Rédaction Médicale et Scientifique

Médiator : un peu de hauteur pour réfléchir sur la causalité et le nombre de morts

Je vous encourage à lire le livre « Médiator®  – Et si ce n’était qu’une question de poids ? » (L’Harmattan 2019) pour comprendre la notion de causalité. Ce livre est détaillé, demande de la concentration et un peu de temps…  mais il apporte des arguments contrairement aux habituels tweets qui relayent des opinions sans fondements ? Il est écrit par un cardiologue, Gilbert Kirkorian.

Il ne s’agit pas d’exonérer le laboratoire, les autorités administratives, les médecins qui ont de très nombreuses responsabilités. Le livre ne prend pas de position : il nous aide à réfléchir sur la notion de causalité.

Il s’agit de se poser les bonnes questions scientifiques sur les mécanismes qui ont été discutés par les protagonistes, de se questionner sur la physiopathologie des maladies des valves. Des examens comme l’échographie ont des performances différentes selon le poids, ce qui peut influencer des observations. Résumer le livre est difficile. Faites très attention aux études cas-témoins, méthodologie qui apporte plus d’hypothèses que de preuves…. Ce livre est le fruit d’un long travail de fourmi pour analyser les publications scientifiques sur les effets délétères du Médiator®. Il faut savoir lire tous ces articles dans des revues scientifiques...

Je reprends un extrait du début (page 7) : L’emprise de la presse sur le dossier du Mediator® est de mon point de vue emblématique de la démission de tous les contre-pouvoirs naturels dans la diffusion des données de la science en médecine. La dénonciation de ses prétendus effets nocifs sans aucune présentation des méthodes et des données brutes, sans accorder aucune marge à l’analyse contradictoire, me laisse dans un état de frayeur indescriptible à l’idée que puisse se propager aussi aisément des affirmations peu soucieuses de la moindre exigence scientifique. Sa mise en accusation sur la place publique sans aucune retenue me rappelle les scènes de lynchage dans une Amérique qui vient de conquérir son indépendance.

Ce livre nous interroge sur la notion de causalité, difficile à établir avec certitude. Les évaluations du nombre de morts causés par le Médiator® méritent des précautions méthodologiques souvent négligées.

En quatrième page de couverture : L’instruction administrative a été expédiée avec beaucoup de légèreté, laissant de côté maints défauts méthodologiques, occultant les limites incontournables de l’analyse de populations, oubliant que la connaissance médicale ne peut être livrée impunément à d’austères calculs mathématiques indifférents aux conditions de recueil des données.

En 2014, le livre de J Bardet, cardiologue avait aussi attiré l’attention sur des pratiques à charge…… en questionnant aussi les chiffres ! J'ai commenté ce livre fin janvier 2015. Ce livre, enterré par les médias, décrivait des rapports à charge !!!

PS : je connais l’auteur

Les PhD en biomédecine connaissent des formes graves d'inconduite scientifique de la part de leurs établissements de recherche

C'est une enquête à laquelle 72 PhD de l'université d'Oslo ont répondu en 2016. L'article a été publié le 14 octobre 2019 dans Research Ethics (il faut 3 ans pour analyser 72 questionnaires ! merveilleux).

Voici une partie du résumé : Dans l'ensemble, 13 % des PhDs en biomédecine récemment diplômés ont déclaré connaître des personnes dans leur environnement immédiat de recherche qui avaient commis des formes graves de malhonnêteté scientifique. Un faible pourcentage de doctorants (1,4 %) ont indiqué qu'ils avaient eux-mêmes commis de tels actes. Environ 3 % des candidats avaient subi des pressions pour commettre des formes graves de malhonnêteté et près du tiers des répondants avaient subi des pressions contraires à l'éthique en ce qui concerne la paternité des articles (auteurs). Treize pour cent ont déclaré avoir subi des pressions contraires à l'éthique par rapport à d'autres formes de malhonnêteté et 11 % ont subi les conséquences d'une certaine forme de malhonnêteté scientifique. Dix-huit pour cent des répondants croyaient qu'une ou plusieurs actions, qui dans la littérature étaient perçues comme une inconduite scientifique, n'étaient pas mauvaises...... Dans certains domaines, les normes des doctorants sont plus strictes, comme l'utilisation de méthodes d'analyse statistique, tandis que dans d'autres, comme les fautes professionnelles, il y a peu de changement afin d'accélérer les publications.

