Rédaction Médicale et Scientifique

Faux positif : les balivernes de 2017 du NEJM commentées chaque semaine ... mais NEJM reste une revue prestigieuse

Ce livre est très original, écrit par un psychiatre anglais, Anthony Daniels, sous un pseudonyme, Theodore Dalrymple. Il a écrit d'autres livres, et a un humour sarcastique. False positive a 280 pages, publié par un éditeur américain, Encounter Books, en 2019.

Dans un billet sur American Thinker, il y a un commentaire de l'auteur : "J'ai été encouragé à écrire ce livre après que mon neveu, qui est étudiant en médecine à Paris, m'ait demandé mon aide avant l'examen qu'il était sur le point de passer pour lire un article de recherche médicale." Ce blog a quelques exemples du livre.

J'ai aimé ce livre qui a un chapitre par numéro du New England Journal of Medicine du 12 janvier 2017 au 4 janvier 2018, the NEJM publiant un numéro chaque jeudi. Pour chaque numéro, deux ou trois articles sont commentés avec humour. Il n'est pas nécessaire de se reporter aux articles du NEJM pour suivre les raisonnements de l'auteur.

L'auteur montre clairement que le NEJM est politiquement correct avec une vision très américaine de la médecine. Sans dénigrer le NEJM, l'auteur montre que la médecine moderne est orientée par de nombreuses erreurs, liens d'intérêts, et autres embellissements de la vérité. Il nous appelle à faire attention au contenu du NEJM (ainsi qu'à celui du Lancet, sans donner d'exemples du Lancet), en expliquant ce que nous savons, à savoir que les bonnes recherches validées sont confirmées plus tard dans les meilleures revues de spécialité. Il cite les liens d'intérêts d'un auteur en proposant ce citer les industries avec lesquelles il n'a pas de liens pour faire plus court. Il pense que des erreurs sont publiées en toute connaissance de cause des rédacteurs du NEJM, car il faut faire le buzz. La pandémie de la COVID-19 a apporté des arguments sur ce point.

Il revient plusieurs fois sur les scandales des opiacés (presque soutenus) par les revues, sur le dépistage du cancer de la prostate (il préfère ne pas se faire doser le PSA pour pouvoir mourir en paix avec son cancer), et sur les promesses de ces anticancéreux qui apportent des progrès très marginaux pour les malades, mais des profits majeurs pour les industries. Je reviens demain avec quelques exemples de ce livre.

 

 

 

 

 

 

 

 

Science ouverte : une guide intéressant qui nous apprend beaucoup... l'idéal pour la reproductibilité des recherches ?

Sur le site pour la Science Ouverte, nous lisons "La science ouverte est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et -autant que possible- aux données de la recherche". Ce site du Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche est très riche.

J'évoque souvent la Science Ouverte avec des étudiants et jeunes chercheurs, et certains ont besoin d'aide. Le Passeport pour la science ouverte est un guide conçu pour accompagner les doctorants à chaque étape de leur parcours de recherche, quel que soit leur champ disciplinaire. Il propose une série de bonnes pratiques et d’outils directement activables. Je vous incite fortement à le télécharger et prendre le temps de le lire. Il est bien fait en 40 pages. Il a 3 parties :

1. Concevoir sa démarche scientifique de manière ouverte : Utiliser des ressources librement accessibles ; Prévoir la gestion des données ; Travailler de manière reproductible : pour soi, pour les autres ;
   
2. Diffuser sa recherche : Diffuser ses publications en accès ouvert ; Rendre sa thèse librement accessible ; Ouvrir les données de recherche ;
3. Préparer l'après-thèse, rejoindre le mouvement : Des politiques publiques enracinées ; Evaluer la recherche autrement.

Vous apprendrez FAIR, DORA, Sherpa/Romeo, Unpaywall, HAL et bien d'autres concepts...

 

 

 

 

 

 

 

 

Les 21 revues du groupe Lancet vont être rigoureuses sur les données sources... et les auteurs signeront-ils par complaisance

C'est une conséquence de la rétractation de l'article de Mehra et al sur COVID-19/HCQ/AZI dans The Lancet en juin 2020. Tous les rédacteurs des 21 revues du groupe Lancet ont signé un éditorial commun le 17 septembre 2020 expliquant des contrôles renforcés lors du peer-review. Ces contrôles auraient dû exister auparavant et quelques revues ont des politiques plus dures que The Lancet. Il est très fréquent que des auteurs n'aient pas vu les données sources, mais quelle en est la fréquence ?

Depuis 2013, les recommandations de l'ICMJE (ex Vancouver group) ont ajouté un quatrième critère aux 3 existants attribuer la paternité d'un article : "Engagement à assumer l’imputabilité pour tous les aspects de la recherche en veillant à ce que les questions liées à l’exactitude ou l’intégrité de toute partie de l’oeuvre soient examinées de manière appropriée et résolues." Nombreuses sont les revues qui ont ajouté un 'data availibility statement' à faire signer aux auteurs montrant qu'ils s'engagent sur l'intégrité et la disponibilité des données de leur recherche. Les auteurs signent mais souvent cette signature est une convenance sociale. The Lancet sera plus rigoureux sur le data sharing statement de l'ICMJE. Ils vont aussi s'assurer que les relecteurs connaissent les méthodes d'analyse des grosses quantités de données.

Voici un extrait de cet éditorial : "Les modifications apportées aux déclarations signées par les auteurs dans le formulaire de déclaration des auteurs exigeront que plus d'un auteur ait directement accédé et vérifié les données figurant dans le manuscrit. Nous exigerons que les auteurs qui ont accédé et vérifié les données sous-jacentes soient nommés dans la déclaration des contributeurs. Pour les articles de recherche qui sont le résultat d'un partenariat universitaire et commercial, l'un des auteurs nommés comme ayant accédé et vérifié les données doit être issu de l'équipe universitaire."

En juillet 2019, The Lancet nous avait questionné à propos du cas Latchman : "Les leaders de la recherche ayant des responsabilités complexes et un temps limité pour la recherche devraient se demander s'il est approprié de continuer à être nommés comme auteurs de travaux menés en grande partie de façon indépendante." Suivez mon regard vers Marseille !

J'ai observé des auteurs français n'acceptant pas ce genre de demande de la part des revues ! ETONNANT !

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

COVID-19 : les projets sérieux sur les traitements arrivent... convaincre les médias de ne plus servir la soupe aux complotistes

Je ne suis pas toutes les initiatives sur les essais des traitements de la COVID-19, mais je suis impressionné par d'excellents projets qui ont été correctement financés (toujours insuffisamment très probablement). Ils devraient nous faire oublier ces querelles apportées par des chercheurs peu respectueux des bonnes méthodes scientifiques, dont certains ont toujours accès aux médias. J'en retiens trois :

1. Tout d'abord félicitons le leadership français du projet COVID-NMA. Il s'agit d'actualiser les connaissances sur les thérapeutiques et vaccins avec des méthodes rigoureuses de type revues systématiques. Passez du temps sur ce site ! Cet important projet est décrit dans les Annals of Internal Medicine en date du 15 septembre 2020, avec I Boutron (Epidémiologie clinique, Hôtel-Dieu, Paris) comme premier auteur...  Bluffant, extra,... avec beaucoup de chercheurs pour faire ce travail, ouvrir les données et actualiser chaque semaine... L'image ci-contre est reprise de l'article en accès libre des Annals.
2. The LIVING project est le résultat d'une collaboration internationale (leadership danois) qui a publié le 17 septembre 2020 dans PLOS One un article intitulé : Interventions for treatment of COVID-19: A living systematic review with meta-analyses and trial sequential analyses (The LIVING Project). La lecture est intéressante, et le travail semble de qualité.
3. Une pré-publication du 18 septembre 2000 a de nombreux auteurs dont certains prestigieux, comme David Moher, Steven N Goodman, John PA Ioannidis, etc.. avec pour titre Mortality outcomes with hydroxychloroquine and chloroquine in COVID-19: an international collaborative meta-analysis of randomized trials.

