Rédaction Médicale et Scientifique

Symptômes d'un système défaillant : les écarts entre les sexes dans le processus décisionnel de COVID-19

Le titre de ce billet est celui d'un article de BMJ Global Health de début octobre 2020. Les disparités hommes / femmes sont connues et toutes les sociétés veulent les diminuer... en disant que cela va demander du temps pour des raisons diverses...  NO COMMENT.

Dans le cas de la COVID-19, ce sont des conseils scientifiques qui ont été créés de novo, donc la parité était facile à appliquer. Ces auteurs ont examiné la parité dans 115 comités théodules de 87 pays (tableau 1), et 7 comités 'globaux' comme OMS, EU (tableau 2).

Les résultats sont ceux qui étaient attendus. En lisant les tableaux, j'ai noté les pays ayant au moins un comité avec

• 50 % de femmes ou plus : Afrique du Sud, Albanie, Autriche, Belgique, Canada, Equateur, Ethiopie, Finlande, Japon, Pays-bas, Portugal, Suède et USA ; notons que Finlande et Pays-Bas, avec 67 % de femmes ne respectent pas la parité !
• zéro femme : Arabie Saoudite, Irak, Italie, Laos, Lituanie, Mali, Myanmar, Philippines et Thaïlande.

Les deux comités français sont considérés, avec respectivement 18,2 et 41,7 % de femmes. En France, comme dans les autres pays, ils n'ont pas compté les femmes qui servaient le café et tenaient le parapluie ! ETONNANT !

Je vous laisse rêver avec les conclusions principales :

• Malgré de nombreux engagements mondiaux et nationaux en faveur d'une gouvernance mondiale de la santé incluant le genre, COVID-19 a suivi le modus operandi habituel - excluant la voix des femmes. Seuls 3,5 % des 115 groupes d'experts et groupes décisionnels identifiés dans le cadre de COVID-19 ont une composition paritaire, tandis que 85,2 % sont majoritairement masculins.
• Le manque de représentation est l'un des symptômes d'un système défaillant où la gouvernance n'inclut pas le genre, la géographie, l'orientation sexuelle, la race, le statut socio-économique ou les disciplines hors de la santé - excluant en fin de compte ceux qui offrent des perspectives et expertises uniques.
• Les systèmes de santé fonctionnels nécessitent un changement radical et systémique qui garantisse que les représentations diversifiées soient la norme - plutôt que l'exception.
• Une communication et une prise de décision ouvertes, inclusives et transparentes doivent être privilégiées par rapport aux formes de gouvernance à huis clos ou traditionnelles.

Frais de soumission des articles : source de revenus pour diminuer le volume des mauvais articles soumis ?

Est-ce que la stratégie de demander des frais à la soumission des manuscrits (50 à 75 US dollars) aux revues scientifiques va se développer ? Bonne question au sein d'une prolifération de manuscrits, dont certains restent pour l'éternité sur des serveurs de pré-publications. Les mauvais manuscrits seraient moins souvent soumis ! Est-ce une conséquence de la pandémie qui a augmenté le nombre de manuscrits soumis, parfois par un facteur 4 ou 5 pour certaines revues, et augmenté les taux de rejets. Ces manuscrits rejetés représentent un coût pour les gérer... sans contrepartie puisque ce sont les FTA (Frais de Traitement des Articles) des manuscrits acceptés qui apportent des ressources.

C'est un billet de juillet 2020 sur Scholarly Kitchen (Roy Kaufman) qui apporte des réflexions, et des commentaires d'octobre 2020 sur The Publication Plan (Jo Chapman) qui reviennent sur un sujet ancien. Voici un résumé :

• Les frais de soumission peuvent avoir un impact sur le taux de rejet des revues, perçu par certains comme un signe de réussite. Ce serait un impact négatif, car le taux de rejet pourrait augmenter !
• Les auteurs moins bien financés seraient désavantagés, mais une suppression des frais est possible pour certains.
• Manque de valeur perçue par les chercheurs : commencer à faire payer la soumission, qui était auparavant "gratuite", pourrait causer des tensions avec les auteurs, mais un examen par les pairs plus rapide et d'autres mesures incitatives (comme une réduction des frais de traitements des articles) pourraient contribuer à atténuer les risques pour les éditeurs.
• Concurrence avec les revues non payantes à la soumission.
• Management des revues : ajout d'une nouvelle étape administrative à une procédure fermement établie.

Des revues ont commencé à demander ce type de frais de soumission, par exemple :

• Gastroenterology, revue prestigieuse de l'American Gastroenterological Association envoyée à 17 000 médecins, a dans ses instructions aux auteurs : Authors submitting original basic or clinical manuscripts to Gastroenterology are required to pay a non-refundable $75 fee at submission via Editorial Manager. The submission process cannot be completed until the submission fee is paid.
• American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, revue de ATS American Thoracic Society, a dans ses instructions aux auteurs : Authors are billed a $50.00 submission fee at the time of the submission of a manuscript. Submission fees are nonrefundable. 

Abandon du facteur d'impact à l'Université de Bern en montrant la mauvaise qualité de cet indicateur

La marée 'Facteur d'impact' devrait se retirer très lentement, et ce chemin est inéluctable. Un manuscrit déposé début octobre 2020 sur F1000Research va dans ce sens, avec des données objectives. L'Université de Bern a signé DORA en 2016..  et voudrait mettre en oeuvre ce qu'elle a signé ! D'autres signataires de DORA ne font rien...

Ces auteurs ont analysé 1 525 articles soumis par 64 candidats à une promotion académique, et montré une mauvaise corrélation entre le facteur d'impact de Clarivate Analytics et les RCR des National Institutes of health, USA, créés en 2016. C'est une mesure de l'impact des citations au niveau de l'article, qui compare les citations de l'article avec les articles du réseau d'articles co-cités. Le RCR est comparé à la recherche financée par les National Institutes of Health (NIH) : un article avec un RCR égal à 1,0 est à la médiane des articles financés par les NIH cette année. Les NIH donnent accès au RCR et au percentile des articles indexés dans la base de données bibliométriques PubMed sur un site web. La description du RCR est dans PLOS Biology. Le site iCite est d'accès libre.

En pratique, des articles, quelle que soit la revue, peuvent avoir un impact important sur la recherche. Ce n'est pas la première recherche qui arrive à cette conclusion, et la discussion de cet article commence ainsi :

Whereas the majority of the papers submitted by candidates for the habilitation or an associate professorship were, by university regulation, published in journals with a JIF that ranked in the upper third of its field, only about 40% of these papers had an RCR percentile in the upper third. Furthermore, 20–25% of the papers that did not meet the requirement for the JIF rank (below 0.66) were, in fact, more impactful than their peers in the co-citation network. Our study thus confirms the findings of the RCR developer’s analysis of 80,000 papers: “Though journals with the highest impact factors have the highest median RCR, influential papers can be found in virtually all journals”. Unsurprisingly, the correlation between the journal-based measure, the JIF, and the article-based measure, the RCR, was weak.

