Rédaction Médicale et Scientifique

Il nous faut des règles simples pour répondre à un avis de relecture car recouper les suggestions des relecteurs avec les réponses des auteurs est difficile !

Recevoir plusieurs pages avec les avis de relecteurs est une bonne nouvelle, sauf en cas de refus sans appel. Mais certains auteurs sont dépités, lisent rapidement et dépriment... Ils repoussent les réponses à plus tard.. ERREUR, il faut répondre vite pour mettre de bonne humeur le rédacteur en chef. Il faut argumenter pour ne pas refaire les expériences, et bien répondre à tout ce qui est faisable. 

Le rédacteur en chef propose des conseils dans un article d'avril 2019 du Journal of Graduate Medical Education (accès libre) : 

• Asseyez-vous, surveillez votre pouls, et prenez le temps de lire tranquillement. L'objectif des rédacteurs et reviewers (non payés) est d'améliorer votre article ;
• Différenciez les commentaires mineurs et majeurs ; si vous ne pouvez pas répondre aux commentaires majeurs, considérez parfois une soumission à une autre revue ;
• La vitesse est importante... s'il vous faut du temps, avertissez le rédacteur...  mais faites vite ;
• L'une des tâches les plus difficiles du rédacteur est de recouper les suggestions des relecteurs avec les réponses des auteurs. Donc la qualité de votre réponse est très importante.....

 

Les conseils sont similaires à ceux décrits dans l'excellente série 'Ten simple rules' de PLOS Computational Biology. Un article a pour titre "Ten simple rules for writing a response to reviewers" (octobre 2017). Voici les 10 règles :

1. Fournir une réponse générale, avant de répondre à tous les points ;
2. Soyez poli et respectueux de tous les relecteurs ;
3. Acceptez les critiques ; s'énerver ne sert à rien ;
4. La lettre de réponse doit tout expliquer, de façon à ce que le rédacteur n'ai pas à relire le manuscrit, avec le risque qu'il découvre d'autres points qui mériteraient des clarifications ;
5. Répondre à tous les points (reprendre les numérotations s'il y en a pour les commentaires ;
6. Utilisez des conventions typographiques pour vos commentaires, pour les modifications du texte, etc...
7. Commencer par répondre à chaque point avant d'apporter des commentaires ;
8. Si possible, faites ce que les relecteurs ont demandé ;
9. Soyez très clairs sur les changements faits dans le texte ; en général, vous renvoyez 3 documents : votre lettre avec toutes les réponses (en copiant/collant les modifications du texte), le texte avec les corrections apparentes, une version du texte ayant pris en compte les corrections (CLEAR) ;
10. Donc, vous écrivez deux fois vos réponses.

La crise de la reproductibilité : 3 exemples didactiques de Novo-Nordisk ayant cherché à refaire des expériences publiées dans le diabète/métabolisme.

Cet article est génial car pragmatique et pédagogique. Publié dans Cell Metabolism le 14 mars 2019. Vous ne regretterez pas le temps de lecture. Je remercie surtout Christian Pinset qui me l’a signalé.

La crise de reproductibilité des publications est documentée. Dans cet article, ce sont trois cas pratiques qui sont détaillés par 7 chercheurs (3 chercheurs de Novo-Nordisk USA, 1 chercheur de Suède, 3 de Novo-Nordisk Danemark). Parmi les premiers articles sur la reproductibilité, ce sont les industries qui ont alerté la communauté scientifique (Amgen et Bayer), car leurs chercheurs répliquent d’abord les expériences publiées avant de travailler sur des concepts pour développer des produits de santé. La plupart des industries semblent rencontrer ce problème, mais rares sont les industries qui publient leurs données. Dans cet article de Cell Metabolim, trois cas sont décrits en détail, parmi ceux que rencontre Novo-Nordisk. Ces trois cas ont été choisis car ils illustrent des situations différentes (études animales, qualité des réactifs, variabilité entre labos). Ils montrent le travail interne de la firme qui reproduit les réactifs, les manipulations, avec tous les détails. Je vous pousse à les lire car ils sont détaillés, voire en expliquant que ces réplications ont été des échecs malgré des contacts avec les auteurs des articles. Voici ces 3 cas :

• Insulin tolerance induction in the non-obese diabetic mouse model
• Asprosin – Exploration of the new glucopenic hormone
• GABA treatment for beta cell expansion and improved glucose homeostasis

Un tableau propose des explications pour ces 3 situations, et éventuellement des remèdes. Le voici :

La communauté académique produit des articles, mais ne refait jamais les expérimentations…  et ensuite les gaspillages sont à la charge des industries qui veulent répliquer. Ce monde est bizarre : course à l’obésité du curriculum dans les universités, recherche de la qualité des expériences dans les industries !!! 

En 40 ans, les titres des articles des revues médicales prestigieuses ont évolué vers les populations plutôt que les individus, et vers une séparation patient / maladie.

La culture de la médecine évolue régulièrement et un moyen de l’analyser est d’explorer le langage employé dans les articles des revues médicales. Ce sont des études difficiles avec des fouilles de texte sur de grands nombre d’article.

Une étude parue dans le JAMA Open le 22 mars 2019 est passionnante, même si la lecture est parfois difficile. Son titre : Trends in the use of common words and patient-centric language in the titles of medical journals, 1976-2105. Le travail a porté sur les titres de 302 293 articles des revues du groupe V5 (Annals, BMJ, JAMA, Lancet, NEJM), publiés entre le 1 janvier 1976, et le 31 décembre 2016. Ces chercheurs de Philadelphie, USA ont travaillé sur des mots (monograms) ou des paires de mots (bigrams).

Ils ont observé des changements dans le sens d’un développement de l’épidémiologie clinique. Le langage a évolué en évoquant plus souvent des populations que des individus, avec une séparation entre le patient et la maladie (par exemple un patient avec un diabète a remplacé un diabétique), et les titres des articles (devenus plus longs sauf pour le NEJM) ont été plus centrés sur les patients. Le langage de causalité a diminué pour être remplacé par des risques et associations. Il y a beaucoup de données, très précises, et je retiens deux images de cet article. Les 4 nuages des mots (augmentés et diminués) et digrams (augmentés et diminués) ont été ceux-ci :

La règle des cinq pour un CV : 5 articles des 5 dernières années que les jurys lisent (lire est mieux que compter des haricots)

Lire est très impopulaire quand on dispose d'indicateurs permettant de comparer... sauf que ces indicateurs n'ont jamais été conçus pour comparer des candidats ou allouer des ressources. Il y a des groupes vertueux qui commencent à changer les comportements des chercheurs, mais cela semble difficile. L'objectif est de remplacer la quantité par la qualité ! Dans Nature du 21 février 2019, un bon point de vue de A Finkel qui expose l'expérience de l'Australie. En une page, il décrit des expériences australiennes, et explique qu'il faut développer l'intégrité de la recherche et des comportements vertueux. Il faut arrêter de compter des haricots, comme l'explique Chris Chambers.