Ma sélection n'est pas exhaustive. Il est logique que les bons projets prennent du temps.. bien que tout ceci soit très rapide ! D'autres living systematic reviews devraient apparaître.

Ce qui s'est passé sur le journal de 20 h de TF1 le 19 septembre est impressionnant : une excellente journaliste (Samira El Gadir) a mis en évidence les mensonges de D Raoult et expliqué qu'il n'y avait plus de place pour l'hydroxychloroquine !

Comment gober le fait que 3 500 publications soit le témoin d'une carrière réussie ? C'est avoir les mains sales.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Open, single-blind, double-blind peer-review : choix complexe pour les 96 revues de physique qui vont vers le double-blind

Un billet sur Scholarly Kitchen (10 septembre 2020) nous informe que IOP (Institute Of Physics) a choisi le double-blind pour l'évaluation par les pairs des manuscrits soumis à ses 96 revues. Ces revues vont abandonner le single-blind pour aller vers le double-blind pour fin 2021, d'après le communiqué de presse de IOP. Avant cette décision, IOP a fait une belle enquête auprès de son public qui a eu 1200 réponses (dont 86 % d'hommes, ce qui reflète la population des reviewers !). Une image de cette enquête ci-joint (76 % n'ont pas observé de biais dans le peer review ; ils ne demandent pas de compensation).

Bien comprendre les options aveugles ou ouvertes pour le peer-review est nécessaire, et comprendre que selon les disciplines, les pratiques changent beaucoup. Double-blind ne veut pas dire qu'il y a deux relecteurs ! Double-blind signifie que ni auteurs, ni relecteurs ne sont identifiés par l'autre partie : les relecteurs n'ont pas les noms des auteurs ; les auteurs n'ont pas les noms des relecteurs. C'est beaucoup de travail pour bien faire.

Il existe des données montrant que le double-blind est le modèle le plus honnête, mais pour l'open, il existe aussi des données. L'open review semble plus utilisé dans les domaines de la biomédecine, mais je n'ai pas de données. Les arguments de Kim Eggleton (IOP) sont nombreux dans ce billet : le double-blind protège les femmes auteurs ; les jeunes chercheurs n'aiment pas l'open car ils ont peur que les séniors identifient ceux qui sont critiques ; pas de bonnes réponses à l'argument qui dit que les reviewers identifient les noms des auteurs en cherchant les pré-publications ;.... le double-blind suppose la soumission de deux manuscrits (l'un est anonymisé par les auteurs... en enlevant tous les éléments de reconnaissance..).

Je fais partie de ceux qui pensent que l'aveugle n'est pas éthique et que l'open peer-review doit être développé. Je l'ai pratiqué, avec parfois quelques frottements, mais c'est satisfaisant.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Rétractation bizarre : l'endométriose rectovaginale rendrait les femmes plus attractives ! Vrai ou faux !

Que d'études de faible puissance, sans données probantes, sont publiées par les revues scientifiques. C'est un marché pour les auteurs qui font des carrières, et pour des revues qui doivent vivre ! Toutes ces études rétrospectives apportent des hypothèses, mais jamais de preuves... et nous lisons en permanence ces articles pour en tirer des (fausses) conclusions !

Un article de Fertility and Sterility de 2012 a été rétracté en septembre 2020 à la demande des auteurs, sans explication très claire. Est-ce un nouveau motif pour rétracter ?

Voici la note de rétractation traduite : "Les chercheurs qui ont contribué à cette étude demandent la rétractation de cet article. Nous avons mené l'étude en toute bonne foi et selon une méthodologie correcte. Nous pensons que nos conclusions ont été partiellement mal interprétées, mais nous réalisons en même temps que l'article a pu causer de la détresse à certaines personnes. Le respect des femmes est une priorité pour nous et nous sommes extrêmement désolés du mécontentement que cette publication a suscité".

La lecture de l'article surprend sur le type de recherche...  300 femmes ont été incluses, à partir de 488 femmes dont certaines ont abandonné l'étude pour diverses raisons (parfois car les questions 'sexuelles' les dérangeaint). Donc 3 groupes de 100 femmes : groupe avec endométriose recto-vaginale, groupe avec endométriose péritonéale ou ovarienne, et groupe sans endométriose. Parmi les évaluations, quatre observateurs (2 hommes et 2 femmes) ont évalué l'attractivité de ces 300 femmes sur une échelle de 1 (pas attractive) à 5 (très attractive). Aucun détail sur cette procédure...    Mais le résultat principal était que 31 % des femmes avec endométriose recto-vaginale était 'très attractives ou assez attractives), versus 8 % pour les autres endométrioses et 9 % pour le groupe sans endométriose. Je passe sur quelques évaluations grivoises dans l'article...

Je m'interroge sur l'intérêt de cette recherche et je me demande comment interpréter la rétractation ! Est-ce une recherche qui a été reproduite avec les mêmes résultats ? Combien d'articles similaires mériteraient rétractation ?

 

 

 

 

 

PEERE : une conférence gratuite sur le peer-review avec un bon programme

Le projet européen PEERE est une recherche approfondie sur l'évaluation par les pairs. La visite du site vous apportera plein d'informations, de présentations. Ce projet a débuté en 2014, avec des représentants de nombreux pays dont la France. Le responsable est un italien, Flaminio Squazzoni, professeur de sociologie à Milan.

La deuxième conférence, prévue à Valence, Espagne, devait durer deux jours et a été remplacée par trois sessions d'après-midi les 29, 30 septembre et 1 octobre, sous forme de webinars. Le programme est intéressant, sauf que je dois faire un séminaire pendant ces périodes... Je me suis arrangé pour suivre des communications. Les conférences pré-enregistrées seront accessibles dès le 28 septembre pour préparer les discussions. Il y a des orateurs français BRAVO.

L'inscription est gratuite et le sujets abordés sont très nombreux :

• Quantitative and qualitative analysis of peer review in scholarly journals, funding agencies and research assessment
• Estimating editorial and reviewer bias
• The impact of different peer review models (single vs. double blind, confidential vs. open etc.) on reviewer attitudes and editorial decisions
• Incentives, motivation and recognition in peer review
• Social network analysis of peer review and editorial policy
• Models and theories of peer review: principles, functions and management
• Computer simulation studies of peer review dynamics and outcomes
• Applications of bibliometrics, altmetrics and scientometrics to peer review
• Perspectives from policy makers, grant funding agencies, libraries and publishers

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Des remerciements dans un article sans avoir donné son accord : fréquent ou pas ?

Je ne connais pas la fréquence d'une pratique qui consiste à remercier des collègues à la fin d'un article. C'est une pratique qui doit être encouragée, qui permet d'éviter de se faire des ennemis. Des règles existent dans les recommandations de l'ICMJE (page 3 colonne de droite dans la version française). Il est précisé : "Nous recommandons aux rédacteurs d’obtenir de ces personnes une autorisation écrite pour être remerciées par l’intermédiaire de l’auteur chargé de la correspondance car les lecteurs peuvent en déduire que ces personnes ont approuvé les données et conclusions de l’étude." La plupart des revues ne demandent pas cette autorisation écrite.

