Rédaction Médicale et Scientifique

Si vous voulez publier votre thèse de médecine : faites court (45 pages) et choisissez un directeur de thèse expérimenté

Voici la conclusion d'un article des Archives de Pédiatrie en octobre 2020 :

Le taux de publication des thèses des résidents en pédiatrie s'est considérablement amélioré en 20 ans ; toutefois, ces résultats sont issus d'une étude portant sur un seul centre. La publication de la thèse a été associée de manière significative avec une longueur de thèse plus courte et un directeur de thèse plus expérimenté.

Bravo aux auteurs ! Le titre "Medical thesis publication and academic productivity ofpediatric residents at the Medical University of Marseille:Associated factors and evolution over 20 years". Il s'agit d'une analyse portant sur les 148 thèses de médecine soutenues en pédiatrie à la faculté de médecine de Marseille de 1996 à 2015. Les thèses de médecine ne sont pas les thèses de science, et peu d'études ont été faites en France sur leurs taux de publication sous forme d'articles scientifiques. Toutes les bonnes études déjà faites en France sont citées dans cet article.

Les publications ont été recherchées dans PubMed et Google Scholar. Les auteurs n'ont pas cherché à contacter les thésards. Ils ont aussi analysé les publications non liées à la thèse. L'expérience du directeur de thèse a été considérée comme étant le nombre de thèses superviées : est le bon critère ? Mais je n'ai pas mieux. Comment ont été comptées les pages d'une thèse ? Je suppose que les blasblas pour dire que le jury est merveilleux n 'ont pas été considérés dans ce compte. Le travail est bien fait et dans les méthodes, il y a une phrase "All the data collected are made freely accessible to the public on the Internet". C'est dommage que D Raoult ne respecte pas ces bonnes pratiques connues à Marseille !

Il y a beaucoup des données, et de commentaires dans la discussion. Intéressant ! Je me limite aux informations principales :

• 76 internes (51 %) ont publié un article à partir de leur thèse, et ce taux augmente avec le temps ;
• en analyse multivariée, la publication de la thèse a été significativement associée à une longueur de thèse plus courte (43 contre 84 pages [médiane] ; p = 0,009)
• et à un directeur de thèse plus expérimenté dans la supervision des thèses (P = 0,01).

Cela confirme des impressions, des tendances...   Effectivement, il est plus difficile d'écrire une thèse courte (avec des annexes) et qui sera lue plutôt qu'un long pavé qui sera peu lu. Je me suis exprimé sur les thèses et la compétence du directeur de thèse. La plupart des internes témoignent sur un point : ce qui dysfonctionne le plus dans une thèse de médecine, c'est le directeur de thèse.

Il faudrait d'autres travaux de cette qualité pour généraliser. BRAVO aux auteurs, et la lecture est plaisante.

Les comités de rédaction des revues donnent une meilleure satisfaction en virtuel

La pandémie due au SARS-CoV-2 a-t-elle changé le fonctionnement des comités de rédaction des revues scientifiques ?

Vos avis m'intéressent !

C'est un billet posté sur Scholarly Kitchen le 12 novembre 2020 qui aborde cette question, avec une bonne image d'un chien devant un ordinateur et un café ! L'auteur est Angela Cochran, Vice President of Publishing at the American Society of Clinical Oncology. Les revues internationales de Sociétés savantes réunissaient leur comité de rédaction à l'occasion d'un congrès annuel, avec quelques téléconférences dans l'année. Avec l'arrêt des congrès, la pandémie, l'usage des outils de réunions virtuels avec vidéo est devenu plus fréquent. Des revues, des éditeurs ont organisé les comités de rédaction de manière virtuelle et certains y voient des avantages nombreux :

• des meetings conviviaux, plus longs, avec une meilleure participation, sans cravates et/ou costumes
• en préparant très bien, les agendas sont mieux respectés, avec un horaire convenu entre les membres, voire en tenant compte des fuseaux horaires
• quelques apprentissages des outils technologiques, mais tout va mieux avec le temps, et le modérateur doit avoir toutes les présentations pour éviter des gags de dernière minute, et les échanges par le 'chat' sont utiles
• des conversations mieux gérées, avec prises de paroles, sans messes basses de fond de salle, avec possibilité pour l'animateur de couper tous les micros
• des enregistrements faciles et de qualité
• les participants ne sont pas en retard car ils n'ont pas pris l'avion, et ils ne partent pas en avance pour la gare ou l'aéroport
• moins de logistique (repas, déplacements, etc...) donc plus de temps pour les employés en charge de la logistique
• moins chers car pas de déplacements, ce qui est apprécié par les petites sociétés savantes aux ressources imitées

Bien que la participation soit meilleure en nombre et en qualité des discussions, ces réunions virtuelles ne sont pas en place pour toujours, mais un mélange présentiel / distanciel sera peut-être la norme à l'avenir. Nous avons besoin de réseautage, de moments conviviaux autour d'une table, etc....

La revue Nature (Londres) passe en Open Access pour répondre au plan S, avec des FTA de 9 500 € par article

Le plan S, en Europe, lancé en septembre 2018, demande aux éditeurs de publier avec le modèle Open Access. Les auteurs doivent payer des Frais de Traitement des Articles (FTA), ou APC en anglais, et Nature va demander 9 500 € à l'acceptation dès janvier 2021. L'abonnement doit normalement disparaître et le modèle hybride n'est pas accepté par le plan S. Tous les détails et justifications sont dans une news du 24 novembre 2020 : Nature journals reveal terms of landmark open-access option. Tout est très bien détaillé dans cette news, avec la politique du groupe Springer. Les FTA les plus élevés sont de 5 000 € actuellement et passer à 9 500 € est un calcul probablement raisonné. Ce coût serait expliqué par le fait que Nature évalue plus d'articles que d'autres revues. Le groupe Nature, pour d'autres revues, teste un autre système : soumission et si un premier filtre est passé, payer 2 190 € pour partir en peer-review ; l'évaluation oriente vers une revue du groupe, et un FTA de 2 600 € est demandé à l'acceptation. Au total 4 790 € pour Nature Physics par exemple. Il y a des variations possibles selon les revues du groupe Nature. Il y a plusieurs modèles testés pour les FTA et des deals du groupe Nature avec des allemands. Springer a déjà 600 revues en open access et 2020 revues en hybride (abonnement/paywall et articles en accès libre contre des FTA).

Le même jour, la revue Science (Washington, avec un bureau à Cambrige UK) commente cette position de Nature en citant ces FTA et expliquant que le groupe Nature a dit qu'il couvrait les coûts liés aux rédactions de 32 revues Nature. Ils expliquent que la politique plan S correspond à peu d'articles en disant : One analysis found that 35% of papers published in Nature in 2017 acknowledged support from a Plan S funder. Overall, that analysis—by the Clarivate analytics firm based on its Web of Science database—found that only 6% of all scholarly papers published in 2017 received support from Plan S funders. De bonnes réfelxions sur les risques d'avoir deux sortent de chercheurs, à savoir ceux qui peuvent payer et les autres. Il existe néanmoins des possibilités de discount... Science ne dit rien sur sa politique en terme d'open access, mais le plan S est européen.

Est-ce un prix de marché qui sera suivi par d'autres revues ? Est-ce le prix de la notoriété ? Quand on voit les profits de Frontiers et MDPI, on peut se questionner des dérives de l'Open Access... avec des FTAs qui augmentent de 10 ou 20 % par an !

Penser que les Universités vont développer leurs propres revues pour diminuer des coûts des FTAs est bien, mais je ne suis pas convaincu. Faire une revue scientifique est un métier qui n'est pas dans les Universités, où des coûts cachés ne sont pas pris en compte.... Le métier pour faire une revue comprend 102 tâches pour certains. Les Universités vont arriver à faire des revues, et leurs FTAs virtuels ne seront pas calculés en prenant en compte tous les coûts (seront-ils de plus de 5 000 € ou plus élevés ?)...

