratégies de publications des revues... il a été l'un des premiers à publier sur le peer review en 1982.

Ouvrage un peu cher, mais je ne regrette pas l'achat.

Ces 2 auteurs ont contribué également à ce travail : oui, mais les hommes devant les femmes ?

Article marrant dans la bonne revue eLife par deux auteurs prestigieux, le 30 janvier 2019. Ils ont analysé les paires de deux auteurs (voire) ayant contribué également comme auteurs d'articles. Vous savez cette mention pour laquelle les auteurs se battent, et que les revues laissent faire pour ne pas perdre du temps à justifier cela...   Vous avez deux premiers auteurs, un astérisque pour dire qu'ils sont deux premiers. Donc 3034 publications entre 1995 et 2017 ont été analysés, provenant de revues prestigieuses de biologie surtout. Seules 2898 ci-dessous, car les sexes n'ont pas toujours été déterminés.

J'ai traduit le résumé en français, et vous comprendrez que tout le monde n'est pas égal quand il s'agit de lister des auteurs :

Nous avons analysé 2 898 articles scientifiques publiés entre 1995 et 2017 dans lesquels deux auteurs ou plus partageaient la position du premier auteur. Pour les articles dans lesquels les premier et deuxième auteurs ont apporté des contributions égales, les combinaisons mixtes étaient les plus fréquentes, suivies par les combinaisons d'auteurs homme-homme, puis femme-femme. Pour les combinaisons mixtes, plus d'auteurs masculins étaient en première position, bien que la disparité ait diminué avec le temps. Pour les articles dans lesquels trois auteurs ou plus ont fait des contributions égales, il y avait plus d'auteurs masculins que d'auteurs féminins en première position et plus de combinaisons d'auteurs entièrement masculins que féminins. Les inégalités entre les sexes observées chez les auteurs ayant apporté des contributions égales ne correspondent pas à l'ordre aléatoire ou alphabétique des auteurs. Ces résultats soulèvent des préoccupations quant au fait que les auteurs de sexe féminin ne reçoivent pas le crédit approprié pour les publications et suggèrent le besoin pour les revues de demander des éclaircissements sur la méthode utilisée pour décider de l'ordre des auteurs parmi ceux qui contribuent également.

Dans cet article de eLife :These authors contributed equally to this work; author order was determined both alphabetically and in order of increasing seniority.

Le preprint avait été déposé sur bioRxiv en décembre 2017. Il est agréable de lire les avis des relecteurs et réponses dans auteurs dans la version électronique de eLife.

Vol de données lors de la relecture (peer-review) d'un article : quelle fréquence ?

C'est RetractionWatch (RW) qui relate cette histoire, en rappelant d'autres cas. 

Le 17 janvier 2019, la revue 'Royal Society of Chemistry' a publié une rétractation d'un article publié en 2017 par CrystEngComm. La rétractation est signée par le rédacteur de la revue, car les auteurs sont aux abonnés absents. Une commission de l'université Gauhati  (vieille université du Nord-Est de l'Inde) a établi les faits : lors du peer-review, l'un des relecteurs a volé des images.... Pour accéder à l'article rétracté, il faut payer 42,50 dollars ! SYMPA.

C'est simple : "Content from the first submitted version of a paper published in Dalton Transactions by Ghiyasi and Rezvani¹ was taken during the peer review process and subsequently published in this CrystEngComm paper. It has been confirmed that one of the CrystEngComm authors had access to the Dalton Transactions submission during the peer review process."

Le billet de RW liste 5 autres cas de vol de données lors d'une relecture. Il existe peu de cas documentés, mais probablement que le problème est ignoré... De manière générale, il semblerait qu'au moins 2 % des relecteurs utilisent des informations obtenues par le peer review.

Nous avons décrit un cas connu dans les Annals of Internal Medicine (qui fait parti des 5 de RW), et à ce propos discuté les thèses volées par les jurys, sans donner le nom du thésard !!! Dans les Annals, c'est celui auquel une italienne avait volé les données lors du peer review qui expliquait les préjudices subis ! Belle lettre...

Proposez un tweet pour que la revue fasse la promotion de votre article

Je n'avais pas vu ce type d'instruction dans les instructions pour préparer une lettre de couverture :

Tweet for the journal Twitter profile: This will be used on the journal Twitter profile to promote your published article. Max 101 characters (including spaces). If you have a Twitter profile, please provide us your Twitter @ name. We will tag you to the Tweet

Il s'agit de la revue African Journal of Laboratory Medicine, ou niveau des instructions aux auteurs ! C'est en travaillant sur un article avec des auteurs ayant prévu de soumettre à ce journal : ils m'ont montré leur manuscrit et demandé mon avis sur le tweet qu'ils avaient préparé ! Il s'agit d'une revue sud-africaine (Cape Town), indexée dans Scopus, ayant un compte twitter débutant ouvert en 2017 (63 tweets, et 142 followers le 8 février 2019). Il y a deux membres du comité de rédaction qui sont de la Fondation Mérieux. BRAVO.

Avez-vous observé cette initiative ailleurs ?

Cas clinique : un genre désuet ? NON, Comment choisir une revue pour publier un cas ?