Un cas détaillé est décrit dans l'article (accès libre) d'un chercheur chilien publié dans Research Ethics le 30 août 2020. Ce cas est intéressant. Cette pratique, sans autorisation de citation, n'est pas éthique. C'est une forme d'abus où la victime est créditée d'avoir contribué, sans avoir vu le manuscrit dans certains cas. Il s'agit souvent d'un nom prestigieux...  avec idée d'influencer la décision de la revue. Si vous mettez un rédacteur de la revue, quelle influence ?

Ces pratiques mériteraient plus de recherche quantitative et qualitative pour en comprendre l'utilité et les inconvénients. Avez-vous des témoignages...  J'ai vu des cas bizarres avec conflits quand le chercheur remercié n'est pas d'accord avec le contenu de l'article.

 

 

 

 

CNGE : Remplacer promotion et financement par la quantité par l’évaluation de l’utilité de la recherche pour les patients.

Félicitons le CNGE (Collège National des Généralistes Enseignants / Collège Académique) pour une prise de position (8 septembre 2020) afin de lutter contre des méconduites scientifiques. Voici un extrait du communiqué de presse :

Lorsque quelques expositions médiatiques remplacent la solidité scientifique, quand la recherche de l’audience remplace l’information, quand l’abandon de la méthode scientifique est érigé en système de pensée, quand le narcissisme des scientifiques remplace leur rigueur, alors n’importe quelle fantaisie peut être assimilée à une vérité.
Le système universitaire favorise le nombre de publications plutôt que leur pertinence. Les nominations et les promotions dépendent plus de ce facteur que des valeurs humanistes et pédagogiques. Une même valeur est parfois attribuée aux intuitions, aux inexactitudes, voire aux fraudes, qu’à des données validées et rigoureuses. Ces éléments pervertissent l’excellence du système universitaire dont les dérives d’autopromotion débridée en sont aujourd’hui la caricature.

Le communiqué nous engage à signer la tribune Halte à la Fraude Scientifique.  Pour signer, cliquer ici. Il y a plus de 2300 signataires le 13 septembre, et il faut continuer à faire la promotion. L'objectif est d'influencer la discussion de la loi de programmation pluriannuelle de la recherche afin que l'intégrité avance... c'est pas gagné !!!

Il règne une attitude nauséabonde dans tous les domaines, dont la médecine générale. Par exemple le collectif Laissons Les Médecins Prescrire : seul l'IPLESP* a eu une position claire (BRAV0) ; combien d'institutions ne tremblent pas quand un de leurs membres fraude (la base de donnée de l'étude artemisia co-signée par C Perronne était fraudée, l'AP-HP n"a rien vu, la faculté de médecine dort, et il continue à dire que Big Pharma lui en veut... triste, médiocre...) ?

L'attitude est nauséabonde au plus haut niveau de l'état et du ministère de la recherche... Voici le début d'un billet sur la nomination du président du Hcéres (6 septembre 2020) : "Mais voilà, c’est plus fort qu’eux : pour la troisième fois en moins d’un an, le conseiller du président de la République pour l’enseignement supérieur et la recherche, Thierry Coulhon, et la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, Frédérique Vidal....., sont en train de couler la procédure de nomination du président du HCERES. Et partant, la crédibilité même d’une autorité censée garantie l’indépendance et l’intégrité de la recherche française."

Combien d'organisations vont réellement s'engager contre la fraude ? Combien de Sociétés savantes ?

 

*Sur le site IPLESP, il y a une MISE AU POINT : La direction de l'IPLESP ainsi que ses tutelles (Inserm, Sorbonne Université) et l'AP-HP réfutent la méthodologie et les conclusions du manuscrit intitulé « Azithromycin and Hydroxychloroquine accelerate recovery of outpatients with mild/moderate COVID-19 » publié dans Asian Journal of Medicine and Health et dont un des co-auteurs est affilié au centre de recherche. Cet article publié dans une revue prédatrice ne permet pas de conclure que l’azithromycine administrée seule ou avec de l'hydroxychloroquine ait un quelconque impact favorable sur l'évolution de la maladie COVID-19. Enfin, le statut réglementaire de l'étude tel que décrit dans le papier pose question et mériterait d'être précisé.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

COVID-19 : Un site pour le peer-review de prépublications à suivre en attendant une pérennité du projet

Il s'agit d'une initiative intéressante, qui pourrait être étendue à tous les articles, car actuellement, seuls des préprints COVID-19 sont évalués. Voici une traduction d'extraits de la page de garde :

Rapid Reviews : COVID-19 est une revue en libre accès qui accélère l'examen par les pairs des prépublications de la recherche liée à COVID-19 afin de faire progresser les nouvelles et importantes découvertes, et d'empêcher la diffusion de nouvelles scientifiques fausses ou trompeuses. Les rédacteurs, dirigés par le professeur Stefano Bertozzi et basés à l'université de Berkeley, abordent COVID-19 et ses effets à grande échelle dans une perspective multidisciplinaire et mondiale, en examinant des manuscrits dans les domaines de la médecine, de la santé publique, des sciences physiques, biologiques et chimiques, de l'ingénierie, des sciences sociales et des sciences humaines. RR:C19 a réuni des étudiants de réseaux universitaires du monde pour identifier les prépublications importantes.... La question la plus importante que nous posons aux évaluateurs est de savoir si les principales affirmations d'un article sont fiables et dignes de confiance.

C'est original. Il y a peu de pré-publications évaluées, mais pour celles que j'ai lues (trois), c'est plutôt bien fait et utile. L'équipe semble solide et motivée. Quel avenir pour ce projet, et comment le disséminer ?

 

 

 

 

 

Comment éviter conférences, revues et livres prédateurs ? Penser, Vérifier, Soumettre ou Assister.

Une initiative pour aider les chercheurs à choisir un congrès est en développement. Cela semble utile. C'est sur le même modèle que le projet plus ancien pour éviter les revues prédatrices (Think Check Submit). Voici les 3 sites :

Think, Check, Attend pour choisir un congrès. Les 3 étapes suivent ce qui a été fait initialement pour les revues prédatrices. Il y a un questionnaire en 10 questions pour s'assurer que des informations existent pour le congrès. Le projet est nouveau, et il n'y a pas encore de traductions autres que l'anglais. Ce projet est fait par une société basée à Dubai. Il est endossé par Think Check Submit. Il n'y a pas encore de traduction française, et ce projet va s'enrichir comme l'a fait Think Check Submit.

Think, Check, Submit pour les revues : ce site est développé avec de nombreux partenaires. Il existe une version française. Il y a beaucoup d'informations, et des listes de questions pour chaque étape. Il ne s'agit pas d'un des systèmes pour choisir une revue à laquelle soumettre. Il s'agit de s'assurer de la confiance envers la revue choisie, et d'éviter les revues prédatrices. Il existe plus de 10 systèmes pour aider les chercheurs qui veulent choisir une revue.

Thinck, Check, Submit pour les livres et chapitres de livres : cette liste a été développée après celle des revues.

 

 

 

 

 

 

 

 

COVID-19 : gaspillage des ressources de recherche...l'exemple vient d'institutions prestigieuses (complices ?) !

Il n'y a aucun pilote dans l'avion de l'entreprise recherche. Nous attendons le crash.

