Rédaction Médicale et Scientifique

Le déclin des méga-revues aurait-il commencé ? Les revues de spécialités ont-elles un avenir, voire une revanche à prendre ?

Un article dans Scientometrics, début juin 2019, pose des questions majeures : est-ce que ce modèle des méga-revues qui a émergé dans les années 2005 va survivre ? La politique éditoriale de ces méga-revues est différentes de celles des revues dites classiques dans toutes les spécialités : ces méga-revues publient des articles dans tous les domaines de la science, à condition que les méthodes soient bonnes : concept de 'sound science' expliqué dans les instructions aux auteurs de PLoS ONE par exemple. Vous pouvez lire : Founded with the aim of accelerating the pace of scientific advancement and demonstrating its value, we believe all rigorous science needs to be published and discoverable, widely disseminated and freely accessible to all. ......  PLOS ONE accepts research in over two hundred subject areas across science, engineering, medicine, and the related social sciences and humanities. We evaluate submitted manuscripts on the basis of methodological rigor and high ethical standards, regardless of perceived novelty.

L'introduction de cet article fait un bon panorama des espoirs mis dans les méga-revues. Certains ont dit que 100 méga-revues pourraient capter toutes les publications ! L'auteur a analysé 11 méga-revues (AIP Advances, BMJ Open, FEBS Open Bio, IEEE Access, Medicine, Open Biology, PeerJ, PLoS One, Royal Society Open Science, Scientific Reports, and SpringerPlus). Ils ont comparé les données à 3 groupes de revues en open gold access. Analyses faites en novembre 2018. Nombreuses données dans l'article ++++

Voici la traduction du résumé :

L'augmentation du nombre de revues en libre accès a été suivie de la prolifération des méga-revues en libre accès, qui devaient devenir les principales plateformes de publication du futur. Nous avons analysé les paramètres bibliométriques de 11 méga-revues sensu stricto selon la définition de Björk et les avons comparés à trois groupes de contrôle de revues à accès libre en or qui ne répondent pas aux critères des méga-revues et qui n'appliquent pas le concept de "sound science", à savoir les revues publiées sous les marques PLoS, BMC et Hindawi. Les méga-revues non sélectives ont commencé à diminuer dans tous les paramètres bibliométriques. Ces revues, en particulier, ont perdu tout lien avec la science la plus avancée, comme le révèlent les citations décroissantes vers et depuis les revues de haut niveau. Alors que certaines méga-revues ont sous-performé selon les paramètres bibliométriques dès le début de leur existence, d'autres ont connu une courte période de lune de miel avant de décliner. En revanche, les principales revues à libre accès propres à une discipline demeurent concurrentielles, et celles publiées par des éditeurs moins en vue ont même amélioré leur performance. Toutefois, les revues à accès libre propres à une discipline affichent également des citations décroissantes vers et en provenance des revues de niveau supérieur. En conclusion, nous avons fourni la première preuve que le changement dans la perception des méga-revues est associé à la détérioration de leurs caractéristiques bibliométriques. L'avenir des méga-revues en tant que plate-formes d'édition majeure est maintenant menacé.

Merci à P Heneberg

La citation de seconde main compromet fortement la qualité des articles... notamment par la non recherche des sources originales

Cet article a essayé d'analyser les comportements des auteurs quand ils sélectionnent les références à citer dans leurs articles. Ce travail(accès libre) a été fait par des chercheurs hollandais, et publié début 2019.

Ils ont exploré un sujet difficile, à savoir comment les auteurs choisissent les articles cités en références dans les manuscrits qu''ils écrivent... Difficile. Ils ont fait un questionnaire qui a été rempli par 112 chercheurs ayant publié au moins un article en 2016 dans des disciplines de psychologie expérimentale, de sciences de l'éducation et de psychologie sociale. L'article a beaucoup d'informations, et est intéressant. les auteurs sont influencés par de nombreux facteurs, dont des motivations diverses, et les sollicitations des rédacteurs qui suggèrent des citations (pour faire monter les facteurs d'impact). Beaucoup trop d'auteurs utilisent des raccourcis en citant des références dites de seconde main (ou références secondaires), c'est à dire sans chercher la donnée expérimentale initiale. Trop de revues générales sont citées en lieu et place des données originales. C'est très ennuyeux car cela conduit à la propagation de concepts incertains. Environ 50 % des auteurs reconnaissent être 'familiers' des références citées... autrement dit, environ 50 % des références citées ont été 'indentifiées' lors de la recherche. Environ la moitié des chercheurs disent avoir reçu une formation sur l'art de la citation ! Est-ce beaucoup ?

Nous aurions besoin de meilleures pratiques de citation pour le bénéfice de la science. Faut-il des recommandations plus précises pour cela, ou de meilleures formations des étudiants. Mon avis reste que l'exemple des vieux n'est pas fantastique, et ils pensent qu'il faut mieux former les jeunes : ils devraient changer leurs pratiques en priorité !

Est-ce généralisable aux sciences de la vie ??? C'est probablement pire hors des sciences sociales, mais c'est mon opinion et il faudrait des études de ce type en sciences biomédicales.

Les cinq revues incluses dans ce travail étaient : Personality and Social Psychology Bulletin, Journal of Personality and Social Psychology, Journal of Experimental Psychology: General, Journal of Educational Psychology and American Educational Research Journal.

Nikolai Klitzing, Rink Hoekstra, Jan-Willem Strijbos, (2019) "Literature practices: processes leading up to a citation", Journal of Documentation, Vol. 75 Issue: 1, pp.62-77

Cas cliniques : les femmes légèrement sous représentées parmi les auteurs aux USA

La conclusion d'un article du JAMA Network Open de fin mai 2019 sur la présence de femmes comme auteurs de cas cliniques est :

La sous-représentation des femmes parmi les premiers et les derniers auteurs dans les publications de cas cliniques souligne l'omniprésence des disparités entre les sexes en médecine. La collaboration et les mentors féminins peuvent être des instruments essentiels pour contrer les pratiques de longue date associées aux préjugés sexuels. Toutes les spécialités cliniques n'étaient pas associées à des taux d'auteurs féminins plus faibles que prévu, et l'examen plus approfondi des normes propres aux spécialités dans la publication et le mentorat pourrait permettre d'élucider les obstacles spécifiques à la qualité d'auteurs des femmes.

Il s'agit d'une analyse de plus de 20 000 cas cliniques écrits par des auteurs américains en 2014 et 2015, dans 2500 revues. La conclusion est claire mais les effets observés ne sont pas aussi importants que l'on pourrait le penser : A total of 7252 (36%) and 4825 (25%) case reports had a female first and last author, respectively. In comparison, 44% and 34% of US trainees and physicians, respectively, were female in 2015.

Une carte des USA (ci-contre) avec le nombre de cas par état montre qu'il y avait plus de cas publiés dans les états ayant le plus de résidents.

Par contre, une femme en premier auteur était plus fréquemment associée si l'équipe était grande, la femme avait une position universitaire, et si le dernier auteur était une femme. Les spécialités dominées par les hommes avaient moins d'auteurs femmes (ORL, chirurgie générale, gastro-entérologie). Par contre une équivalence entre hommes et femmes a été observés pour l'oncologie, l'ophtalmologie et la radiothérapie.

L'archive médicale pour les preprints est lancée, en retard sur les autres disciplines scientifiques

Le serveur de preprints pour les sciences médicales arrive, alors que le sujet est encore controversé. Le projet associe trois partenaires : Cold Harbor Laboratory, le BMJ et l'université Yale.

Ce projet n'est plus exactement celui qui avait été annoncé en septembre 2017 lors du congrès du Peer Review. Il s'appellalt MadArXiv. L'annonce venait de Yale. Bien qu'annoncé, le projet n'avait pas vu le jour.