The 'Rule of Five' a déjà été adoptée pour certains programmes par l'Australia’s National Health and Medical Research Council

Je traduis un paragraphe de son point de vue : "Les établissements doivent tenir compte des appels de plus en plus nombreux en faveur de l'abandon du comptage d'articles et des mesures similaires pour l'évaluation des chercheurs. Une alternative la règle des cinq, démontre un engagement clair envers la qualité : les candidats présentent leurs cinq meilleurs articles des cinq dernières années, accompagnée d'une description de la recherche, de son impact et de leur contribution individuelle. Les chiffres exacts sont immatériels : ce qui compte, c'est l'accent mis sur la qualité. Une poignée d'établissements ont exigé des examinateurs qu'ils envisagent les contributions individuelles plutôt que des listes de publications, et le changement n'a pas été facile. Les examinateurs devraient être mis en garde contre le googling, les h-indices et les listes de citations des individus, par exemple.
La persévérance et l'autoréflexion sont essentielles."

Les revues prédatrices se professionnalisent, des chercheurs sont complices, les institutions sont amorphes

Cet article de l’équipe de D Moher, Canada, (23 mars 2019), apporte des données qui viennent conforter mon opinion. Je suis persuadé :

• que les revues prédatrices s’améliorent (certaines font réellement du peer review),
• qu’elles attirent certains auteurs sans toujours demander un APC (article processing fee), et attirent des experts (complaisants pour certains) sur les comités de rédaction,
• que des chercheurs sont satisfaits s’ils publient dans ces revues (rapidité, facilité et CV qui augmente vite),
• que les institutions n’alertent pas les chercheurs, et laissent passer des CVs contenant des articles de revues prédatrices,
• que c'est une escroquerie légale !

Cette enquête n’apporte pas encore de certitude, car le taux de réponse de 14 % (ils attendaient 40 %) est faible et que 82 chercheurs du domaine biomédical ont répondu. De bonnes choses néanmoins car les revues étudiées sont des revues présumées prédatrices (base de D Moher déjà exploitée), et les méthodes et questions étaient bien faites. Cette équipe a montré que les auteurs dans ces revues étaient surtout indiens et américains !

L’exploitation des réponses apporte des informations attendues (26 % des auteurs d’Inde et 21 % des USA ; 41 % ont été sollicités par des emails ; 28 % ont identifié la revue par une recherche internet). Il y avait quelques points surprenants : 83 % des répondeurs ont reçu des critiques de reviewers (pour 80 % d’entre eux ces critiques étaient utiles) ; 45 % n’ont pas payé d’APC et ceux qui ont payé un APC ont en moyenne payé 348 $, avec une médiane de 74 $ ; 4 % savaient qu’ils soumettaient à une revue prédatrice ; 46 % ne savaient pas qu’ils soumettaient à une revue prédatrice, mais ils ont été convaincus plus tard ; 43 % ne savaient pas qu’ils soumettaient à une revue prédatrice, et pensaient encore qu’il ne s’agissait pas d’une revue prédatrice ; 28 % vont re-soumettre à la même revue. Xx % ont été satisfaits de la revue et sont prêts à re-soumettre à la même revue.

L’article apporte beaucoup de réflexions, et il est clair que les motivations étaient : pression pour publier, perception de qualité de la revue, difficulté de publier ailleurs car pas original, méconnaissance du système et défaut d’encadrement. Les reviewers de cet article ont critiqué le fait de qualifier ces revues de prédatrices (notamment si elles ne demandent pas d'APC), et le terme 'présumé' a été ajouté dans l'article et le titre.

Les revues prédatrices apprennent le métier…  et comblent des vides. Cela va continuer et les revues de sociétés savantes auront du mal à réagir… d’ailleurs elles ne sont pas armées pour réagir. Seules les institutions pourraient changer la tendance…   en refusant des CVs ayant des articles de revues prédatrices. Pour des spécialités étroites publiant dans quelques revues, il est possible de faire des listes positives de revues acceptées par les jurys (par exemple en urologie), mais plus difficile pour des spécialités transversales (médecine interne par exemple).

Il faudra plus de recherches de ce type pour mieux comprendre où va le système des publications, le danger ayant été créé par l’open access payant…..

Cobey KD, et al. Knowledge and motivations of researchers publishing in predatory journals : a survey. BMJ Open 2019;9:e026516.

Conférences prédatrices à Montréal et Toronto : les universités canadiennes sont abusées

Il faut se méfier des conférences prédatrices : un article de la Gazette de Montréal (10 avril 2019) alerte la communauté sur ces pratiques. J'ai appris des pratiques que je ne connaissais pas dans le détail (voir billet de vendredi 12 avril 2019) : 

• It is running a series of 18 small but pricey conferences in Toronto and Montreal in the next few weeks on topics ranging from cosmetology to medicine. Registration fees range up to US$1,399 for two days.
• Le journaliste a proposé de parler à une conférence, et il a été accepté : "We proposed a speech on growing poison ivy as a food crop, and the company accepted the paper immediately for its food security conference.
• Un professeur de l'université de Montréal (retraité depuis 2012) est sur de nombreuses conférences : il n'est pas au courant, mais comme il a donné sa signature une fois... cette signature apparaît sur les invitations....   Asked whether the signature on the letter was his he replied: “I guess. If I remember it was because they asked me for a signature that they could use when they sent messages to colleagues and graduate students to acknowledge receipt and acceptance of their Abstracts for the conference.” Late Wednesday, after Omics did not answer his emails, he asked the company to withdraw him from the conference.
• Omics, la plus grande société produisant des conférences prédatrices a été condamnée aux USA en mars 2019 (Omics a une société aux USA) de payer 50 millions de dollars pour ses pratiques fallacieuses..  ils font appel !
• Les universités canadiennes sont mentionnées par les adresses des potentiels orateurs, et elles ne savent pas comment réagir..    Je ne sais pas si des universités françaises sont dans le même cas...
• Les sociétés prédatrices se rachètent entre elles : Omics a racheté la société Consortium au Canada.
• Sur Omics, je n'ai trouvé que très peu de français.... voir un commentaire ci-dessous de Bruno Bêche (Institut de physique, Rennes) qui a rencontré des collègues de l'optique quantique russe.... Je remercie Monsieur B Bêche pour m'avoir confirmé cette situation. Ce qui est important, c'est que la communauté des physiciens ait été avertie.
• Il y a aussi 'Stephanie Degoutin University of Lille, France' (pas de réponse à ma sollicitation).... donc Paris et autres villes seraient épargnées ? Pas sûr car des conférences en France sont sur le site de Omics.

Attention, il existe une revue OMICS indexée dans la plupart des bases, et c'est une revue non prédatrice !

PS : Je remercie le tweet de BIU santé qui m'a informé, en retweetant un tweet de la bibliothèque de Montréal

La mafia des SIGAPS pour allouer des ressources est active : des comportements induisent des guerres atomiques dans des services

La plupart de nos organismes de recherche (Inserm, Cnrs, ANR,...) ont signé la déclaration DORA dont la première recommandations est de ne pas utiliser des indicateurs inappropriés (facteur d'impact, H-index...) pour évaluer des recherches. Ils ont signé, c'est bien : vont-ils mettre en oeuvre ce qu'ils signent ? Ces indicateurs n'ont jamais évalué la qualité des recherches, et les hôpitaux s'accrochent à SIGAPS...   (certains CNU aussi). Il faut dire que le système mafieux des SIGAPS a beaucoup changé les comportements des praticiens hospitaliers..   Je me permets de le dire clairement car j'ai des témoignages, mais la plupart ne veulent pas être cités..  