 

Des noms morts ! PLOS accepte les demandes des auteurs transgenres et non binaires d'articles de mettre à jour leurs noms.

Je me garderai bien de donner mon opinion sur un billet du 12 octobre du blog officiel de PLOS. Voici la traduction de ce billet :

Chez PLOS, nous nous engageons à répondre aux besoins de toutes les communautés de recherche afin d'améliorer la diversité, l'équité et l'inclusion. L'une des préoccupations de certains de nos auteurs transgenres et non binaires concerne les changements de noms et la manière dont ceux-ci sont reflétés dans les archives universitaires. En particulier, les noms attribués aux personnes transgenres ou non binaires à la naissance peuvent représenter un stigmate, et ces noms sont parfois appelés des noms morts.

Bien que les auteurs puissent eux-mêmes changer leur nom sur leur profil ORCiD, les changements apportés à leur dossier universitaire publié sont difficiles à mettre en œuvre car, traditionnellement, les changements se limitent à la correction des erreurs de l'auteur ou de l'éditeur. Nous pensons qu'il n'y a pas de raison que cela constitue un obstacle. La publication d'une étude universitaire est une réalisation dont les chercheurs peuvent être fiers, et il est important que le nom qui figure sur le document reflète l'identité des auteurs. Par conséquent, dans toutes les revues PLOS, nous allons maintenant honorer les demandes des auteurs transgenres et non binaires d'articles publiés de mettre à jour leurs noms.

Les articles concernés seront "republiés", ce qui signifie qu'ils seront entièrement remplacés en ligne, et que leurs métadonnées d'indexation (qui affectent la façon dont la liste des auteurs apparaît dans PubMed, Web of Science, Google Scholar, etc. ) devraient ensuite être mises à jour en conséquence. Cela remplace entièrement le nom de l'auteur, tout en garantissant que les informations de citation telles que le DOI de l'article restent les mêmes. Toutes les citations précédentes de l'article restent valables. Afin de préserver la vie privée de l'auteur, aucun avis de changement de nom ne sera joint à l'article remplacé.

Nous nous efforçons de soutenir nos auteurs et d'aborder les questions relatives à l'égalité et à l'inclusion, et nous accueillons avec plaisir toute demande de renseignements de la part d'auteurs transgenres désireux de mettre à jour les noms de leurs publications passées. Les auteurs ne sont pas obligés de le faire, c'est à leur entière discrétion. Pour lancer ce processus, il suffit de nous envoyer un courriel au bureau de la revue concernée. Ce qui compte pour nous, c'est la personne qui a écrit l'article, et nous voulons nous assurer que le dossier universitaire publié reflète leur identité exacte.

* Pour la non-binarité, regardez Wikipedia.

Créer des revues 'filles' pour maximiser le savoir faire, recycler des articles refusés.. en optimisant des marques à forte notoriété

Cette stratégie est connue, et je cite souvent des créations de revues dans certains groupes. La médecine est un domaine où ces stratégies marchent. Avec les revues du groupe Nature, le JAMA, le BMJ, The Lancet ont depuis 20/30 ans créé des revues avec la marque du titre phare et en général, la notoriété arrive... Pour le JAMA, ce sont d'abord les revues Archives of qui ont été renommées JAMA, avant de créer de nouvelles revues. Est-ce le métier et les compétences des rédacteurs qui arrivent à ces succès ? Ils trasnfèrent leur savoir-faire à d'autres rédactions. La notoriété (facteur d'impact), l'audience et les revenus suivent dans un environnement très compétitif. L'analyse de M Kelfaoui et Y Gingras, disponible en accès libre sur le site du CIRST de Montréal, est passionnante, bien faite et exhaustive. le titre est adapté : Transformer un capital symbolique en capital économique en optimisant les marques de revues scientifiques. En fait rien de différent des pratiques d'autres secteurs, par exemple Nestlé qui a créé Nesquick, Nestea, Nescafé, Nespresso...

L'histoire des grandes revues est reprise en détail, avec les dates, en montrant que depuis 10 ans, le phénomène s'accélère. La figure ci-contre (voir page 8 du document) illustre la création des revues par les principaux groupes et Nature, ACS (American Chemical Society), BMJ sont en tête par leur volume de revues filles. Un tableau montre que ces revues sont rapidement dans le top 10 des revues de la même spécialité, montrant la valeur du nom. Mais pour le groupe JAMA, 5 revues ont perdu de la notoriété en changeant de nom.

Les articles refusés par le titre phare sont en général recyclés dans le groupe, avec par exemple la cascade : Nature, puis Nature journals, puis Nature Communications, puis Scientific Reports. Depuis 2014, ce groupe a lancé des revues npj (Nature Partner Journal) en accès ouvert, comme npj Breast Cancer par exemple. Ce sont des partenariats avec des institutions (Chine, Australie, Arabie Saoudite en tête).

 

 

 

 

 

 

 

Revitaliser un fantôme : l'OFIS devrait être indépendant, malgré une ministre très frileuse en matère d'intégrité scientifique

Le Monde a mis en ligne le 13 octobre 2020 une tribune signée par près de 90 Sociétés savantes...  pour passer un message aux Parlementaires qui préparent la Loi de Programmation de la Recherche (Cahier Sciences & Médecine daté 14 octobre). Le titre ci-contre résume le message.

Si vous voulez la liste des signataires, la voici.

Depuis la signature de la Charte de déontologie des métiers de la recherche en 2015, des progrès timides ont été faits en matière d'intégrité de la recherche. La COVID-19 a très clairement montré que des convenances sociales ont laissé se propager des mensonges par des chercheurs. La Science ouverte ne marche pas : exiger les données sources des recherche pour les évaluer ne marche pas à Marseille ! Des scandales auraient été amortis si les données avaient été publiques ! L'OFIS (Office Français de l'Intégrité Scientifique) n'a aucun pouvoir, et la ministre Vidal ne semble pas préoccupée...

Un paragraphe de cette tribune du Monde est clair : La loi doit citer explicitement la promotion de l’intégrité scientifique dans les missions des établissements publics de recherche et d’enseignement supérieur. Elle doit donner à l’Office Français de l’Intégrité Scientifique, récemment créé, une réelle autonomie d’action et d’expression, ainsi que les moyens financiers et les prérogatives nécessaires à l’accomplissement de ses missions. Il faut qu’il puisse instruire tout dossier relatif à l’intégrité scientifique et publier librement ses avis. Il faut enfin qu’il puisse saisir la justice et demander aux tutelles de prendre des sanctions universitaires et professionnelles en cas de méconduite.

Des zones d'ombres existent. Des articles de Mme la ministre F Vidal auraient des images embellies... l'un a été rétracté par ses co-auteurs... mais personne n'avait l'adresse de Mme la ministre pour savoir ce qu'elle en pense ! Est-ce que Mme la Ministre couvre des pratiques frauduleuses ? Donc elle n'est pas très motivée pour développer l'intégrité... des gels auraient été dupliqués dans des articles, et Leonid Schneider a détaillé ce cas. Que Mme Vidal ait embellie des images dans une publication n'est pas grave.. Qu'elle cache ce que les co-auteurs receonnaissent... est-ce mentir ?