Il y a quelques mois, un étudiant en thèse de science m'a raconté comment il a travaillé. Après un an, ses résultats n'étaient pas convaincants... il avait une centaine de données.... pas de valeurs de P significatives...   Son directeur de thèse a regardé les résultats... commencé à écarter 20 données, puis 40 données...  et les tests statistiques étaient significatifs sur cet échantillon de 60 données !!!  Banco.. pour publier et contribuer à la thèse. L'étudiant est mal à l'aise..  très mal à l'aise... mais son directeur de thèse trouve cela normal..  et en répond pas à quelques remarques de l'étudiant. Parfois la réponse classique du directeur de thèse est : "Fais comme cela et tu auras ta thèse... PLus tard, tu feras comme tu veux...."

Avez-vous des histoires anonymes de ce type ???

 

La moitié des articles rétractés en anesthésie le sont pour fraude : généralisable aux autres disciplines ?

Voici le résumé de l'article dont le titre français est : "Raisons justifiant la rétractation d’un article en anesthésiologie: une analyse exhaustive" publié en octobre 2019 par le Journal Canadien d'Anesthésie. L'analyse a porté sur des rétractations d'articles publiés entre 1987 et 2017. La plupart de ces articles été rétractés après 2010.

Trois cent cinquante articles ont été retenus pour l’extraction de données. Les raisons de la rétractation ont été réparties en six grandes catégories. La raison la plus fréquente de rétractation était la fraude (fabrication ou manipulation de données), qui représentait près de la moitié (49,4 %) de toutes les rétractations, suivie de l’absence d’un consentement éthique approprié (28 %). Les autres raisons ayant justifié une rétractation étaient des problèmes au niveau de la publication (par ex. publication en double), le plagiat, et les études présentant des problèmes méthodologiques ou autres au niveau des données mais non frauduleuses. Quatre auteurs étaient associés à la plupart des articles rétractés (59 %). La majorité (69 %) des publications avaient apposé un filigrane sur l’article original afin d’indiquer que l’article avait été rétracté. Les facteurs d’impact des revues, selon le Journal Citation Reports, allaient de 0,9 à 48,1 (médiane [écart interquartile (ÉIQ)], 3,6 [2,5-4,0]), et l’article le plus cité était mentionné 197 fois dans les références (médiane [ÉIQ], 13 [5–26]). La plupart des articles rétractés (66 %) ont été cités au moins une fois par d’autres articles de revue après avoir été retirés.

Qu'en penser ? D'abord que 30 % des articles n'avaient aucune mention de la rétractation sur le pdf. C'est trop car ces articles seront utilisés par des chercheurs ignorants de la rétractation. C'est fréquent que des articles rétractés (par une institution) ne soient pas marqués d'un filigrane (RETRACTED) sur le pdf..  Les communications entre universités et revues biomédicales ne sont pas optimales.

Principes de Hong Kong pour évaluer les chercheurs : Encourager l'intégrité de la recherche

Lors du congrès mondial de l'intégrité scientifique en juin 2019 à Hong Kong, j'ai participé à l'un des cinq groupes de travail dont les objectifs étaient de proposer des principes pour évaluer les chercheurs. Un texte a été proposé avant le congrès, discuté pendant le congrès, mis en ligne pour avoir des commentaires (plus de 100 ont été envoyés), avant d'avoir une version finale. Cette version a été déposée sous forme de preprint en attendant une publication. Le groupe des 9 rédacteurs représente des pays différents, des expériences différentes. Ils se connaissent bien entre eux, et pour les revues c'est S Kleinert, Lancet qui participaient. Sabine Kleinert avait coordonné les CLUE guidelines lors d'un précédent congrès (2017). CLUE pour Cooperation & Liaisons between Universities & Editors, déposé en preprint et jamais actualisé....

Ces principes sont bien faits car ils donnent des exemples. Il y a 86 références et une figure.