Ecrire un cas est souvent la première approche de la rédaction scientifique par un professionnel de santé. Il existe de nombreux type de cas, et la première étape est de ne pas confondre le cas original de recherche et le cas pédagogique. Mon propos ne concerne que les cas originaux. Il existe de bonnes ressources pour bien écrire des cas. Ecrivez un cas en vous inspirant de cas publiés dans la revue que vous ciblez.

J'ai l'impression que les revues publient de moins en moins de cas cliniques. Par exemple, sans avoir tout vérifié, il me semble que toutes les revues de la famille Lancet ne publient plus de cas. Par exemple, en 2016, les "European Annals of Otorhinolaryngology, Head and Neck Diseases" ont analysé la médiocre qualité des cas cliniques soumis et montré qu'ils en publiaient 5 %. La compétition est dure. De plus, les cas cliniques étant en général moins cités que les autres articles, ils peuvent diminuer le facteur d'impact ! Je parie que la plupart des revues de spécialités auront diminué, voire arrêté, les cas d'ici peu d'années.

Les cas sont instructifs et nous avons besoin de partager des cas : où vont-ils ? En fait, les revues ont changé, et en 2019, il existe probablement 200 revues qui publient exclusivement des cas cliniques (il ne s'agit pas de revues prédatrices). La plupart (tous ?) de ces revues sont des revues électroniques en accès libre, souvent avec un APC (article processing charge de 300 à 1200 $) lors de l'acceptation. Ces revues n'ont pas de facteur d'impact et certaines sont indexées par PubMed. Il y a un bon article dans The Journal of Case Reports, intitulé "How to choose the best journal for your case report".

Dans cet article, vous trouverez au moins 150 noms de revues ne publiant que des cas, mais ATTENTION car certaines sont des revues prédactrices (OMICS par exemple). Limitez vous à des revues dans PubMed ou dans DOAJ.

The Indian Express : la vie facile des responsables indiens des revues prédatrices

Le 19 juillet, l'Indian Express, journal grand public (Bombay, en anglais, 550 000 exemplaires quotidiens) a publié le résultat d'une investigation sur le fonctionnement des revues prédatrices. Ils ont interrogé des responsables de ces revues et l'article est détaillé. "Over the last month, The Indian Express visited hundreds of such websites, criss-crossed the country from Ghaziabad to Mandsaur and Hyderabad, and interviewed owners, experts and “editors”, to find an ecosystem thriving in a grey zone." L'article est illustré par une photo de l'immeuble où OMICS est installé.

Cet article explique comment fonctionnent les revues prédatrices, en citant les noms des responsables de ces nombreux groupes de presse. Ces revue sont faites par un ingénieur, ou un couple depuis leur domicile. La plupart ont répondu aux interviews en expliquant que les critiques et attaquent d'origine américaines étaient infondées. Par exemple, le responsable de IJRDO : "Naeem Akhtar, who lists himself as the “Chief Editor” or “Editor-in-Chief” of 32 journals published by IJRDO, runs a coaching centre for children at the address in Gurgaon listed on the websites of many of these publications ".

Le responsable de IOSR qui a 24 revues, aurait publié 16 000 articles répond : "Chetan Sharma: “There are different editors for different journals. All articles are published after peer review. If we get any complaint related to any article, the editorial board takes action within seven days. I use a US address for some of my journals because content and editors for such subjects are available there only.”

Parmi les commentaires de cet article, il y a d'anciens employés : "I was a formar employee of science domain. Most of the facts written is true. Many sdi journals are predatory but not all. In some cases it opted for pay and publish option with little peer review. Employee are pressurised to process a manuscript with low or no quality. Therefore most of the manuscripts submitted from under developed countries. Not only science domain there are few other sister companies are owned by the same owners. But there are some good sciencedomain journals too".

Je n'ai commenté qu'un article d'une série publiée par l'Indian Express. Il y a beaucoup d'informations sur ce business des revues prédatrices avec des interviews...  à parcourir !

Je remercie Aka Louka Kattie qui m'a passé cette information

La communication scientifique dans une société de post-vérité : vous devez avoir des stratégies pour lutter contre les campagnes de désinformation

Je propose ci-dessous la traduction d'un résumé de l'article intitulé : "Scientific communication in a post-truth society" Cet article a été publié dans PNAS en octobre 2018, et il mérite réflexion.

Cet article reprend une des communications lors du colloque Arthur M. Sackler de la National Academy of Sciences, “The Science of Science Communication III,” en Novembre 2017, à Washington, DC. Les vidéos des présentations sont sur le site des Académies américaines. Il y a deux vidéos (15 et 12 minutes) pour cet article écrit pas deux auteurs.

C’est un article centré sur les problématiques américaines. En 2016, 21 % des adultes américains avaient totalement confiance sur le fait que les scientifiques devraient agir dans le meilleur intérêt du public.