Le projet actuel associe Cold Harbor qui a la meilleure expertise dans ce domaine et depuis environ 25 ans !!!   Et le BMJ ! Des revues comme le JAMA, et les revues d'orthopédie ont exprimé leurs réserves vis-à-vis des preprints dans le domaine médical. Les réserves tiennent au fait que le domaine de la santé est sensible : par exemple, peur que des lobbies (anti-vaccins) déposent et utilisent des preprints non relus pas des comité de rédaction et des experts. D'autres disent que lors des épidémies, Ebola par exemple, il est très important de partager les données très vite...   A suivre...

Beaucoup de commentaires dans les revues prestigieuses, plutôt favorables.

Newsletter de mai 2019 envoyée avec le titre "Un voleur de données devient PU-PH : omerta"

 

Bonjour, Sur les 21 billets de mai 2019 du blog Rédaction Médicale : Personne n'a été étonné devant le cas d'un voleur de données qui a fait un NEJM pour devenir professeur ; celui qui s'est fait voler a déprimé ! Je cite : "La sensation d’impuissance liée à l’absence de réaction des institutions est désastreuse et pathogène"... que font les référents intégrité ? La revue 'Sexual Abuse' s'engage pour accepter des reproductions d'études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ? Un article en français publié dans Lancet Global Health pour inclure les francophones dans la recherche ! BRAVO

Le brexit à l'origine d'une nouvelle forme d'article, le May-May, dans les rédactions londonniennes

un nouveau jargon existe au sein de certaines rédactions de revues scientifiques au Royaume-Uni. Il s'agit du May-May, en référence à Theresa May, premier ministre.

Il s'agit de ces manuscrits qui sont soumis aux revues scientifiques, après avoir été refusés plusieurs fois par d'autres revues, avant d'être soumis ailleurs..... D'autres jargons doivent exister....

Nous savons qu'un nouveau verbe devrait entrer dans nos dictionnaires : "brexiter" pour caractériser les personnes qui disent partir d'une soirée plusieurs fois, qui reboivent un petit coup, et qui finalement sont encore là....

Bonne utilisation de la bibliométrie dans l’hypertension artérielle par une équipe française : BRAVO

La bibliométrie bien utilisée apporte des informations qui pourraient permettre d’évaluer des politiques de recherche, et de promouvoir des coopérations internationales. C’est exactement ce qu’ont fait deux chercheurs français : P Devos de Lille, et J Ménard de Paris. Dans Journal of Hypertension, leur article de mai 2019 s’intitule : Bibliometric analysis of research relating to hypertensions reported over the period 1997-2016.

Les méthodes ont été bien décrites, avec les équations de recherche, et ils ont utilisé PubMed et InCites, outil développé par Clarivate Analytics (la boite des facteurs d’impact..). Un logiciel, VosViewer a permis d’analyser les collaborations entre les pays européens. Ces auteurs ont justement utilisé d’autres outils que le facteur d’impact, et ils ont eu raison. Ils ont analysé les publications sur 20 ans, se focalisant sur le top 1 % et le top 10 %.

100 789 articles ont été inclus dans l’analyse : 3989 en 1977 et 6092 en 2016, soit une augmentation de 53 % en 20 ans. Les augmentations ont concerné les champs suivants : ‘oncology’ (265 %), nutrition & dietetics’ (181 %) ‘public , environment & occupational health’ (171 %) ; les diminutions ont concerné : ‘transplantation’ (49 %), ‘pharmacology & pharmacy’ (34 %), ‘physiology’ (22 %). Attention les variations devraient être interprétées avec les valeurs absolues : par exemple, il y a beaucoup d’articles en ‘pharmacology & pharmacy’ et peu en ‘oncology’. Ces changements reflètent l’évolution de la recherche en hypertension.

Ces articles ont été publiés dans 400 revues, sans trop inclure de revues prédatrices, compte tenu des bases interrogées. Ils ont été cités 2 556 000 fois, soit environ 25 citations en moyenne par article, ce qui me semble élevé, mais possible.

Les auteurs étaient répartis ainsi : 38 % pour l’Union européenne, 32 % pour les USA, 27 % pour l’Asie. L’augmentation de la Chine apparaît en volume, mais pas dans les citations top 1 %, et top 10 %. Au sein de l’Union européenne, la France est environ en numéro 4 en nombre d’articles, en nombre d’article dans le top 1 % des citations et le top 10 %. En valeur absolue, voici les chiffres sur les 38 287 articles des 28 pays de l’Union européenne : Royaume-Uni ( 7453), Allemagne (6993), Italie (6875), France (4898), Hollande (3533), Espagne (3305), Suède (2315), Pologne (1724), Danemark (1544), Belgique (1415), autres… Rapporté à la population, au PIB, etc…  certains pays sont meilleurs. La Hollande est forte en volume, et aussi dans les top 1 et 10 % des citations. La performance de la France semble décliner… à confirmer.

Bonnes pratiques pour les abstract de congrès (posters et communications orales)

En mars 2018, j'ai présenté un preprint sur les abstracts de congrès. Le preprint était du 19 octobre 2017 sur PeerJ, et des commentaires ont été faits. Le preprint était une première version ouverte aux commentaires. Un lien a été ajouté au niveau du
preprint de PeerJ pour citer l'article publié.

Un article a été publié le 5 juin 2019 dans Research Integrity and Peer Review.

Il a été soumis le 27 juillet 2018, soit plus de 9 mois après le dépôt du preprint.  Dans l'article, le preprint est la référence 10. Pour appeler la référence 10, au niveau du texte, il y a cette mention : The resulting article was posted as a preprint on PeerJ [10] on 19 October 2017 for open comment. All comments received (and their responses) can be seen with the preprint on the PeerJ website. These comments were used to revise the recommendations. Some authors invited informal consultation from colleagues, and a courtesy legal review, as appropriate, was completed to ensure compliance with employee company policies. The copyright section was reviewed specifically for appropriate interpretation of copyright law. In addition to the preprint, 65 medical societies and medical conference sites, and two for-profit companies that run conferences on behalf of societies, were contacted for comment via contact emails listed on their websites or via ‘contact us’ options found on their websites. The societies and conferences and conference service companies were selected by recommendation from within the author group, to ensure balance across therapeutic areas, geography and variety of website submission sophistication. Only one of these societies/companies responded. All comments received on the preprint by 10 July 2018 were collated and discussed, and this final version was generated. The preprint was viewed by 2769 unique visitors and downloaded 3300 times between 19 October 2017 and 25 March 2019.

Deux reviewers ont donné des avis, et vous pouvez lire leurs avis. L'article a été très amélioré par rapport au preprint, et suivre les échanges est utile. Il y a eu consultation de 67 sociétés savantes. Les bonnes pratiques sont parfois centrées sur les abstracts d'études supportées par des industries. Ces bonnes pratiques sont sur 11 pages, et l'objectif est de les faire adopter par les organisateurs de congrès. Les règles pour les auteurs, les présentateurs (parfois non auteurs), l'enregistrement des protocoles, la non prise en compte des abstracts comme une publication, les 'encore' abstracts sont intéressantes. 

Faire le peer review en petit groupe au téléphone permet d'engager des jeunes chercheurs : semble faisable

Cette expérience publiée dans Academic Medicine mérite réflexion. La lecture de l'article m'a presque convaincu ! Publié le 21 mai 2019 dans Academic Medicine avec le titre: Communities of Practice in Peer Review. Outlining a Group Review Process.

L'idée est de confier la relecture par les pairs (peer review) des articles à de jeunes chercheurs et de travailler en groupe par téléphone. Un groupe de 6 relecteurs, animé par un rédacteur sénior. Pour des raisons d'allocation de temps, je n'étais pas convaincu mais la lecture de cet article a changé mon avis. En fait, relire un article et le commenter me prend toujours au moins 4 heures..