Le résumé (traduit) de cette lettre à l'éditeur du 24 août 2020 est simple et clair : "Le manuscrit "Covid-19 et Vit-D : la mortalité due aux maladies a une corrélation négative avec l'exposition au soleil" a retenu notre attention car nous avons trouvé des lacunes fatales qui invalident les analyses et les conclusions."

La revue a pour titre "Spatial and spatio-temporal epidemiology" avec comme objectifs : "High quality work which straddles the areas of GIS, epidemiology, exposure science, and spatial statistics. The journal focuses on answering epidemiological questions where spatial and spatio-temporal approaches are appropriate. The methods should help to advance our understanding of infectious and non-infectious diseases in humans.". J'espère que vous comprenez. Créée en 2009, elle n'appartient pas à une société savante, mais semble-t-il à Elsevier. Le comité de rédaction est très anglo-saxon avec une rédacteur en chef qui doit comprendre les biostatistiques car il vient de 'Medical University of South Carolina Biostatistics & Bioinformatics Research'.

Ils ont publié le 23 juillet 2020 un 'research paper' dont la fin du résumé en français est "Cette corrélation établit un effet protecteur de l'ensoleillement contre la mortalité due au COVID-19. Ce manuscrit est proposé uniquement pour une discussion académique et les hypothèses et ses conclusions doivent être confirmées par d'autres recherches." Le reste du résumé est pas clair. Il y a quatre auteurs probablement tous français (l'un est aux USA). J'ai déjà commenté les publications médiocres de ces quatre compères. Comment un comité de rédaction peut accepter un article où les auteurs disent qu'ils n'ont rien montré...  c'est le comité de rédaction d'un café philosophique.

Ces manuscrits sont médiocres, et j'ai été choqué par le laxisme d'institutions qui laissent signer n'importe quoi en utilisant leurs noms. Les affiliations des auteurs sont :

1. Henry Warembourg School of Medicine, Lille University, 59000, Lille, France ;
2. NexGen Analytics, Sheridan, WY, 82801, U.S.A. ;
3. Conservatoire National des Arts et Métiers, 75141, Paris, France ;
4. Assemblée Nationale, 75355, Paris, France.

La même revue a accepté de publier une lettre décrivant toutes les lacunes. La lettre est directe et claire. Je traduits les considérations générales :

• Premièrement, le titre lui-même est trompeur car le manuscrit ne donne aucune information sur la vitamine D puisqu'elle n'a pas été mesurée dans le cadre de cette étude.
• Ensuite, il s'appuie sur des hypothèses non fondées puisque les auteurs se réfèrent à un site web (Prevenzione Tumori 2020 July) sans aucune validité scientifique plutôt qu'à des articles évalués par des pairs.
• Troisièmement, les rapports sont médiocres. Le manuscrit n'est conforme à aucune ligne directrice telle que STROBE (von Elm et al., 2007). Les citations de sources de données publiques (références 13 à 15) sont des hyperliens vers les pages principales de sites web, insuffisants pour trouver les données réelles, ce qui entrave tout effort de reproductibilité.......
• Et c'est de pire en pire.....

Les auteurs sont des amateurs... Ils ne connaissent ni les bases de la méthodologie, ni STROBE, etc... Sans aucune supervision.. Félicitons le groupe de chercheurs qui a analysé la première lettre et consacré du temps pour montrer des inepties... mais ils ont eux-mêmes des projets de recherche qui ont été ralentis par cette démarche excellente....

Les responsables sont :

1. Les auteurs mal formés, et peut-être leurs universités qui ont délivrés des diplômes (de complaisance ?)
2. La revue, son comité de rédaction, qui a publié en toute connaissance de cause, car le rédacteur en chef est biostatisticien
3. Les relecteurs (s'il y a eu relecture)
4. Elsevier qui laisse des incompétents gérer des revues
5. La revue et Elsevier car une rétractation serait la seule décision vertueuse : laisser des inepties dans la littérature ne valorise pas le système de la recherche.
6. Les incitatifs d'un système de recherche basé sur le volume et non la qualité des publications
7. Les institutions d'appartenance des auteurs qui ne feront rien car certains de leurs responsables signent des articles de ce niveau (qui ne dit mot consent). Je te tiens, tu me tiens par la barbichette ! Le premier de nous deux qui rira aura une tapette !
8. Ce genre de cas semble commun....

Je ne vois pas de solution pour améliorer la recherche et diminuer les gaspillages : et vous ?

Liens d'intérêts : je connais certains des auteurs de la seconde lettre

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

COVID-19 : les sociétés savantes doivent se réinventer dans le monde d’après pour continuer à gérer les savoirs

La revue MIR (Médecine Intensive Réanimation) a accepté de publier début septembre 2020 un éditorial 'COVID-19 : les sociétés savantes doivent se réinventer dans le monde d’après'. L'éditorial est en accès libre, et j'en remercie MIR et sa rédaction. Deux co-auteurs, Didier Dreyfuss et Michel Dubois m'ont bien aidé.

Nous manquons de recherche sur les sociétés savantes, et en particulier les Sociétés savantes médicales. Au début des années 2000, avec des collègues, nous avions proposé une définition qui est peut-être obsolète en 2020 : "Groupe organisé, dans un champ disciplinaire donné, dont les adhérents ont pour objectif de rendre compte de leurs travaux, d’améliorer la connaissance dans leur domaine, d’assurer la formation et la recherche, de diffuser les résultats de leurs activités, de soutenir et promouvoir leur discipline".

Au delà des opinions exprimées dans cet éditorial, les Sociétés savantes médicales sont menacées. J'ai imaginé une diapo ci-dessus avec les menaces en rouge. Leurs missions et ressources sont en difficulté : les congrès, s'ils deviennent en partie virtuels, peuvent changer les comportements ; les revues scientifiques ne sont plus le graal des informations validées, en concurrence avec réseaux sociaux, YouTube, médias... ; la formation continue est phagocitée en partie par les facultés de médecine ; l'argent des industries doit être transparent, et peut diminuer ; etc...

Est-ce que les nouvelles générations X, Y, Z auront l'appétence de développer les Sociétés savantes ?

Les Sociétés savantes devraient être le moteur des bonnes pratiques et pour cela s'engager contre la fraude scientifique.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

URGENT : Halte à la fraude scientifique ...... sauvons la méthode scientifique

Je voudrais féliciter les signataires d'une tribune publiée dans Libération le 2 septembre 2020, en remerciant ceux qui ont oeuvré pour la publier. La discussion parlementaire sur la loi de programmation pluriannuelle de la recherche n'a pas prévu d'inclure l'intégrité scientifique. Le rapport auprès de l'OPECST explique qu'il faudrait abandonner la dérive catastrophique liée à la culture de l'article. Des lobbies forts empêchent toute action efficace en faveur de l'intégrité. A la base, Mme la ministre de la recherche n'a pas montré une motivation forte pour défendre les bonnes pratiques scientifiques. Nous devons soutenir les parlementaires qui veulent lutter contre la fraude scientifique. URGENT. Deux points importants :

• le contenu de cette tribune, qui résume des manipulations de données, le refus de partager des données sources, les dysfonctionnements des revues, et une mise à mal en général de la méthode scientifique. Cette tribune informe le public, les médias et les politiques ;
• les signataires sont des chercheurs et professionnels médicaux et la liste s'allonge ; vous pouvez ajouter votre nom ou celui d'une organisation (avec son accord) ; parmi les signataires il y a déjà 20 structures signataires (sociétés savantes / associations / collectifs) : regardez les noms ! Bientôt plus de 2000 chercheurs, et c'est le début. Je remercie ceux qui transfèrent l'information aux Sociétés savantes et collègues qui peuvent signer. La liste des sociétés savantes signataires augmente (Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française (SPILF) ; Société de Réanimation de Langue Française (SRLF) ; Société Française de Pédiatrie (SFP) ; Collège National des Généralistes Enseignants (CNGE) ; etc.......) ?