Publier en anglais est une barrière culturelle et financière pour de nombreux chercheurs

C'est connu : diffuser la science en langue anglaise est un barrage pour des chercheurs non anglophones. Ce sont des difficultés culturelles et financières. Cet article dans PLOS ONE le 16 septembre 2020 apporte quelques informations mais une lettre aurait suffit plutôt qu'un article. Le titre "Disadvantages in preparing and publishing scientific papers caused by the dominance of the English language in science: The case of Colombian researchers in biological sciences". C'est le business de PLOS ONE et d'autres méga-revues : publier si les auteurs payent ! Cet article a des messages dérivés d'une enquête de 44 questions avec 49 participants, doctoriants ou chercheurs colombiens dont la première langue est l'espagnol. L'auteur est basé aux USA, et a les moyens de payer PLOS ONE, contrairement aux doctorants colombiens. Dans l'image ci-dessous, il y a le salaire mensuel moyen des doctorants (947 $) et les coûts pour passer à l'anglais : traduire un article en anglais représente la moitié du salaire mensuel !

Voici la traduction du résumé : "Le succès d'un scientifique dépend de sa production d'articles scientifiques et du facteur d'impact de la revue dans laquelle il publie. Comme la plupart des grandes revues scientifiques sont publiées en anglais, le succès est lié à la publication dans cette langue. Actuellement, 98 % des publications scientifiques sont rédigées en anglais, y compris pour les chercheurs des pays où l'anglais est une langue étrangère. La Colombie est l'un des pays où la maîtrise de l'anglais est la plus faible au monde. Il est donc essentiel de comprendre les désavantages auxquels les Colombiens sont confrontés dans le domaine de l'édition pour réduire les inégalités mondiales dans le domaine scientifique. Cet article quantifie les désavantages qui résultent de l'hégémonie linguistique dans l'édition scientifique en examinant les coûts supplémentaires que la communication en anglais crée dans la production d'articles. Il a été identifié que plus de 90% des articles scientifiques publiés par les chercheurs colombiens le sont en anglais, et que la publication dans une seconde langue crée des coûts financiers supplémentaires pour les doctorants colombiens et entraîne des problèmes de compréhension de lecture, de facilité et de temps d'écriture, et d'anxiété. Le rejet ou la révision de leurs articles en raison de la grammaire anglaise a été signalé par 43,5 % des doctorants, et 33 % ont choisi de ne pas assister à des conférences et réunions internationales en raison de l'utilisation obligatoire de l'anglais dans les présentations orales. Enfin, parmi les services de traduction/révision examinés, le coût par article se situe entre un quart et la moitié du salaire mensuel d'un doctorant en Colombie. Il convient de noter en particulier que nous avons identifié une corrélation positive entre la maîtrise de l'anglais et l'origine socio-économique plus élevée du chercheur. Dans l'ensemble, cette étude montre les conséquences négatives de l'hégémonie de l'anglais qui préserve le fossé mondial dans le domaine scientifique. Bien que le fait d'avoir une langue commune soit important pour la communication scientifique, la création d'alternatives multilingues permettrait de promouvoir la diversité tout en conservant un canal de communication. Un tel effort devrait provenir de différents acteurs et ne devrait pas incomber uniquement aux chercheurs dont l'anglais est une langue étrangère."

Des solutions à cette situation ? Publier dans des revues moins prestigieuses en langues locales, mais il faudrait changer les règles du jeu 'Publish or Perish' dans de nombreux pays. Que des revues acceptent des articles en langue non anglaise. Des revues pourraient inclure les frais de traduction dans les FTA (Frais de Traitement des Articles) de l'Open Access. Des traductions automatiques de type Google Translate ???

Est-ce généralisable à la langue française ?

Soutenons les chercheurs ayant montré l'absence d'efficacité de l'hydroxychloroquine menacés par des pseudo-experts

Dans The Lancet Infectious Diseases, il y a deux lettres qui ne devraient pas exister. Des chercheurs expliquent les menaces qu'ils ont reçu parce qu'ils avaient montré qu'il n'existe pas de données en faveur de l'efficacité de l'hydroxychloroquine pour prévenir ou traiter la COVID-19.

• Suite à la publication le 24 avril 2020 dans le JAMA d'un essai randomisé contrôlé de phase 2 ne montrant pas d'efficacité du diphosphonate de chrloroquine, le denier auteur, Lacerda, de Manaus, Brésil a été menacé de mort et protégé par la police pendant 2 semaines. Les réseaux sociaux se sont agités, avec notamment le fils du président Bolsonaro qui a 2 millions de suiveurs : "a fake study aimed at demonizing the drug". Les menaces de morts ont diminué après la publication dans le JAMA. Quand il a fait part de son étude, M Lacerda a été considéré comme un héros...  mais quand il a communiqué les résultats, les ennuis ont commencé. Tout est détaillé dans The Lancet Infectious DIseases de juin 2020. Il y a aussi un procès qui viendra bientôt devant les tribunaux.
  
• Une autre lettre, commentant cette première lettre, a été publiée le 13 novembre 2020 pour apporter d'autres témoignages de menaces auprès de chercheurs. Cette lettre est signée par des auteurs français et suisses qui ont publié une méta-analyse montrant l'absence d'efficacité de l'hydroxychloroquine : Nathan Peiffer-Smadja, Mathieu E Rebeaud, Anthony Guihur, Yahya Mahamat-Saleh, Thibault Fiolet. Voici un extrait de cette lettre : "Plusieurs auteurs de cette méta-analyse ont subi une violente campagne de cyber-harcèlement sur les réseaux sociaux, recevant des centaines d'insultes, des messages xénophobes, des appels téléphoniques anonymes et des intimidations, y compris des menaces de mort. Ces actions ont été accompagnées par le partage public des coordonnées, y compris l'adresse postale des auteurs, sur les groupes Facebook avec des centaines de milliers de membres. De la même manière qu'Ektorp décrit la réaction au procès de Lacerda, une communication agressive et une campagne de désinformation en ligne contre la méta-analyse ont été partagées par certains professeurs de médecine et de sciences, ainsi que par des politiciens français, dépassant le cadre du débat scientifique et impliquant la sphère politique."
  

Dans ces histoires, il y a beaucoup de mauvais perdants, D Trump en tête ! Il faut savoir analyser la bonne science et admettre que les essais randomisés apportent des preuves. Des controverses scientifiques sont normales, des insultes inadmissibles. Que des politiques donnent un avis sur l'efficacité des traitements est scandaleux et inadmissible !

Il faut combattre les revues et conférences prédatrices : un bon projet du réseau IAP (Inter Academy Partnership)

Il s'agit d'un projet pris en main par le réseau de 143 académies de diverses disciplines : le réseau IAP (Inter Academy Partneship). Ce réseau a publié un court livre excellent 'Doing global research' et pas assez connu.

IAP propose une enquête sur les revues et conférences prédatrices. Le questionnaire est intéressant, et mérite un peu de réflexion pour répondre. Une question m'a plu ; que pensez-vous de l'idée suivante "Establishing global non-commercial accreditation or certification authority(ies) for journals".

Ce type de projet semble intéressant, mais qui pourrait gérer une accréditation des revues scientifiques ? Ce serait pour moi une des seules façons d'avancer : je ne crois pas beaucoup à ces listes positives des revues légitimes ou négatives des revues prédatrices. Ces listes ne sont jamais complètes, no actualisées en temps réel. Dans le domaine STM (Science, Technologie, Médecine), il existe environ 35 000 revues en langue anglaise à comité de lecture. Les revues prédatrices, d'après Cabells, seraient environ 14 000.

Je vous suggère de répondre au questionnaire en cliquant ici. La date limite est 30 novembre 2020, mais je vais demander de repousser.