Pandémie 2020 : ouvrage collectif d'environ 170 auteurs, sous la direction de Emmanuel Hirsch.. Excellent

Cet ouvrage collectif (24 €, 872 pages !) apporte des réflexions sur cette période que nous avons vécue en 2020. Les chapitres ont été écrits par des experts de spécialités très différentes, et essentiellement pendant la pandémie.

Voici un extrait de la 4ème de couverture : C’est au coeur de la crise, devant les lendemains incertains, quand le surplus d’informations condamnait au silence toute analyse, qu’une équipe de cent chercheurs rassemblés autour de l’éthicien Emmanuel Hirsch a décidé d’engager la réflexion. De la philosophie à l’anthropologie, de l’économie à l’épidémiologie, de la sociologie aux sciences politiques, ils retracent pour nous ce qu’est l’expérience d’un inattendu qu’il nous faut désormais penser, intégrer et surmonter ensemble.

Certains auteurs ont collaboré au site Ethique Pandémie pendant la pandémie, et ont pu reformuler leurs billets. D'autres sont de nouveaux auteurs. Il s'agit de thèmes sur des enjeux éthiques et sociétaux avec parties :

1. La médecine, le soin et l'accompagnement en première ligne avec : 1) Décider aux limites de la réanimation (9 chapitres) ; 2) EHPAD et grand âge, ce que les vulnérabilités signifient (5 chapitres) ; 3) Repenser les fins de vie (1 chapitre) ; 4) Urgence éthique du soin (2 chapitres) ; 5) Valeur de la santé et justice en situation contrainte (6 chapitres).
2. Mobiliser la société, l'informer et agir ensemble avec : 1) Communiquer dans l’immédiat et l’incertain (4  chapitres) ; 2) Une intelligence de l’action (7 chapitres).
3. Vivre en temps de pandémie avec : 1) À juste distance de l’autre (7 chapitres) ; 2) Se confiner, être isolé (4 chapitres).
4. Nos urgences sociales avec : 1) Préserver le lien social (3 chapitres) ; 2) Plus vulnérables que d’autres ? (6 chapitres).
5. Enfermement, mort et deuil avec 1) Une pandémie n’autorise pas tout (2 chapitres) ; 2) Maintenir une présence, initier d’autres rites (4 chapitres).
6. Recherches biomédicales et technologies du numérique, entre promesse et dilemnes avec : 1) La recherche urgente de thérapeutiques, les règles de bonnes pratiques (6 chapitres) ; 2) Risques sociétaux acceptables de la surveillance numérique (5 chapitres).
7. Valeurs engagées, valeurs éprouvées avec 7 chapitres.
8. Leçons de démocratie avec 5 chapitres
9. Enjeux internationaux avec 6 chapitres
10. Après la pandémie avec 8 chapitres.

Je remercie E Hirsch et les éditions du Cerf qui m'ont permis d'héberger la table des matières et la liste des auteurs.

Liens d'intérêts : j'ai écrit un chapitre

 

 

 

COVID-19 : le NEJM, politiquement correct, s'énerve contre Trump, car les USA ont très mal géré la pandémie

Le New England Journal of Medicine (NEJM), qualifié de pravda des chercheurs, n'a pas l'habitude d'avoir des positions politiques opposées au gouvernement. L'éditorial du 8 octobre 2020 mérite lecture attentive tant il est critique envers la politique de Trump, en prenant la défense des agences publiques américaines (FDA, CDC, NIH) sous la coupe de l'administration. Il est signé 'The Editors' et suit des pratiques d'autres revues comme The Lancet avec des éditoriaux engagés. Les rédacteurs connaissent bien les maladies infectieuses, en particulier le rédacteur en chef. Cet éditorial est traduit en chinois ! Voici le deuxième paragraphe :

L'ampleur de cet échec est étonnante. Selon le Johns Hopkins Center for Systems Science and Engineering1, les États-Unis sont en tête du monde pour le nombre de cas de Covid-19 et de décès dus à la maladie, dépassant de loin les chiffres de pays beaucoup plus grands, comme la Chine. Le taux de mortalité dans ce pays est plus de deux fois supérieur à celui du Canada, dépasse de près de 50 % celui du Japon, un pays dont la population est vulnérable et âgée, et dépasse même de près de 2000 % les taux des pays à revenu moyen inférieur, comme le Vietnam. Le problème de la Covid-19 est un défi écrasant, et de nombreux facteurs contribuent à sa gravité. Mais celui que nous pouvons contrôler est la manière dont nous nous comportons. Et aux États-Unis, nous nous sommes toujours mal comportés.

Les deux pages sont cinglantes...  avec aussi l'emprise de l'administration Trump sur les agences, avec une pression pour avoir des traitements et vaccins. La FDA ne répond plus aux preuves scientifiques ! Cela rejoint un éditorial, pas très méchant, du JAMA montrant que l'administration contrôle la revue scientifique en épidémiologie MMWR.

Notons que le même jour, le NEJM a publié l'essai Recovery montrant l'inefficacité de l'hydroxychloroquine avec 1 561 patients traités versus 3 155 avec soins courants. Résultat principal sans appel : "Death within 28 days occurred in 421 patients (27.0%) in the hydroxychloroquine group and in 790 (25.0%) in the usual-care group (rate ratio, 1.09; 95% confidence interval [CI], 0.97 to 1.23; P=0.15). Consistent results were seen in all prespecified subgroups of patients. The results suggest that patients in the hydroxychloroquine group were less likely to be discharged from the hospital alive within 28 days than those in the usual-care group (59.6% vs. 62.9%; rate ratio, 0.90; 95% CI, 0.83 to 0.98). Among the patients who were not undergoing mechanical ventilation at baseline, those in the hydroxychloroquine group had a higher frequency of invasive mechanical ventilation or death (30.7% vs. 26.9%; risk ratio, 1.14; 95% CI, 1.03 to 1.27). There was a small numerical excess of cardiac deaths (0.4 percentage points) but no difference in the incidence of new major cardiac arrhythmia among the patients who received hydroxychloroquine."

PS du 16 octobre : Bonne analyse de Johanne Montay, sur la radio belge en citant d'autres revues prenant partie pour J Biden.

 

 

 

 

 

COVID-19 : bravo à la SFPT qui s'est adressée avec succès au grand public, avec 164 questions / réponses

Je me suis ému de l'avenir des Sociétés savantes médicales qui sont dans un environnement complexe, et j'ai regretté leur peu de place dans le débat public monopolisé par quelques beaux parleurs s'exprimant en dehors de leurs compétences. L'exemple de la SFP ou Société Française de Pharmacologie et de Thérapeutique montre que je me trompe. La SFPT a dès le début du confinement publié sur son site des questions réponses pour le public.