Aux USA, ce sont 40 % des universités qui utilisent encore le facteur d'impact (Nature, avril 2019)...  donc l'abandon de cet indicateur est réellement en route. Mais en France, des villages gaulois défendent les facteurs d'impact.

Le rapport de la cour des comptes de 2017 n'a servi à rien.. En 2019, il n'a probablement pas encore été lu dans les ministères. Un seul extrait de ce rapport : Certains établissements de santé contournent le modèle en salariant pour quelques vacations, parfois une seule, des praticiens attachés, par ailleurs auteurs de publications dans le cadre de l’activité de recherche menée auprès de leur employeur principal. Est-ce de l'argent public gaspillé ? Probablement NON !

Un document accessible sur le site du CHU de St Etienne est très bien fait et informatif. D'autres infos pour la recherche sur ce site. Il explique l'évolution du calcul des points SIGAPS entre 2008 et 2017. Son titre : "Evolution annuelle de la méthodologie pour le calcul des scores SIGAPS & SIGREC". Il y a un nom, probablement l'auteur, en vertical à droite (Gwénaël Le Jaouen). Je remercie et félicite cette personne pour ce travail. Cela permet de constater les dérives, probablement sous l'influence de gratte-papiers des ministères qui eux-mêmes sont sous l'influence de leaders divers de la profession médicale. Vous pouvez faire défiler le calcul des SIGAPS de 2008 à 2017, et voir quand des changements ont été faits. Rêvez en regardant les comparaisons 2008 (point à 1478 €) et 2017 (point à 648 €) ci-dessous :

 

Les 'coercive citations' sont fréquentes... pas de prévalence connue.. pratique de plus de 10 % des chercheurs

Nous manquons de données sur une pratique : lors du peer-review, les relecteurs et/ou le comité de rédaction suggèrent (voire demandent) à l'auteur d'un manuscrit de rajouter des citations dans son article. Les relecteurs suggèrent leurs propres publications ; les rédacteurs de la revue demandent de citer la revue pour augmenter le facteur d'impact. Voici le début traduit d'un éditorial paru dans Bioinformatics en janvier 2019 :

Un cas a récemment été porté à l'attention de la revue concernant un relecteur qui avait demandé un grand nombre de citations de ses propres articles dans le cadre de son examen. Après avoir examiné ses avis de relecture les plus récents, nous avons constaté que, dans chaque avis, ce relecteur a demandé l'ajout d'une moyenne de 35 citations, dont 90 % étaient ses propres articles et le reste des des articles qui le citaient abondamment et le mentionnaient par son nom dans le titre. La formulation du relecteur suggérait fortement que l'inclusion de ces citations influencerait sa recommandation au rédacteur en chef pour accepter ou rejeter l'article.

Un enquête aux USA à laquelle 12 000 chercheurs ont répondu apportait des informations probablement sous-estimée (les chercheurs n'aiment pas répondre aux enquêtes sur des pratiques douteuses, et ont tendance à sous-estimer s'ils répondent). Il s'agit d'une publication de 2017 dans PLOS One et j'ai repris ci-dessous la figure 1 qui montre que 10 % (health care, science, social sciences) à 20 % (engineering), voire presque 30 % (business) des chercheurs admettent ajouter ces citations qui n'ont pas grand chose à voir avec leur travail de recherche. Par ailleurs, plus de 30 % ajoutent des auteurs à leurs publications...

Il faut défendre le Pharmachien, site humoristique canadien sur la pseudoscience

Je vous suggère de diffuser auprès du public et de vos collègues les commentaires du site canadien, le Parmachien. Il est animé par un pharmacien de Montréal et ce site diffuse des informations pour montrer comment la fausse science est propagée. Je vous laisse évaluer et apprécier les illustrations. Animé par Olivier Bernard, Montréal, qui a écrit des livres, et fait des conférences. il anime une émission de télévision. Bonne démarche, mais difficile quand des menaces méchantes viennent perturber son activité. 

En l'occurrence, il est menacé en 2019 par un groupe qui n'accepte pas les commentaires sur la vitamine C prescrite par voie intraveineuse aux cancéreux en fin de vie pour mieux supporter les chimiothérapies. Il faut reconnaître que c'est un marché lucratif dont les bases scientifiques sont faibles, voire très faibles. Les 'intimidations' dont il est l'objet sont inadmissibles, touchant à sa vie personnelle, etc... Il perd le moral... lisez la mise à jour du 4 mars 2019 sur son billet du 3 juillet 2018 sur 'Injections de vitamine C : la cause VS la réalité', son compte Twitter, et sa page Facebook. L'Association Française pour l'Information Scientifique (AFIS) a alerté ses membres le 15 mars 2019 sur cette situation. Une pétition (6239 signataires) a circulé pour le soutenir ; elle est fermée.

Dans un autre registre, mais proche, les lanceurs d'alerte en viennent souvent à regretter d'avoir informé les collègues et institutions. Même aux USA, où dans le cadre des industries, les lanceurs d'alerte reçoivent des compensations financières importantes, ils regrettent leurs actes : recevoir des messages indiquant que vous serez poussé sous un bus ou un train est désagréable ! Relisez ce bon article du NEJM intitulé "Whistle-Blowers' Experiences in Fraud Litigation against Pharmaceutical Companies". Cet article de 2010 est d'actualité. Moi aussi, j'ai quelques remarques agressives ! Pas encore de menaces sur ma vie personnelle.

Lien d'intérêt : j'écris une rubrique régulière (Science & Concience) dans Science & Pseudo-Sciences, la revue de l'AFIS.

Conférences prédatrices, congrès prédateurs : méfiez-vous !! Surtout quand l'invitation précise que ce n'est pas un spam

Méfiez-vous, car je rencontre encore des scientifiques qui n'ont pas conscience de l'existence de congrès prédateurs. Ils sont nombreuses et de nombreuses modalités existent : des congrès/conférences annoncés qui ne se tiendront jamais, des congrès annoncés qui sont déplacés au dernier moment pour réduire la voilure et les orateurs annoncés sont remplacés au denier moment, des conférences qui n'ont jamais lieu. 

J'ai rencontré un chercheur qui avait payé cher (inscription) pour aller à un congrès à Londres et qui s'est aperçu au dernier moment que le congrès n'aurait pas lieu. Vous recevez, peut-être comme moi, des sollicitations pour accepter d'être orateur ! Méfiez-vous aussi (voir un exemple d'invitation ci-dessous).

Les escrocs qui ont créé des revues prédatrices font aussi des congrès prédateurs... C'est le même métier. Il semble que le nombre de congrès/conférences prédateurs soit supérieur au nombre de congrès de vraies sociétés savantes.

Il y a aussi les conférences pirates : un site miroir à votre congrès régulier est créé uniquement pour recevoir l'argent de l'inscription. Le site internet est bien fait et semble en piéger certains (je n'ai pas d'exemple de chercheurs ayant payé à ces pirates). Quand le congrès s'en aperçoit, il met une page d'avertissement sur son site... mais le mal est fait. J'ai rencontré deux organisateurs de congrès ayant eu des problèmes..

Il existe quelques règles que vous trouverez sur internet pour ne pas se faire prendre... Par exemple Think Check Attend, basé sur le modèle de celui des revues prédatrices.  Difficile. Wikipedia décrit le phénomène.

Dear Dr. H. Maisonneuve, 

Greetings from WGHC 2018, Rome, Italy!