Motivations des chercheurs évaluant des articles avant publication (peer-review) : excellente analyse

Peu de littérature concerne les motivations des chercheurs qui acceptent de consacrer du temps à l'analyse des manuscrits soumis aux revues, travail en général bénévole. Cette étude de portée (scoping review), sous l'égide d'Ana Marusic, est de bonne qualité, et montre que la recherche manque pour mieux répondre à cette question. L'article de 31 pages est très complet, avec de bons tableaux et figures... Publié en septembre 2020 dans Accountability & Research. Cette recherche fait partie du projet PEERE.

Recherche bien faite : Medline, WoS et Scopus avec mise à jour en juillet 2019 ; 5 250 articles identifiés, 382 lus et 11 inclus dans l'étude de portée ; méthodologie du Joanna Briggs Institute (JBI) que j'ai toujours trouvée excellente, bien que peu utilisée dans les sciences de la vie ; sélection des articles avec les grilles CACSS et CQR du JBI ; rédaction en respectant PRISMA pour les études de portée...  énorme travail de qualité. Il y a des bons tableaux avec les détails. Quels sont les motivations des relecteurs d'articles :

• Facteurs incitatifs internes : obligations communautaires et réciprocité notifié par 8 des 11 articles ; occasion d'apprendre quelque chose de nouveau ; satisfaction, plaisir ; se tenir à jour ; contribution au contrôle qualité de la science ; prestge de la revue ;
• Facteurs incitatifs externes : avancement dans la carrière ; être reconnu comme un expert ; construire une relation avec  les rédacteurs et les revues ;
• Facteurs de dissuasion internes : manque de temps ; suggestions ignorées par les revues ; peer-review non valorisé ; être trop utilisé ;
• Facteurs de dissuasion externes :mauvaise qualité des manuscrits ; peer-review insuffisamment valorisé ; comportement inapproprié des rédacteurs ; mauvaise réputation de la revue

COVID-19 : éthique et intégrité ont été oubliées devant la précipitation pour publier

Je remercie mes deux co-auteurs, B Plaud et E Caumes, qui m'ont aidé pour formaliser nos impressions sur les rôles de revues scientifiques pendant la pandémie. Les revues ont fait de leur mieux pour gérer les urgences, avec une pénurie de relecteurs, et  dans un contexte parfois accusateur. Je remercie La Presse Médicale Formation pour les relectures et l'acceptation de cet article mis en ligne le 7 novembre en accès libre.

L'article peut paraître long avec 10 pages car nous avons essayé de présenter factuellement ce que nous avons observé : un tsunami d'articles, des manipulations de revues, des revues avides de hot papers, les revues prédatrices, et malgré tout une information de qualité. Pour illustrer, l'image ci-contre représente les prépublications COVID-19 (consultable ici). Quelles pratiques seront pérennes après cette crise ?

Les points essentiels sont :

• Les éditeurs, propriétaires des revues scientifiques avec les sociétés savantes, ont mis en accès libre les articles traitant de la COVID-19 au sein d'un espace dédié.
• Les revues médicales prestigieuses ont reçu jusqu'à une centaine de manuscrits par jour, pour en publier moins de 2 ou 3 % ; cependant, les règles de relecture par les pairs n'ont pas toujours été suivies.
• Des revues ont créé de nouvelles rubriques pour alléger les standards de publication, attirer les auteurs, ou augmenter le nombre de citations.
• Des manipulations des publications ont été observées.
• Les revues prédatrices, pour certaines créées lors de la pandémie, ont profité de la crise sanitaire pour attirer auteurs et articles.
• Les médecins ont adopté le système des prépublications, après avoir été réservés sur son utilité.
• Les revues scientifiques n'ont plus la primeur des résultats des recherches.

PS : Je suis membre du comité de rédaction

10 à 30 000 morts par an du médicament ne semblent pas émouvoir ni les décideurs, ni les professionnels, ni le public

Le titre de ce billet reprend une donnée française raisonnable (voir page 71 du livre). Il ne faut pas déprimer à la lecture facile d'un livre bien écrit et bien documenté de Bernard Bégaud, spécialiste du médicament. En, fait ce qui est déprimant, c'est l'inertie collective de notre société, incapable de voir que le médicament, et surtout son mésusage, engendre des coûts inutiles d'environ 10 milliards par an. Ce livre est écrit sans être moralisateur ou accusateur : c'est autant le système incapable de reconnaître les problèmes que les hommes. Néanmoins, quelques fonctionnaires, HEC, ENA, etc... sont aux manettes et aveugles car ils raisonnent en silo pour leurs décisions, leurs budgets, etc... C'est bien expliqué. L'auteur a connu la plupart des scandales, et les relate clairement. Le sous-titre du livre '110 milliards d'euros plus tard' fait allusion au délai entre l'idée et la publication du livre.

Je me permets de citer quelques phrases, parfois sans leur contexte, et qui m'ont plu, car je reconnais le système :

page 8 : 'On touche là l'omerta bien particulière qui pèse sur le médicament : tout le monde ou presque se satisfait, pour des raisons parfois totalement opposées, du fait que rien ne bouge'.. Il évoque ensuite le théâtre expiatoire après chaque crise sanitaire... avant que les choses ne reprennent leur cours.

page 24 : L'auteur a expliqué plusieurs fois le calcul des 10 milliards annuels de gabegie (détaillé en annexe du livre), et il n'a pas été écouté en 'haut lieu' : 'Ce contraste, maintes fois observé, entre ces machines d'exception que sont ces élites de la République et leur incompréhension à saisir ce qui paraît a priori évident a toujours été pour moi un sujet de grand étonnement'..  pour moi aussi !

Les critiques sur le prix du médicament sont très claires, convaincantes, avec des exemples précis. Les Agences ont perdu tout pouvoir ! Et ce n'est que le début d'un dérapage... Les gabegies sont bien décrites : antibiotiques, psychotropes, statines, antiulcéreux.. fin de la litanie. Des chapitres sont dédiés au Médiator, au vaccin hépatite B, aux somnifères et au Lévothyrox.

Cet ouvrage reconnaît tous les bienfaits du médicament, n'accuse pas, et rend plus serein vis-à-vis de ces débats interminables sur les liens et conflits d'intérêts, plus délétères qu'utiles.

Les critiques rejoignent celles de mon billet sur les convenances sociales autour de la potion du druide de Marseille.

Prépublications : politiques très variables des serveurs et bilan de la première année de medRxiv

Ce sont deux lettres dans le JAMA du 10 novembre 2020 qui apportent de bonnes informations sur les prépublications.

• Les pratiques de 57 serveurs de prépublications, hébergeant 3 millions de manuscrits, ont été évaluées par un groupe de chercheurs, dont l'équipe METRICS en Californie. Les pratiques de contrôle avant mise en ligne d'un manuscrits sont très variables. Ce sont 47 (82 %) qui font tous un screening, mais 8 le font après publications. Les politiques analysées montrent que ces serveurs ne font pas de contrôle minimum. Ils ont des conseils pour la soumission assez variables mais ce n'est pas leur priorité, et c'est normal de ne pas imposer un style de références par exemple. Concernant la transparence et l'intégrité, les observations sont gênantes : 22 (39 %) demande un partage des données sources ; 15 (26 %) sont attentifs aux plagiats ; 12 (21 %) ont des politiques pour les erratas ; et plein d'autres informations. Il existe des possibilités d'amélioration de ces serveurs. Le message subliminaire est : faites attention !
• Une analyse de la première année du serveur médical medRxiv qui a implosé avec la COVID-19. Très intéressant : en un an, il y a eu 11 052 soumissions, et 7695 (77 %) manuscrits ont été publiés, représentant 57 096 auteurs de 124 pays. Il est clair que tous les manuscrits ne sont pas publiés, et c'est rassurant. J'ai repris la figure des nombres mensuels de soumissions. Ce sont 9 % des prépublcations qui ont eu des commentaires, c'est bas ; 14 % des manuscrits en prépublication ont été publiées par des revues, taux très bas, mais il faudra du temps pour avoir une donnée meilleure. Une autre donnée est intéressante : les manuscrits COVID-19 ont été publiés 46 jours après soumission au serveur, et 141 jours pour les non-COVID-19.