Voici la structure de cet article avec les intertitres :

• The Road to Infowars : les changements ont commencé dans les années 80s avec les télévisions comme CNN, etc..   historique de l’arrivée des infox..
• Truth, Lies, and the Internet : dans les années 90s, l’internet arrive. L’argent des réseaux sociaux cible les publicités. Dans le climat politique actuel, la confiance dans la science varie. Pour les républicains, en 1974, 53 % avaient confiance en ce concerne la communauté scientifique, et en 2016, c’était 37 %. Pour les démocrates, ce sont 45 % en 1974 et 44 % en 2016.
• Party Polarization; An Impediment to Science Communication : tout est très binaire. Chaque parti ne reçoit et ne lit que les messages qui conviennent à leurs membres !
  • Increased partisan animosity
  • Implicit partisan biais
  • Potential Explanations for Increased Polarization.
  • Evidence of Partisan Motivated Reasoning.
• Science vs. Motivated Reasoning: The Case of Immigration
• Communicating Science Today

Il y a la définition des trolls et des bots, et c’est inquiétant :

A troll is an actor who uses social media to start arguments, upset people, and sow confusion among users by circulating inflammatory and often false information online. Many trolls are actually bots—automated accounts pretending to be humans—which can be programmed to spread false and misleading stories rapidly through online social networks. Between 9% and 15% of Twitter accounts are estimated to be bots, and Facebook estimates that as many as 60 million bots are currently trolling its platform; in 2016, ∼20% of all tweets concerning the presidential election came from bots.

Voici le résumé :

Au sein de la communauté scientifique, une grande attention a été accordée à l'amélioration des communications entre les scientifiques, les décideurs et le public. Jusqu'à présent, les efforts se sont concentrés sur l'amélioration du contenu, de l'accessibilité et de la diffusion des communications scientifiques. Nous soutenons ici que, dans l'environnement politique et médiatique actuel, la communication défectueuse n'est plus au cœur du problème. La méfiance à l'égard de l'entreprise scientifique et les perceptions erronées du savoir scientifique proviennent de moins en moins des problèmes de communication et de plus en plus de la diffusion à grande échelle d'informations trompeuses et partiales. Nous décrivons les profonds changements structurels qui se sont produits dans l'environnement des médias au cours des dernières décennies et leur lien avec les décisions de politique publique et les changements technologiques. Nous expliquons comment ces changements ont permis à des acteurs sans scrupules aux arrière-pensées sans scrupules de diffuser de plus en plus de fausses nouvelles, de la désinformation et de la désinformation à l'aide de trolls, de robots et d'algorithmes de réponse. Nous documentons le degré élevé d'animosité partisane, de préjugés idéologiques implicites, de polarisation politique et de raisonnement politiquement motivé qui prévalent maintenant dans la sphère publique et nous donnons un exemple concret de la façon dont des conclusions scientifiques clairement énoncées peuvent être systématiquement perverties dans les médias par une campagne sur Internet de désinformation et de mauvaise information. Nous suggérons qu'en plus de veiller à la clarté de leurs communications, les scientifiques doivent aussi élaborer des stratégies en ligne pour contrer les campagnes de désinformation et de mauvaise information qui suivront inévitablement la publication de conclusions menaçant les partisans des deux côtés du spectre politique.

 

Séniors systématiquement en dernière position des articles : une pratique fréquente, malsaine qui donne le mauvais exemple...

Je rencontre beaucoup de chercheurs qui comprennent les critères pour attribuer la paternité des articles, essayent de les respecter. Ils ont plus de difficultés pour comprendre quel doit être l'ordre des auteurs, c'est normal car peu de recommandations abordent réellement cette question. Par contre, ils décrivent souvent l'ambiance des laboratoires/services où le chef de département, de service, de laboratoire, etc...  EXIGE d'être co-auteur de tous les articles...    Comme eux, je vois souvent des séniors imposer cette pratique, qui mène à la situation que ceux qui publient le plus sont parmi ceux qui travaillent le moins à la paillasse ou dans les services...

Cette pratique est pour moi très malsaine :

• elle est contraire aux critères de paternité des articles de l'ICMJE (voir ci-dessous) ;
• elle ne respecte pas les recommandations ICMJE pour les remerciements (page 3 de la version française qui sont : 'Les contributeurs qui ne remplissent pas les 4 critères susmentionnés définissant la qualité d’auteur ne doivent pas figurer parmi les auteurs, mais ils doivent être cités dans la rubrique des remerciements. Les exemples d’activités qui, à elles seules (en l’absence d’autres contributions), ne justifient pas la qualification d’auteur comprennent l’acquisition du financement, la supervision générale d’un groupe de recherche ou l’assistance administrative générale, ainsi que l’aide rédactionnelle, la mise au point technique, la révision linguistique et la relecture des épreuves' ;
• il s'agit d'un mauvais exemple pour les jeunes chercheurs que l'on forme à l'intégrité scientifique (des formateurs sont chefs de service et sont auteurs de tous les articles du labo) ; ils seront tentés d'en faire de même quand ils seront chefs ;
• cette pratique devrait conduire à des sanctions : dans le cas de fraude du Riken Institute (Kobe, Japon), parmi les co-auteurs accusés de ne pas avoir contrôlé les données sources, l'un (Sasaï) s'est suicidé !
• cette pratique est pour moi un vol de données...    et conduit à ce que des auteurs publient plus de 72 articles par an (voir à Marseille...  devinez qui c'est....).