It’s our great pleasure to invite you as a Speaker for “World Gastroenterology & Hepatology Conference” on September 10 - 12, 2018, Rome, Italy. 

We have not yet established on which day your talk would be scheduled; should you accept this invitation, there is some flexibility we can use to accommodate your own scheduling preferences (Monday September 10 through Wednesday September 12).

To know about our featured speakers please visit @ https://gastroenterology.innovincconferences.com/index.php/home/speakers 

For more details please visit our website https://gastroenterology.innovincconferences.com/

Abstract Submission @ https://gastroenterology.innovincconferences.com/index.php/home/abstractsubmission 

Abstract Submission deadline is 10^th August, 2018.

We are pleased to inform you that our conference has limited funding and we are sponsoring 3 nights’ accommodation for invited speakers at our conference venue.

If you have any further queries, feel free to contact me. I will be glad to assist you in all possible ways.
Looking forward to hearing from you soon.
Sincerely Yours, 

Dr. Kelly Michaels, Program Director of WGHC-2018, Phone: +1-408-352-1010

Email: gastroenterology@innovincint.org
Disclaimer: This is not a spam message, If you do not want to receive any email in future from WGHC-2018 then reply us with the subject "unsubscribe". We concern for your privacy.

Written communication : Comment les genres de news en ligne reprennent-ils les affirmations de connaissances d'un article de recherche scientifique sur le changement climatique ?

Cet article de la revue Written Communication en décembre 2018 a analysé l'utilisation des connaissances scientifiques dans les news. Il a 35 pages, mais il se lit bien (si vous avez le temps !). Voici une traduction du résumé (comment traduire news ? par nouvelles, par actualités ?... j'ai laissé news !) :

L'Internet a contribué à changer qui écrit sur la science dans les news, comment les news sont écrites et comment elles sont prises en compte par les différents publics. Cependant, peu d'études ont examiné comment ces changements ont eu un impact sur l'adoption des allégations scientifiques dans la rédaction de news en ligne. Cette étude de cas explore comment les genres de news en ligne reprennent les revendications de connaissances d'un article de recherche sur le changement climatique sur une période d'un an et montre comment les frontières changeantes entre les communautés rhétoriques affectent l'adoption des genres. Les résultats de l'étude montrent que les rédacteurs de news en ligne utilisent principalement le genre des reportages de news pour couvrir les résultats de recherche pendant 48 heures, après quoi ils utilisent principalement le genre éditorial des news pour engager ces résultats. L'analyse suggère que le genre du reportage utilise le communiqué de presse et le résumé de l'article comme genres intermédiaires, mais que l'éditorial des news utilise uniquement le résumé. Je soutiens que le passage d'un genre à l'autre repositionne le scientifique, le journaliste et le public sur le plan épistémologique, une réorientation qui favorise l'adoption dans les médias d'information des mesures visant à atténuer le changement climatique et ses effets.

L'injustice linguistique des auteurs non-natifs qui doivent écrire en anglais devrait être considérée dans la recherche !

Dans le numéro de Written Communication analysé hier, l'article dont le titre est "Linguistic Injustice in the Writing of Research Articles in English as a Second Language: Data From Taiwanese and Mexican Researchers" s'applique à nos pratiques de rédaction en anglais quand nous ne sommes pas des natifs anglo-saxons.

Voici le résumé traduit : "Cette étude examine le fardeau supplémentaire que les chercheurs mexicains et taïwanais non anglophones (non-native English speaker ou NNES) perçoivent lorsqu'ils rédigent des articles de recherche en anglais seconde langue (L2) comparativement à leur expérience de la rédaction scientifique en langue maternelle (L1). 148 chercheurs mexicains et 236 chercheurs taïwanais ont rempli une enquête établie sur le fardeau de la rédaction scientifique. Les résultats ont révélé des différences significatives entre la L1 et la L2 en rédaction scientifique avec un fardeau accru pour la L2 en rédaction scientifique consistant en une augmentation moyenne de 24 % en difficulté, 10 % en insatisfaction et 22 % en anxiété. Aucune différence significative entre les chercheurs mexicains et taïwanais n'a été constatée. Les analyses de régression ont établi que les variables du fardeau de la rédaction scientifique contribuent à donner l'impression que l'anglais est un obstacle à la rédaction scientifique. Nous soutenons que le fardeau supplémentaire de la rédaction scientifique en L2 constitue une injustice linguistique et un obstacle à la science qui devrait être abordé par les intervenants pertinents."

Ces observations s'appliquent probablement à la communauté de langue française. Votre avis ?

La revue 'Written Communication' a un numéro spécial 'Writing and Science'

Le groupe SAGE publie une revue qui s'appelle Written Communication (WC). Elle a un facteur d'impact de 1,3. En décembre 2018, WC a publié un numéro spécial "Writing and Science" avec un éditorial et 6 articles. L'éditorial présente les 6 articles ; il est signé par le rédacteur en chef. Voici les 6 articles originaux (recherches qualitatives), et chaque article fait entre 19 et 37 pages (4 des 6 articles ont un seul auteur) :

1. ‘I Think When I Speak, I Don’t Sound Like That' : The Influence of Social Positioning on Rhetorical Skill Development in Science" explore comment une jeune femme de couleur négocie le processus d'apprentissage et d'enculturation dans le discours disciplinaire de la science biomédicale. En adoptant une approche longitudinale, cette étude ajoute à la compréhension du domaine de l'écriture en tant que processus de développement, et nous montre, selon l'auteur, comment " les personnes traditionnellement marginalisées franchissent les frontières académiques et disciplinaires " par l'écriture. Cet article qualitatif avec plein de verbatims apporte des réflexions sur l'intégration d'étudiants de couleur, et le rôle de l'écriture..  un peu long, mais très original.
2. 'Registered reports: Genre Evolution and the Research Article' examine comment les 'registered reports' répondent aux exigences actuelles de la publication universitaire et interviennent dans l'évolution continue de l'article de recherche. Au moyen d'une analyse textuelle approfondie, l'auteur montre comment ce genre hybride façonne la façon dont les chercheurs en sciences de la vie et en psychologie conçoivent, entreprennent et communiquent leurs travaux ; et plus généralement, le manuscrit théorise la façon dont les genres façonnent l'action sociale, du processus de recherche à la révision et à la communication des résultats des recherches. Super article... qui montre que les QRPs (Questionable Research Practices) peuvent diminuer ; ce modèle devrait être 'obligatoire', car il améliore la reproductibilité !
3. 'Compressing, Expanding, and Attending to scientific meaning: Wrtiting the Semiotic Hybrid of Science for Professional and Citizen Scientists'... n'ayez pas peur du jargon des sciences sociales, car ces articles sont de bon niveau. Celui-ci est basé sur la trajectoire d'un manuscrit. Un extrait traduit du résumé : "Les résultats suggèrent que si les scientifiques limitent souvent leurs pratiques d'écriture à la compression du sens pour maintenir les valeurs et les conventions des genres scientifiques, ils déploient aussi parfois un éventail plus large de stratégies multimodales lorsqu'ils écrivent pour des publics non spécialisés. Ces résultats soulignent la complexité de l'environnement rhétorique dans lequel les scientifiques évoluent et la nécessité d'appuyer le développement des nouveaux rédacteurs scientifiques en tant qu'auteurs polyvalents capables d'adapter des stratégies multimodales variées à divers objectifs rhétoriques et épistémiques."
4. 'Writing and Conceptual Learning in Science: An Analysis of Assignements'. Voici le résumé : "Cette revue systématique de 46 articles publiés examine les concepts employés et le sens attribué à la rédaction dans les travaux de rédaction destinés aux étudiants des cours de sciences. À l'aide d'éléments des devoirs associés aux plus grands gains d'apprentissage - c'est-à-dire l'établissement d'attentes claires, de processus de rédaction interactifs et de métacognition - cet examen met en lumière les concepts de la rédaction qui permettent l'apprentissage conceptuel en sciences. Cet article fournit également un cadre qui peut être utilisé pour évaluer les travaux de rédaction pour apprendre en sciences, et il documente une nouvelle ère dans la recherche sur la rédaction pour apprendre en sciences en montrant la rigueur accrue qui a caractérisé les études dans ce domaine durant la dernière décennie."
5. 'Linguistic Injustice in the Writing of Research Articles in English as a Second Language: Data from Taiwanese and Mexican Researchers' Intéressant, voir billet demain.
6. 'How Do Online News Genres Take Up Knowledge Claims From a Scientific Research Article on Climate Change?' Intéressant, voir billet après-demain.