Les auteurs (Est des USA) ont travaillé avec la rédaction d'Academic Medicine, tout ceci dans l'environnement AAMC (Association of American Medical Colleges) à Washington. Quatre article ont été relus et le process est décrit pour les décisions. Du temps d'apprentissage pour le premier article, puis optimisation du temps ensuite. Engager des jeunes chercheurs dans le processus suppose aussi que le système de peer review devrait attribuer des crédits, de formation par exemple...  Il faut valoriser ce travail.

Ce groupe n'a rien fait de très différent de ce qui se fait dans les groupes de lecture lors de staff. le problème de ces groupes de
lectures sur articles publiés est que ce travail reste inconnu (Journal Club)... sauf dans la formalisation du projet MIROR. 

L'autres réflexion : des séniors font relire les articles à leurs assistants, jeunes chercheurs, et répondent sans dire qu'ils ont été aidés.. Un preprint a été déposé sur ce thème, et j'attends en général que les preprints deviennent publications avant de les discuter. Ce preprint a été commenté dans Science.

Je cite les auteurs : Individual recommendations for each manuscript changed as a result of the group review process. The group process led to more comprehensive reviews than each individual reviewer would have submitted independently. The time spent on group reviews decreased as the process became more refined. Recommendations aligned with journal editor findings. Shared operating principles were identified as well as clear benefits of group peer-review for reviewers, authors and journal editors.

Médecine d'urgence : 44 % des résumés d'essais randomisés contrôlés négatifs avaient des spins !

Toujours la même chose : quand un essai foire, autant manipuler le langage pour s'en sortir. Nous avons évoqué (billet du 15 mai 2019) les spins dans les essais des maladies cardiovasculaires : 57 % des résumés de 93 essais randomisés dont le critère primaire était négatif avaient des spins ! Eh bien, la médecine d'urgence est meilleure avec 44 % seulement !

Spin : manipulation du langage dans le but d'induire le lecteur en erreur sur la véracité probable des résultats, peut distraire le lecteur et mener à une mauvaise interprétation et à une mauvaise application des résultats.

Cet article de mai 2019 dans Annals of Emergency Medicine a pour titre "Evaluation of Spin in the Abstracts of Emergency Medicine Randomized Controlled Trials" ; recherche faite par des américains. Ils ont cherché les essais randomisés contrôlés de médecine d'urgence entre 2013 et 2017 dans 5 revues (NEJM, JAMA, PLoS One, Lancet, BMJ) et les revues de la spécialité.

Les paragraphe 'Résultats' du résumé est très intéressant car il montre la prévalence des essais dits négatifs (114 / 772 = 15 %), et les motifs utilisés pour les spins :

Sur les 772 résumés examinés, 114 essais cliniques comparatifs randomisés avaient des critères d'évaluation primaires non significatifs sur le plan statistique. Un spin a été trouvé dans 50 des 114 résumés (44,3 %). Les essais financés par l'industrie étaient plus susceptibles d'avoir des spins dans le résumé (rapport de cotes non ajusté de 3,4 ; intervalle de confiance à 95 % de 1,1 à 11,9). Dans les résultats des résumés, le spin était le plus souvent du au fait que les auteurs avaient mis l'accent sur une analyse de sous-groupe statistiquement significative (n=9). Dans les conclusions des résumés, le spin était le plus souvent du au fait que les auteurs affirmaient avoir atteint un objectif qui n'était pas un critère de jugement prédéfini (n=14).

Article avec plein d'autres informations, bien écrit. Les références sont bien choisies et j'ai découvert avec étonnement un article de 1994 (référence numéro 8 sur 36 références) intitulé 'The spin doctor: Alternative model of public relations'. La référence 36 est aussi très bonne, et je ne connaissais pas, dans Nature en 2013 : 'Policy: Twenty tips for interpreting scientific claims'.

Merci à Pierre Biron

La doyenne de Bobigny fait de la publicité pour le colloque sur la sur- et sous-médicalisation : MERCI

Le colloque annuel Sur- et sous-médicalisation, surdiagnostics, surtraitements qui devait se tenir fin mai à la faculté de Bobigny a été censuré par Mme La Doyenne de la faculté de médecine. Cela permet de faire de la publicité à un bon colloque dont la nécessité est absolue. Il s'agissait du 8ème colloque annuel (voir image). Les sept précédents colloques ont été organisés sans difficulté, grâce à l'accueil du doyen précédent, Pr Jean Luc Dumas. Toutes informations sur le site dédié à ce colloque. Vous pourrez voir les colloques précédents.

Le communiqué des organisateurs explique "Dans le même temps, elle a demandé qu’une des communications sélectionnées par le comité d’organisation soit retirée du programme, faute de quoi, après en avoir parlé avec le Président de l’Université Paris 13, elle retirerait l’autorisation de la tenue du colloque dans les locaux de la Faculté."

Une dépêche de l'Agence de presse médicale APMnews (je remercie l'APMnews pour m'avoir autorisé d'héberger cette dépêche) dit : "La communication visée par la doyenne portait sur les dépenses pharmaceutiques des 29 CHU et CHR métropolitains. La doyenne aurait justifié son opposition en avançant qu'elle mettait en cause les CHU, a rapporté à APMnews, le Pr Michel Thomas, membre du groupe Princeps."

En bref, Mme la doyenne a peut-être des comptes à régler, une autorité à asseoir, mais les raisons de cette interdiction ne sont pas explicites, ce qui est dommage...  Je ne suis pas capable de dire si elle a raison, mais par contre, il faut soutenir cette initiative de colloque, et maintenir la communication censurée en l'organisant dans des lieux sereins. Pas de sponsors, alors que ces discussions sont importantes, dans l'intérêt du public. MERCI, Mme la Doyenne pour la censure et surtout la publicité pour ce colloque, c'était une excellente idée.

WCRI2019 : L'intégrité de la recherche progresse en France, mais les Universités semblent ne pas être motivées

Deuxième journée du congrès mondial de l'intégrité scientifique..  toujours beaucoup d'informations. Les sessions parallèles permettent des discussions et des contacts, les 'Plenary' permettent de dormir en écoutant ceux qui expliquent qu'ils ont des codes d'intégrité régulièrement mis à jour !! Lancement d'un site The embassy of good science, suite à un projet financé par l'Europe / Horizon2020. Ce site contient tous les documents sur l'intégrité de la recherche, des cas d'intégrité, et beaucoup d'autres ressources. Il va vivre et pourrait devenir la source de cas, guidelines, etc..  bien fait.

J'ai rencontré Joseph Thomas qui est venu témoigner dans la session sur les lanceurs d'alerte...  Il est simple, mais devenu riche car il a eu 33 millions de dollars dans la condamnation de l'Université Duke à 112 millions de dollars suite à des fraudes. Si vous désirez avoir les informations, allez sur RetractionWatch et/ou sur le New York Times. Discussion intéressante !

Il y avait aussi CK Gunsalus qui a expliqué que les rapports d'investigation des cas de méconduite scientifique devaient être rendus publics. Elle explique pourquoi elle a changé d'avis. Nous avons évoqué ses propositions pour un plan pour les rapports d'expertise... En France, si les rapports étaient public, le climat serait plus sain. dans certains coins, comme à Clermont-Ferrand, rien ne sort !

Une présentation a bien montré qu'en ce qui concerne l'intégrité scientifique, les vieux cachent les problèmes alors que les jeunes veulent en parler (voir image). Diverses discussions m'amène à une réflexion : nommer des professeurs émérites comme référent intégrité marque en général (pas toujours) la volonté de l'institution de protéger son image en cachant les problèmes...