Il s'agit du domaine de la déontologie professionnelle et de l'intégrité scientifique : les référents intégrité fraîchement nommés en France devraient édicter des recommandations et intervenir de manière proactive ; ils vont me répondre qu'ils ne peuvent rien
faire... mais si car ils peuvent améliorer des ambiances délétères liées à cette pratique.. et je rencontre régulièrement des jeunes que l'on forme à l'intégrité me demander pourquoi ces pratiques existent : que répondriez-vous ?

J'ai évoqué cette situation le 22 janvier 2019 car le Conseil national de recherches du Canada a des recommandations pour éviter que des séniors abusent.

Je remercie Mme M Hadchouel qui m'a rappelé les Recommandations pour la signature des articles scientifiques dans le domaine des sciences de la vie et de la santé publiées en 2011 par Aviesan et qui disent : "L'acquisition des financements du projet, la mise à disposition de locaux, la direction de l'Unité de recherche ne justifient pas en elles-mêmes la qualité d'auteur." avant de préciser qui doit être dans les remerciements. En plus simple : le patron ne doit être auteur que s'il remplit les critères pour être auteur...   du boulot en perspectives car les mauvais exemples pullulent.....

Je remercie ceux qui ont commenté mon billet du 22 janvier : BP a évalué un dossier qui avait 198 publications en 5 ans, SB m'a signalé une inforgraphie des NIH sur ce sujet ; elle est bonne.

Je remercie ceux qui m'ont passé des messages qu'ils n'ont pas voulu écrire sur le blog : certains sont clairement en faveur d'ajouter les séniors sur les publications, car ils n'auraient plus d'articles à ajouter à leur CV !

N'oubliez pas les bonnes ressources du Cirad sur la question des auteurs.

PS : les critères ICMJE pour être auteur :

1. Contributions substantielles à la conception ou aux méthodes de la recherche ou à l’acquisition, l’analyse ou l’interprétation des données ; ET
2.  Rédaction préliminaire de l’article ou sa révision critique impliquant une contribution importante au contenu intellectuel ; ET
3. Approbation finale de la version à publier ; ET
4. Engagement à assumer l’imputabilité pour tous les aspects de la recherche en veillant à ce que les questions liées à l’exactitude ou l’intégrité de toute partie de l’œuvre soient examinées de manière appropriée et résolues.

PS : Merci à Mme F Weise qui m'a signalé une erreur que j'ai corrigée.

Controverses sur le plan S pour une science ouverte : bons éditos dans le dernier PLAS

Le numéro 22 de Publier LA Science est toujours un régal avec beaucoup de courtes informations sur 13 pages. Bravo à l'équipe des rédacteurs de l'Inra. Plutôt que de résumer les news dont vous prendrez connaissance, je voudrais présenter les deux éditoriaux sur le plan S :

• Publications : les pièges du plan S par E Derat de Sorbonne Université et deux co-auteurs (Uppsala et Amsterdam). Que disent-ils de ce plan qui veut obliger les chercheurs à publier en Open Access avant janvier 2020, en Europe, en payant des APCs (Article Processing Charges) ? Le bannissement des journaux des sociétés savantes, qui ont servi d'épine dorsale à la construction de la science moderne, ne nous semble pas acceptable. Le reste du monde ne suivra pas les directives du plan S. Les frais de publications peuvent augmenter, et surtout en privilégiant le modèle 'pay to publish' plutôt que l'ancien 'pay to read', car des revues indélicates vont générer du chiffre d'affaires en acceptant les articles (je vous rappelle que les profits de groupes comme par exemple Frontiers, revues favorisées par le plan S, ne sont pas publiés). Leur conclusion à laquelle j'adhère "Le plan S constitue une sérieuse violation des libertés académiques".
• Aurons-nous encore besoin de journaux ? est l'autre éditorial, signé par E Dreyer, de l'Inra et Rédacteur de Annals of Forest Science. Le développement de la Science ouverte passe nécessairement par une mobilisation d'outils numériques de plus en plus puissants. Les arguements : les preprints se développent et posent la question de la valeur ajoutée apportée par les journaux. Le peer review devient obsolète qui doit laisser place à la transparence, et une pratique ouverte sur des serveurs. L'ouverture de toutes les données est nécessaire. Des plateformes virtuelles de diffusion des résultats des recherches validées par les pairs pourraient remplacer les journaux...

Nous vivons une époque formidable.. J'admire tous ces innovateurs qui veulent tuer les revues de sociétés savantes au prétexte qu'elles coûtent cher, etc...  Mais les sociétés savantes ont fait beaucoup pour la dissémination de la science... auraient-elles dû attendre que les Universités s'en charge ?

Pour augmenter l'impact de vos publications, écrivez mieux ! Est-ce vrai ?

C'est le message d'un article moyen de la prestigieuse revue PNAS (8 janvier 2019), avec pour titre : How we can boost the impact of publications? Try better writing. La qualité méthodologique du travail ne permet pas d'être convaincu par cet article...   des facteurs de confusion peuvent exister. Donc prudence. Auteurs australiens. Déjà 1268 tweets le 29 janvier pour un article du 8 janvier ! Ces infos sont nulles... 