Cette expérience est décrite en détail dans un article du 9 octobre 2020 des Actualités Pharmaceutiques : "Genèse d’un site d’information sur le bon usage du médicament au cours de la pandémie". Bon article sur cette expérience. Je reprends seulement les points clés, mais ce n'est pas suffisant pour voir le travail accompli :

• Il existe un besoin d'informations fiables sur le médicament, notamment en période de crise sanitaire
• La Société Française de Pharmacologie et de Thérapeutique a développé précocement un important site d'information relatif au médicament et à la COVID-19 mis à jour en continu
• Cette initiative a été le fruit d'une collaboration exceptionnelle des pharmacologues, des thérapeutes, des pharmaciens cliniciens, des centre de pharmacovigilance, de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé et de la Direction générale de la santé
• Avec 154 658 consultations en cinquante-six jours, cet outil semble avoir répondu à un besoin
• De nombreux médecins et pharmaciens ont recherché une information synthétique et ont donc consulté le site, initialement destiné au grad public.

Dommage que les journalistes n'aient pas utilisé ce site !!! Il y a 164 questions / réponses en ligne.

La SFPT a publié plusieurs articles sur la COVID-19, dont une analyse de l'hydroxychloroquine dans la COVID-19 dans la revue Thérapies (article paru le 18 mai 2020). Un autre article est à signaler dans Thérapies en août 2020 : "Ultrafast response of the French Society of Pharmacology and Therapeutics to the COVID-19 pandemic". Le numéro 4 de thérapies est consacré à la COVID-19.

Revues prédatrices : un poster et un dépliant en français, à diffuser dans votre environnement BRAVO

C'est une initiative de la CIDMEF (Conférences International des Doyens des Facultés de Médecine d'Expression Française) portée avec des partenaires : le SPEPS (Syndicat de la Presse et de l'Edition des Professions de Santé) l'AUF (Agence Universitaire de la Francophonie), et le CAMES (Conseil Africain et Malgache pour l'Enseignement Supérieur). Nous remercions Elsevier pour les aides techniques. Deux documents peuvent être diffusés : un dépliant à imprimer et donner aux étudiants ; une affiche pour les murs des facultés et hôpitaux....  Nous avons travaillé avec un petit groupe international, et des ppt sont en discussion... C'est du boulot car les relectures et la coopération améliorent les documents. Il faut être clair en disant le maximum avec des mots simples. Merci à tous ceux qui ont relu. Si vous voyez des fautes, merci de prévenir.

Voici le poster qui pourra être inséré dans les revues scientifiques en C4 ! Voici le dépliant.

Le texte de ce dépliant est une adaptation de la « Liste de vérification pour reconnaître les revues trompeuses » par the Office of the Vice-President, Research and Innovation et University of Toronto Libraries sous licence CC-BY 4.0, réalisée sous l’égide du comité scientifique de la CIDMEF par un groupe de travail sur les revues prédatrices. Le graphisme a été réalisé par Pierre Finot. Le présent document est diffusé sous licence CC-BY 4.0.

Ces documents ont vocation à être portés par les Sociétés savantes qui s'occupent de la gestion des savoirs.

Pour en savoir plus, j'ai une centaine de billets sur ce sujet des revues prédatrices.

Alors que les doyens s'activent très bien contre les revues prédatrices, j'ai un truc pas très drôle, : un ancien doyen de Montpellier a publié dans une revue prédatrice, mais ne fait rien pour se faire pardonner !!!  C'est faux : il s'active, avec son avocat, pour me chercher des noises. Je vous tiendrais informés.

Lien d'intérêt : j'étais membre du groupe de travail.

Nos systèmes de formation n'arrivent pas à faire progresser l'intégrité de la recherche

Le Journal of Empirical Research on Human Research Ethics (et oui, c'est le titre de la revue) a mis en ligne le 12 juin 2020 un article explorant l'intégrité de la recherche chez des doctorants en facultés de médecine scandinaves.

Voici le résumé traduit : Cette étude porte sur l'intégrité de la recherche chez les doctorants en sciences de la santé de trois universités de Scandinavie (Stockholm, Oslo, Odense). Un questionnaire comportant des questions sur les connaissances, les attitudes, les expériences et le comportement a été distribué aux étudiants en doctorat et a obtenu un taux de réponse de 77,7 %. Environ 10 % des répondants ont convenu que les inconduites en matière de recherche strictement définies (telles que la fabrication, la falsification et le plagiat, FFP) sont courantes dans leur domaine de recherche, tandis qu'un peu plus d'entre eux ont convenu que d'autres formes d'inconduite sont courantes. Une partie non négligeable des répondants était prête à fabriquer, falsifier ou omettre des données contradictoires s'ils estimaient avoir raison dans leurs conclusions générales. Jusqu'à un tiers des personnes interrogées ont déclaré avoir ajouté un ou plusieurs auteurs non mérités. Les résultats ont montré une corrélation négative entre les "bonnes attitudes" et les cas de mauvaise conduite signalés par les répondants, et une corrélation positive entre la fréquence à laquelle les répondants pensent qu'il y a mauvaise conduite et le fait qu'ils la signalent eux-mêmes. Cela révèle que les systèmes d'éducation et de recherche existants ne parviennent pas à promouvoir l'intégrité de la recherche.

COVID-19 : 13 points de vue des rédacteurs des JAMA spécialités et un éditorial... bonnes synthèses

C’est original et intéressant. Le numéro 12 du JAMA de septembre 2020 publie 13 points de vue sur la COVID-19 signés par des experts ou des rédacteurs de chaque JAMA de spécialité.

Le point de vue de JAMA Network Open and COVID-19 a quelques chiffres. Cette nouvelle revue purement open access (avec des FTA ou APC de 3000 $ par article) marche bien. Cet édito dit que plus de 130 000 articles SARS-CoV-2 ou COVID-19 ont été publiés depuis janvier 2020. Cette revue qui publie 5 jours sur 7  a 40 % de soumissions provenant hors des USA, avec chinois en tête. JAMA Network Open devrait publier 1 350 articles en 2020 (un peu plus de 5 par jour ouvrables), et ils ont environ 900 manuscrits soumis par mois….   Donc un taux d’acceptation de moins de 10 %...  à vérifier…

Les titres des autres éditoriaux sont : Surgery and COVID-19, Internal Medicine and COVID-19, Oncology and…, Dermatology and.., Ophthalmology and…, Psychiatry and..., Neurology and..., ORL & Neck surgery, Cardiology and…, et aussi en Pédiatrie, en Néphrologie,.. et les rédacteurs du JAMA Health Forum lancé le 23 janvier 2020 s'expriment.

Un éditorial reprend tous ces points de vue, et s’intitule The COVID-19 pandemic and the JAMA Network. Cet édito liste 22 questions majeures qui n’ont pas de réponse…   à consulter, et se termine par trois réflexions :

• les risques de l’infodémie et autres fakenews,
• les vulnérabilités des systèmes de soins publics et privés avec les coûts de la santé,
• les mauvaises réponses du système américain de santé publique à cette pandémie.

Il n’y pas de JAMA (anciennes revues Archives of de l’AMA) dans toutes les disciplines, par exemple en rhumato, diabète, etc... comme pour les revues des groupes Lancet ou BMJ.