J'ai présenté un poster sur le développement de l'intégrité scientifique en France et beaucoup a été fait en France. L'OFIS (Office Français de l'Intégrité Scientifique) avance bien, par contre les Universités ne sont pas motivées pour développer l'intégrité et la transparence...   comme au Royaume-Uni ? Dans mon poster, j'ai observé que sur 142 organisations de recherche et université en France, leurs sites internet étaient assez pauvres en information : le mot plagiat mis dans le moteur de recherche montre que 25 organisations ont des informations, le mot 'Intégrité' ramène quelques infos pour 23 organisation. Par contre si vous recherchez le nom du référent intégrité, vous serez déçus : 13 sur les 142 institutions l'ont mis dans leur organigramme !!!

Publier La Science : au revoir !

Comme les précédents, le numéro 23 de PLAS (Publier LA Science) en mai 2019 apporte beaucoup de news diverses sur la publication en général. C'est une publication qui a 10 ans, faite par la cellule d'assistance à la publication scientifique du département environnement et agronomie de l'INRA. Ce numéro a cinq éditoriaux :

1. Publier la science, une aventure de tous les jours, au cœur des métiers de la recherche : le directeur de la publication nous apprend qu’il s’agit du dernier numéro de PLAS, sans explicitement décrire les raisons de cet arrêt. L’édito dit que tout va bien, que PLAS était super, etc..  mais arrêt !
2. Dix ans d’assistance collective à la publication : il s’agit d’un bon bilan présenté par l’équipe qui a animé cette publication : Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre, Eric Lichtfouse. BRAVO à tous !
3. La course à la publication : bonnes réflexions d’E Lichtfouse sur ce système qui pousse à l’infobésité, avec une question : devrait-on inciter les chercheurs à communiquer directement vers le public ? Une citation :’Maîtriser l’anglais est nécessaire, mais pas suffisant : un article mal écrit en français sera incompréhensible en anglais, d’autant que le style littéraire enseigné aux lycéens est plutôt méandreux, alors que la rédaction scientifique livre un message clair rapidement’.
4. Les sciences à l’ére des fake news
5. L’excellence partout : la percée des villes périphériques à l’échelle mondiale : l’analyse de la géographie des citations par l’équipe de Toulouse (G Cabanac) met en évidence la visibilité scientifique croissante de villes autrefois périphériques. La visibilité scientifique des grandes métropoles comme Paris, Pékin ou New York progresse moins rapidement que celle des nouvelles forces périphériques, par exemple Toulouse et Marseille en France, Wuhan et Canton en Chine.

Ensuite, il y a 3 pages consacrées aux news courtes.

Triste journée.

WCRI2019 : Les critères pour être auteurs d'un article biomédical : ignorés, baffoués et situation en voie d'aggravation ?

Au 6^ème congrès mondial de l'intégrité scientifique, avec E Decullier, nous avons un poster sur les pratiques des auteurs. En 2003, nous avions questionné 39 chercheurs séniors du CHU de Lyon sur leur connaissance des critères d'auteurs, et sur leur pratiques en mmatière de choix des auteurs sur un article....  Vous devinez les résultats qui ont été publiés dans J Med Ethics en 2005.

Nous avons utilisé les mêmes questions pour interroger 26 chercheurs du CHU de Lyon avec les mêmes questions...  pas triste. Voici le poster que vous pouvez télécharger, et ci-dessous les tableaux du poster. L'article complet va être soumis sous 15 jours à une revue.

Ouverture congrès mondial de l'intégrité scientifique : les référents français peu intéressés ?

Hier soir, à Hong Kong, ouverture de '6^th WCRI 2019'. C'est la 6^ème conférence mondiale de l'intégrité scientifique. Je l'ai évoquée dans un billet du 16 mai, expliquant que 38 abstracts contenaient des similitudes, et 18 étaient du plagiat... les autres de l'auto-plagiat qui pour certains n'est pas du plagiat ! Un manifeste de 17 pages va être discuté (voir billet du 16 mai).

Séance d'ouverture classique avec les discours policés des autorités pour dire que tout va mieux, que l'intégrité est prise au sérieux, même en Chine. Rassurant ! NON !

La conférence introductive a été faite par Alain Finkel, un ingénieur australien qui est le chef scientifique dans son pays. Il a eu une carrière dans le privé en Californie avec Axon Instruments. J'ai présenté le 23 avril 2019 son éditorial dans Nature sur la règle des cinq. Bonne conférence qui s'est terminée sur trois recommandations pour les autorités qui financent des recherches et examinent des demandes de bourses, etc...   de bonnes idées, mais comment les mettre en oeuvre ?

1. Une preuve que les chercheurs ont participé à des formations sur l'intégrité de la recherche ; il a bien insisté sur la nécessité d'avoir des formations accréditées... et pas un petit film avec quelques questions à choix multiples ;
2. Mettre en oeuvre la règle des cinq : un dossier contient au maximum 5 articles des 5 dernières années ; pas besoin des facteurs d'impact puisque le jury va lire ces 5 articles ;
3. Les agences ne doivent prendre en compte que des articles publiés dans des revues PPQA pour Publication Process Quality Assurance ; il a développé en détail ce que devrait être des revues PPQA en faisant appel à COPE (Committee On Publication Ethics), aux universités, aux fondations, à ceux qui ont de l'argent... pour développer un système qui 'accrédite' des revues qui respectent des principes de fonctionnement de type assurance qualité... Il a comparé cela aux normes ISO-9000. Tout est à faire, et j'ai demandé leur avis aux représentants de COPE dans la salle : NO COMMENT !

Je le cite : "It doesn’t matter how many times we say we want quality over quantity if we keep rewarding quantity."

Nous sommes 7 français semble-t-il sur 700 participants, outre la directrice de l'OFIS (Office Français de l'Intégrité Scientifique), il y a un référent intégrité sur les presque 100 qui sont nommés en France. J'ai été heureux de rencontrer Cyril Labbé de Grenoble qui a des travaux fantastiques que j'ai présentés deux fois sur ce blog ! Sa collègue francophone australienne, Jennifer A Byrne, est aussi présente. La France est moins représenté que des pays comme la Croatie...    C'est vrai que sur les 142 établissements de recherche et universités concernés par la nomination d'un référent intégrité, en envoyer un seul, c'est déjà aussi bien qu'à Amsterdam.

La 5^ème conférence s'était tenue à Amsterdam en juin 2017, et j'avais fait plusieurs billets :

• les recommandations CLUE sur la collaboration entre UNiversités et Revues scientifiques...  mais rien n'a bougé semble-t-il, car c'est toujours un preprint, bien que des sessions aient été dédiées à CLUE ; 
• 5 % des chercheurs auraient des articles de revues prédatrices sur leur CV...    est-ce pire en 2019 ?
• des initiatives sur la reproductibilité des données... il semble que l'on avance un peu...

"Un hospitalo-universitaire a volé des résultats, fait un NEJM et est devenu professeur"... les tutelles cautionnent ?

Restez calme ! Ce n'est pas la première fois que j'entends un truc de ce genre !!! "La sensation d’impuissance liée à l’absence de réaction des institutions est désastreuse et pathogène." (voir la citation ci-dessous).

Signalons l'excellente initiative de l'OFIS (Office Français d'Intégrité Scientifique) qui a organisé une colloque "Intégrité Scientifique et Science Ouverte' le 4 avril 2019. Le compte rendu et toutes les vidéos ont été mis en ligne le 27 mai : félicitations car peu de colloques sont si bien organisés avec diffusion des minutes. J'ai participé le matin au colloque et j'ai écouté des extraits des tables rondes de l'après-midi sur le site internet... et j'ai bien fait. Vous pouvez soit écouter les présentations, soit lire les minutes... soit les deux, mais les minutes ont été toilettées.. ce qui est utile, plutôt que de reprendre tous les verbatims. Mais toilettage suppose aussi 

Sur le document de synthèse, en page 16, vous trouverez ce qu'a dit Maria-Angeles Ventura (capture d'écran de sa photo). Elle parle bien et raconte des trucs marrants. Elle semble convaincue qu'en France, l'intégrité ne soit pas prise au sérieux.