1. Évaluer les chercheurs sur les pratiques responsables de la conception à l'exécution, y compris l'élaboration de l'idée de recherche, la conception de la recherche, la méthodologie, l'exécution et la diffusion efficace.
2. Valoriser l'exactitude et la transparence des rapports de toutes les recherches, quels qu'en soient les résultats.
3. Valoriser les pratiques de la science ouverte (recherche ouverte) - comme les méthodes, les matériels et les données ouvertes.
4. Valoriser un large éventail de recherche et d'érudition (scholarship), comme la réplication, l'innovation, la traduction, la synthèse et la méta-recherche.
5. Valoriser une gamme d'autres contributions à la recherche et aux activités savantes responsables, comme l'examen par les pairs pour les subventions et les publications, le mentorat, la sensibilisation et l'échange de connaissances.

Il y a des trucs qui décoiffent : d'abord ne pas utiliser facteur d'impact, H index auxquels sont attachées nos institutions (qui signent DORA sans l'appliquer), les citoyens (patients en médecine) devraient participer aux choix des grandes thématiques de recherche. L'idée est de faire de la recherche pour les citoyens, par pour les chercheurs !

Quand je pense que je croise tous les jours d'éminents collègues et individus qui ne jurent que par le facteur d'impact ! Faudra-t-il plus d'une génération pour évoluer un peu ?

Rigidité cadavérique (7/10) : montrez vos données... et trop de chercheurs refusent encore de les montrer

Suite au billet du 19 août 2019 "Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables", j'ai proposé d'analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington.

Le chapitre 7 explique les initiatives pour la reproductibilité de la science. Il commence bien sûr par expliquer les initiatives de Brian Nosek à Charlottesville. Il s'agit de la génèse du COS, Center for Open Science. Les premières réplications en psychologie ont été faites par l'équipe de B Nosek qui a encadré et financé les expériences faites dans de nombreux labos. La publication dans Science en août 2015 a été très médiatisée. R Harris explique que l'article du New York Times a boosté ces projets. Le titre (Many psychology findings not as strong as claimed, study says) était en première page et dans l'article il y avait une photo de B Nosek avec 3 collaboratrices. R Harris explique la philosophie de B Nosek expliquant toujours les différences entre études exploratoires et études de confirmation...

Il y a des informations sur les difficultés de conduire les essais de reproductibilité dans le domaine de la biologie du cancer. Il y a eu des opposants féroces, des équipes qui n'ont pas collaboré. Des articles originaux ne contiennent pas assez d'informations sur les méthodes : il faut alors collaborer avec les auteurs si l'on veut reproduire des expériences. Ces collaborations sont difficiles. Ce projet n'a pas pu être fait comme prévu..  et les résultats ont été expliqués dans eLife.

Des paragraphes sur la transparence avec des données sur les résultats des études avant et après l'ère de l'enregistrement des protocoles : édifiant...  Il faut être transparent, mais cette transparence est très loin d'être acceptée par de nombreux chercheurs. Ils préfèrent cacher leurs données, de peur de se faire voler. Le partage des réactifs est une problématique majeure en biologie... car beaucoup de chercheurs ne veulent pas les partager..  Le projet du séquençage du génome est un bon exemple de transparence qui est expliqué.

B Nosek veut changer la culture de la science, et en biologie, il est beaucoup aidé par Arturo Casadevall (Johns Hopkins, Baltimore, plusieurs fois évoqué sur ce blog) qui explique qu'il faut changer la formation des chercheurs... Prendre une année sabbatique tous les 7 ans n'est pas appliqué car les chercheurs doivent avant tout préparer des dossiers pour chercher de l'argent... ils n'ont plus le temps de réfléchir.

Les 10 chapitres ont pour titre :

1. La bombe de Begley (billet du 6 septembre 2019)
2. C’est dur, même dans les bons jours (billet du 13 septembre 2019)
3. Un seau d’eau froide (billet du 20 septembre 2019)
4. Trompé par des souris (billet du 27 septembre 2019)
5. Croire l’incroyable (billet du 4 octobre 2019)
6. Sauter aux conclusions (billet du 11 octobre 2019)
7. Montrez vos données (billet du 18 octobre 2019)
8. Une culture cassée (billet du 25 octobre 2019)
9. Le challenge de la médecine de précision (billet du 31 octobre 2019)
10. Inventer une discipline (billet du 8 décembre 2019)

Est-ce que nos universités s'intéressent à l'intégrité scientifique ?