Les reviewers de PNAS sont laxistes, et cette revue doit publier quelques articles de complaisance. Pourquoi faire attention à cet article ? La méthode n'est pas suffisamment décrite pour être reproductible ; l'analyse a été faite sur des résumés et pas sur des articles (hypothèse que les résumés traduisent la qualité de l'article !!! cela se discute) ; le calcul du 'writing score', malgré le supplément électronique n'est pas clair ; prendre des articles de sciences sociales et de médecine dans l'échantillon sans les comparer n'est pas bien car les styles de rédaction diffèrent ; il y a une erreur dans l'article car je ne sais pas si ce sont 130 ou 133 résumés qui ont été inclus... de petites erreurs traduisent souvent une qualité médiocre du travail.

Néanmoins, si cet article est publié, c'est que l'idée est originale, et que le résultat plait. L'idée est intéressante : les auteurs ont sélectionné dans Scopus des abstracts de 3 domaines (biodiversity loss, social media in education, childhood obesity) et ont appliqué 11 critères pour mesurer le style rédactionnel. Les critères sont bien décrits avec des explications.. et quelle est leur observation ? Pour bien écrire, privilégiez 'je' et 'nous' plutôt que les voix passives (je dis souvent d'éviter 'on' car 'on est un con') ; utilisez toujours le même mot et ne pas utiliser des synonymes ; diminuez les acronymes et les 'noms maladroits' (awkward noun chunks dans le texte, c'est à dire 'strings of multiple consecutive nouns. Noun chunks connect objects or ideas in ambiguous ways') ; et de manière surprenante, parmi leurs critères, ils ont pris le nombre de mots dans les abstracts (si un abstract est long, ce serait aux dépends de la clarté !!). Il faut écrire avec l'esprit du lecteur !!!

Donc ils ont un critère de qualité du style rédactionnel sur 130 résumés de 2012, 2013 et ils les ont classés en fonction des citations de juillet 2018. Ils montrent que si le style est meilleur, les articles sont plus cités (lus ??) que ceux qui sont mal écrits. Prudence quand même. Les articles courts seraient plus cités ! Leur modèle montrerait que les articles clairs, avec de la créativité, une structure narrative seraient plus cités...

Ce travail mériterait d'être reproduit correctement...   dans une revue qui exigent l'accès aux données sources, et dont les reviewers travaillent mieux !

Peer Review ouvert : accepté par auteurs et relecteurs... à promouvoir car le peer review aveugle n'est pas éthique

Le peer-review ouvert consiste à mettre en ligne les avis des relecteurs (signés ou non signés) avec l'article publié, ainsi qu'à divulguer les noms des relecteurs aux auteurs du manuscrit évalué. Il existe des variantes, et nous avons commenté un article proposant 122 définitions. Les auteurs citent des revues pratiquant le peer review ouvert (EMBO journals, eLife, revues du groupe Frontiers), et la plateforme F1000. En médecine, le groupe BMJ pratique un peer review ouvert.

C'est une belle étude qui a été publiée dans Nature Communications du 18 janvier 2019 avec le titre "The effect of publishing peer review reports on referee bahavior in five scholalry journals". Les auteurs sont suédois, espagnols, hollandais et italiens. L'étude est intéressante car elle a porté sur 9 220 soumissions de manuscrits, 18 525 rapports de relectures pendant 5 ans. Les 5 revues considérées étaient des revues du groupe Elsevier, et des comparaisons ont pu être faites avec 21 647 manuscrits, etc..  la force d'un grand groupe, même si les résultats ne sont pas publiés dans une revue Elsevier ! Dans les informations complémentaires, il y a : "Nature Communications thanks the anonymous reviewers for their contribution to the peer review of this work. Peer reviewer reports are available." Cet article de Nature Communications a eu 3 relecteurs, et les avis sont sur 10 pages. L'article, qui ne cite pas les 5 revues analysées, a beaucoup de données, parfois compliquées, mais les messages principaux contredisent quelques observations antérieures. J'ai traduit une partie du résumé ci-dessous, et repris la figure 4 ci-contre.

Nous avons constaté que la publication des rapports ne compromettait pas de façon importante la volonté des relecteurs d'évaluer les manuscrits, de formuler des recommandations ou de respecter les délais. Les jeunes chercheurs et les chercheurs non universitaires étaient plus disposés à accepter d'évaluer les manuscrits et ont formulé des recommandations plus positives et objectives. Seulement 8,1 % des répondants ont accepté de révéler leur identité dans l'avis de relecture publié. Ces résultats suggèrent que le peer review ouvert ne compromet pas le processus, du moins lorsque les relecteurs sont en mesure de protéger leur anonymat.

Les prises de position en faveur d'un peer review ouvert augmentent, compte tenu que le peer review aveugle n'est ni éthique, ni intègre. Selon, les revues, 20 à 60 % des relecteurs acceptaient de relire les manuscrits, mais ces chiffres ne font que baisser !

 

Affaire Voinnet : le Cnrs a très très mal géré ce cas... Supportons les chercheurs ayant reconnu leurs fautes

J'ai plusieurs fois évoqué le cas de Olivier Voinnet, sans jamais être très critique, car son comportement a toujours été ouvert. Ce chercheur a collaboré avec les investigateurs et les rédacteurs de revues. Il a reconnu ses fautes, ce qui est rare ! Rappelons que 8 articles ont été rétractés, et que 22 corrections ont été publiées.