Written Communication est décrite ainsi : peer-reviewed and published quarterly, is a broad, interdisciplinary, and essential journal for research on the study of writing in all its symbolic forms. It reports on what writing is, how writing gets done, and what writing does in the world, consistently providing readers with new research findings, new theoretical concepts, and new ways of understanding...

Pratiques éditoriales de 38 revues d'addictologie : pas encore suffisantes pour assurer l'intégrité de la recherche

Cette étude simple est intéressante et montre que les procédures des revues de spécialités sont laxistes. Il s'agit d'un article publié dans Addiction (mars 2019) et intitulé "Use of Publication Procedures to Improve Research Integrity by Addiction Journals", avec un seul auteur (épidémiologie, statistiques, au Texas) et publié par Addiction, la meilleure revue du domaine de l'addictologie.

Les instructions aux auteurs de 38 revues ont été analysées et la présence ou non de 6 informations a été recherchée :

1. Déclaration des conflits d'intérêts : 37 / 38 les demandent ;
2. Politique de partages de données (data sharing) : 28 /38 ;
3. Enregistrement des protocoles des essais cliniques randomisés (par exemple dans le registre www;clinicaltrials.gov) : 16 / 38 ;
4. Recommandations d'utiliser les lignes directrices du réseau EQUATOR (CONSORT, STROBE, STARD, PRISMA, CHEERS,...) : 13 / 38 ;
5. Enregistrement des protocoles de toutes études : 4 / 38 ;
6. Acceptation du modèle 'registered reports' avec enregistrement dans Center for Open Science (concerne surtout les revues de psychologie,  neurosciences) : 3 / 38.

En moyenne, la présence des 6 informations (0 à 5, car aucun n'a eu 6) était 2,66. Il y a toujours une marge entre ce qui est écrit dans les instructions aux auteurs et la pratique. Les revues ont des exigences, mais ne les suivent pas toujours, compte tenu qu'accepter un article est une décision basée sur de nombreux critères, dont la convenance sociale ! Nous avons vu que les revues prestigieuses (JAMA, NEJM) ne vérifiaient pas l'exactitude des déclarations d'intérêts (affaire J Baselga).

Toutes ces exigences contribuent ) l'intégrité de la recherche, et certaines sont baffouées ! En bref : si les revues s'intéressaient à l'intégrité de la recherche, elles recevraient moins d'articles et pourraient couler ! That's life.

De la culture POP à la culture TOP : est-ce que la science ouverte pourrait améliorer les pratiques discutables en recherche ?

Lors du colloque résumé hier, j'ai présenté succinctement des réflexions sur les pratiques discutables en recherche. J'ai choisi des exemples dans le domaine biomédical, dans le management, la psychologie et la finance. J'ai enregistré des commentaires dans les deux ppt de 15 minutes chacun :

• Partie 1 : j'ai repris des informations commentées sur ce blog à propos des antidépresseurs pour montrer la différence entre les données de vie réelle d'après les conclusions de la FDA et les publications... Il y a des différences majeures. J'ai commenté la crise de la reproductibilité, cité les 8 chapitres su livre de C Chambers. J'ai repris les données de l'étude Compare-trials, puis celles d'une publication dans Journal of Management. Ce sont des constatations similaires : la différence entre les protocoles et les publications est majeure, la différence entre les contenus des thèses de management et les publications est majeure...    J'ai terminé par une synthèse reprise d'un article écrit avec Pierre Corvol.
• Partie 2 : j'ai commenté le livre de IA Moosa 'Publish or Perish' avant d'évoquer la prédominance des hommes dans tous les domaines de la recherche. Par exemple, parmi les 32 fraudeurs qui ont eu le plus de rétractation, il y a une seule femme.. les articles des femmes ont un taux d'acceptation inférieur au taux des hommes, et sont moins cités que ceux des hommes...  Faut-il criminaliser les fraudes qui ont conduit à la mort de patients (cas Wakefield, cas Boldt,..) ? Ensuite, je fais une hypothèse, à savoir que la science ouverte pourrait améliorer la situation.. C'est une hypothèse... Prudence, prudence. Je termine sur deux exemples montrant que l'on ment d'abord à soi-même...

L'intégrité scientifique à l'aune du droit : excellents échanges entre chercheurs et juristes !

J'ai annoncé ce colloque en février 2019, et il a tenu ses promesses. Un groupe restreint dans un cadre majestueux de l'Université Paris II Panthéon-Assas a eu des échanges très riches qui ont montré que le chemin vers un système intègre sera long. Un ouvrage avec les actes des interventions est prévu... Les orateurs étaient prestigieux, ont respecté les horaires, très bien ! Quelques remarques personnelles :

• Elisabeth Adjadj (Inserm) a présenté les bonnes pratiques de la bibliométrie comme outil de stratégie et de valorisation ; elle a expliqué toutes les dérives du facteur d'impact (IF) : "Ce n'est pas parce qu'un journal a un IF fort que les articles sont de bonne qualité, mais parce que les articles sont de bonne qualité et ont été beaucoup cités que le journal augmente son IF!!!!!"
• René Frydman a expliqué que pour pouvoir faire une greffe d'utérus qui aurait été une première mondiale, les multiples comités ayant à donner leurs avis ont eu besoin de 4 ans...   et pendant l'année deux, des suédois ont fait la première greffe ! Notre système de sécurité, de mille-feuille d'institutions a des effets surprenants !
• Nombreuses discussions sur les différences entre déontologie et intégrité scientifique, mais tout rapproche déontologie et référent scientifique... La déontologie codifie les devoirs des membres d'une profession, et l'intégrité définit les règles de bon exercice d'un métier.
• Yves Fort, de l'ANR (Agence Nationale de la Recherche) a expliqué les 50 appels d'offres annuels pour distribuer 675 millions d'euros avec une usine à gaz d'experts pour des taux d'acceptation de 15 % au maximum ; il a surpris en expliquant que pour suivre DORA, il était demandé de ne plus utiliser les facteurs d'impact, H-index et autres indicateurs dans l'évaluation des projets...  à voir !
• Didier Truchet a eu des messages pour la communauté des chercheurs : prenez le temps pour développer l'intégrité, mais vous n'avez plus le temps (impatience de la société et violence des réseaux sociaux) et n'en faites pas trop (toujours plus de déontologie ne signifie pas toujours mieux de déontologie, avec des exemples sur les liens d'intérêts, le patrimoine).
• Claude Huriet a critiqué justement le système actuel avec un OFIS (Office Français de l'Intégrité Scientifique) qui n'est pas réellement indépendant.