Ce qui m'interroge, c'est la liste (non publiée) de ceux qui ne veulent pas s'engager contre la fraude scientifique :

• soit par manque de publicité des cette tribune, car ils n'ont pas été informés ;
• soit parce qu'ils sont complices de collègues ayant eu des méconduites ou fraudes ; par exemple le Pr C Perronne a des articles rétractés pour fraude alors que, sauf erreur de ma part, ni sa faculté de médecine, ni son université, ni son hôpital ne s'expriment ; la fraude est évidente sauf pour ceux qui ne veulent pas voir.....
• soit parce qu'ils ont des raisons qu'il serait intéressant de connaître.

Je reste confiant car des Académies, les présidents d'universités, les référents intégrité scientifique devraient signer. Les membres du Cofis (Conseil français de l’intégrité scientifique), du Comité scientifique du Cnrs (COMETS), et bien d'autres pourraient donner l'exemple et montrer qu'ils s'engagent pour l'intégrité... leurs signatures sont attendues.

PS : amis du CHU de Grenoble, passez un SMS à votre collègue ministre de la santé, car ce n'est pas une priorité sur son agenda.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Science Fictions : bonne réflexion sur les dérives de la science à travers la course aux publications

Ce livre est excellent mais déprimant. Il a été écrit par Stuart Ritchie, un jeune chercheur écossais en psychologie employé par le King's College de Londres et ayant travaillé sur l'intelligence humaine. Le livre présente une vue générale de la fraude, des biais, des négligences, de la médiatisation en science. C'est complet car les exemples proviennent de nombreuses disciplines. Déprimant car cela confirme l'idée que le système en place (publish or perish) ne bougera pas avec les décideurs actuels. Est-ce qu'une nouvelle génération pourra changer des comportements ? Il ne répond pas.

Ce livre est complémentaire de celui d'un autre psychologue, Chris Chambers, à Cardiff, sur les 7 péchés mortels de la science et que j'ai analysé en 2017.

Le livre a 3 parties et 8 chapitres. Il s'adresse plutôt aux jeunes chercheurs et aux citoyens avertis, en imaginant qu'ils seront acteurs du changement :

1. Un état des lieux sur le fonctionnement de la science, et surtout la crise de reproductibilité. Le Replication Gate a été très violent en psychologie.
2. Les problèmes : fraude, biais, négligence et médiatisation. Pour la fraude, et les biais, tout est excellemment sourcé : ce livre est une mine d'excellentes références. Il y a 80 pages de notes et références ! Les grands cas de fraude sont bien décrits, et je ne les connaissais pas tous. Beaucoup d'exemples ont été décrits sur ce blog. Une balance entre disciplines est intéressante, de la physique, à la biologie, à la psychologie, etc...   Les sciences sociales sont aussi considérées.
3. Les solutions : une dernière partie sur les causes et les éventuelles solutions. Les causes sont toutes connues : un système d'allocation de ressources qui donne de l'argent au riche et démotive les jeunes chercheurs ; les indicateurs basés sur le volume, les citations et pas la qualité... les chercheurs sont obligés d'embellir les articles pour survivre.

Il a des positions fortes sur la réplication des publications que les revues devraient favoriser, et il a raison. Cela s'applique, par exemple, à l'hydroxychloroquine car si les hypothèses pharmacologiques et activités in vitro avaient été répliquées, il n'y aurait pas eu de discussions (ce n'est pas dans le livre). Il insiste sur l'enregistrement des protocoles, sur le système Registered Reports.

Il n'est pas optimiste sur, en prenant par exemple le cas Wansink, avec ces réflexions (page 103) : je suspecte que beaucoup de chercheurs étaient peu confortables dans leurs chaises, comprenant que Wansik était accusé de fautes qu'ils avaient eux-mêmes commises. Compte tenu de commentaires que j'ai sur certains billets, je confirme que des chercheurs français ne sont pas à l'aise avec certains de mes billets.

Un extrait du livre sur RetractionWatch.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Les revues scientifiques doivent participer aux débats concernant le racisme dans nos systèmes de santé

Gbenga Ogedegbe est un interniste travaillant à New York (Center for Healthful Behavior Change, Division of Health and Behavior, Department of Population Health, New York University School of Medicine, New York, New York), et originaire de Lagos, Nigeria. Il est rédacteur associé du JAMA Network Open. Il était bien placé pour écrire un éditorial publié le 20 août 2020 sur la responsabilité des revues scientifiques en abordant le problème du racisme dans le système de santé.

Cet éditorial part du cas de George Floyd, ce noir américain tué à Minneapolis. Des sociétés savantes américaines, dont American Medical Association, American College of Physicians, et d'autres ont publié des appels pour dénoncer le racisme, la brutalité de la police et les liens entre racisme et déterminants de santé. Il existe beaucoup d'arguments pour proposer aux revues scientifiques de participer à ces débats. Les revues ont participé à la diffusion de données COVID-19 en ce qui concerne les populations noires et hispanisantes. Les revues sont l'un des outils pour les promotions lors des carrières professionnelles.

Comment les revues peuvent répondre à ces problématiques ? "Medical journals should increase their inclusion of studies that examine the role of structural racism in perpetuating the racial gaps in morbidity and mortality". L'auteur propose 3 stratégies :

1. Focus attention on the issues of structural racism in health care institutions and large hospital chains. Le JAMA Network Open lance un appel pour des articles sur des thématiques listées dans l'éditorial.
2. Initiate changes within medical journals that reflect racial diversity in thought. Les comités de rédaction, les reviewers ne représentent pas la diversité des professions de santé....
3. Instill hope. Il faut montrer qu'il existe beaucoup de bonnes initiatives.

Cet éditorial est très américain : qu'en est-il de nos revues européennes et françaises ? Probablement que tout est transposable.

 

 

 

 

 

 

 

Les rétractations d'articles en obstétrique et médecine fœto-maternelle ont augmenté, la majorité étant liées à des méconduites scientifiques.

Les articles sur le phénomène des rétractations, à savoir des articles invalidés pour erreur honnête ou fraudes et méconduites scientifiques, augmentent. Ces analyses sont soit pas pays, soit par disciplines, et la base de RetractionWatch est une bonne source. Elle contient bientôt 24 000 rétractations (août 2020). Une équipe de chercheurs américains a analysé les rétractations jusqu'à fin décembre 2019 dans les spécialités obstétrique et médecine foeto-maternelle. Les résultats ont été publiés en août 2020 dans un article publié par la revue American Journal of Obstetrics & Gynecology MFM avec comme titre "Retracted Articles in the Obstetrics Literature: Lessons from the Past to Change the Future". Voici la traduction des résultats exprimés dans le résumé portant sur une analyse de 122 rétractations :