Il y a une vidéo de 5 minutes sur Medscape pour commenter ces articles.

La grande aventure de la science : bonne série de 4 émissions de France Culture dans LSD (La Série Documentaire)

Ces 4 émissions représentent un travail important des journalistes de France Culture. Elles ont été diffusées du 9 au 12 novembre et sont accessibles en replay. Ces émissions sont consacrées à la plupart des aspects de la pandémie à SARS-CoV-2, avec des nombreuses interviews d'experts. Je remercie l'équipe éditoriale qui m'a interrogé, qui s'est déplacée chez chacun des experts, et je confirme un travail de qualité sur plusieurs semaines. Il y a quatre épisodes de 55 minutes :

• épisode 1 : Les imaginaires d'une épidémie. "Relatant ces virus éradiquant l'humanité d'un trait, les récits fantasmés de pandémies n'ont cessé d'accompagner en silence l'épisode mondial du Covid 19."
• épisode 2 : Publish or Perish. "Dans les coulisses, les ambitions personnelles, course aux financements et problèmes d'égo des chercheurs font rage, sur fond de compétition internationale. La publication d'un article dans une revue internationale devient le critère de référence pour marquer une avancée scientifique. Mais le processus de publication de ces articles dépend de nombreux facteurs, avec des systèmes très sophistiqués pour déceler les erreurs, les plagiat et les fraudes pures et simples. Il est ainsi assez complexe pour un article ayant passé victorieusement ces filtres très exigeants, ou supposés tels, de finir par être rétracté... Comment dans ce contexte l'article de The Lancet concernant l'efficacité de l'hydroxychloroquine a-t-il pu être publié, puis rétracté dans un contexte si fragile où certains pays étaient encore en phase de premier confinement ?"
• épisode 3 : Sciences et droit à l'erreur. "Pour atteindre la réalité, des procédures systématiques de vérification par les pairs sont mises en place pour être sûr de ne pas faire fausse route. Ce "working progress" signifie que la recherche avance par tâtonnements, que le droit à l'erreur est indispensable, puisqu'il faut explorer de fausses pistes avant de pouvoir les éliminer. Il faut s'aventurer dans des pistes audacieuses puis savoir les valider ou non le moment venu. Ce fragile cheminement signifie que la science est en mouvement permanent, et qu'elle n'est que temporairement "juste", jusqu'à preuve du contraire..."
• épisode 4 : Entre fraudes et mandarinats. "Les partenariats avec le privé s'apparentent parfois à un pacte avec le diable... mais permettent de financer bien des laboratoires qui autrement n'existeraient plus. Dans ce contexte, chacun tente d'augmenter son "H factor", le nombre de découvertes publiées et citées. La tentation de frauder de mille et une manières est tentante, et le nombre de postes dans un domaine de recherche est si ténu qu'un post-doctorant ayant été spolié de ses travaux par son directeur de recherche ne trouvera plus jamais de travail dans sa branche s'il ose se manifester.... Querelles de chapelles et mandarinats sont si courants que des comités d'éthiques au CNRS et dans les universités créés il n'y a pas si longtemps ont beaucoup de mal à recueillir les plaintes de victimes de plagiat et à les défendre sans que leur carrière soit brisée."

COVID-19 : les convenances sociales font oublier les bonnes intentions de la Science Ouverte : combien de complices ?

Je remercie l'espace éthique région Ile-de-France, Polethis, le Cnrs, etc.. qui m'ont invité à participer au deuxième des 10 webinaires d'un cycle intitulé « Éthique de la recherche, intégrité et responsabilités scientifiques en situation de crise sanitaire : état des lieux, analyses et propositions » 10 séances, d’octobre 2020 à mars 2021". Léo Coutellec a animé une discussion avec L Letellier, A Henri et moi-même sur le thème "Science ouverte, intégrité, fiabilité scientifique" le 4 novembre, et nous avons discuté avec 80 participants.

Science ouverte et intégrité : il existe une musique de fond qui semble dire que la science ouverte faciliterait l'intégrité scientifique. De bons exemples de l'intérêt de la science ouverte ont été discutés, et je suis un défenseur de la science ouverte. Lier science ouverte et intégrité n'est pas évident. J'ai repris l'article Gautret et al qui a lancé les fausses hypothèses d'efficacité de l'hydroxychloroquine dans la COVID-19, et qui a été cité 3 000 fois en 7 mois ! Je me suis associé à ceux qui demandent la rétractation. Les faits sont simples en comparant le protocole de l'étude et l'article publié :

Protocole déposé le 10 mars 2020 (accessible sur le registre européen) : la condition médicale investiguée ; "Patients with documented respiratory infection with coronavirus SARS COV 2" ; objectif principal : "To shorten the period of virus carrying and thus contagion" ; objectif secondaire : "To evaluate the clinical effectiveness of treatment on time to apyrexia, normalization of respiratory rate, and average length of hospital stay and mortality." ; et surtout, dates d'évaluation "Day 1, Day 4, Day 7 and Day 14"

Ci-contre, l'une des diapos que j'ai présentée.

Dans l'article, nous lisons : protocole accepté par l'Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) et le Comité de protection des personnes Ile-de-France les 5 et 6 mars 2020 ; publication le 20 mars, après soumission le 16... Par mal pour une étude de 14 jours, etc...

Plutôt que cibler des personnes, reconnaissons que le système 'recherche' a des incitatifs basés sur le volume des publications plutôt que la qualité.

Des convenances sociales ont fait que personne n'a bougé car les données sources n’ont pas été communiquées, ni demandées par (sauf erreur de ma part) :

• Agence Nationale de la Recherche qui est remerciée comme financeur
• ANSM et CPP IdF qui ont accepté le protocole
• Fabricants des médicaments
• Université de Marseille (auteurs)
• Hôpitaux de Marseille (auteurs)
• CHU et Université de Nice (auteurs)
• Référents intégrité des Universités et des Facultés de Médecine concernées.
  

Peut-on croire que la Science ouverte est acceptée par tous ces acteurs ? Sont-ils complices ? Une remarque a été faite quand j'ai dit "Si j'étais référent intégrité à Marseille, je n'aurais rien pu dire".....  Est-ce que l'intégrité intéresse les responsables de ces institutions ? OUI

COVID-19 : bravo à C Becker qui explique dans le JAMA combien de millions de $ ont été engrangés par les dirigeants de Moderna

Il est évident que les start-up profitent de la COVID-19 : la stratégie d'une start-up est d'abord de générer des profits pour quelques personnes, et secondairement de faire avancer la Science. L'exemple de Moderna, qui cherche un vaccin contre la COVID-19, est détaillée dans un article du JAMA du 10 novembre 2020...   et je n'avais jamais vu les chiffres. Félicitons le courage de l'auteure qui commence ainsi :

En juillet de cette année, j'ai été invitée à me porter volontaire pour un important essai de vaccin de phase 3 contre la COVID-19 à Boston. En tant que médecin semi-retraitée, j'ai été ravie de pouvoir contribuer à la science, soutenir mes collègues et accélérer la découverte d'un vaccin pour aider à mettre fin à cette terrible pandémie.

En faisant des recherches de fond sur le vaccin et sa société mère, j'ai appris que certains dirigeants d'entreprise ont vendu des actions au moment où les premiers communiqués de presse positifs ont été publiés, puis ont vendu des actions après la publication de l'étude de phase 2.