Voilà ce qui est dans le document de synthèse en page 16 :
J’ai été confrontée à une situation délicate au cours de ma carrière, avec un collègue dont les travaux de recherche ont été accaparés par une personne qui les a publiés dans une revue prestigieuse. La sensation d’impuissance liée à l’absence de réaction des institutions est désastreuse et pathogène. 

• Je vous suggère d'écouter la vidéo "L’accès ouvert aux publications, un défi pour l’intégrité scientifique ?" Vous cherchez la communication de Mme Marie-Ange Ventura qui commence à 33 minutes 45 secondes : elle parle vrai, et c'est passionnant.     
•     Vers 36 minutes 15 sec, elle explique que depuis que les thèses d'Université sont en ligne, seulement 50 % sont réellement accessibles..  donc la science ouverte n'est pas assez ouverte ;
•     Vers 38 min 30 sec, elle évoque le plagiat à l'Université : en Allemagne et Espagne, des sanctions sont possibles, contrairement à la France où il n'y a pas de déchéance du diplôme en cas de plagiat ;
• Vers 47 minutes, elle explique les situations d'impuissance devant un cas, de non réponse des tutelles, et de dépression / arrêt maladie de certains chercheurs ;
• Vers 48 minutes, c'est le plus intéressant : elle connaît un hospitalo-universitaire qui a volé des données, a publié dans le NEJM et a été nommé professeur...  le nom n'est pas donné..  mais ce qui est sûr, c'est que des complices doivent savoir et rester muets.....
• Au titre de l'intégrité scientifique, faudrait-il corriger le document de synthèse de ce colloque ? Je ne sais pas comment répondre ! Avez-vous un conseil ?

C'est marrant : dans un colloque d'intégrité scientifique, quand un cas de méconduite est évoqué, on pourrait croire que l'on est pile dans le thème intégrité scientifique... et ce serait intéressant de discuter de ce type de cas : quelle situation ? pourquoi la communauté accepte alors que tout est connu ? pourquoi aucune investigation ? pourquoi un référent intégrité dort ? sans nommer le voleur, c'est possible de discuter, dans un colloque, etc... Il est probablement plus confortable de parler science ouverte et autres questions très intéressantes qui évitent d'évoquer les cas de méconduite scientifique. Les chercheurs peuvent continuer à voler des données pour avoir une promotion : personne ne réagit ! L'OFIS s'intéresse plus à la science ouverte qu'aux cas de méconduite scientifique.... c'était un colloque organisé conjointement avec des acteurs de la science ouverte..  OK ! Mais ce sont des acteurs autres que l'OFIS qui développent de bons colloques sur l'intégrité scientifique, comme les juristes ! Le CoFIS (Comité Français de l'Intégrité Scientifique) devrait s'intéresser à l'intégrité. Peut-on laisser dire que des données ont été volées sans chercher les preuves ou l'absence de preuves ? 

Si je me trompe, merci de mettre un commentaire...  

les premiers auteurs sont 38 % plus susceptibles d'être les responsables des inconduites scientifiques

Cet article revient sur une question toujours délicate : Qui sont, parmi les auteurs, ceux qui sont responsables si une méconduite est mise en évidence dans l'article ? Il a été publié dans PLOS ONE début mai 2019 avec le titre "Scientific misconduct and accountability in teams". Les deux auteurs sont du Luxembourg et de la Belgique.

La question de la responsabilité des auteurs des articles apporte des réponses floues quand plusieurs auteurs signent ! Les recommandations diffèrent entre ICMJE et CSE qui disent que les auteurs ne sont responsables que pour le travail auquel ils ont contribué, et COPE et ALLEA qui disent que tous les auteurs sont responsables de l’intégrité de tout le travail, sauf description précise. C’est la différence entre une responsabilité individuelle et une responsabilité commune. C’est particulièrement difficile à évaluer quand des investigations pour méconduite sont faites et analysent des publications. Le modèle du garant n’est pas très répandu, et les responsabilités de l’auteur correspondant pas toujours clairement décrites. Même quand des revues exigent de décrire les contributeurs, cela n’est pas toujours clair.

La figure 2 de l'article reprise dans l’image ci-contre montre les responsabilités en fonction de la position des auteurs : le premier auteur et l’auteur correspondant sont les vrais responsables en cas d’investigations de méconduite. Certains auteurs du milieu seront pénalisés par une rétractation d’un article alors qu’ils n’ont rien fait !

Voici le résumé traduit au mieux : "La complexité et la multidisciplinarité croissantes rendent la collaboration essentielle pour la science moderne. Cela soulève toutefois la question de savoir comment attribuer la responsabilité de l'inconduite scientifique aux grandes équipes d'auteurs. Les sociétés biomédicales et les associations scientifiques ont proposé diverses lignes directrices. Certains affirment que tous les auteurs sont conjointement responsables de l'intégrité de l'œuvre. D'autres stipulent que les auteurs ne sont responsables que de leur propre contribution. Par ailleurs, il existe des modèles de type garant qui attribuent la responsabilité à un seul auteur. Nous contribuons à ce débat en analysant les résultats de 80 enquêtes sur l'inconduite scientifique menées par l'Office of Research Integrity (ORI) des États-Unis sur des chercheurs biomédicaux. Nous montrons que la position des auteurs sur la liste des 184 publications impliquées dans des cas d'inconduite est en corrélation avec la responsabilité de l'inconduite. D'après une série de modèles de régression binaires, nous montrons que les premiers auteurs sont 38 % plus susceptibles d'être responsables d'inconduite scientifique que les auteurs dont le nom figure au milieu de la liste des auteurs (p<0,01). Les auteurs correspondants sont 14 % plus probables (p<0,05). Ces résultats suggèrent qu'un modèle de type garant où les premiers auteurs sont ex ante responsables de l'inconduite est très susceptible de ne pas manquer d'attraper l'auteur responsable, tout en n'affectant pas trop les autres auteurs."

Ne pas rapporter les résultats des essais cliniques est une mauvaise conduite universitaire : encore 90 000 patients inclus pour rien !

Une lettre dans Annals of Internal Medicine de mai 2019 a analysé des essais cliniques dont les résultats n'ont pas été diffusés. L'étude est bien faite, et a cherché des essais cliniques à partir du registre américain Clinicaltrials.gov. Ce sont des essais randomisés contrôlés ayant démarré à partir du 1 juin 2007 et terminés le 1 juin 2012. La recherche des données de ces essais a été faite au 22 avril 2016, l'objectif étant de voir si les données étaient accessibles 4 ans après la fin de l'essai. La recherche est bien faite, avec notamment des emails aux investigateurs... mais pas trop de réponses..  

Ce sont 70 essais dont les résultats n'étaient pas accessibles (dont 55 pour des médicaments). La médiane du nombre de participants était de 765... et le nombre de participants dont les résultats n'ont jamais été diffusés était de 87 833 !!!  La plupart étaient des adultes. Parmi ces essais, ils provenaient des Etats-Unis (39), de la Chine (4), de la France (3), du Royaume-Uni (3), et d'autres pays (21). La non-publication d'essais terminés a un impact sur les revues générales, méta-analyses, etc...

Un éditorial accompagne cette lettre, et il est sévère : il s'agit d'une malveillance très préjudiciable à la recherche. Nombreux sont ceux qui sont trompés : les patients, les comités d'éthique, les cliniciens, les chercheurs, le public. Ils n'ont pas toutes les informations sur l'efficacité et la tolérance des interventions médicales.