Olivier Voinnet a été reçu par l'EHESS le 17 janvier 2019 pour écouter son témoignage, lors d'un séminaire dans le cadre d'une série 'Politiques des sciences'. Il y avait environ 40 personnes pour l'écouter. Après lui, Boris Barbour de PubPeer a présenté l'activité de ce site. Les enregistrements sont longs, mais écouter O Voinnet est passionnant. Il est très remonté contre le Cnrs et il a raison. Est-ce que le Cnrs va enfin évoluer ? Le témoignage d'O Voinnet permet d'aborder de nombreux points concernant l'intégrité.. les signalements, les enquêtes, l'archivage, les institutions qui doivent collaborer lors des enquêtes, etc... O Voinnet reconnaît les fautes, explique le climat dans le service, et il a surtout changé ses pratiques. Il faut savoir réhabiliter les chercheurs qui ont payé !  J'ai expliqué tout cela dans un billet du 13 décembre 2018.

Pour bien comprendre une histoire compliquée, je suggère de lire les 6 excellents articles de D Larousserie dans Le Monde (abonnés). Voici ces 6 articles : 

mardi 15 janvier 2019 : 1/6 L'affaire Olivier Voinnet, une loupe posée sur l'intégrité scientifique : 'nous revenons sur une saga qui a chamboulé la biologie française, mettant à nu les mécanismes de contrôle-qualité de la science, leurs défaillances et leurs limites'.

mercredi 16 janvier 2019 : 2/6 L'affaire Olivier Voinnet, une enquête qui n'a pas eu lieu (image ci-dessous). 'Dans ce second volet de notre série consacrée aux accusations de manipulations d'images imputées au biologiste Olivier Voinnet, nous verrons qu'en 2015, le CNRS s'est contenté d'une investigation peu poussée, notamment sur les responsabilités individuelles de ses cosignataires.'

jeudi 17 janvier 2019 : 3/6 L'affaire Olivier Voinnet, le temps du grand nettoyage. 'Début 2015, en quelques mois, le chercheur est contraint de corriger et de rétracter une bonne part de sa production scientifique. Les sanctions tombent, de sévérité variable selon les tutelles, les corps craquent...'

vendredi 18 janvier 2019 : 4/6 L'affaire Olivier Voinnet, la saga est relancée. 'En 2016, de nouvelles accusations sont portées sur des articles du biologiste. Ce qu'il découvre le pousse à demander une nouvelle enquête à ses tutelles, dont l'une est bientôt à son tour mise en cause...'

lundi 21 janvier 2019 : 5/6 Coups de théâtre dans l'affaire Olivier Voinnet. 'A nouveau convoqué en 2018 à titre disciplinaire après une enquête sur ses travaux qu'il a contribué à relancer deux ans plus tôt, le biologiste se rebiffe et pointe les responsabilités de son ancien collègue, Patrice Dunoyer'

mardi 23 janvier 2019 : 6/6 L'affaire Olivier Voinnet : les fautes d'un biologiste vedette. Sixième et dernier volet de notre série consacrée aux accusations de manipulations d'images, imputées au biologiste Olivier Voinnet'

Rétractation pour plagiat dans les revues pharmaceutiques françaises : la culture POP a envahi la pharmacie

Voici le début d'un éditorial publié simultanément dans les deux principales revues françaises de pharmacie : Nos revues pharmaceutiques sont confrontées, comme les autres, à des pratiques préjudiciables à la recherche. Par exemple, un article du Journal de Pharmacie Clinique publié en 2003 [1] a été plagié à plus de 50 % et resoumis dans les Annales Pharmaceutiques Françaises récemment. Les auteurs ont reconnu leur faute et une note de rétractation a été publiée comme l’exigent les règles de l’édition scientifique [2]. Les comités de rédaction du Journal de Pharmacie Clinique et des Annales Pharmaceutiques Françaises ont saisi cette occasion pour s’interroger conjointement sur ces pratiques dans le domaine de la recherche pharmaceutique.

La notice de rétractation est claire et l'article rétracté apparaît clairement avec la mention en rouge 'Retracted'. L'éditorial, signé par les rédacteurs des deux revues attire l'attention sur la course à la publication qui a gagné la pharmacie. Le titre de l'édito est : L’impact de la culture POP (Publish Or Perish) sur les revues pharmaceutiques. Dans cette discipline, les auteurs de l'éditorial citent des rétractations, à savoir pour : British Journal of Pharmacology : 14 cas ; International Journal of Pharmaceutics : 4 cas ; Pharmacy Practice : 4 cas ; International Journal of Clinical Pharmacy : 3 cas ; Journal of Clinical Pharmacy and Therapeutics : 3 cas ; American Journal of Pharmaceutical Education : 2 cas ; Pharmaceutical Research : 2 cas.

Voici cet éditorial commun : 

• Journal de Pharmacie Clinique 2018, vol 37, numéro 4
• Annales Pharmaceutiques Françaises 2018;76(6):419-420.