Alors que le cours des actions montait en flèche, ces dirigeants ont personnellement gagné des millions de dollars. Les ventes d'actions n'ont pas été considérées comme un "délit d'initié" car elles avaient été planifiées à l'avance. Néanmoins, j'ai été stupéfait que des cadres puissent tirer des profits aussi extravagants d'un vaccin non prouvé et non testé, surtout en période de pandémie mondiale. Cela m'a fait douter de l'intégrité de l'entreprise, voire de l'intégrité de l'essai.

La suite est incroyable, avec des chiffres, :

• la présidente de son hôpital (déjà bien payée), qui est un hôpital public, était membre du conseil d'administration de Moderna... Bingo 8 millions de $...  et elle démissionné après une investigation de journalistes...
• Les dirigeants de Moderna.... Bingo avec 89 millions de $
• La présidente de son hôpital public a écrit au Congrès pour s'opposer aux régulations et baisses de prix des médicaments...
• Sa présence dans le CA de Moderna a été validée par les comités théodules de transparence....

COVID-19 : NEJM et Science s'opposent sur le remdesivir quand Nature applaudit le rejet de Trump

Félicitons la revue Science pour sa clarté sur les traitements de la COVID-19 avec le remdesivir quand le New England Journal of Medicine engrange les millions de dollars liés aux tirés à part de Gilead.

Le 6 novembre 2020, Science a publié un article au vitriol sur le remdesivir qui a eu une autorisation de la part de la FDA. La photo montre Trump avec le président de la société Gilead et le directeur de la FDA : incroyable.. pas digne d'un président ! Nous savons que la FDA était sous la coupe des industries pharmaceutiques et des associations de patients, et en plus de Trump. L'article apporte tous les détails sur une décision sans consulter les experts, et qui apporte des milliards de dollars à Gilead. Le sous-titre pour l'Europe est clair : "Europe in the dark", et Marie Paule Kieny, Inserm, s'est exprimée : "Il est consternant de voir comment Gilead tente de dénigrer l'essai Solidarity".

Le New Engl J of Medicine agit pour plaire à Gilead : il avait publié une étude ouverte scandaleuse sur le remdesivir, un 'hot paper', et il a publié deux essais randomisés. L'essai principal n'a pas été financé par Gilead, mais par les National Institutes of Health. Il montre un faible bénéfice. Une bonne nouvelle cette fois-ci : pas d'investigateurs français dans ces essais internationaux. L'autre essai financé par Gilead a comparé deux stratégies de remdesivir, sans groupe placebo, et la conclusion est : "In patients with severe Covid-19 not requiring mechanical ventilation, our trial did not show a significant difference between a 5-day course and a 10-day course of remdesivir. With no placebo control, however, the magnitude of benefit cannot be determined." Normalement, le NEJM ne publié par ce type d'essai sans réel comparateur. En quelques jours, chaque article a déjà eu beaucoup de citations : banco pour le facteur d'impact du NEJM, et probablement 2 ou 3 millions de dollars pour les tirés à part de ces deux articles ! La vie est belle ! Le modèle économique du bras armé de l'industrie est étonnant, avec des rédacteurs surnommés les oies dorées.

Plus sérieusement, la revue Nature s'intéresse dès le 7 novembre à Joe Biden et aux espoirs retrouvés des chercheurs avec le départ de Trump. Il y a un lien à la nouvelle task force COVID-19 préparée par Joe Biden, avec David Kessler, un ancien directeur de la FDA, et Rick Bright, ancien directeur de la BARDA, licencié par Trump ! Ambiance. Nature a publié le 8 novembre un long article sur les tâches qui attendent Biden-Harris, avec la suggestion de développer l'intégrité scientifique.

PS : Merci à L Letellier qui m'a suggéré d'améliorer mon titre initial (NEJM et Science s'opposent sur le remdesivir quand Nature applaudit Trump)

COVID-19 : BRAVO aux Annales Françaises de Médecine d'Urgence pour ce numéro spécial sur les RETEX ou retours d'expérience

J'ai lu plusieurs articles de ce numéro spécial, et ces articles étaient intéressants. Ils sont bien écrits, didactiques avec des données de terrain. Ce sont 21 articles qui sont en accès libre (numéro 4/5 du volume 10) avec pour titre du numéro "Retour d'expérience - Crise Covid-19". Félicitons la SFMU (Société Française de Médecine d'Urgence) et leur éditeur Lavoisier pour avoir mis en ligne gratuitement ce numéro. C'est un numéro 'collector' à archiver.

Toutes les revues scientifiques essayent d'avoir des articles COVID-19, d'autant plus que l'actualité d'une seconde vague est présente (fin octobre 2020). Ce numéro a été préparé pendant l'été 2020, avec des relectures, sous l'égide du rédacteur en chef, Pr Bruno Riou. Je note dans son éditorial "Ce travail est sûrement imparfait car il a été fait dans l’urgence, au cours de l’été 2020, et c’est un sentiment d’urgence qui animait les Annales et auquel ont répondu favorablement les auteurs et les relecteurs que je remercie chaleureusement pour leur mobilisation estivale."

Un article (Retour d’expérience sur Covidom : une solution de télésurveillance pour les patients porteurs ou suspectés Covid-19) est correctement signé "Collaboration AP-HP/Universités/Inserm Covid-19" avec en note de bas de première page des listes d'auteurs, comme par exemple un "Comité d'écriture", "Comité data-sciences", "Comité scientifique" et d'autres" comités..." Un article sur Covisan est intéressant : "Retour d’expérience sur Covisan : un dispositif médicosocial pour casser les chaînes de transmission de la Covid-19". Mais en fait, la plupart des articles sont utiles.

Vous trouverez ici le communiqué de presse, et je remercie B Riou qui me l'a transmis.

COVID-19 : les pétitions, utiles pour des questionnements éthiques, sont dangereuses si elles évaluent des positions scientifiques

L'éditorial de JPA Ioannidis mis en ligne le 26 octobre 2020 dans le BMJ a pour titre "Scientific petitions and open letters in the era of covid-19" contient un message fort : "Le comptage des votes est une méthode d'inférence scientifique erronée". Bien d'accord ! Il liste des biais des pétitions qui ont été faites sur la transmission du virus, les risques chez l'enfant, etc...  Voici des raisons pour refuser ce type de pétition :

• Invoquer l'autorité des signataires est fallacieux, d'autant plus que certains experts signent en dehors de leurs domaines de compétence ;
• Les connaissances ne peuvent que rarement être résumées en quelques 'bullet points' ; un consensus forcé ou une simplification excessive sont dangereux :
• Des données existent montrant que des signataires ne lisent pas les pétitions, ou les lisent après avoir signé ;
• Des contraintes peuvent exister, par exemple des juniors dont l'avenir dépend de séniors ;
• La pétition crée une fausse certitude, alors que la science est incertitude et avance à son rythme ;
• Des pétitions peuvent causer des dommages à la science, par exemple avec ceux qui dénient l'efficacité des vaccins ;
• Des pétitions peuvent s'inscrire dans une idéologie politique, et être utilisées lors d'oppositions tranchées ;
• Les conflits d'intérêts des signataires ne sont pas listés...

Je me suis permis de publier une lettre pour signaler ce que j'ai vu en France...  Il est certain que la pétition de début avril en faveur de l'hydroxychloroquine était scandaleuse, et ce n'est pas un avis a posteriori de ma part. Le titre "Traitement Covid-19: ne perdons plus de temps !", avec 580 000 signatures. Pour information, et pour rigoler jaune, je vous rappelle les experts qui ont lancé ce torchon :

• Pr. Philippe Douste-Blazy, Professeur de santé publique et d’épidémiologie, ancien Ministre de la Santé,
• Pr. Christian Perronne, Chef du service des maladies infectieuses de l’hôpital Raymond Poincaré de Garches,
• Dr. Michèle Barzach, ancienne Ministre de la Santé,
• Pr. Isabelle Bourgault Villada, Professeur de dermatologie à l’hôpital Ambroise Paré,
• Pr. François Bricaire, ancien Chef du service de maladies infectieuses à l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Membre de l’Académie de Médecine,
• Pr. Marc Gentilini, Professeur de parasitologie, de santé publique et de clinique des maladies infectieuses, Membre de l’Académie de Médecine,
• Pr. Olivier Goulet, Professeur de pédiatrie de l’hôpital Necker,
• Pr. Jacques Marescaux, Président Fondateur de l’IRCAD, Membre de l’Académie de Médecine,
• Pr. Catherine Neuwirth, Professeur de microbiologie au CHU de Dijon,
• Dr. Patrick Pelloux, Président de l’Association des médecins urgentistes de France,
• Pr. Paul Trouillas, Professeur de neurologie au CHU de Lyon,
• Dr. Martine Wonner, psychiatre, députée LREM du Bas Rhin.