Je ne sais pas quoi répondre : il y a énormément d'efforts, d'évènements organisés dans les universités et grandes écoles. Beaucoup d'enseignants, de chercheurs se mobilisent, et la plupart sont honnêtes et intègres BRAVOOOOO. L'OFIS et sa directrice, les référents intégrité nommés font du bon boulot BRAVOOOO. Certains surfent sur l'intégrité pour laver des pratiques douteuses... et nous n'empêcherons pas ces initiatives bizarres.... mais personne n'est dupe !

Mais, il y a un mais : au niveau des dirigeants, cela ne va pas. Trouver le nom d'un référent intégrité sur le sites internet des Universités : mission impossible...   Avoir des informations en rentrant les mots-clés 'plagiat' ou 'intégrité' sur les sites des Universités : mission impossible...   La culture de cacher existe-elle encore au niveau de nos dirigeants ? Pourquoi ...  j'ai des opinions sur cette question...  

J'ai évoqué ces données dans mon billet du 6 juin car elles étaient dans un poster lors du Congrès mondial de l'intégrité scientifique. Les détails sont dans l'article de RIPR du 16 octobre 2019.

Un collègue m'a suggéré de faire une rubrique anonyme 'C'est arrivé dans nos labos, nos hôpitaux..' pour raconter des situations réelles de manière anonyme... dans le domaine des publications scientifiques. J'ai déjà des cas.  Avez-vous des témoignages pour lesquels je garantie l'anonymat ?

Encore un article initialement refusé a conduit à un prix Nobel : est-ce que le peer review supprime l'innovation ?

Après l'attribution du prix Nobel de médecine 2019 à trois biologistes, une lettre de rejet de Nature a circulé sur Twitter.

Le prix Nobel de physiologie et médecine a été présenté dans les revues, comme dans Nature le 7 octobre 2019 : A trio of researchers has won the 2019 Nobel Prize in Physiology or Medicine for describing how cells sense and respond to changing oxygen levels by switching genes on and off — a discovery that has been key in understanding human diseases such as cancer and anaemia.

Cette lettre de 1992 a été envoyée à l'un des trois bénéficiaires du prix en août 1992. Le rédacteur reconnait la difficulté de trouver des reviewers, et aussi de prendre une décision. Le peer review est un processus difficile qui peut se tromper.. dans ce cas, nous ne pouvons rien dire car il faudrait les archives complètes et l'avis des protagonistes. Pourquoi des 'anonymes' font circuler ce genre de courrier ? Quelle valeur ajoutée en 2019 ???

Il n'y a rien de nouveau car lors du premier congrès du peer review en 1989 à Chicago, une communication a évoqué des cas d'articles rejetés qui ont ultérieurement donné lieu à de grandes découvertes. Cet article 'collector' est passionnant.. et je l'ai toujours gardé depuis ce congrès..  dont les 'proceedings' ont donné lieu à un livre !!!  Cet article est intitulé : The Philosophical Basis of Peer Review and the Suppression of Innovation, publié en 1990 dans le JAMA. Dans cet article, il y a 18 exemples et je traduis les deux premiers :

1 L'article de Glick et al sur l'identification des des lymphocytes B comme entités différentes des lymphocytes est l'un des documents fondamentaux en immunologie. Il a été rejeté par les revues générales et spécialisées et a fini par apparaître dans la revue Poultry Science en raison des espèces sur lesquelles le travail a été effectué. La science avicole est particulière et respectée dans les journaux, mais elle n'est pas le lieu où l'on s'attendrait à trouver un article aussi fondamental.

2 L'article de Krebs sur le cycle de l'acide citrique, probablement l'article le plus important de la biochimie moderne a d'abord été rejeté par le peer review.

Allez lire les autres exemples..... et les réflexions de 1990 sur le peer review sont encore très actuelles... rien n'a vraiment changé en 30 ans...