Le délai médian de rétractation était d'un an (fourchette, 0-17), avec une médiane de trois citations par article (fourchette, 0-145). En outre, le facteur d'impact médian des revues était de 2,2 (fourchette, 0,1-27,6), avec un h-index médian du premier et du principal auteur de 6,0 et 13,5, respectivement. La majorité des articles étaient des recherches originales (n=80 ; 65,6 %), plus précisément des études rétrospectives (n=11 ; 9,0 %), des rapports de cas (n=19 ; 15,6 %), des études prospectives (n=18 ; 14,8 %), des essais contrôlés randomisés (n=11 ; 9 %), de la science fondamentale (n=18 ; 14,8 %) et des revues systématiques ou des méta-analyses (n=3 ; 2,5 %). Parmi les articles éligibles, 32 (26,2 %) ont été publiés dans des revues avec un facteur d'impact ≥ 4 et 21 articles (17,2 %) ont été publiés dans les dix principales revues OB/GYN avec un facteur d'impact. La majorité des rétractations concernaient des questions liées au contenu (n=87 ; 71,3 %), dont 21,3 % (n=26) pour duplication d'articles, 18,9 % (n=23) pour plagiat et 16,4 % (n=20) pour erreurs dans les résultats ou les méthodes. Parmi les autres raisons, citons la mauvaise conduite de l'auteur (n=12, 9,8 %), les résultats non reproductibles (n=11, 9,0 %) et la falsification (n=8, 6,6 %). La réponse la plus fréquente des revues était une déclaration de rétractation (n=82 ; 67,2 %). L'absence d'avis de rétractation et/ou une information limitée à l'absence d'information fournie par la revue de publication se sont produites dans 19 articles rétractés (15,6 %).

Les messages sont :

• il s'agit de la partie émergée d'un iceberg ;
• 3/4 des rétractations ont été observées depuis 10 ans ;
  
• toutes disciplines confondues, ce sont au moins 500 000 rétractations par an que nous devrions observer !

 

 

 

 

 

 

 

Que penser de la croissance et des FTA/APC de MDPI, et de Frontiers ? Ce sont les McDonalds de la publication

Comme d'autres collègues, je pense que les groupes Frontiers et MDPI sont dans une zone grise des éditeurs. Ils ont des revues légitimes et des revues avec des pratiques de groupes prédateurs : des spams nombreux, des prix de frais de traitement des articles (FTA) ou article processing charges (APC) variables, des délais rapides pour l'acceptation, une recherche de facteurs d'impact... Ces deux groupes ont de bonnes revues, qui semblent fonctionner correctement, mais des conflits ont été décrits pour d'autres revues. Par exemple lorsque les taux d'acceptation des articles diminuent, les comités de rédaction peuvent être changés brutalement. Les comptes de résultats et bilans financiers de ces groupes ne sont pas publics. J'ai croisé des responsables de ces deux groupes, et en général, ce sont de bons professionnels, mais la question est de savoir comment réagissent les employés...

• Le groupe MDPI publie plus de 200 revues scientifiques, et certaines sont légitimes, d'autres considérées comme des revues prédatrices. Cet éditeur a été créé en 1996, bien avant l'apparition des revues prédatrices, et sur Wikipedia, il y a l'historique de certaines controverses. Un billet du 10 août 2020 revient sur la success story de MDPI.... C'est un billet sur ScholarlyKitchen, et il est très détaillé, avec beaucoup d'informations. D'autres informations merveilleuses sont dans les rapports annuels. Sur 250 revues, 71 ont un facteur d'impact ; avec plus de 110 000 articles par an, MDPI est le 5ème éditeur ; une croissance rapide.. ils seront bientôt numéro 4 ; basé en Suisse, MDPI a 2 100 employés, dont 1 650 sont en Chine.... ; un taux d'acceptation moyen de 40 % ; des FTA moyens de 1 400 francs suisses. Il y a beaucoup de données sur le blog de Dan Brockington dont l'image ci-dessus qui est édifiante.

 

• Pour Frontiers, j'ai écrit quelques billets, notamment sur les rumeurs de manipulation du plan S, sur un témoignage d'une rédactrice licenciée car elle n'acceptait pas assez d'articles. Les rapports annuels sont merveilleux, sauf que les informations financières sont oubliées. Sur le blog Soutenir les Savoirs Communs, il y a une analyse (3 juin 2020) de l'augmentation des frais de traitement des articles de 61 revues du groupe Frontiers. Des augmentations annuelles sont très importantes, et j'ai copié une partie des données dans l'image ci-contre. La réponse du groupe Frontiers explique que leur politique des FTA est transparente, ce qui est exact ! Beaucoup d'autres informations dans ce billet de blog car 3 billets ont été consacrés aux augmentations des APC des revues Frontiers. Sur Wikipedia, vous trouverez d'autres controverses...

 

Que penser de tout cela ? Des ayatollas des revues scientifiques ont mené des combats contre la profitabilité de certains éditeurs. Ils ont poussé l'Open Access, ce qui est bien, mais les dérives des augmentations des FTA/APC de certains éditeurs ne semblent pas être leur problème ! ETONNANT !

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

COVID-19 : Imitation du canular du Collectif Laissons les Médecins Prescrire par le Collectif Laissons les Vendeurs de Trottinette Prescrire

• Suis-je le seul à être tombé dans le piège ! Je croyais que le Collectif Laissons Les Médecins Prescrire avait publié une étude clinique dans une revue scientifique. C'était une blague. Ce premier canular du Collectif Laissons les Médecins Prescrire avait pour objectif de faire croire que l'hydroxychloroquine était efficace dans la COVID-19. Ils avaient monté une étude farfelue.
• Cela a donné des idées au Collectif Laissons les Vendeurs de Trotinette Prescrire qui ont soumis une autre étude farfelue à la même revue asiatique, Asian Journal of Medicine and Health. Comme la première étude, leur manuscrit a été vite accepté, en faisant croire qu'une évaluation par les pairs avait été faite.

Ce deuxième canular a été très médiatisé, par les journaux quotidiens, et par les radios et télévisions. Allez lire l'histoire complète sur le blog de Michaël, billet du 15 août 2020. Vous pourrez téléchargez l'article en anglais et en français. Comme pour le premier article, vous allez rire... L'analyse de S Huet sur son blog est pleine de bon sens, et je recommande sa lecture, avec une auto-critique sur les journalistes : "Cette revue est connue comme prédatrice. Donc, tous les journalistes qui ont donné la parole aux auteurs de l’étude favorable à l’hydroxychloroquine auraient dû avoir comme premier réflexe de considérer que le risque qu’il s’agisse d’une mauvaise science frôle les 100 %. Et donc, soit n’en pas parler (meilleure solution), soit en dire le plus grand mal." D"autres analyses sur RetractionWatch, sur le blog d'E Bik, Science Integrity Digest, sur Egora, etc...

Ces deux collectifs ont montré que les revues prédatrices n'avaient pour seul objectif que l'argent : les auteurs ont payé pour être rapidement mis en ligne. L'évaluation par les pairs a été un simulacre d'évaluation. J'ai écrit aux rédacteurs et relecteurs du premier article et ils n'ont pas répondu malgré une relance (ces rédacteurs et relecteurs ont été piégés par la revue qui a usurpé leurs noms).

Cette revue AJMH a trompé les équipes des joyeux drilles du Collectif Laissons les Médecins Prescrire et du Collectif Laissons les Vendeurs de Trotinette Prescrire.

J'ai examiné longuement la revue AJMH Asian Journal of Medicine and Health. C'est une revue prédatrice, et j'ai publié une centaine de billets sur les escroqueries des revues prédatrices. Ils expliquent qu'ils n'ont aucun lien avec des sociétés savantes, et l'éditeur est basé en Inde (Guest House Road, Street no - 1/6, Hooghly, West Bengal, India). Les frais de traitements de l'article sont de 500 $, mais la réduction de 89 % est automatique !