Je remercie les auteurs de m'avoir fait relire cet éditorial.

Grand Prix Editorial 2018 de la presse médicale et des professions de santé

Le Syndicat de la Presse et de l'Edition des Professions de Santé (SPEPS) organise chaque année une réunion conviviale pour présenter les prix des articles des revues des membres du SPEPS. En 2019, ce sera le  20ème  prix  !!

Le SPEPS représente près de 450 publications papier et en ligne, 38 éditeurs pour 30 millions d'exemplaires diffusés par an. En France, les professionnels de santé font confiance à leur presse spécialisée, qui est utilisée régulièrement. Les prix 2018 ont été attribués par un jury présidé par André Grimaldi qui a reçu 112 articles, en a préselectionné 42 pour 12 prix. Vous pouvez télécharger la plaquette de 22 pages qui liste les articles primés en 2018 (merci au SPEPS). Toutes les vidéos des remises de prix sont accessibles, mais d'intérêt pour ceux qui veulent voir les auteurs d'un article primé, ou qui connaissent le prix.

La remise du prix a été précédée d'une excellente conférence de Sylvain Tesson, écrivain - voyageur, dont les parents ont été très investis dans la presse professionnelle. Sa mère, Marie-Claude Tesson-Millet (1942-2014), a été la directrice et la cofondatrice du Quotidien du Médecin et du Quotidien du Pharmacien. Sylvain Tesson a été présenté par son ami Alain Trébucq (DG de GMS qui publie La Revue du Praticien, le Concours Médical, Panorama du Médecin...), qui a avoué que S Tesson était difficile à attraper, n'ayant pas de téléphone portable... Il nous a fait l'honneur d'une excellente conférence : "L'écriture comme outil de transmission". Il a eu des mots très très élogieux sur l'hôpital français, suite à ses hospitalisations. Un plaisir à écouter si vous aimez les livres.... il raconte ses chemins noirs du Mercantour au Cotentin...  Un régal. Ses messages résonnent avec les mouvements sociaux, type 'gilets jaunes'.

J'ai été impressionné par le Grand Prix Editorial : un article de Médecine Intensive en Réanimation intitulé "Amputations multiples après purpura fulminans : jusqu'où peut-on accepter le handicap ? Aspects anthropologiques et philosophiques." Par B Quentin et cool pour la Commission d'Ethique de la Société de Réanimation de langue Française. Vous pouvez le lire tranquillement...

Le prix spécial du Jury a été attribué à un article de la revue Hématologie intitulé "Considération Ethique de l'espoir en hématologie". Voici la vidéo de remise de ce prix, article écrit par une interne, Chloé Prod'homme.. BRAVO

POLETHIS : Conseil pour l’éthique de la recherche et l’intégrité scientifique de l’Université Paris-Saclay

L'Université Paris-Saclay vient de diffuser le numéro 1 de Poléthis, et vous pouvez télécharger ce document de 36 pages ici. Je remercie Emmanuel Hirsch qui m'a autorisé d'héberger ce document sur le blog. C'est bien fait, et je ne sais pas si d'autres universités ont un si bon document pour sensibiliser les personnels sur l'éthique et l'intégrité. Le sommaire est sur le site de Poléthis. Si vous voulez commander des exemplaires gracieux, faites la demande en donnant une adresse postale à emmanuel.hirsch@universite-paris-saclay.fr

J'en fais la promotion par mon engagement dans l'intégrité, et parce que j'ai un court texte en page 22 (Les revues scientifiques sont en première ligne pour suspecter des inconduites scientifiques. Mais les revues n’ont pas la mission de détecter ces inconduites. Ce sont les institutions qui doivent s’assurer de l’intégrité des chercheurs. Comment faire progresser et améliorer les relations entre revues et institutions là où un dialogue de sourds semble s’être installé ?)

En pages 28 et 19 , un témoignage de G Filliatreau sur la délégation à l'intégrité scientifique de l'Inserm (La médiation scientifique est une démarche de type « médiation-conciliation » inspirée de méthodes professionnelles de résolution de conflits, qui s’appuie sur les principes de l’intégrité pour aider à résoudre des litiges qui ont une forte dimension scientifique.)

Il y a beaucoup d'informations, car les démarches et formations de l'Université Paris-Saclay sont très importantes. Vous pouvez prendre des idées pour vos organisations. C'est un chemin long, mais indispensable. Les expériences sur études de cas sont toujours bonnes. En dernière page, un cas pour lequel vous pouvez envoyer vos commentaires, mais ce n'est pas un cas dans la santé.

Poléthis a publié 13 vidéos sur sa chaîne vidéo YouTube.

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L'édition scientifique, entre prédateurs et profiteurs

C'est le titre d'une vidéo mise en ligne sur Médiapart le 13 janvier 2019 dans la rubrique Science Friction, et enregistrée quelques jours auparavant. Je remercie Nicolas Chevassus-au-Louis pour avoir organisé un débat entre Frédéric Helein, professeur de mathématiques à l’université Paris 7, et moi-même.

Nicolas Chevassus-au-Louis est l'auteur d'un bon livre "Malscience" en 2016 et qui va bientôt paraître en langue anglaise.