J'ai enregistré ma communication (voir billet de demain), et animé une table ronde sur la médiation professionnelle.

Je suis content avec un nouveau certificat... de reviewer d'abstracts pour un congrès

Je n'ai pas l'habitude, mais c'est probablement une pratique que je ne connais pas. L'AMEE (Association for Medical Education in Europe) vient de m'envoyer un certificat pour avoir relu des abstracts du prochain congrès en août 2019 (je les évalue depuis 15 ans pour ce congrès). J'espère que je ne suis pas le seul français évaluant les abstracts de l'AMEE qui réunit environ 4 000 congressistes chaque année.

Envoyer un certificat de ce type : est-ce une pratique courante ? Je ne sais pas. C'est la première fois que l'AMEE fait cela... j'avais seulement un email de remerciement les années précédentes. C'est une activité valorisable dans un CV.

• Des congrès attribuent 100 abstracts par relecteur... Est-ce possible de relire 100 abstracts, compte tenu des contraintes du travail et du manque de temps ?
• Combien de temps faut-il pour relire 50 abstracts en anglais, de 300 mots chacun, avec un plan Background, Methods, Results, Conclusion ? Combien de temps allouez-vous ?
• Je bloque en général 4 heures, sans interférences externes (ni téléphone, ni emails,...). Cela fait un peu moins de 5 minutes par abstract pour écrire quelques lignes et cocher des cases sur mon avis... Il faut aller vite...   Est-ce que j'évalue les derniers comme les premiers ?
• Connaissez-vous le taux d'acceptation des abstracts par un congrès international ? J'ai des données....

Publications en langue anglaise en STM : les chinois (19 %) ont dépassé les américains (18 %)

Le STM report, 5ème édition d'octobre 2018 contient toutes les informations possibles sur les publications des domaines Science Technique et Médecine (STM)? Il n'existe pas de description similaire pour les revues SSH (Social Sciences & Humanities). Cette édition actualise les données du rapport précédent avec quelques nouveautés sur l'évolution du secteur. Ce rapport de 213 pages est commandité par IASTM, The International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers qui a fêté ses 50 ans en 2018. Voici quelques points de ce rapport :

• Les revues scientifiques participent à la communication académique en disséminant l'information, en validant les recherches (peer-review), en datant les découvertes, et en archivant le savoir. Elles permettent aux chercheurs de naviguer pour trouver les informations ;
• Le marché mondial des revues est de 10 milliards de dollars (dont 41 % aux USA), et celui des livres STM de 3,3 milliards $ ;
• Il y a environ 10 000 maisons d'édition (publishers) dont 5 000 sont dans Scopus ; les plus grandes maisons d'édition sont dans l'image ci-contre, et la plupart des maisons d'édition sont très petites (presses académiques par exemple) ;
• Il y a 33 100 revues STM en langue anglaise et à comité de lecture, et 9 400 non-anglaises ; elles publient 3 millions d'articles par an ; si la croissance annuelle a toujours été d'environ 3 %, une accélération a été observée depuis 10 ans de 4 % par an pour les articles et de 5 % par an pour les revues ;
• La part des articles en langue anglaise d'auteurs chinois est de 19 %, d'auteurs américains de 18 % ; ensuite Inde (5 %), et 4 % pour UK, Allemagne et Japon ; en 2020 les budgets de recherche chinois devraient égaler les budgets américains ;
• UK, France et Allemagne sont les 3 pays ayant le plus ce collaborations internationales (50 %) dans les articles (page 37) ;
• Publier un article coûterait 4 000 $ environ, sans évaluer les coûts du peer-review, pour une revue sous abonnement avec diffusion papier et électronique ; il n'y a pas d'économies liées à l'électronique, et par exemple pour publier dans eLife, l'APC est de 4 000 $ ;
• Le relecteur moyen passe 5 heures pour reviewer un article, et en relis 8 par an ;
• Les chercheurs semblent moins lire, et passer moins de temps par article ; un chercheur moyen lirait 250 articles par an (plus en médecine et science, moins dans les sciences sociales) ; le temps moyen de lecture d'un article serait de 30 minutes.

Beaucoup d'informations dans ce rapport... 

J'ai présenté en 2009 le rapport STM de IASTM, et les changements sont lents. Le rapport STM 2015 avait d'autres données.

Quelle revue gagne 65 000 $ par article publié ? Le tabloïd de l’industrie pharmaceutique bien sûr...

Je me suis ému il y a quelques jours de la mauvaise qualité de certains articles du New England Journal of Medicine. Deux articles très médiocres ont apporté chacun probablement un million de dollars au NEJM par la vente des tirés à part au sponsor de ces essais. Ils vont convaincre des prescripteurs par la marque NEJM...

Des données sur les affaires financières du NEJM (990 tax form) ont été analysées, à savoir un chiffre d’affaires en 2017 d’environ 100 millions de dollars, avec un profit de 30 %…  Le calcul devient simple : le NEJM a publié 1 546 articles, soit un gain moyen de 65 000 $ par article publié…   c’est pas mal, quand des estimations du coût moyen de production d’un article sont entre 2 500 et 5 000 $ environ pour une revue ! Ce sont des estimations, et les extrêmes seraient entre 50 et 150 millions de dollars pour le chiffre d'affaires du NEJM.

Un billet sur le blog de Richard Smith, ancien rédacteur en chef du BMJ, détaille la vie de ces oies dorées du comité de rédaction du NEJM. Les compensations annuelles, incluant l’assurance santé et un plan de retraite, ont été de 703 324 $ pour le rédacteur en chef, J Drazen. Les autres rédacteurs sont entre 320 et 470 000 $ par an.

Dans le même temps, le NEJM vient de publier (21 mars 2019) un bon article en accès libre critiquant le plan S (dès le 1 janvier 2020, toutes les recherches en Europe doivent être publiées dans le modèle Gold Open Access, les auteurs payant un APC, Article Processing Charge). Dans cet article, signé par Charlotte J Haug, correspondant international du NEJM et norvégienne, il y a une critique sévère du plan S : il n'y a pas de déjeuner gratuit ! En bref, le modèle sur abonnement des revues scientifiques garantit la qualité des publications, et la pérennité des sociétés savantes…  Article à lire car il rappelle bien le mouvement Open Access depuis 2001. Son titre « No free lunch – What price Plan S for scientific publishing? ». Ces revues de sociétés savantes mettent en accès libre des articles de recherche. Avec l’embargo de 6 mois, les articles deviennent d’accès libre.

La remarque de R Smith : les rédacteurs du NEJM ont un vrai conflits d’intérêts et ne peuvent pas défendre un modèle économique qui pourrait mettre en péril les finances du NEJM…   à méditer.