Faut-il publier en fonction d'intérêts scientifiques ou en fonction de points SIGAPS qui rapportent de l'argent ?

C'est une excellente note de 35 pages publiée par nos amis canadiens (M Khelfaoui et Y Gingras) sur les dérives du système SIGAPS. En accès libre sur le site du Centre Interuniversitaire de Recherche sur la Science et la Technologie. Ces dérives sont connues, ont été identifiées par la cour des comptes, mais ignorées des décideurs qui doivent y trouver leur compte. La note est très bien documentée avec d'abord une description de ce système d'allocation d'une enveloppe annuelle d'environ 1 milliards d'euros aux établissements de santé, en fonction du volume des publications (selon la notoriété des revues et pas la qualité des articles). Plutôt que résumer, j'ai noté quelques points :

• Dans les années 1990, l'Australie a eu un système voisin qui a rapidement augmenté le volume des publications de 25 % mais l'impact de ces articles a diminué en nombre, et le système a été abandonné ;
• La courbe des publications montre bien, pour les CHU, une augmentation après 2006 ; des CHU ont au moins doublé leur nombre de publications entre 2000 et 2018 ;
• Une croissance des collaborations des CHU avec d'autres institutions et CHU a augmenté ;
• Comme le nombre d'institutions éligibles à SIGAPS a augmenté, avec le même gâteau, il faut augmenter le volume de publications pour assurer le même niveau de ressources ;
• L'analyse du déplacement des publications vers PLoS ONE qui a un taux d'acceptation des articles de 70 % est intéressante : "Si l’on raisonne dans les termes purement comptables de SIGAPS, il devient plus intéressant pour un chercheur de  publier un article dans PLoS ONE, plutôt que dans une revue disciplinaire de même rang, voire même de rang inférieur, mais qui applique des critères de sélectivité plus élevés".
• Le système SIGAPS a précipité le déclin des revues médicales françaises à caractère national ;
• Je rejoins l'analyse de la revue Oncotarget qui a perdu son facteur d'impact : "Elle montre également les limites d’un système qui permet d’octroyer plus de 60 000 euros à une institution, pour la «récompenser» d’une publication dans une revue de qualité douteuse."
• Ensuite, bonnes explications, avec des exemples, des fluctuations du facteur d'impact ;
• SIGAPS a contribué à la baisse de la langue française dans les publications ;
• Une étude des publications de l'équipe Raoult dans un de leurs bulletins paroissiaux (en l'occurence NMNI, voir page 21) estime que la publication de 77 articles en 2017 a permis une allocations de 800 000 €.... équivalent à la publication de 10 articles dans des revues prestigieuses !
• Il y a quelques exemples de cette compétition SIGAPS entre CHU, pour nommer des professeurs, etc... un exemple : Autre exemple de compétition induite entre institutions, une revue interne du CHU de Nantes notait en 2014 que:«pour rejoindre le score du CHU de Toulouse, il faudrait augmenter le nombre de publications de plus d’une centaine d’articles par an et augmenter également le taux de publications de rang A»

Plutôt que de pointer des dérives individuelles, il vaudrait mieux se poser des questions sur le système...

Faut-il publier des vidéos avec, voire à la place de certains articles ? Ce sera OUI à terme car il faut abandonner YouTube

Il existe des discussions au sein des revues scientifiques pour décider de la place des vidéos. Pour des revues de chirurgie, les décisions ont été prises il y a quelques années, et les rubriques 'vidéo' sont régulières. Ces vidéos peuvent être revues par le comité de rédaction avant mise en ligne. Un billet sur Scholarly Kitchen apporte des arguments pour ajouter des vidéos dans les revues, et créer des revues scientifiques de vidéos. Ce billet du 27 octobre 2020 est proposé par Violaine Iglesisas, responsable de Cadmore Media, une plateforme de vidéos pour l'information académique. Parmi les partenaires, il y a un éditeur français, EDP Sciences. Il existe des revues de vidéos avec comités de rédaction, indexées dans PubMed, WoS, par exemple JoVE Journal avec plus de 12 000 vidéos, mais d'autres sont citées dans le billet. Les orthopédistes américains ont leur théatre de vidéos, la plupart des Sociétés savantes ont des vidéos formidables, SAGE a des publications vidéos, etc...

Les freins supposés sont : les Universitaires ne veulent pas de vidéos ; les vidéos sont ennuyeuses ; c'est difficile de trouver des vidéos sérieuses ; les vidéos sont difficiles à produire et chères. Il y a des réponses à ces critiques.

Il y a 8 conseils pour développer des vidéos à l'attention des chercheurs et universitaires. Des ressources sont fournies avec certains de ces conseils :

1. Créer votre propre marché
2. Faites des vidéos plus intéressantes
3. N'éviter pas les vidéos longues, mais permettez des recherches pour aller aux bonnes infos
4. Faites des vidéos sérieuses avec un peer-review
5. Des vidéos de qualité avec abstracts, DOI, ORCID, etc...
6. Soyez créatifs : par exemple des vidéos sous forme 'preprint'
7. Des vidéos accessibles
8. Pensez multinational, etc..

Les Sociétés savantes et les éditeurs doivent se professionnaliser et comprendre que YouTube est une solution facile, mais que la qualité est ailleurs.

La crédibilité des pré-publications est bonne, mais la transparence et l'accès aux données sont plus importants

C'est une belle étude parue en octobre 2020 dans la revue 'Royal Society Open Science' avec le titre : "Credibility of preprints: an interdisciplinary survey of researchers". C'est un travail de l'équipe de B Nosek, qui dirige le centre pour l'accès ouvert à Charlottesville. En 2019, ils ont interrogé des chercheurs de toutes disciplines sur la crédibilité des pré-publications. Ils ont analysé 3759 réponses de chercheurs connaissant ces pré-publications (5 % ont dit ne pas être familier des pré-publications). Leurs disciplines : the social sciences(35.20%), life sciences (24.10%), physical science and mathematics (10.90%), and medical and healthsciences (7.95%); 35 % d'européens, 32 % d'Amérique du Nord, et 16 % n'ont pas donné leur pays. Dans l'ensemble, les chercheurs sont favorables aux pré-publications. Très bon article à bien lire pour appréhender ce phénomène qui devrait dépasser les revues. Beaucoup de figures intéressantes dans l'article.

Voici le début de la discussion : "Nous avons interrogé 3759 chercheurs sur leur perception de l'importance de différents indices pour évaluer la crédibilité des pré-publications. Nous avons observé que les indices liés à l'ouverture et à la vérification indépendante des affirmations des auteurs étaient mieux notés que les indices liés à l'identité des auteurs et à l'examen par les pairs et les indicateurs d'utilisation. Toutefois, les chercheurs plus sceptiques à l'égard des pré-publications ont eu tendance à accorder une note un peu plus élevée aux indices liés à l'identité des auteurs et à l'examen par les pairs que les chercheurs qui ont soutenu les pré-publications. Néanmoins, il y a eu un large consensus sur le fait que la transparence du contenu de la recherche sous-jacente (c'est-à-dire les données, les matériaux, le code, le pré-enregistrement) et la preuve d'une vérification indépendante du contenu et des allégations de recherche étaient les facteurs les plus importants pour évaluer la crédibilité des pré-publications."