Les résumés sous forme d'images deviennent fréquents dans les articles des revues médicales... une exigence en plus

Depuis un an environ, des revues médicales prestigieuses, proposent aux auteurs d'ajouter une image décrivant la recherche. C'est en général un complément du résumé, et parfois cette image remplace les highlights, ou les 'take-home messages'. Par exemple une image du JAMA Internal Medicine est reprise dans ce billet. Il y a de plus belles images que celle-ci qui est une étude dite négative avec un titre vague. Les revues de spécialités médicales commencent à proposer ces résumés sous forme d'images. Selon les revues, il peut s'agir d'une image de l'article ou d'une image résumant tout l'article. Cette image peut-être ou non reprise dans l'article.

Par exemple 'European Heart Journal' a ajouté des ses instructions aux auteurs des paragraphes :

• The European Heart Journal strongly encourages all authors to submit a graphical abstract as part of the article, in addition to the text abstract. More information can be found here. Graphical abstracts serve to enhance the impact and engagement of your article and may appear on the front cover of the EHJ.
• The graphical abstract should clearly summarize the focus and findings of the article, and will be published as part of the article online and in PDF. This can be one of the key images/figures/graphs of the article. The graphical abstract should be submitted for peer review as a separate file, selecting the appropriate file-type designation in the journal’s online submission system.
• The file should be clearly named, e.g. graphical_abstract.tiff, video_abstract.mp4.Please ensure graphical abstracts are in landscape format.
• *Graphical abstracts have now replaced the ‘take-home figure’

Et pour Eur Heart J, il y a : 'One-sentence Summary': short non-technical summary stating the novelty of the article in simple language. Please use the third person, not first person (i.e. do not use 'I' or 'we').

Statistiques dans les articles : mauvaises, de pire en pire avec le temps, nous le savons tous et rien ne change

On peut se demander à quoi servent les alertes fréquentes sur la très mauvaise qualité des analyses statistiques des articles scientifiques. Beaucoup de billets de ce blog attestent de la mauvaise qualité des statistiques. Cet article de PlOS One du 1 octobre 2020 est signé par Stephen Goodman (Stanford, METRICS), très connu pour ses alertes sur la mauvaise qualité des statistiques. Il avait fait une enquête similaire en 1998, et celle-ci est de 2017. Les statistiques semblent correctes dans cet article et la figure reprise à droite est bien faite.

Les messages importants :

• la mauvaise qualité des statistiques dans les articles scientifiques est connue
• bien que les alertes et documentations soient plus nombreuses, il n'y a pas eu d'améliorations en 20 ans
• la plupart des rédacteurs reconnaissent l'intérêt d'une analyse par un relecteur statisticien...  mais rien ne change
• compte tenu des ressources insuffisantes en statisticiens, c'est l'intelligence artificielle qui nous aidera
• dans la moitié des cas, une analyse statistique supplémentaire n'augmente pas, ou augmente de 7 jours la durée du processus d'évaluation par les pairs
• les taux de réponse à ces enquêtes sont bas (34 %) dans cet article.. qu'en penser ?

Voici le résumé traduit de cet article : Les résultats dans le domaine de la recherche biomédicale sont généralement issues d'analyses statistiques. Cependant, une mauvaise utilisation ou une mauvaise compréhension des procédures et des résultats statistiques imprègne la littérature biomédicale, ce qui affecte la validité de ces allégations. Une des approches adoptées par les revues pour résoudre ce problème est de faire appel à des experts en statistiques. Il est intéressant de savoir combien de revues le font, comment l'examen statistique est intégré et comment sa valeur est perçue par les éditeurs. Nous présentons ici une version élargie d'une enquête menée il y a plus de 20 ans par Goodman et ses collègues (1998) dans le but de caractériser les politiques contemporaines de révision statistique dans les principales revues biomédicales. Nous avons reçu des réponses recevables de 107 des 364 (28%) revues étudiées, dans 57 domaines, principalement de la part des rédacteurs en chef. 34 % (36/107) utilisent rarement ou jamais une analyse statistique spécialisée, 34 % (36/107) l'ont utilisée pour 10 à 50% de leurs articles et 23 % l'ont utilisée pour tous les articles. Ces chiffres ont peu changé depuis 1998, en dépit d'une inquiétude croissante quant à la validité des recherches. La plupart des rédacteurs considèrent que la révision statistique a une valeur ajoutée substantielle au-delà de la révision régulière par les pairs et se disent relativement peu préoccupés par l'augmentation potentielle du temps de révision, du coût et de la difficulté à identifier des réviseurs statistiques appropriés. Il est nécessaire d'améliorer la formation statistique des chercheurs et de trouver différentes façons d'utiliser l'expertise statistique. Plusieurs propositions sont examinées.

COVID-19 : bientôt 2 000 revues systématiques enregistrées sur Prospero... sans compter les revues confidentielles

Les protocoles des revues systématiques doivent être enregistrés avant de faire le travail. Enregistrer un protocole est un gage de qualité qui oblige les chercheurs à bien réfléchir au projet et prévient les embellissements en cours de travail. Le registre des revues systématiques, basé à York en Angleterre, s'appelle PROSPERO. Ce registre a créé un espace dédié au COVID-19...  A la date du 1 octobre 2020, il y a 1 725 protocoles enregistrés pour des revues systématiques. L'image ci-contre a des bulles selon les thématiques des revues systématiques.

Qu'en penser ? Toutes ces revues systématiques ne donneront pas lieu à publication, mais le pire ce sont les redondances, les duplications, etc... Je vous suggère de lire ce bon article de JCE à ce sujet.

• Étant donné le besoin urgent de réponses crédibles aux questions hautement prioritaires concernant les impacts sanitaires et sociaux de la COVID-19, de nombreux chercheurs cherchent à apporter leurs compétences et leur expertise avec des revues systématiques.
• Plutôt que de se lancer dans des revues inutiles et redondantes, nous encourageons la communauté qui réalise des synthèses de données probantes à donner la priorité à la reproduction délibérée de revues systématiques de données probantes pertinentes pour COVID-19.
• Bien sûr, répliquer des revues systématiques est utile... mais faire n'importe quoi est du gaspillage.

Nous assistons à des compétitions de méta-analyses, revues systématiques faites trop vite, et avec des idéologies. Faire une revue systématique demande du temps (un an ?), des moyens, des compétences dont celles de documentalistes, etc... et il faut attendre les essais randomisés contrôlés qui apportent des données probantes. Par exemple, encore un bon essai dans le JAMA Internal Medicine le 30 septembre 2020 avec le titre : "Efficacy and Safety of Hydroxychloroquine vs Placebo for Pre-exposure SARS-CoV-2 Prophylaxis Among Health Care Workers". Il a des limites, mais mérite lecture attentive.

Il vaut mieux s'attacher à suivre quelques très bons projets qui évaluent la littérature avec des méthodes de qualité et des moyens. Il en existe, dont un en France.

COVID-19 : manipulation de la prestigieuse revue MMWR par les autorités américaines ?

C’est rare qu’une revue scientifique d’un pays développé soit soumise à un visa du pouvoir politique. Est-ce le cas aux Etats-Unis avec l’administration Trump et COVID-19 ?