 

Les revues scientifiques présentées dans le journal Le Monde de l'été 2019

Le Monde a publié 6 articles d'une page sur des revues scientifiques pendant l'été 2019. Le choix a été très éclectique, surprenant mais passionnant : de bons choix pour une vision de l'empire des revues. J'en ai analysé trois, et les trois autres sont aussi intéressants :

• Je ne connaissais pas La Hulotte, le journal le plus lu dans les terriers ! L'article du Monde (6 août) est intéressant et fait découvrir un fonctionnement artisanal d'une revue scientifique qui raconte la vie des animaux sauvages, des arbres et des fleurs d'Europe. Des numéros épais, quatre fois pas an, avec plein d'illustrations, etc...  Dans chaque numéro, un animal ou une plante sont décrits en détail... L'article donne envie de s'abonner (ce que j'ai fait pour 32 €). Je ne suis pas le seul à avoir apprécié cet article !
• 'Angewandte Chemie' pour l'honneur de la science allemande. Cette revue allemande, avec une édition internationale, reste le leader des revues de chimie dans le monde...  en publiant en anglais, mais en gardant un peu d'allemand.
• "Philosophical Transactions" : Le patriarche retrouve une nouvelle jeunesse.... C'est la Royal Society de Londres ! Plus ancien périodique en activité, inventeur des canons du domaine, le journal reste une publication de référence. « Une invitation des Transactions, ça ne rapporte pas beaucoup de points en termes académiques, mais ça ne se refuse pas », résume le biologiste américain Michael Hochberg, directeur de recherche au CNRS.

J'ai analysé cet été :

• arXiv, le pionnier de l'ère numérique
• The Lancet, machine à cash à la pointe de la médecine
• Nature, la prestigieuse revue que les auteurs adorent détester.

GRPD et revues scientifiques : compliqué à mettre en oeuvre....

J'ai participé à une réunion à Bruxelles au sein de l'ERC (European Research Council). Il y avait des personnels de cette agence, de la commission européenne (DG RTD), et une quinzaine de rédacteurs de revues. GRPD, c'est le truc sur la protection des données, et les revues sont très concernées : quelles données archiver et comment ? Organisé par EASE (European Association of Science Editors), nous étions 4 anciens présidents, et le bureau...  discussions qui annoncent des recommandations pour auteurs, reviewers et rédacteurs sur ce sujet de la préservation des données. Si vous désirez comprendre les RGPD (Règlement général sur la protection des doonées) ou GDPR, allez sur wikipedia. Impossible de résumer. Nous avons eu des présentations et 4 groupes de travail.

• Qui est responsable pour s’assurer qu’aucune donnée personnelle n’apparaît dans un article sans consentement ?
• L’auteur correspondant doit avoir accords des co-auteurs, des personnes remerciées et des patients (cas cliniques). Les reviewers pourraient être responsables aussi si des données personnelles sont publiées sans accord, mais il faudra le signaler dans les instructions aux auteurs, et les demandes aux reviewers.
• Quelles sont les limites des auteurs qui demandent des données confidentielles à la rédaction. Par exemple, lors de la lecture d’un article, le reviewer rend son avis et parfois donne des conseils confidentiels au rédacteur en chef. Est-ce qu’un auteur qui reçoit un avis de lecture pas très sévère mais avec une décision de rejet peut suspecter qu’un reviewer a recommandé de rejeter l’article. Peut-l demander l’accès aux données confidentielles le concernant ?
• Quels sont le données auxquelles un reviewer peut avoir accès ? Peut-il savoir s'il y a des commentaires sur son dossier, du type...  reviewer toujours en retard,...  reviewer peu pertinent,... reviewer incompétent....
• Un auteur est très content des commentaires des reviewers et veut les remercier par leur nom : est-ce que ces données personnelles peuvent être communiquées par le rédacteur en chef ? Oui, s’il obtient l’accord du reviewer.
• Que faire quand un auteur (mécontent car son article a été rejeté par exemple) ou un reviewer demande de détruire les données avec son nom ? C’est très problématique ! Il s’agit de détruire des archives…. Doit-on détruire les données des articles, dont ceux rejetés ? Les revues veulent/doivent archiver ces données, surtout en cas de doutes sur l’article qui peuvent émerger des années après la publication. Détruire empêche les investigations futures et les recherches des historiens.
• Est-ce que les revues peuvent demander l’accès aux consentements des patients inclus dans un essai ? Difficile aussi… Car les auteurs disent toujours avoir fait signer des consentements, mais ce n’est pas toujours vrai….

Les archives des articles de la Royal Society sont accessibles : il est facile de trouver les noms des reviewers dans ces archives publiques.. pour de vieux articles du 19^ème et début du 20^ème siècle.