PS : ce n'est pas un poisson d'avril

Reproductibilité : les jeunes chercheurs sont peu écoutés des séniors qui n’ont pas montré l’exemple dans leurs carrières

Les observations de cet article signé par un chercheur californien en neurosciences/psychologie s’appliquent probablement à tous les domaines de la science. L'article a pour titre "The costs of reproducibility" et a été publié le 2 janvier 2019 dans Neuron, une revue de CellPress. La crise de reproductibilité de la science inquiète surtout les jeunes chercheurs.

Il y a 3 parties dans cet article de 3 pages :

1. The futility of underpowered science : avec des exemples, l’auteur montre que trop de petites études ne mènent à rien, et qu’il faut collaborer, partager les données,..  If you can’t answer the question you love, love the question you can !
2. The incentives are not yet aligned : proposer de grandes études contribue à plus de temps, moins d‘articles et moins de possibilité de carrières.. c’est facile à dire quand nous avons des positions stables…  suggérer de grandes études alors que nos carrières ont été faites sur de petites études est difficile !
3. Making your efforts known : mettre toutes les activités dans les CVs, participer à des études de reproductibilité, se faire connaître par les réseaux sociaux,

Cet article s’adresse aux jeunes chercheurs pour les encourager, mais il y a des messages pour les séniors dans la dernière partie ‘Colleagues, let’s admit that we have a problem’ :

• Nous devons admettre l’existence de la crise de reproductibilité et reconnaître que nous avons accepté et profité de pratiques douteuses en recherche pendant toutes nos carrières ;
• Nous devrions soutenir les jeunes chercheurs qui expriment des souhaits d’améliorer les pratiques en recherche ;
• Les jeunes chercheurs rencontrent trop de résistance quand ils veulent changer les pratiques ; une pétition proposée par des étudiants de Cambridge (UK) est citée.... Bullied Into Bad Science.... à lire ;
• Nous devrions nous focaliser sur les méthodes plutôt que sur les résultats ; il est encore difficile de publier des résultats dits ‘négatifs’ ;
• Exiger des résultats 'positifs' des thésards est un incitatif fort pour qu’ils s’engagent dans des pratiques douteuses en recherche ;
• Nous devrions montrer l’exemple en expliquant que faire correctement est plus important que publier dans une revue prestigieuse ;
• La plupart des séniors sont dans des positions de liberté et devraient encourager les juniors vers plus d’intégrité scientifique.

Molecular Autism : des instructions aux auteurs rigoureuses (taille de l'échantillon, de l'effet, et reproductibilité)

La revue Molecular Autism (facteur d'impact 5,87) vient de mettre à jour ses instructions aux auteurs en février 2019, avec un éditorial : Rigor in Science and Science Reporting: updated guidelines for submissions to Molecular Autism. Ceci a été motivé car un de leurs articles a engendré des controverses dans la presse, et tout est détaillé dans l'éditorial. Ils ont ajouté 6 points :

1. Limitations : cette section est obligatoire pour considérer un article par la rédaction ; elle sera lu avec attention ;
2. Sample size : tout dépend du type d’étude, mais la taille de l’échantillon devra être appropriée ; par exemple pour les tests sanguins et urinaires, les échantillons devront être d’au moins 200, ceci étant appliqué pour les études princeps et pour les études de réplicabilité ;
3. P values : le seuil de 0,05 n’est plus la graal donnant accès à la publication ; mais un seuil de 0,005 n’est pas exigé ; les études négatives sont bienvenues :
4. Replication samples : une réplication de tous résultats majeurs devrait apparaître dans les publications ;
5. Effect size : il faut discuter la taille de l’effet pour toutes les études ; cela était déjà exigé pour les études en génétique ; et en plus ‘Each original empirical study with existing data should report, for its key hypothesis tests, a sensitivity power analysis’ ;
6. Press release : arrêtez de dire n’importe quoi à la presse !

La question est de savoir si, dans la compétition des revues, il sera possible d’appliquer ces propositions. Tout ceci est simple et devrait déjà être le minimum requis par toutes les revues…

PS : Aims and Scope -- Molecular Autism is a peer-reviewed, open access journal that publishes high-quality basic, translational and clinical research that has relevance to the etiology, pathobiology, or treatment of autism and related neurodevelopmental conditions. Research that includes integration across levels is encouraged. Molecular Autism publishes empirical studies, reviews, and brief communications.

Démission du comité de rédaction de Journal of Informetrics en désaccord avec Elsevier pour créer QSS

Si vous consultez la revue Journal of informetrics (facteur d'impact de 3,5) depuis janvier 2019 (nous sommes fin mars), vous lirez en première page :

  Journal of Informetrics, créé en 2007, est une revue hybride, donc sur abonnement avec possibilité de publier en accès libre pour les auteurs qui payent un APC (Article Processing Charge) de 1 800 $. J of Informetrics a un facteur d'impact de 3,5.

Le 10 janvier 2019, le comité de rédaction a démissionné pour un désaccord avec le propriétaire de la revue, le groupe Elsevier. La lettre de démission donne des raisons de désaccord : "We are disappointed that ownership of JOI and the amount of Article Publishing Charges (APCs) of JOI are non-negotiable for Elsevier. Moreover, we deeply regret that Elsevier is not willing to participate in the Initiative for Open Citations (I4OC)." Le comité de rédaction n'a pas accepté les arguments d'Elsevier.

Le comité de rédaction a créé une nouvelle revue avec MIT Press et appartenant à une société savante : International Society for Scientometrics and Informetrics. Cette nouvelle revue appelée Quantitative Science Studies (QSS) a été annoncée le 14 janvier 2019, et elle sera en open access. Fin mars 2019, soit 10 semaines après la démission, QSS a un site, mais pas d'articles. L'APC de QSS sera de 600 $ pour les membres de la société et 800 $ pour les non-membres, mais sans facteur d'impact.

Pour les auteurs qui doivent publier en accès libre, la question devient : 6 ou 800 $ sans facteur d'impact ou 1800 $ pour un facteur d'impact de 3,5. Dans ce domaine, la vieille revue est Scientometrics, créée en 1979, qui appartient à Springer, avec un facteur d'impact de 2,17, et un APC de 2 690 $..... qui n'a pas empêché la publication de 227 articles en ouvert (parmi les 5 737 articles de Scientometrics).

A suivre, car QSS ayant le support de la société savante devrait recevoir des articles...  Des positions sur le comité de rédaction de J of Informetrics sont vacantes : qui va accepter de reprendre le flambeau ? Est-ce une guerre autour de l'Open Access ? La guerre doit être violente....

A-t-on besoin de ces revues générales qui augmentent les facteurs d'impact et évitent aux chercheurs de citer les données originales ?

Excellent article dans Journal of Informetrics fin 2018, mais difficile à lire car il contient trop de données sur 16 pages. Le travail bibliométrique semble bien fait à partir de la base Web of Science. Le titre "Overcitation and overrepresentation of review papers in the most cited papers", par des chercheurs espagnols. 