Un cri d’alarme est lancé par trois anciens rédacteurs de MMWR (Morbidity and Mortality Weekly Report) publié par les CDC (Centers for Disease Control and Prevention). Ils disent bien qu’ils n’ont pas de preuves, mais ils ont observé des comportements rapportés par des médias. S’ils expriment dans le JAMA du 22 septembre avec prudence, ce n’est pas anodin. Le MMWR a bientôt 60 ans, et c’est une publication de forte notoriété en épidémiologie et santé publique, avec un facteur d'impact de plus de 13.

Voici le début de ce viewpoint : Depuis le 11 septembre, des sources ont rapporté que des personnels du Département américain du ministère de la santé (HHS pour Health and Human Services) ont demandé de relire et réviser des rapports scientifiques sur la COVID-19 à publier dans MMWR. Il semblerait que ces relectures aient déjà retardé des publications et apportés de changements de langage de certains rapports. Il n’y a pas de faits précis dans ce viewpoint, mais prendre ainsi la parole est courageux. Ces observations sont cohérentes avec d’autres rumeurs sur la COVID-19, en citant un autre article du JAMA.

La manipulation de revues scientifiques par des pouvoirs autoritaires existe encore !

Le directeur de l’IHU Méditerranée a effectivement cosigné plus de 3 000 articles et études. Ce qui ne veut pas dire qu'il les a «écrits».

J'ai été très étonné quand j'ai vu des Parlementaires naïfs gober sans commentaires les dires du druide de Marseille. Il se vante d'avoir signé au moins 3 500 articles scientifiques (sans compter des éditos, rubriques dans des magazines divers). Eh oui, le public est admiratif car il ne sait pas que c'est un comportement autoritaire vis à vis de jeunes collègues chercheurs considérés comme des esclaves.

Le nouveau, c'est que nous devons féliciter les journalistes scientifiques qui font leur travail, en l'occurence Mathilde Roche qui a écrit un bon article sur CheckNews, supporté par Libération, publié le 22 septembre 2020. BRAVO. Vous pouvez lire ici sa contribution J'ai repris le titre de son article écrit en réponse à une question de Thomas (16 septembre). En lisant, vous noterez que le druide ramène 11 millions d'euros par an à l'AP-HM grâce au merveilleux système SIGAPS.

Il raconte qu'il a co-signé environ 50 articles sur la COVID-19, soit bien plus que tous les autres ! NUL ?

 

Radio France internationale

Dans l'émission 'Priorité Santé' du 22 septembre sur RFI, nous avons évoqué cette obésité des curriculum des chercheurs. Avec Bruno Toussaint (La Revue Prescrire), Stéphane Gaudry (médecine intensive réanimation, Bobigny), nous avons été interrogés par Caroline Paré qui avait bien préparé l'émission avec son équipe. Nous avons évoqué le druide de Marseille, et parlé du LancetGate, etc....

Les bons messages arrivent à destination du grand public, mais il faudra du temps pour expliquer que ces pratiques sont douteuses... Pour les 3 500 publications, j'appelle cela avoir les mains sales, car l'exemple montré aux jeunes chercheurs et au public est piteux. Je préfère le CV de Rubin, infectiologue de Harvard devenu rédacteur en chef du New England Journal of Medicine avec 147 articles sur son CV !

Une rétractation due à une demande d'accès aux données sources.. mais l'article était bizarre

La course à la publication des auteurs, la recherche de scoop par les revues conduisent à des publications aussi bizzares que cet article dont les résultats étaient : "Dans l'étude 1, nous avons constaté que les personnes ayant un niveau d'intelligence générale plus élevé se montraient plus ouvertes à l'utilisation de préservatifs. Dans l'étude 2, nous avons constaté que les personnes ayant un niveau d'intelligence générale plus élevé étaient plus susceptibles d'utiliser des préservatifs dans un scénario d'offre sexuelle, mais seulement lorsqu'elles étaient exposées à la menace d'une nouvelle IST, le VIH." Le titre de l'article est : "No glove, no love: General intelligence predicts increased likelihood of condom use in response to HIV threat".

L'article a été publié dans une revue appelée PAID (Personality and Individual Differences) et mis en ligne le 11 janvier 2020. La notice de rétractation signale que c'est en ré-analysant les données à la demande d'un lecteur que les auteurs ont découvert des erreurs : "Cet article a été rétracté à la demande du rédacteur en chef de la rubrique PAID après que des inquiétudes aient été soulevées quant à la véracité des données et des analyses. En réanalysant l'ensemble des données, les auteurs et un lecteur de la revue ont identifié plusieurs erreurs qui ont été commises lors du calcul de certaines des variables agrégées dans cette étude. Ces erreurs ont eu un impact sur les résultats et les conclusions de l'article. Ainsi, dans le meilleur intérêt de la science, de la création/diffusion de connaissances et des normes de publication, le rédacteur en chef a conclu qu'il était nécessaire de retirer l'article. Les auteurs présentent leurs excuses les plus sincères pour ces erreurs".

Combien d'articles devraient être rétractés si des ré-analyses des données étaient faites ?

Des détails ont été décrits sur RetractionWatch. Cet article avaient des citations prêtant à discussion... dont certains déjà rétractés comme celui de Rushton & Templer. Voici : Le comité de rédaction cherche peut-être à nettoyer la revue, car un autre article de 2012 a été rétracté, alors que les deux auteurs sont morts ! Ils ne peuvent être consultés pour savoir sur quoi reposait leur revue générale. La cause de la rétractation est : "Rushton & Templer (2012) contend that animal studies show that dark skin pigmentation is reliably related to increased aggression and sexual activity. They speculate that the same may be true in humans, and claim that the psychological literature supports this contention that is grounded in evolutionary theory. Their thesis is that genetic differences, related to darkness of skin colour, explain supposed racial differences in sexual behaviour and violence."

La revue PAID a été créé par un rédacteur très contesté, dont des articles ont été rétractés !

Faux positif : le NEJM serait-il la pravda des chercheurs ? Oui, pour T Dalrymple

Dans ce livre présenté hier sur ce blog, j'ai aimé les remarques acerbes de l'auteur, mais je ne peux en reprendre que très peu. Le sous-titre de False Positive est : "A Year of Error, Omission and Political Correctness in the New England Journal of Medicine". Dans la présentation de l'éditeur, il y a un commentaire : "Il démontre que les conclusions de nombreux documents qu'il contient sont non seulement erronées, mais aussi manifestement erronées - bien que, faute de temps, de nombreux médecins ne les examineront pas de près et seront donc considérés comme faisant autorité. Dans certains cas, on soupçonne une réelle corruption. Il y a des erreurs de raisonnement et des omissions évidentes, apparemment non détectées par les rédacteurs." L'auteur regrette souvent la façon dont sont lus les articles : résumé et conclusions suffisent pour la plupart des lecteurs. Dans False Positive, il cite des extraits courts d'articles.