COVID-19 : bravo E Caumes pour ce livre 'Urgence sanitaire', simple, didactique et sans langue de bois

J'ai apprécié ce livre clair qui détaille nos expériences de ce virus pour le grand public car :

• il y a des rappels bien décrits sur les pestes, les épidémies dans l'histoire ; cette pandémie à SARS-CoV-2 n'est pas si différente des précédentes ;
• j'adhère à l'hypothèse que des erreurs sont expliquables par une 'culture SIDA' plutôt qu'une 'culture épidémies' de la part des conseillers des politiques ;
• les rôles absolument délétères des médias dont la recherche d'audience est l'objectif principal, au détriment de la recherche des données probantes et de la diffusion des principes de l'esprit critique.

Je ne peux pas résumer, mais je conseille la lecture des pages 212 à 217. Voici un extrait (page 215), à propos d'une réunion à l'Elysée le 5 mars 2020 : "Quand j'ai pu m'exprimer, j'avais conscience que cette réunion était plutôt portée sur la recherche que sur l'épidémie et la manière de la contrôler. A mon avis, il s'agissait d'une erreur, mais il est vrai que les membres du futur Conseil scientifique étaient plus orientés vers la recherche que vers la meilleure manière de contrôler l'emballement de l'épidémie". Dans cette réunion, étaient conviés des industriels dont les objectifs sont les traitements et vaccins plutôt que le contrôle de la propagation du virus.

Pour moi, l'entourage du président est plus sensible aux problématiques du SIDA qu'à celles de la grippe. Ceci explique d'avoir confié la lutte contre la pandémie à un spécialiste du SIDA qui n'a pas eu pour objectif de chercher les malades. A-t-il préféré chercher des traitements ou un vaccin plutôt que des malades ?

Vous lirez des opinions sages sur les scandales liés à l'hydroxychloroquine et sur les gourous qui ont diffusé ces traitements. L'ouvrage étant écrit avant d'avoir les données que nous avons en octobre, E Caumes ne s'est pas trompé. Le livre est une référence à garder car il décrit toutes les étapes de cette pandémie depuis les premiers cas en Chine.

Livre important car E Caumes a fait la couverture du magazine l'Express : bravo. Et c'est sage, avec comme titre Eric Caumes : "Le port du masque pourrait durer encore des années"

Lien d'intérêt : je connais l'auteur.

AFIS : aidons la propagation des messages basés sur des faits plutôt que des idéologies comme la dormathérapie

Le numéro 334 de Science & Pseudosciences est en kiosque depuis cette semaine. Vous pouvez télécharger le dossier de presse ici. L'AFIS (Association Française pour l'Information Scientifique) publie 4 numéros par an, sans aucune publicité, grâce à un réseau de bénévoles. Ce numéro a deux dossiers :

• le dossier médicaments attire notre attention sur les faux médicaments, et les pénuries et ruptures d'approvisionement.
• le dossier Coronavirus apporte de bonnes informations : la liste des pays qui déconseillent l'hydroxychloroquine est impressionnante ; seuls 3 pays mentionnent un recours possible (Russie, Arabie Saoudite, Inde) ; un article explique en détail la problématique des revues prédatrices, à partir de l'exemple chlroquine et trottinette ; d'autres bons articles sur COVID-19.

J'ai aimé un article simple, didactique sur les effets sanitaires de la 5G avec une polémique probablement inutile. Il y a des articles sur les fausses sciences au Brésil, avec les propos du maître à penser de Bolsonaro.

Un article est important car il décrit les formations à l'esprit critique qui sont conduites dans des établissements du second degré, avec l'exemple de l'Académie d'Aix-Marseille. Il existe des formations sur une journée et plus avec le titre 'Esprit critique, science et société'. Il y a 12 modules proposés pour des travaux en groupe. C'est rassurant, mais je ne sais pas si ces programmes sont diffusés dans tous les établissements.

Il y a un article sur la dormothérapie, une pseudo-science récente dont l'objectif est de "créer un meilleur climat énergétique au sein de notre foyer et de renforcer la qualité des relations au sein du couple ou de la famille". Cet article contient des jargons d'obscurantisme...

Dans ma rubrique régulière, j'ai évoqué le fait que les revues scientifiques n'ont plus le monopole des informations validées...  vaste débat.

 

 

 

 

Des rétractations d'articles à l'Université de Bretagne-Sud... qu'en penser ? Controverses ?

Les rétractations d'articles ayant des auteurs français sont rares.. en fait pas si rares si nous consultons la base des rétractations de RetractionWatch (RW) : 459 occurences si l'on cherche avec France seulement (22 octobre 2020).

RW attire notre attention sur la rétractation d'un article signé par des auteurs français. Le billet de RW du 9 octobre 2020 commence ainsi : "Un psychologue controversé a perdu un article bizarre qui affirmait que les hommes qui portent des étuis de guitare font mieux avec les femmes." Il s'agit d'un article de juillet 2014 dans la revue "Psychology of Music". Cet article a 3 auteurs : Nicolas Guéguen, Université Bretagne-Sud à Lorient, Sébastien Meineri, Université de Bretagne-Sud, et Jacques Fisher-Lokou, Université de Paris-Sud, France

Voici le résumé de l'article rétracté par la revue "Psychology of Music' en octobre 2020 : "This experiment tested the assumption that music plays a role in sexual selection. Three hundred young women were solicited in the street for their phone number by a young male confederate who held either a guitar case or a sports bag in his hands or had no bag at all. Results showed that holding a guitar case was associated with greater compliance to the request, thus suggesting that musical practice is associated with sexual selection."

C'est RetractionWatch qui apporte quelques commentaires sur ce cas. Les auteurs sont français, et l'auteur principal (Guégen) ne répond pas. C'est un panel de 5 chercheurs séniors dans le domaine de la psychologie de la musique qui ont examiné cette recherche et demandé une rétractation demande suivie par la revue avec beaucoup de retard. La note de rétractation n'est pas suffisante pour comprendre les détails "The reviewers reached a unanimous conclusion that the reported data were not reliable, also noting ethical concerns relating to informed consent and research involving vulnerable participants."

Tout a été lent, et un expert fait remarquer qu'il faudrait examiner le CV de ce chercheur... et que sur 340 publications... on devrait trouver des trucs, mais aucun argument pour cela...

Un article de Nicolas Guéguen, chercheur en psychologie comportementale, avait été rétracté fin 2019 avec la notice "The Editor-in-Chief has retracted this article (Guéguen, 2015) at the request of the Université de Bretagne-Sud. Following an institutional investigation, it was concluded that the article has serious methodological weaknesses and statistical errors. The data reported in this article are therefore unreliable. The author has not responded to any correspondence about this retraction." Il s'agissait d'un article publié en 2014 sur l'attraction des femmes ayant des talons hauts : "It was found that men’s helping behavior increased as soon as heel length increased. However, heel length had no effect on women’s helping behavior. It was also found that men spontaneously approached women more quickly when they wore high-heeled shoes"

Je ne connais pas les détails de ce cas, qui semble compliqué, car une investigation n'aurait pas démontré de méconduites, d'après RW. Le billet du 9 octobre 2020 dit "Guéguen, of the Université Bretagne-Sud, in France, was the subject of a misconduct investigation that in 2019 cleared him of wrongdoing", à propos de la première rétractation. La page de Nicolas Guéguen apporte quelques informations....

Il semble que des collègues étrangers de N Guéguen s'intéressent à son travail : pourquoi ? Des tweets sont repris dans le billet de RW, et vous trouverez des commentaires nombreux sur la toile. Qu'en penser ? Innocence et/ou règlement de comptes ?