Ce genre de canular est excellent, mais il faut savoir le terminer. J'ai suggéré au Collectif Laissons les Médecins Prescrire de demander à la revue de retirer leur article et ils ne l'ont pas fait, contrairement au Collectif Laissons les Vendeurs de Trotinette Prescrire dont l'article a été retiré.

Je félicite ces deux groupes pour leurs canulars, mais j'attends que le Collectif Laissons les Médecins Prescrire ait réellement une conduite vertueuse en demandant à la revue AJMH de retirer leur article.

Ces canulars rappellent celui de G Pérec avec : 'Mise en évidence expérimentale d'une organisation tomatotopique chez la sprano (Catantrix sopranica L.)'

Mise à jour à 14 h 25 le 31/08/20

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

L'utilisation des pré-publications en médecine devrait être très prudente... car des risques existent

C'est un éditorial du BMJ le 17 août 2020 qui revient sur cette question controversée de l'utilisation des pré-publications en médecine. Il faudrait évaluer le rapport entre les bénéfices et les risques de ces manuscrits non relus par des pairs. Je fais attention, et je n'en cite pas trop... PRUDENCE. Apparus en 1990 en physique, en 2013 en biologie, la médecine était résistante aux pré-bublications jusqu'à mi-2019...  puis la COVID-19 a fait découvrir les pré-publications aux chercheurs....

L'éditorial du BMJ prend pour exemple deux pré-publications sur l'effet protecteur du tabac vis-à-vis du virus SARS-CoV-2, manuscrits qui ont été remarqués. L'un des manuscrits était une petite étude avec des biais. L'autre a été écrit par un auteur n'ayant pas déclaré ses liens avec l'industrie du tabac, en se référant au premier manuscrit. Aucun de ces manuscrits n'évoquait les effets délétères du tabac, en les balançant avec l'intérêt d'une protection vis-à-vis de la COVID-19. Il faudra attendre pour avoir des preuves sur cette question. Ces pré-publications ont été mises en ligne sur Qeios... Ce serveur explique que la publication rapide permet de sauver des vies.. sur quelles preuves ? C'est peut-être l'inverse... Ces plateformes de pré-publications ne contrôlent rien... même pas les liens d'intérêts.

L'intégrité scientifique est menacée par les pré-publications. Le dernier paragraphe de cet éditorial est : "Les pré-publications en libre accès présentent sans aucun doute des avantages, et la publication dans des revues évaluées par des pairs n'est pas une garantie d'intégrité de la recherche. Toutefois, il n'est pas acquis que les avantages potentiels des prépublications l'emportent toujours sur les risques de préjudice, notamment parce que le risque est susceptible de varier selon le type de pré-publications (rapports d'études interventionnelles comparés à des preuves de préjudice émergent, par exemple). L'utilisation des pré-publications et l'évolution des méthodes de publication doivent être considérées avec prudence et faire l'objet d'un examen plus approfondi. Les avantages attendus d'une publication plus rapide des preuves peuvent être compromis par les préjudices causés par la publication, la diffusion et l'utilisation abusive de preuves non fiables."

 

 

 

 

 

 

 

 

 

COVID-19 : excellente analyse du balancier de l'hydroxychloroquine, mais notoriété rime avec mensonges

C'est Expert Review of Clinical Immunology qui a publié le 3 juillet 2020 un excellent article avec des auteurs internationaux, dont un français, Francis Berenbaum, qu'il faut féliciter. Ils ont analysé le discours public sur l'hydroxychloroquine de février à mai 2020.

Le titre de cet article pourrait être : "Comment surfer sur la crédulité des citoyens quand on est scientifique, mode d’emploi" d'après le tweet de Francis Berenbaum. Une iconographie (voir ci-dessous) est bien faite, avec la chronologie des événements autour de l'hydroxychloroquine, et en parallèle les mentions dans les médias. Voici le résumé traduit :

• Introduction : Plusieurs mois après le début de la pandémie COVID-19, des traitements sûrs et efficaces contre cette catastrophe sanitaire mondiale n'ont toujours pas été identifiés. Des essais cliniques sont en cours dans le monde pour tester un large éventail de médicaments. En particulier, l'utilisation non conforme de l'hydroxychloroquine pour la prophylaxie et le traitement de COVID-19 a créé de nombreux défis sans précédent pour la communauté scientifique et le public.

• Domaines couverts : Nous avons évalué de manière critique les événements majeurs de février à mai 2020 qui ont contribué à l'utilisation généralisée de l'hydroxychloroquine pour le traitement et la prophylaxie de la COVID-19. Nous avons cherché à savoir comment les opinions sur l'hydroxychloroquine peuvent passer de l'enthousiasme initial (sur la base de données cliniques in vitro et préliminaires) à l'espoir d'une guérison miracle (par communication et promotion de résultats douteux) et, enfin, à une montée du scepticisme alors que des analyses plus approfondies sont en train d'émerger.

• Avis d'experts : L'acquisition consciente et rigoureuse des données, ainsi que leur interprétation, sont essentielles pour une réponse efficace à une pandémie. La promotion rapide et prématurée des résultats a eu des implications majeures pour la gestion de la crise mondiale, créant même de la méfiance au sein du public. Il est essentiel que la communauté médicale et scientifique intègre les enseignements tirés de cette situation.

 

 

 

 

 

 

L'intégrité scientifique à l'OPECST : 'la culture de l'article est une dérive catastrophique'.

Que penser du rapport intégrité et publications scientifiques proposé à L"Office Parlementaire d'Evaluation des Choix Scientifiques et Technologiques (OPECST) du 9 juillet 2020 ? Cette communication a été présentée par MM. Pierre Henriet, député, et Pierre Ouzoulias, sénateur. C'est un bon rapport, mais les membres de notre parlement n'ont pas pris la mesure des problèmes des revues prédatrices. Je cite quelques passages en vous suggérant de lire le rapport qui fait 13 pages :

• "Je vais vous faire lecture d'une proposition de rédaction que nous souhaitons soumettre à l'Office parlementaire. Elle pourrait faire l'objet d'un amendement : « Art. L. 211-1 - L'intégrité scientifique désigne l'ensemble des règles et des valeurs qui garantissent le caractère honnête et scientifiquement rigoureux de l'activité de recherche. L'ensemble des travaux de recherche réalisés sur le territoire français doit être conforme aux prescriptions en matière d'intégrité scientifique définies par les établissements ou à défaut par la charte française de déontologie des métiers de la recherche de janvier 2015, ou sa version mise à jour ultérieurement."
• Toutes les disciplines ne sont pas touchées de la même manière. Dans les disciplines de la biologie et de la santé, les faits sont inquiétants. La responsable de l'intégrité scientifique à l'INSERM nous disait qu'entre quatre et cinq demandes d'informations par semaine lui étaient remontées. L'emballement manifeste de la science est un vrai problème. Il est dû à une culture de l'article, qui veut qu'il soit de plus en plus diffusé, après avoir été publié le plus rapidement possible, pour toucher de plus en plus de monde et maximiser son impact, ainsi que la notoriété de son auteur. C'est une dérive catastrophique.
• En outre, notre société a tendance à donner trop d'importance aux critères quantitatifs, car ces derniers sont plus simples à manier. Nous n'allons pas non plus évoquer le nom d'un professeur qui a disposé d'une tribune médiatique forte, dans une ville du Midi connue pour être une ancienne colonie de Phocée...
• Cédric Villani cite des cas de méconduites, par exemple "La seconde est l'affaire Séralini, du nom du biologiste qui a voulu apporter la preuve de la cancérogénicité des organismes génétiquement modifiés (OGM). Là aussi la question des statistiques était prégnante, et il s'agissait d'un sujet d'actualité. Plus récemment, dans le cadre de la pandémie, le professeur Montagnier, pourtant Prix Nobel de médecine, est aussi intervenu dans le débat public de manière extrêmement déstabilisante. Cela rappelle que l'autorité scientifique n'est jamais une chose acquise : Luc Montagnier et Didier Raoult sont ou ont été tous deux d'éminents scientifiques."