L'éditorial rappel que l'obligation de publier les résultats est dans la déclaration d'Helsinki, et que la FDA exige que les résultats soient disponibles un an après la fin de l'essai (disponible ne veut pas dire publiés). La FDA pourrait appliquer des amendes (10 000 $ par jour de retard), et le FDAAA Trials Trackers indique que l'on est à plus de 3 milliards de dollars non réclamés... La politique FDA n'est pas claire. L'image ci-dessous est une copie écran du 25 mai 2019.

En France, le CNCR (Comité National de Coordination de la Recherche) coccoricote pour dire qu'ils sont les meilleurs...  Le taux de diffusion des résultats des essais cliniques financés en France n'est pas affiché sur leur site. Des malades seraient intéressés... car peut-être que leur contribution n'a servi à rien. Les comités d'éthique s'en balancent aussi...  c'est pas leur rôle. Les bailleurs de fond s'en balancent aussi, ce n'est pas leur rôle...  donc la situation devrait perdurer.

Lancet Global Health publie un article en français, BRAVO. Exclusion des francophones dans la recherche

Rare, voire exceptionnel, et cela traduit un engagement non seulement des auteurs, mais aussi de la communauté scientifique, via The Lancet Global Health. Le titre de cet article du 15 avril 2019 : "Plaidoyer conte l'exclusion des francophones dans la recherche en santé mondiale". C'est probablement généralisable à d'autres domaines de la recherche. La version anglaise de l'article est en supplément. Nous avons évoqué un sujet voisin le 10 avril 2019 : L'injustice linguistique des auteurs non-natifs qui doivent écrire en anglais devrait être considérée dans la recherche

Cet article explique que les bailleurs de fonds, les revues médicales les plus influentes, les conférences internationales les plus prestigieuses…. sont dans leur grande majorité anglophones… Les chercheurs africains francophones sont régulièrement confrontés aux difficultés linguistiques, même sur leur propre continent. Ils sont nombreux à exprimer ces difficultés, mais ils ne sont pas entendus. Lors d’une conférence (Africa Health Agenda International Conference) en mars 2019 à Kigali (Rwanda) un atelier a réuni des participants de 6 pays africains francophones. Ils ont identifié quatre points : 1) l’isolement linguistique ; 2) une double exclusion : difficultés pour publier en anglais et publications peu accessibles par des décideurs locaux qui ne maîtrisent pas toujours l’anglais ; 3) la suprématie des publications anglophones ; 4) les revues francophones sont peu diffusées, sans reconnaissance par un facteur d’impact, et peu citées. Cet atelier a été supporté par la Fondation Elsevier qui avait délégué deux rédactrices de la filiale française d’Elsevier Masson (Christine Aimé-Sempé et Yasmina Ouharzoune). 

Ce sont trois experts francophones engagés dans des organisations internationales anglophones qui ont signé cet éditorial : Anne Roca est ‘senior editor’ de Lancet Global Health, Yap Boum est chercheur en Afrique (Yaoundé, Cameroun), et travaille pour Epicentre (la partie recherche de Médecins sans frontières), Isabelle Wachsmuch est responsable à l’Organisation Mondiale de la Santé (Genève, Suisse) du programme Couverture Universelle Santé et parcours de vie. Lancet Global Health est une revue prestigieuse créée en 2013 et dont tous les articles sont en accès libre.

L’atelier a produit une déclaration reproduite ci-dessous.

Principes de base pour plus de diversité linguistique dans la recherche en santé au niveau mondial

• Promouvoir les traductions de documents scientifiques. L’apprentissage de l’anglais est une nécessité, mais pour réduire les inégalités, il faut que plus de documents soient disponibles dans les autres langues. Ces documents doivent être traduits dans leur intégralité, pas seulement résumés. Dans le cas de la langue française, l’Organisation Internationale de la Francophonie a un rôle à jouer pour faciliter les efforts de traduction, avant et après la publication.
• Encourager la publication d’articles dans d’autres langues que l’anglais, notamment en élaborant des mécanismes de soutien aux revues en français et dans d’autres langues. Ces revues représentent un espace accessible aux non-anglophones mais ne sont pas forcément privilégiées par les chercheurs. C’est cependant en les soutenant que leur impact sera renforcé.
• Soutenir le dynamisme des chercheurs africains par la mise en avant de mentors issus de différentes origines linguistiques, qui peuvent servir de modèles et de conseillers pour les chercheurs parlant la même langue. La création et la promotion de réseaux où les chercheurs pourraient échanger des idées, s’entraider et exceller dans leur propre langue sont essentielles.
• Organiser plus de conférences francophones en Afrique et des sessions en français lors de conférences internationales, avec des traductions simultanées pour les non-francophones.
• Remédier au manque chronique de financement de la recherche en Afrique francophone en préconisant plus de multilinguisme parmi les bailleurs de fonds et les donateurs, afin d’éliminer l’obstacle à la mise en place de la recherche que représente la langue.

Faut-il rétracter les articles basés sur les recommandations dyslipidémies abrogées par la HAS ? Au moins informer les lecteurs !

Le billet du 18 décembre 2018 m'a attiré quelques remarques musclées ! C'est la vie ! Mais l'apaisement semble venir, et je dois féliciter le comité de rédaction des Archives des Maladies du Coeur et des Vaisseaux Pratique pour sa décision.

Le billet était intitulé : "Les oies dorées de la HAS ne connaissent pas les bonnes pratiques de publication : disparition des recos 'Dyslipidémies' ! Les Archives des Maladies du Coeur devraient rétracter leur article". Des recommandations (Principales dyslipidémies : stratégies de prise en charge) ont été abrogées et ont disparu du site HAS. Cette pratique, impossible du vieux temps du papier, devient une mauvaise habitude à la HAS. La bonne pratiques, à savoir la préservation des archives, implique de laisser en ligne les documents rétractés ou abrogés....   Mais la HAS a fait pire avec la maladie de Lyme ! Rien d'étonnant.

La rédaction des Archives des Maladies du Coeur et des Vaisseaux Pratique a publié une note fin mars 2019 pour avertir les lecteurs (voir ci-dessous). Un article de cette revue commente ces recommandations... et cet article toujours en ligne devrait être lu avec cette note.... Est-ce suffisant ? Est-ce que les lecteurs de l'article d'octobre 2017 vont le lire, voire le citer, en tenant compte du fait que les recos ont été abrogées ? Je ne sais pas... Votre avis ??? 

La rédaction des Archives n'a, semble-t-il, pas jugé utile de contrôler les liens d'intérêts de l'auteur de l'article d'octobre 2017...  Dommage car les lecteurs devraient être avertis car il y a un gros mensonge. Quelles sont les revues qui contrôlent les liens d'intérêts ? Quelques revues scientifiques, BMJ par exemple, n'acceptent pas de publier des éditoriaux, des articles de formation dont les auteurs ont des liens d'intérêts. La politique du BMJ est très détaillée sur ce point, et elle semble respectée. Dans certaines disciplines, cancéro, cardio, rhumato, et d'autres, les revues devraient regarder de plus près les liens des auteurs. Pour les articles de recherche, bien sûr les auteurs avec liens d'intérêts sont bienvenus. Faut-il conseiller aux revues françaises d'en faire autant ? Avez-vous un avis ?

Je remercie la rédaction et Pascal Léger pour m'avoir autorisé de reproduire cette note ci-dessus.

Je maintiens : rien ne prouve que manger bio réduit le cancer... évitons les conflits militants et comprenons la méthode scientifique

Mon billet du 30 octobre 2018 était probablement militant en reprenant un billet de blog québécois sur cette bonne publiée dans JAMA Internal Medicine et intitulée "Association of Frequency of Organic Food Consumption With Cancer Risk Findings From the NutriNet-Santé Prospective Cohort Study". Qu'en penser avec un peu de recul ?