La série de vidéos de Science Friction est archivée sur YouTube. Il y a déjà 6 vidéos (environ 30 minutes), et une des émissions a concerné la maladie de Lyme. Dans ce domaine, la HAS a franchi la ligne jaune avec des recommandations opposées aux positions de la communauté scientifique..   Il faut soutenir F Bricaire qui donne ses positions sur le Lyme.

La supervision générale du groupe de recherche n'est pas suffisante pour faire partie des auteurs : bravo, amis canadiens

Le titre de ce billet reprend une phrase de la définition des auteurs dans la politique sur l'intégrité en science et en recherche, mise à jour en décembre 2018 par le CNRC (Conseil National de Recherches Canada). Voici la définition, proche de celle des
recommandations de Vancouver (ICMJE).

Auteurs : Personnes qui ont apporté une contribution intellectuelle substantielle à la recherche, au minimum par une participation directe à au moins deux des activités suivantes : conception du projet de recherche; exécution de la recherche; interprétation des données; assistance technique et rédaction du manuscrit. La supervision générale du groupe de recherche n'est pas suffisante pour faire partie des auteurs, tout comme les contributions telles que l'assistance technique, la collecte de données, les synthèses critiques du manuscrit et le financement de la recherche.

Ce point ne plait pas à la plupart des chefs de département, etc..   qui sont ceux qui font le moins de recherches et qui signent le plus d'articles. Les mentalités n'évoluent pas vite dans ce domaine, car depuis 1978, l'ICMJE proposé cette définition.

Les documents du CNRC sont bien faits, et quelques points méritent réflexion :

Le CNRC reconnaît deux approches complémentaires pour favoriser une culture d'intégrité de la recherche et d'intégrité scientifique. La première vise à inculquer les vertus qui sous-tendent la conduite responsable dans les activités de recherche, les activités scientifiques et les activités connexes (alinéa 7.2.1). La seconde porte sur la procédure à suivre pour présenter des allégations de violation, l'enquête sur ces allégations et les conséquences d'une constatation de violation (alinéa 7.2.2).

Tous les manquements à l'intégrité scientifique sont définis : La fabrication -- La falsification -- La destruction de dossiers de recherche -- Le plagiat -- La publication redondante ou l'autoplagiat -- La paternité invalide de l'œuvre ou des contributions -- L'examen par les pairs abusif -- La mauvaise gestion des conflits d'intérêts -- L'utilisation à mauvais escient des fonds de recherche -- La demande de subvention et de bourse inexacte -- L'énoncé inexact des collaborations -- L'inconduite dans les pratiques de recherche -- L'objet d'une allégation formelle.

Les "Lignes directrices sur la Politique sur l'intégrité en science et en recherche" sont bien faites. Il y a surtout la conduite à tenir en réponse à des allégations sur de possibles méconduites. Le calendrier normal d'un processus complet, en supposant qu'il n'est pas suspendu pour un motif quelconque, débute quand le répondant est avisé des allégations et se présente comme suit.....    Toutes les étapes sont bien décrites pour investiguer un cas d'allégations, et surtout avec des délais en jour... Retenons qu'une investigation d'un cas d'allégation dure un an (365 jours civils dans ce document canadien) !!!   Je vois trop d'experts divers qui veulent investiguer un cas en 15 jours.....

Les finances de PLOS vont moins bien : modèle APC pose-t-il problème ? Compétition avec Scientific Reports, etc...

Le rapport financier de 2017 du groupe PLOS a été rendu public en décembre 2018 (rapport des auditeurs le 30 avril 2018). Les données principales sont sur le site de PLOS, et des commentaires sur divers blogs, dont surtout Scholarly Kitchen le 3 janvier 2019. PLOS a dû prendre de l'argent dans les réserves qui restent encore conséquentes....

PLOS est une organisation privée non profitable, émanant de la bibliothèque de l'université de Stanford. Depuis fin 2016, il y a eu quelques mouvements au sein des directeurs. Les revenus sont liés au nombre d'articles publiés, avec un APC (Article Processing Charge) de 1 595 US dollars par article. Le nombre d'articles publiés (taux d'acceptation entre 60 et 70 %) est passé d'environ 35 000 en 2013 à moins de 25 000 pour 2017 et 2018 (image ci-contre prise sur Scholarly Kitchen). PLOS a fait des investissements qui se sont révélés négatifs, en voulant développer son propre système de soumission/management des articles. De ce fait, des collaborations sont privilégiées avec bioRxiv pour les preprints, et protocols.io pour les protocoles, .... 

• Scientific Reports (Nature/Springer) a doublé PLOS One en 2017, en nombre d'articles publiés. L'APC de Scientific Reports passe à 1 790 US dollars en 2019. En 2017, le taux d'acceptation des articles soumis à Scientific Reports était de 59 %.
• PLOS reste un leader dans le partage des données : est-ce un facteur qui a éloigné des auteurs ?
• PLOS Biology a été créé en 2003, et los du 10ème anniversaire, tous les feux étaient au vert, avec un chiffre d'affaire de 39 millions de dollars en 2012. Il y a eu des années fastes, avec de bons bénéfices.
• L'année 2018 ne s'annonce pas meilleure.