Note ajoutée le 16 novembre 2020 : je remercie le référent intégrité scientifique de Rennes qui m'a transmis des informations utiles montrant que l'investigation avait été bien faites. Ces documents sont en accès libre et permettent de mieux appréhender ce cas : le billet de mai 2019 sur le blog de Nick Brown , le dossier déposé sur le serveur de osf, contenant le protocole d'accord d'ontobre 2018 entre le chercheur et les universités.

Faut-il rendre obligatoire les divulgations des cas de pratiques douteuses en recherche ? Non !! ETONNANT !!

Question complexe pour laquelle les cultures et pays ont des réponses diverses. Faut-il inciter les lanceurs d’alerte pour qu’ils rapportent ce qu’ils voient : est-ce une démarche obligatoire ou volontaire ? La position du lanceur d’alerte qui a observé des pratiques douteuses et qui ne dit rien à personne est inconfortable ! Cet article de 18 pages mérite lecture car il part de données d’une enquête dans le cadre du projet européen PRINTEGER. Il a été publié en août 2020 dans Life Sciences, Society and Policy, revue de BMC avec des FTA (Frais de Traitement des Articles) de 960 €. Un seul auteur norvégien, et le titre : "How should researchers cope with the ethical demands of discovering research misconduct? Going beyond reporting and whistleblowing".

Une enquête électronique auprès de 20 000 chercheurs a permis d’analyser 1 126 réponses : ce taux faible est habituel dans des enquêtes sur des sujets très sensibles. Les chercheurs n’aiment pas évoquer ouvertement les pratiques douteuses qu’ils pratiquent et observent chez des collègues.

Quelques données de cet article :

• « Je suis confiant car je serais protégé si je suis un lanceur d’alerte » : certainement (10,5 %) ; à un certain degré (30,3 %) ; pas beaucoup (31 %) ; pas du tout (28,1 %).
• « Je suis confiant dans le fait que les responsables (ou tout autre commission de l’université) prendront en compte sérieusement une alerte et agiront correctement » : certainement (23,4 %) ; à un certain degré (39,3 %) ; pas beaucoup (23,9 %) ; pas du tout (13,3 %).
• Les auteurs ont analysé les verbatims à propos de 148 cas pour lesquels il n’y a eu aucune action (n = 24), une action avec succès (n = 30), une action avec échec (n = 58), ou une action ambigüe (n = 36). De bonnes réflexions, parfois dans le domaine de la morale, de l’éthique plutôt que dans le domaine de l’intégrité.

Le message de l’auteur est que rendre obligatoire le signalement de cas de méconduites par un lanceur d’alerte est trop exigeant. Ce genre d’action est parfois auto-destructeur pour le lanceur d’alerte. Il faut donc une culture, un environnement pour lesquels les institutions ont une responsabilité.

J’ai rarement été lanceur d’alerte, mais chaque fois cela ne m’a pas réellement aidé ! NO COMMENT !

Les gaspillages en recherche (conception, conduite, analyse, publications) dans le domaine dentaire : pire que pire ?

Après avoir documenté depuis 30 ans les gaspillages en recherche biomédicale, il n'est pas étonnant de constater que la recherche dentaire permet de gaspiller des ressources, avec la complaisance sociale de la plupart des experts. Cet article d'octobre 2020 dans Journal of Dental Research a été écrit par des chercheurs de Berne, Londres sous la responsabilité de l'équipe METRICS de Stanford. Il s'agit d'un examen de la portée (scoping review) pour analyser des articles sur les défaillances en recherche dentaire.

Voici la traduction de ce résumé : "Les gaspillages en recherche sont très nombreux dans les recherches biomédicales. Nous avons cherché à évaluer les preuves de l'ampleur des gaspillages de la recherche dans le domaine dentaire. Nous avons effectué un examen de la portée (scoping review) des évaluations empiriques des études dentaires évaluant la prévalence et l'impact des limites de la conception, de la conduite, de l'analyse et du compte rendu des recherches. Nous avons intérrogé PubMed à l'aide de termes spécifiques pour retrouver des études portant sur avec la conception, la conduite, l'analyse et le compte rendu des études en médecine dentaire, sans restriction d'année ou de langue. Sur les 1 807 publications identifiés lors de la recherche et des recherches manuelles, 71 ont été inclus dans cet examen. La sélection des sujets et des articles a été basée sur l'avis d'experts des auteurs. Les éléments existants suggèrent que, bien qu'il y ait des améliorations au fil du temps, des lacunes importantes dans tous les domaines (conception, conduite, analyse, compte rendus) étaient prédominants dans les publications sur la recherche dentaire. Les gaspillages dans la recherche sont un problème sans solution simple. Toutefois, une appréciation de la conception et de l'exécution optimales de la recherche est une condition préalable et devrait être étayées par des politiques qui comprennent une formation appropriée aux méthodes de recherche et des incitations bien choisies."

Il s'agit d'un bon article 'collector' à relire qui devrait inciter à des réformes du système (je n'y crois pas). Par mon ancienne expérience dans les années 90 à l'ANDEM (prédécesseur de la HAS), j'avais été impressionné pas le manque de culture en méthodologie dans le domaine dentaire. Cet article fait écho à l'article de Altman en 1994 (The scandal of poor medical research), et à la série d'articles du Lancet de 2014 sur "Research: increasing value, reducing waste". N'oublions pas les conflits d'intérêts ....

Soyons clairs : Rien de nouveau dans une spécialité dont les pratiques sont adaptées à un modèle économique plutôt qu'aux données probantes de la science.

PS : merci à METRICS et F Naudet pour les tweets

Le taux des erreurs des citations dans les articles des revues prestigieuses : 25 % ! Faut-il rétracter certains articles ?

Il y a pas mal de données sur ce sujet, et la plupart sont assez cohérentes, sans changement avec le temps. Une revue systématique d'études compilant 7 300 références, fin 2015, a montré que 25 % des références n'apportaient pas les informations attendues.

Une nouvelle étude, publiée dans Proceedings A de la Royal Society en octobre 2020, apporte d'autres informations. Ce sont 250 références sélectionnées à partir d'articles de 5 revues très prestigieuses : Science, Science Advances, Proceedings of the National Academy of Science (PNAS), Nature et Nature Communications. Les auteurs ont inclus les 100 articles les plus cités de chacune de ces 5 revues. Ils ont tiré au sort 50 des 100 articles les plus cités de chaque revue, et extrait la première référence citée dans chaque article. Finalement 248 références de 248 articles ont été incluses. Ils ont lu ces citations pour les classer en 4 catégories et le résultat global est simple : 75 % sont 'fully substantiated' ; 12,9 % sont 'impossible to sustantiate' ; 8,5 % sont 'unsubstantiated' ; 3,6 % sont 'partially substantiated'.

Les références 'fully substantiated' étaient citées plus souvent plusieurs fois.

Les suggestions des auteurs sont bonnes mais la communauté scientifique ne suivra jamais : ajouter le numéro de la page citée avec la référence dans le texte, de façon à permettre rapidement l'identification de la source.

Cet article cite environ 25 articles ayant déjà examiné la qualité des références (je n'ai pas vérifié s'ils citaient correctement). Cet article est mal écrit alors qu'il est publié par une bonne revue ! Les méthodes décrites sont incomplètes et la discussion commence dans les résultats ! Faut-il jeter cet article ? Il apporte quand même de bonne réflexion et ses résultats sont cohérents avec ceux connus, et portent sur 248 articles les plus cités de 5 revues 'générales' très prestigieuses...Voir 5 billets sur l'art de la citation.

L'art de la citation est une plaie car il propage des informations fausses ou non vérifiées.

Ceci pose la question légitime de la qualité des articles avec des citations fausses ou de complaisance : la première rétractation d'un article pour fausses références a été observée ! OK, mais si l'on rétracte ces articles qui propagent des informations fausses... combien d'articles vont rester...  car tous les articles ont probablement des citations 'fausses', 'non vérifiées', 'trompeuses'....