Le Bulletin du Cancer a publié en janvier 2019 un éditorial, signé Jacques Robert, intitulé "Alimentation « biologique » et risque de cancer : une étude de grande qualité et des réactions inappropriées". Cet éditorial est raisonnable et mérite lecture. Il est aussi militant, bien que reconnaissant qu'association n'est pas causalité. Il critique à juste raison certains de mes propos, notamment ceux reprenant le blog québécois. Je suppose que les relecteurs qui ont accepté cet éditorial du Bulletin du Cancer ne sont pas membres de l'Académie Nationale de Médecine...  en effet :

Le 4 avril 2019, l'Académie nationale de médecine a publié un communiqué de presse "Rôle de l’alimentation « bio » sur le cancer, l’Académie nationale de médecine alerte sur l’interprétation trop rapide des résultats épidémiologiques". L'Académie appelle à la prudence ceux qui interprètent un peu vite la publication du JAMA Int Med "Ainsi même si cette étude met en évidence un « signal » entre alimentation « bio » et la moindre survenue d’un cancer, l’Académie nationale de médecine considère qu’à ce jour, au vu de cette seule étude, le lien de causalité entre alimentation « bio » et cancer ne peut être affirmé et invite à la prudence dans l’interprétation trop rapide de ces résultats." L'Académie propose de lire un rapport de 2011 "Situation et perspectives de développement de l'épidémiologie en France en 2011.". Je l'ai parcouru : il est simple, et je suggère aux journalistes de le lire.

L'éditorial du JAMA Med Inter accompagnant l'article était raisonnable : "Si ce risque est incertain, il existe une évidence qu'améliorer d'autres facteurs, comme le poids, l'activité physique et la diète peuvent diminuer le risque de cancer." Avant de focaliser sur le bio, en matière de santé publique, il y a d'autres recommandations utiles (tabac, alcool, sel, sédentarité,..). D'ailleurs pour le vin bio, je préconise en général de préciser qu'il contient de l'alcool qui a quelques risques...  parfois oubliés.

Je maintiens que le titre du Monde du 22 octobre 2018 ("L'alimentation bio réduit significativement les risques de cancer") était trompeur et destiné à effrayer la population. Des journalistes dits scientifiques sont militants, je les respecte. D'autres journalistes savent lire les articles originaux, et ils sont rares. Par contre, quand Le Monde fait la promotion de l'exercice physique, j'applaudis.

Ce débat est complexe : il existe beaucoup d'hypothèses. Il faut diminuer les perturbateurs endocriniens, les pesticides dans l'environnement, mais faire croire que ces produits donnent le cancer pour alerter les populations est irresponsable. Faire croire que le bio protège du cancer est trompeur. Faire croire que tout était mieux avant n'est pas raisonnable non plus.

Il ne faut pas confondre 'danger' (CIRC) et 'risque' (agences sanitaires), et c'est important aussi : la synthèse du rapport du 13 mai 2019 de l'OPECTS (Office parlementaire d'évaluation des choix techniques et scientifiques) est bien faite. S Huet a bien analysé ce rapport sur son blog. Le titre de ce rapport : Évaluation des risques sanitaires et environnementaux par les agences : trouver le chemin de la confiance. Je vous suggère de la lire tranquillement. Il y a un encart sur le glyphosate dont je reprend un extrait : le CIRC se concentre sur la question du danger causé par le glyphosate (indépendamment du degré d’exposition), alors que l’EFSA analyse les risques encourus pour la santé humaine ou l’environnement (combinant danger et exposition). Les doses à partir desquelles des études identifient des effets cancérogènes chez l’animal (au-delà de l’absorption de 1 000 mg/kg de poids corporel) sont très élevées et donc improbables à atteindre, avec une dose journalière admissible (DJA) fixée à 0,5 mg/kg de poids corporel, correspondant à une dose sans effet observé (NOAEL) de 50 mg/kg à laquelle s’applique un facteur de sécurité de 100. Les agences ont donc jusqu’à présent écarté le risque cancérigène en cas d’exposition au glyphosate, dans les conditions normales d’utilisation de cette substance.

Les risques de l'open access : les prix vont monter pour les APCs, et le métier des maisons d'éditions va survivre

Je suis en faveur de l'Open Access en science, mais j'ai toujours été admiratif des ces experts qui pensent que l'on peut détruire un secteur de la publication pour le remplacer par une reprise en main des universitaires. Faire des revues est un métier, et des compétences existent pour bien le faire. Que les universités, institutions pensent qu'elles peuvent faire les revues, c'est leur droit, mais le faits sont têtus. Que se passe-t-il ? Allez lire tranquillement la bonne analyse (2 mai 2019 dans LIBER Quaterly) signée par un chercheur de l'université de Montréal sur les APC (Article Processing Charges), c'est à dire ce que payent les auteurs pour que leurs articles soient en Open Access. Le titre "Article processing charge hyperinflation and price insensivity: an open access sequel to the serials crisis". Il montre deux choses :

• les APC augmentent trois fois plus vite que l'inflation pour ce qu'ont payé des institutions européennes de 2005 à 2018..  donc l'idée d'arrêter l'augmentation des prix des abonnements a été remplacée par une augmentation des APC ; 
• les chercheurs ne sont pas sensibles aux niveaux des APC, mais ils choisissent les revues sur d'autres critères... Ce chercheur a étudié 319 revues des groupes BMC, Frontiers, MDPI et Hindawi. Ce sont des maisons d'éditions dont certaines revues sont douteuses, voire prédatrices. Ceci ne vise pas BMC, propriété de Springer, qui dès les années 2000 a été très professionnel. Les APCs moyens de ces 319 revues sont passés de 1 255 dollars US (2012) à 1 651 dollars (2018) ;
• l'introduction des APCs par eLife (2017) et par Royal Society Open Science (2018) ne semble pas avoir eu d'impact sur le volume des articles ; des revues comme PNAS ont des APC de 6000 dollars basés sur la notoriété de la revue, et cela n'empêche pas les soumissions ; il ne cite pas des revues en Open Access du groupe Lancet avec des APCs de 5000 livres sterling, ou le JAMA Open Network qui démarre sans difficultés avec 3 000 dollars d'APC ;
• la méga revue Scientific Reports (groupe Springer) a dépassé PLoS One (libraire de Stanford) malgré un APC plus élevé, et un lancement plus tard !
• les revues avec APC pourraient se répartir en deux groupes : celles qui auront de la qualité, de la notoriété auront des APCs
  élevés, et les autres des APCs bas, mais proches des revues prédatrices... 
• tout ceci a souvent été au détriment des revues de sociétés savantes qui perdent des articles : elles doivent réagir en chargeant des APCs, et certaine ont commencé.

Le plan S, plein de bonnes intentions, ne pourra pas décider du niveau des APCs. En obligeant que toutes les recherches soient en accès ouvert, il contribue à changer les pratiques des chercheurs, et c'est bien. Mais il ne pourra pas répondre au désir de ceux qui voudraient que le système soit gratuit.. Le plan S serait téléguidé par Frontiers qui augmente ses APCs (rumeurs à confirmer). Finalement, tout a un coût ! Mais n'oublions pas que des variations entre domaines de la recherche sont importantes, en ce qui concerne les pratiques de publication.

'Sexual Abuse' s'engage pour accepter des reproductions d'études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?

L'éditorial de Michael Seto, rédacteur en chef de Sexual Abuse, le 3 mai 2019 est bienvenu. Il annonce trois changements pour cette revue très anglo-saxonne. Dans le comité de rédaction, l'Amérique du Nord est bien représentée (pas de français dans ce comité). M Seto détaille les 3 changements pour augmenter la reproductibilité :

Open science badging identifies articles that have engaged in practices that help science reporting be more transparent and reproducible, including preregistration of studies, open access to study materials, and open access to study data. 