Il est connu que les reviews (review papers, revues générales) sont plus citées que les articles originaux et que les revues publiants des reviews ont un meilleur facteur d'impact. Ce travail apporte beaucoup de données, en comparant 35 domaines de la science, à partir de 22 millions d'articles. Il n'a pas été facile de bien définir les reviews pour cette recherche. Un article était qualifié de 'review' s'il était publié dans une rubrique reviews du journal, et s'il était précisé dans le résumé qu'il s'agissait d'une review. Avant 2010, les articles ayant plus de 100 références étaient qualifiés de 'review'. Malgré tout, les erreurs semblent peu nombreuses. Avec 35 domaines, 22 millions d'articles, les données sont nombreuses, et intéressantes. J'ai retenu :

• avec 856 072 'reviews' étudiées, cela représentait 3,86 % des publications ;
• ce taux de reviews varie entre les disciplines de 10,9 % (Pharmacology, Pharmacy), 7,7 % (Cell Biology), 7,5 % (Biomchemistry Molecular Biology) à pour les taux faibles 0,5 % (Engineering Electrical Electronic) et 0,1 % (Mathematics) ;
• au cours du temps, les revues générales ne font qu'augmenter (voir image) ;
• dans les domaines où les parts des 'reviews' sont les plus bas, la surcitation des reviews est la plus haute, et inversement ;
• parmi les articles les plus cités, la part des reviews est passée de 2,4 % en 1991, à 29,5 % en 2009, puis 18,5 % en 2015 (mais le temps de citation est plus court pour ces articles, donc baisse logique) ;
• le pourcentage de 'reviews' jamais citées est entre 3,1 et 22,5 % selon le domaine, avec en moyenne 7,8 %.

Les auteurs qui ont de bonnes idées et publient d'excellents articles originaux peuvent devenir négligés quand les reviews sont préférablement citées...  "The kiss of death" dans le jargon des bibliométriciens. En pratique, il vaut mieux citer des articles originaux.....

PS du 18 avril : tout a été dit dès 1987 dans l'excellent article de C Mulrow (Annals of Internal Medicine).. à relire !

Le groupe BMJ ne veut plus de publicité pour les laits maternisés : perte de 350 000 € en 2020 !!!

Ce sont des décisions compliquées, mais l'éditorial du 18 mars 2019 dans le BMJ est explicite : "Calling time on formula milk adverts", avec un sous-titre "Le BMJ et nos revues sœurs ne publieront plus de publicités pour les substituts du lait maternel." Décision importante, voire difficile : 350 000 € qui vont être refusés ! Signé par 3 rédacteurs en chef : BMJ, Gut, Archives of Diseases i Childhood.

Je connais mal le domaine, mais cet édito explique que les pratiques des industriels qui commercialisent ces laits ont pour conséquence de freiner l'allaitement au sein dont les bénéfices sont établis. L'édito commence ainsi : "Près de 40 ans après l'introduction d'un code international visant à réglementer la commercialisation des substituts du lait maternel, des inquiétudes ont refait surface au sujet de la promotion agressive de ces produits et de leurs effets néfastes sur les taux mondiaux d'allaitement. Après des décennies de publicité pour les substituts du lait maternel aux lecteurs du BMJ, nous avons décidé qu'il est temps d'arrêter." Il semble exister des règles non suivies, non contrôlées et les industriels ne les suivent pas : The code says that breastmilk substitutes cannot be advertised to parents or the wider public. Le BMJ n'est pas contre ces laits, il est contre une utilisation abusive poussée par la publicité.

Parallèlement le "Royal College of Paediatrics and Child Health" anglais refuse l'argent de cette industrie depuis début 2019. Dans ce même BMJ, il y a une news sur ce sujet : The college said that it received in the region of €46 000 a year from formula milk companies in event sponsorship and advertising, but after a review by the RCPCH council,2 which advises on policy issues, it ended this practice on 31 January.

Dans le même numéro du BMJ, une lettre défend la collaboration entre chercheurs académiques et industrie : "Formula milk studies couldn’t exist without industry". Cette lettre n'est pas polémique en montrant que nous avons besoin de l'industrie pour progresser dans certains domaines..   Où est le juste milieu ?

Je ne connais pas la situation française : est-ce que des revues de pédiatrie ont des publicités pour ces laits ? Est-ce que les sociétés savantes du domaine acceptent des subventions d'industries fabriquant ces laits ? Qui peut répondre ?

PS : Un commentaire du 18 mars : "But how ironic that there was an Aptamil advert at the top of the webpage when I read this paper."...   Cela ne peut pas nous arriver en France car les publicités diffèrent selon les cibles !

800 chercheurs ont signé une déclaration sur la signification statistique qui ne sert à rien : intervalle de compatibilité doit remplacer intervalle de confiance.. le débat est ouvert

Il n' s'agit pas de bannir les valeurs de P des articles, mais de devenir un peu plus raisonnable. Il faut abandonner cette frontière de 0,05. En quelques jours 800 chercheurs de 50 pays ont signé une sorte de 'pétition', dont des chercheurs français (vous l'annexe de l'article). Nous avons souvent abordé la problématique des très mauvaises statistiques dans les articles. ENFIN, une mobilisation de grande ampleur !

Il s'agit d'un commentaire de Nature du 20 mars 2019 que je vous suggère de lire tranquillement car il est bien fait, avec des exemples. Le titre est clair : "Scientists rise up against statistical significance". Un éditorial accompagne avec ce titre : "It’s time to talk about ditching statistical significance"

Un débat assez chaud entre divers experts suit cet article... Est-il judicieux de vouloir changer des pratiques par des pétitions ? Et dans The American Statistician, un éditorial du même jour "Moving to a World Beyond “p < 0.05” (le pdf fait 20 pages). Cet éditorial annonce un numéro spécial de la revue (supplément 1 du volume 73 de 2019... mais je ne me sens pas d'humeur à lire 401 pages en anglais). Avec une interview d'une représentante de l'Americam Statistical Association sur RetractionWatch.

Je reproduis les deux illustrations de cet éditorial (en remerciant Nature), et j'ai traduit (au mieux..) un paragraphe du début et un paragraphe de la fin du commentaire du 20 mars : 

• Soyons clairs sur ce qu'il faut arrêter : nous ne devons jamais conclure qu'il n'y a " aucune différence " ou " aucune association " simplement parce qu'une valeur P est supérieure à un seuil tel que 0,05 ou, de façon équivalente, parce qu'un intervalle de confiance inclut zéro. Nous ne devrions pas non plus conclure que deux études entrent en conflit parce que l'une avait un résultat statistiquement significatif et l'autre non. Ces erreurs gaspillent les efforts de recherche et désinforment les décisions politiques.

• Notre appel à retirer la signification statistique et à utiliser les intervalles de confiance comme intervalles de compatibilité n'est pas une panacée. Bien qu'elle éliminera de nombreuses mauvaises pratiques, elle pourrait bien en introduire de nouvelles. Par conséquent, le suivi de la littérature sur les abus statistiques devrait être une priorité permanente pour la communauté scientifique. Mais l'éradication de la catégorisation aidera à mettre un terme aux affirmations exagérées, aux déclarations injustifiées de " pas de différence " et aux déclarations absurdes sur " l'échec de la réplication " lorsque les résultats des études initiales et des études de réplication sont hautement compatibles. L'utilisation abusive de la signification statistique a fait beaucoup de tort à la communauté scientifique et à ceux qui se fient aux avis scientifiques. Les valeurs P, les intervalles et les autres mesures statistiques ont tous leur place, mais il est temps que la signification statistique disparaisse.

Cette image de droite est impressionnante : la moitié des statistiques seraient mal interprétées dans les articles...    (voire bidonnées ?)

L'American Statistical Association a une série de 7 livres sur ces sujets.

Je remercie Carole Dufouil pour les infos, et Dominique Costagliola qui a twitté cet article (elle est signataire parmi les 800).