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Les fraudes de La Maison de l'Artemisia vont-elles continuer après la rétractation de 2 articles ? Caution inadmissible de C Perronne !

La maison de l'Artemisia est une association vaseuse qui fait la promotion d'une tisane avec de l'Artemisia pour traiter le paludisme et la bilharziose. Une orthodontiste, Lucile Cornet-Vernet, a du avoir des illuminations d'après le site de l'association : "Rien ne prédisposait Lucile Cornet-Vernet à devenir une figure de la lutte contre le paludisme. Sa vie bascule en 2012 quand elle apprend qu’une simple plante, qui pousse en Afrique, bue en tisane, pourrait guérir de la maladie qui accable tout le continent." Ce truc est fumeux.. il y a un livre, des maisons de l'Artemisia, est-ce une secte... vous pouvez faire un don, c'est de l'humanitaire, etc...  Le problème, c'est l'absence totale de données validées sur l'efficacité de cette tisane ! Ils auraient traité 3 millions de malades, mais je crois qu'il y a encore du palu et de la bilharziose en Afrique !

Leur heure de gloire a été la publication de deux articles dans la revue Phytomedecine fin 2018 et en 2019 sur des essais cliniques fait au Congo. Bien sûr ces essais montraient l'efficacité de leur tisane. Le premier auteur s'appelle Jérôme Munyangi (actuellement il cherche de l'argent pour tester son truc dans la COVID-19... article du Monde Afrique du 18 juin 2020).

L'histoire est très bien décrite dans une série de tweets de Florian Naudet et dans un billet de RetractionWatch du 5 août 2020.

Félicitons les experts français qui ont persévéré pour écrire à la revue et montrer les fraudes : Xavier Argemi, Yves Hansmann et Nicolas Meyer (CHU Strasbourg), Jean Gaudart (AP-HM Marseille), André Gillibert (CHU, Rouen), Eric Caumes et Stéphane Jauréguiberry (Pitié Salpétrière, Paris). Ils sont signataires d'une lettre publiée dans Phytomedicine en septembre 2019. Il a fallu presque deux ans pour que ces articles soient rétractés car le rédacteur de Phytomedicine n'a pas été très aidant, ni Elsevier, ni d'autres membres de la rédaction. En pratique la base de données est totalement fraudée (je l'ai vue), et l'essai pas clair. Il y a eu des combats homériques, avec des lettres recommandées, et les institutions ont été totalement absentes... On en vient à se demander pourquoi des référents intégrité scientifique existeraient, notamment à la Faculté de Médecine Paris IDF Ouest....! Eh oui, l'un des auteurs est Christian Perronne...   il est dans tous les coups foireux ! D Raoult n'a pas signé ces articles.

Ces articles ont 14 auteurs, avec J Munyangi (Congo) en premier auteur, et notre fameuse orthodontiste en 2ème auteure...  Cela ne surprend personne de voir une orthodontiste faire des essais cliniques au Congo ! Les affiliations des auteurs sont : Congo, France, USA, Luxembourg, Belgique.... 

L"association de la Maison de l'Artemisia semble aller bien, sans être inquiétée ni par l'Agence du médicament ni par la répression des fraudes.. La vie est belle, sauf pour les malades ayant du paludisme ou de la bilharziose, mais c'est un détail. Peu d'articles de presse, mais félicitons l'Express du 20 août avec un titre clair : "Deux études cosignées par le professeur Perronne sur la tisane d'Artemisia rétractées"

PS : L'artemisine est un antipaludéen qui a valu un prix Nobel. Je ne pense pas que L Cornet-Vernet et C Perronne auront un prix Nobel.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

CIVOD-91 : L'ODDRE N'A PAS D'IPMROTNCAE pour le Pr D LAROUT de l'UHI de SMERAILLE

Beaucoup trop a été dit sur l'hydroxychloroquine, tout cela entretenu par des réseaux sociaux. Les preuves sont nombreuses de son absence d'efficacité et par exemple les articles de Futura Santé sont factuels et documentés, mais il en existe d'autres. L'article de Julien Hernandez du 3 août 2020 "Chloroquine : fin de partie" est intéressant et mérite diffusion au public averti. Il reprend simplement et correctement les bonnes études, surtout essais randomisés pour la clinique.

Pour ce billet, j'ai choisi un titre qui pourrait être affiché sur la porte d'entrée de l'Institut Hospitalo Universitaire de Marseille. Il faut parler leur langage !

Les preuves s'accumulent lentement sur l'inefficacité de l'hydroxychloroquine, mais les complotistes persistent, soutenus par des journaux comme France Soir, ou ces télés en continu qui cherchent de l'audience. Les usines à trolls soutenant ces thérapeutiques dangereuses fonctionnent.

Encore The Lancet a montré les risques de l'association hydroxychloroquine / azithromycin. Dans un article du 21 août 2020 : 'Addition of azithromycin appeared to be associated with an increased risk of 30-day cardiovascular mortality (calibrated HR 2·19 [95% CI 1·22–3·95]), chest pain or angina (1·15 [1·05–1·26]), and heart failure (1·22 [1·02–1·45]).'

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Les 10 messages de RetractionWatch pour leur 10ème anniversaire

Il y a encore beaucoup de méconnaissances sur les mécanismes des rétractations. Par exemple, les incompréhensions sur ce que l'on appelle le LancetGate à propos de l'hydroxychloroquine. Les bonnes pratiques de rétractation puis republication ont été appliquées pour l'éditorail de ce LancetGate : BRAVO.

A l'occasion du 10ème anniversaire de RW, il y a un billet intéressant sur les points importants de ces 10 ans, et un autre billet avec de bons messages (que j'ai traduits en français) :

1. Les rétractations sont plus fréquentes que nous - ou que quiconque - le pensions. De 40 par an à 1500 par an en 10 ans !
2. Les revues sont très lentes 'as molasses'...  il faut parfois des années pour rétracter un article ;
3. Mais ils s'améliorent...  des éditeurs ont des responsables 'intégrité' ;
4. Si vous le construisez, ils viendront : Une communauté se retrouve.... RW n'est plus seul ; ils y a de plus en plus de blogs, de sites appelant à un esprit critique des publications ;
5. De plus en plus de journalistes couvrent également les méconduites scientifiques ;
6. L'ingéniosité des fraudeurs ne connaît pas de limites... avec quelques exemples dans le billet de RW ;
7. L'atteinte à la réputation n'est pas aussi grave que ce qui est attendu attendu par la plupart d'entre nous ;
8. Ce n'est pas Big Pharma qui est responsable de la plupart des rétractations, et ce ne sont pas toutes les revues qui font payer des frais de publications.... Les revues qui rétractent le plus sont les revues prestigieuses, comme NEJM et Nature ;
9. Les juristes jouent un rôle important dans de nombreux aspects du processus, qu'ils soient visibles ou non ;
10. Les discussions sur ce qu'il convient d'appeler les rétractations - ou taxonomie - ne finiront jamais... en fait la trilogie correction, expression de réserves, rétractation reste suivie.

Bonnes réflexions totalement ignorées par les bulletins paroissiaux raoultiens et bien d 'autres....