Dans le premier chapitre, c'est le numéro du 12 janvier 2017 du NEJM, il y avait un article sur l'élimination du choléra à HaÏti. L'auteur cite le comportement du Lancet et du NEJM qui ont refusé de publier les bons articles sur l'épidémie de 2010. L'auteur rend hommage ensuite à Renaud Piarroux qui a publié un excellent 'polar' sur le choléra à Haïti. Dans ce même numéro, un article sur le dépistage du cancer colorectal qui l'a convaincu de ne pas se faire dépister !

Ne comprenant pas l'abréviation LGBTQ (page 18 du livre), il propose 'LGBTQFNPI' pour Lesbian, Gay, Bisexual, Transsexual, Queer, Fetishist, Necrophiliac, Polygamist, Incestophile avec un certain humour. Sur un bon article à propos des registres d'essais cliniques, il regrette de ne pas avoir un listing des essais qui contribuent au progrès !

Ses commentaire sur les cas cliniques traduisent son étonnement de voir que les discutants trouvent souvent les bons diagnostics, et que souvent les malades meurent ! Plusieurs fois, il remarque des erreurs et s'étonne d'essais randomisés contrôlés industriels sur de petits effectifs dont l'objectif n'est pas uniquement scientifique.

Un des souhaits de l'auteur : "J'espère que les lecteurs se rendront compte à quel point la recherche médicale est complexe et difficile, et qu'ils resteront sceptiques face aux découvertes médicales rapportées dans les médias grand public."

Faux positif : les balivernes de 2017 du NEJM commentées chaque semaine ... mais NEJM reste une revue prestigieuse

Ce livre est très original, écrit par un psychiatre anglais, Anthony Daniels, sous un pseudonyme, Theodore Dalrymple. Il a écrit d'autres livres, et a un humour sarcastique. False positive a 280 pages, publié par un éditeur américain, Encounter Books, en 2019.

Dans un billet sur American Thinker, il y a un commentaire de l'auteur : "J'ai été encouragé à écrire ce livre après que mon neveu, qui est étudiant en médecine à Paris, m'ait demandé mon aide avant l'examen qu'il était sur le point de passer pour lire un article de recherche médicale." Ce blog a quelques exemples du livre.

J'ai aimé ce livre qui a un chapitre par numéro du New England Journal of Medicine du 12 janvier 2017 au 4 janvier 2018, the NEJM publiant un numéro chaque jeudi. Pour chaque numéro, deux ou trois articles sont commentés avec humour. Il n'est pas nécessaire de se reporter aux articles du NEJM pour suivre les raisonnements de l'auteur.

L'auteur montre clairement que le NEJM est politiquement correct avec une vision très américaine de la médecine. Sans dénigrer le NEJM, l'auteur montre que la médecine moderne est orientée par de nombreuses erreurs, liens d'intérêts, et autres embellissements de la vérité. Il nous appelle à faire attention au contenu du NEJM (ainsi qu'à celui du Lancet, sans donner d'exemples du Lancet), en expliquant ce que nous savons, à savoir que les bonnes recherches validées sont confirmées plus tard dans les meilleures revues de spécialité. Il cite les liens d'intérêts d'un auteur en proposant ce citer les industries avec lesquelles il n'a pas de liens pour faire plus court. Il pense que des erreurs sont publiées en toute connaissance de cause des rédacteurs du NEJM, car il faut faire le buzz. La pandémie de la COVID-19 a apporté des arguments sur ce point.

Il revient plusieurs fois sur les scandales des opiacés (presque soutenus) par les revues, sur le dépistage du cancer de la prostate (il préfère ne pas se faire doser le PSA pour pouvoir mourir en paix avec son cancer), et sur les promesses de ces anticancéreux qui apportent des progrès très marginaux pour les malades, mais des profits majeurs pour les industries. Je reviens demain avec quelques exemples de ce livre.

Science ouverte : une guide intéressant qui nous apprend beaucoup... l'idéal pour la reproductibilité des recherches ?

Sur le site pour la Science Ouverte, nous lisons "La science ouverte est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et -autant que possible- aux données de la recherche". Ce site du Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche est très riche.

J'évoque souvent la Science Ouverte avec des étudiants et jeunes chercheurs, et certains ont besoin d'aide. Le Passeport pour la science ouverte est un guide conçu pour accompagner les doctorants à chaque étape de leur parcours de recherche, quel que soit leur champ disciplinaire. Il propose une série de bonnes pratiques et d’outils directement activables. Je vous incite fortement à le télécharger et prendre le temps de le lire. Il est bien fait en 40 pages. Il a 3 parties :

1. Concevoir sa démarche scientifique de manière ouverte : Utiliser des ressources librement accessibles ; Prévoir la gestion des données ; Travailler de manière reproductible : pour soi, pour les autres ;
   
2. Diffuser sa recherche : Diffuser ses publications en accès ouvert ; Rendre sa thèse librement accessible ; Ouvrir les données de recherche ;
3. Préparer l'après-thèse, rejoindre le mouvement : Des politiques publiques enracinées ; Evaluer la recherche autrement.

Vous apprendrez FAIR, DORA, Sherpa/Romeo, Unpaywall, HAL et bien d'autres concepts...

Les 21 revues du groupe Lancet vont être rigoureuses sur les données sources... et les auteurs signeront-ils par complaisance

C'est une conséquence de la rétractation de l'article de Mehra et al sur COVID-19/HCQ/AZI dans The Lancet en juin 2020. Tous les rédacteurs des 21 revues du groupe Lancet ont signé un éditorial commun le 17 septembre 2020 expliquant des contrôles renforcés lors du peer-review. Ces contrôles auraient dû exister auparavant et quelques revues ont des politiques plus dures que The Lancet. Il est très fréquent que des auteurs n'aient pas vu les données sources, mais quelle en est la fréquence ?

Depuis 2013, les recommandations de l'ICMJE (ex Vancouver group) ont ajouté un quatrième critère aux 3 existants attribuer la paternité d'un article : "Engagement à assumer l’imputabilité pour tous les aspects de la recherche en veillant à ce que les questions liées à l’exactitude ou l’intégrité de toute partie de l’oeuvre soient examinées de manière appropriée et résolues." Nombreuses sont les revues qui ont ajouté un 'data availibility statement' à faire signer aux auteurs montrant qu'ils s'engagent sur l'intégrité et la disponibilité des données de leur recherche. Les auteurs signent mais souvent cette signature est une convenance sociale. The Lancet sera plus rigoureux sur le data sharing statement de l'ICMJE. Ils vont aussi s'assurer que les relecteurs connaissent les méthodes d'analyse des grosses quantités de données.

Voici un extrait de cet éditorial : "Les modifications apportées aux déclarations signées par les auteurs dans le formulaire de déclaration des auteurs exigeront que plus d'un auteur ait directement accédé et vérifié les données figurant dans le manuscrit. Nous exigerons que les auteurs qui ont accédé et vérifié les données sous-jacentes soient nommés dans la déclaration des contributeurs. Pour les articles de recherche qui sont le résultat d'un partenariat universitaire et commercial, l'un des auteurs nommés comme ayant accédé et vérifié les données doit être issu de l'équipe universitaire."