Replication reports : We are therefore introducing brief replication reports as a new format for manuscripts describing the results of an attempt to replicate studies previously published in this journal. Preregistration is encouraged but not required. A replication report can be briefer than an ordinary manuscript because it can refer to the original article regarding the background and rationale for the study and for the description of methods. The replication report can then focus on subsequent attempts to replicate or extend the original study,

Vérification des stats : Statcheck was developed as an R-based program that could check for errors in statistical reporting in documents formatted according to the American Psychological Association’s publication style, the formatting followed for this journal.

Dans le domaine de la psychologie sociale, les réplications d'études deviennent fréquentes, et tout ceci est orchestré par le Centre pour la Science Ouverte de Brian Nosek à Charlottesville, USA.

Ces initiatives sont excellentes. Par curiosité, j'ai parcouru les sommaires des revues de ce domaine que je ne connaissais par. Outre Sexual Abuse, il y a Journal of Sex Research, Sexual Addiction & Compulsivity. C'est passionnant avec du hard sex !

En lisant les sommaires, nous pouvons imaginer que quelques expériences crapuleuses seront reproduites plusieurs fois...

Tonton flingueur défend l'industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité

J'ai analysé le 25 avril 2019 un article de la revue Cell Metabolism signé par des chercheurs de Novo Nordisk, et cela m'a valu quelques remarques constructives (13 mai) sur le blog Perruche en automne, avec le titre : "Les tontons flingueurs de la science sont de sortie". L'autre tonton flingueur est Dominique Dupagne qui a répondu sur ce blog. Il est normal qu'un bon article attire des commentaires...  même si quelques déficiences existent. Selon les disciplines, la crise de la reproductibilité s'est exprimée différemment.

• En psychologie, ce sont des combats de chercheurs académiques entre eux. ils sont à l'origine du Repligate, car des chercheurs reproduisant des articles ont été accusés de peu innovants, sans idées, etc..
• Dans le domaine biomédical, ce sont les industries pharmaceutiques qui ont été innovateurs en publiant leurs expériences comme vient de le faire NovoNordisk. Il est possible des les accuser, ainsi que la revue, de ne pas avoir détaillé toutes leurs méthodes. Les remarques décrite sur le blog Perruche en automne sont très pertinentes et méritent lecture. Un autre article dans PNAS est cité, et il semble excellent aussi.
• C'est Bayer qui a alerté notre communauté sur cette mauvaise reproductibilité, suivi par Amgen et les chercheurs académiques n'ont pas aimé. Ils ont été obligés de se rendre à l'évidence....   Critiquer le monde académique semble impossible quand vous êtes dans l'industrie.

En 2011, trois chercheurs de Bayer, Allemagne, ont décrit (Nature Reviews Drug Discovery) 67 projets de recherche interne pour identifier des cibles thérapeutiques afin de valider des hypothèses pour engager des essais chez l’homme. Ce sont 20 à 25 % de ces 67 projets, dérivés tous de publications dans des revues prestigieuses qui ont été reproduits. Les domaines de recherche étaient la cancérologie, la santé de la femme et le cardiovasculaire.

En 2012, ce sont des données d’Amgen, Californie, qui ont été publiées dans la revue Nature. Dans les domaines de la cancérologie et de l’hématologie, les chercheurs ont reproduit 11 % (6 cas sur 53 projets) des recherches publiées dans des revues prestigieuses  (21 articles dans des revues avec un facteur d'impact supérieur à 20, et 32 articles dans des revues avec des facteurs d'impact entre 5 et 19).

Il ne semble pas pertinent d'opposer le monde industriel et le monde académique. J'ai travaillé plus de 15 ans dans l'industrie pharmaceutique (recherche clinique internationale), et plus de 15 ans dans le domaine académique... donc penser que je ne connais pas l'industrie est possible. J'ai été heureux dans les deux secteurs, et j'en ai tiré un message : dans les deux secteurs, il y a des chercheurs excellents ; dans les deux secteurs, il y a des chercheurs ayant des pratiques douteuses.. Match nul, balle au centre et arrêtons de les opposer...   La première démarche vertueuse serait que les chercheurs de l'industrie signent les articles des recherches cliniques dont ils sont responsables, plutôt que de se faire prendre les places par des prestataires académiques... ils font signer des académiques qui n'ont pas analysé les données.... mais ceci encore est un message pour les sourds. Il existe aussi des règles pour signer les protocoles, et les rapports industriels.

Je rejoins D Dupagne dans ses remarques sur l'industrie et le milieu académique.

Références :

Prinz F, et al. Believe it or not: how much can we rely on published data on potential drug targets? Nature Reviews Drug Discovery 2011;10(9):712.

Begley CG, et al. Raise standards for preclinical cancer research. Nature 2012;483:531-533.

 

Newsletter d'avril 2019 avec pour titre : SIGAPS-Mafia ! NEJM engrange § 65 000 par article ?

Sur les 21 billets d'avril 2019 du blog Rédaction Médicale, je retiens d'abord : La crise de reproductibilité : c'est l'industrie (Novo-Nordisk) qui apporte trois exemples didactiques sur des études animales, sur la qualité des réactifs et sur la variabilité.. pour vos formations à l'intégrité. Le tabloïd de l'industrie va bien : le revenu estimé pour un article publié par le N Engl J Med serait de 65 000 dollars, et les rédacteurs sont bien payés.     Changer les évaluations     Bonne suggestion venue d'Australie et décrite dans la revue Nature pour évaluer avec la Règle des Cinq pour un CV : lire 5 articles des 5 dernières années plutôt que compter des haricots (facteurs d'impact, h-index,..) en valorisant l'obésité des curriculum ; Attribuer de l'argent (la mafia des SIGAPS) pour une publication engendre des guerres atomiques dans les hôpitaux. Ce n'est pas la faute des chercheurs honnêtes si les responsables n'ont pas lu le rapport de la cour des comptes.

 

Danger prédateurs / Réponse aux revues

Les revues prédatrices s'améliorent !   Des chercheurs sont satisfaits avec des revues prédatrices qui font un semblant de peer review, et les institutions sont laxistes face à cette escroquerie légale   En savoir plus

Les conférences dites prédatrices se développent   - Des faux sites de congrès miroirs de nos sociétés savantes engrangent des inscriptions payées par des chercheurs naîfs - Des conférences alléchantes avec des conférenciers absents gagnent de l'argent   En savoir plus

Apprenez à répondre aux relecteurs   L'une des tâches les plus difficiles d'un rédacteur est de recouper les demandes des relecteurs avec les réponses des auteurs... sachez faciliter son travail    En savoir plus

 

En bref

De la culture POP (Publish Or Perish) à la culture TOP (Transparency Openess Promotion) : la science ouverte ne fera pas diminuer les pratiques discutables en recherche ; Les chinois (19 %) ont dépassé les américains (18 %) pour le volume des publications en anglais, segment Science Technique et Médecine ; La pratique des 'coercive citations' (références ajoutées dans des articles sans relation avec le travail) est fréquente dans tous les domaines ; Défendons le Pharmachien (site humoristique canadien sur la pseudoscience) dont les combats sont justes ; Numéro spécial "Writing and Science' dans la revue 'Written Communication', avec un article montrant que : 'L'injustice linguistique des auteurs non-natifs qui doivent écrire en anglais devrait être considérée dans la recherche' ; Les pratiques éditoriales de 38 revues d'addictologie ne permettent pas de s'assurer de l'intégrité de la recherche ; Deux nouvelles revues dans le groupe Lancet : The Lancet Rhumatology, et  The Lancet Digital Health attendent vos soumissions.