En juillet 2019, The Lancet nous avait questionné à propos du cas Latchman : "Les leaders de la recherche ayant des responsabilités complexes et un temps limité pour la recherche devraient se demander s'il est approprié de continuer à être nommés comme auteurs de travaux menés en grande partie de façon indépendante." Suivez mon regard vers Marseille !

J'ai observé des auteurs français n'acceptant pas ce genre de demande de la part des revues ! ETONNANT !

COVID-19 : les projets sérieux sur les traitements arrivent... convaincre les médias de ne plus servir la soupe aux complotistes

Je ne suis pas toutes les initiatives sur les essais des traitements de la COVID-19, mais je suis impressionné par d'excellents projets qui ont été correctement financés (toujours insuffisamment très probablement). Ils devraient nous faire oublier ces querelles apportées par des chercheurs peu respectueux des bonnes méthodes scientifiques, dont certains ont toujours accès aux médias. J'en retiens trois :

1. Tout d'abord félicitons le leadership français du projet COVID-NMA. Il s'agit d'actualiser les connaissances sur les thérapeutiques et vaccins avec des méthodes rigoureuses de type revues systématiques. Passez du temps sur ce site ! Cet important projet est décrit dans les Annals of Internal Medicine en date du 15 septembre 2020, avec I Boutron (Epidémiologie clinique, Hôtel-Dieu, Paris) comme premier auteur...  Bluffant, extra,... avec beaucoup de chercheurs pour faire ce travail, ouvrir les données et actualiser chaque semaine... L'image ci-contre est reprise de l'article en accès libre des Annals.
2. The LIVING project est le résultat d'une collaboration internationale (leadership danois) qui a publié le 17 septembre 2020 dans PLOS One un article intitulé : Interventions for treatment of COVID-19: A living systematic review with meta-analyses and trial sequential analyses (The LIVING Project). La lecture est intéressante, et le travail semble de qualité.
3. Une pré-publication du 18 septembre 2000 a de nombreux auteurs dont certains prestigieux, comme David Moher, Steven N Goodman, John PA Ioannidis, etc.. avec pour titre Mortality outcomes with hydroxychloroquine and chloroquine in COVID-19: an international collaborative meta-analysis of randomized trials.

Ma sélection n'est pas exhaustive. Il est logique que les bons projets prennent du temps.. bien que tout ceci soit très rapide ! D'autres living systematic reviews devraient apparaître.

Ce qui s'est passé sur le journal de 20 h de TF1 le 19 septembre est impressionnant : une excellente journaliste (Samira El Gadir) a mis en évidence les mensonges de D Raoult et expliqué qu'il n'y avait plus de place pour l'hydroxychloroquine !

Comment gober le fait que 3 500 publications soit le témoin d'une carrière réussie ? C'est avoir les mains sales.

Open, single-blind, double-blind peer-review : choix complexe pour les 96 revues de physique qui vont vers le double-blind

Un billet sur Scholarly Kitchen (10 septembre 2020) nous informe que IOP (Institute Of Physics) a choisi le double-blind pour l'évaluation par les pairs des manuscrits soumis à ses 96 revues. Ces revues vont abandonner le single-blind pour aller vers le double-blind pour fin 2021, d'après le communiqué de presse de IOP. Avant cette décision, IOP a fait une belle enquête auprès de son public qui a eu 1200 réponses (dont 86 % d'hommes, ce qui reflète la population des reviewers !). Une image de cette enquête ci-joint (76 % n'ont pas observé de biais dans le peer review ; ils ne demandent pas de compensation).

Bien comprendre les options aveugles ou ouvertes pour le peer-review est nécessaire, et comprendre que selon les disciplines, les pratiques changent beaucoup. Double-blind ne veut pas dire qu'il y a deux relecteurs ! Double-blind signifie que ni auteurs, ni relecteurs ne sont identifiés par l'autre partie : les relecteurs n'ont pas les noms des auteurs ; les auteurs n'ont pas les noms des relecteurs. C'est beaucoup de travail pour bien faire.

Il existe des données montrant que le double-blind est le modèle le plus honnête, mais pour l'open, il existe aussi des données. L'open review semble plus utilisé dans les domaines de la biomédecine, mais je n'ai pas de données. Les arguments de Kim Eggleton (IOP) sont nombreux dans ce billet : le double-blind protège les femmes auteurs ; les jeunes chercheurs n'aiment pas l'open car ils ont peur que les séniors identifient ceux qui sont critiques ; pas de bonnes réponses à l'argument qui dit que les reviewers identifient les noms des auteurs en cherchant les pré-publications ;.... le double-blind suppose la soumission de deux manuscrits (l'un est anonymisé par les auteurs... en enlevant tous les éléments de reconnaissance..).

Je fais partie de ceux qui pensent que l'aveugle n'est pas éthique et que l'open peer-review doit être développé. Je l'ai pratiqué, avec parfois quelques frottements, mais c'est satisfaisant.

Rétractation bizarre : l'endométriose rectovaginale rendrait les femmes plus attractives ! Vrai ou faux !

Que d'études de faible puissance, sans données probantes, sont publiées par les revues scientifiques. C'est un marché pour les auteurs qui font des carrières, et pour des revues qui doivent vivre ! Toutes ces études rétrospectives apportent des hypothèses, mais jamais de preuves... et nous lisons en permanence ces articles pour en tirer des (fausses) conclusions !

Un article de Fertility and Sterility de 2012 a été rétracté en septembre 2020 à la demande des auteurs, sans explication très claire. Est-ce un nouveau motif pour rétracter ?

Voici la note de rétractation traduite : "Les chercheurs qui ont contribué à cette étude demandent la rétractation de cet article. Nous avons mené l'étude en toute bonne foi et selon une méthodologie correcte. Nous pensons que nos conclusions ont été partiellement mal interprétées, mais nous réalisons en même temps que l'article a pu causer de la détresse à certaines personnes. Le respect des femmes est une priorité pour nous et nous sommes extrêmement désolés du mécontentement que cette publication a suscité".

La lecture de l'article surprend sur le type de recherche...  300 femmes ont été incluses, à partir de 488 femmes dont certaines ont abandonné l'étude pour diverses raisons (parfois car les questions 'sexuelles' les dérangeaint). Donc 3 groupes de 100 femmes : groupe avec endométriose recto-vaginale, groupe avec endométriose péritonéale ou ovarienne, et groupe sans endométriose. Parmi les évaluations, quatre observateurs (2 hommes et 2 femmes) ont évalué l'attractivité de ces 300 femmes sur une échelle de 1 (pas attractive) à 5 (très attractive). Aucun détail sur cette procédure...    Mais le résultat principal était que 31 % des femmes avec endométriose recto-vaginale était 'très attractives ou assez attractives), versus 8 % pour les autres endométrioses et 9 % pour le groupe sans endométriose. Je passe sur quelques évaluations grivoises dans l'article...

Je m'interroge sur l'intérêt de cette recherche et je me demande comment interpréter la rétractation ! Est-ce une recherche qui a été reproduite avec les mêmes résultats ? Combien d'articles similaires mériteraient rétractation ?