Ceci est différent pour les grants des institutions car en général les reviewers ont un contrat écrit, et sont dédommagés, ce qui n’est pas le cas des revues.

Newsletter de septembre 2019 avec le titre : Chirac a eu Ig Nobel de la paix -- Responsabilité sociale

En regardant la remise des IgNobel 2019, j'ai vu que le site rappelait le prix Ig Nobel de la paix décerné à jacques Chirac en 1996....  devinez pourquoi...        Bravo à Books, dont le numéro 100 est sur l'esprit critique, ou quand ce qui dit le premier imbécile est relayé en quelques heures par d'autres imbéciles.....

Rigidité cadavérique (6/10) : sauter aux conclusions.. ou le business des faux positifs car trop de chercheurs ignorent les statistiques

Suite au billet du 19 août 2019 "Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables", j'ai proposé d'analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington.

Le chapitre 6 illustre par des exemples l'ignorance des bonnes pratiques statistiques et décrit les problèmes liés au seuil de 0,05 en refaisant l'histoire des tests de façons à l'expliquer au grand public.

Il commence le chapitre par un des exemples de découverte de tests pour des diagnostics précoces du cancer, avec des articles toujours dans la littérature. Il commence par une phrase classique : "Researchers at the FDA and NIH trumpeted a new test they'd developed to detect ovarian cancer....". Des chercheurs n'ont pas reproduit ces données, car c'était un problème de bruit de fond de la machine effectuant le test...   mais le OvaCheck blood test a été commercialisé par Correlogic Systems... et il a été difficile de le faire arrêter...

Il cite ensuite des problèmes en génétique, dont une publication (Nature Genetics) montrant des différences ente asiatiques et caucasiens...   trompettes encore...  mais en fait les auteurs avaient comparé des échantillons acquis à deux ans d'écart, les uns pour les asiatiques, les autres pour les caucasiens..  expliquant les différences observées....  Beaucoup de critiques ensuite sur les -omics worlds...  et ces big data en génétique qui trouvent des corrélations par chance...   ce qui fait que les descriptions des gênes de l'obésité, de la dépression, de la schizophrénie, des maladies cardiaques sont nombreuses...  C'est le business des faux positifs !  D'ailleurs la plupart de ces études viennent de Chine !

Ensuite, des exemples sur le mauvais emploi des statistiques, sur le seuil 0,05. Il termine son chapitre par la description du p-hacking en 2011 et ensuite la description du p-harking. Il cite de bonnes références : pour le p-hacking, l'article de Simonsohn en 2011 dans Psychological Science : "False-Positive Psychology: Undisclosed Flexibility in Data Collection and Analysis Allows Presenting Anything as Significant" avec 6 recommandations pour les auteurs ; pour le p-harking (Hypothezing after results are known), c'est l'article de N Kerr dans Personality and Social Psychology Review de 1998 qui mérite lecture "HARKing: Hypothesizing After the Results are Known" (cité plus de 1000 fois). Ces deux articles sont en accès libre.

J'ai plusieurs billets sur ces problématiques concernant les statistiques, dont ceux proposant de remplacer 0,05 par 0,005 pour la valeur de p.

Il termine sur de tristes histoires du Vioxx et de l'anticancéreux Truvada.

Les 10 chapitres ont pour titre :

1. La bombe de Begley (billet du 6 septembre 2019)
2. C’est dur, même dans les bons jours (billet du 13 septembre 2019)
3. Un seau d’eau froide (billet du 20 septembre 2019)
4. Trompé par des souris (billet du 27 septembre 2019)
5. Croire l’incroyable (billet du 4 octobre 2019)
6. Sauter aux conclusions (billet du 11 octobre 2019)
7. Montrez vos données (billet du 18 octobre 2019)
8. Une culture cassée (billet du 25 octobre 2019)
9. Le challenge de la médecine de précision (billet du 31 octobre 2019)
10. Inventer une discipline (billet du 8 décembre 2019)

Le podcast pourrait-il remplacer les résumés des articles ?

Nous avons montré hier des exemples de résumés graphiques qui remplacent ou complètent les résumés classiques. D'autres revues, par exemple Chemosphere, demandent aux auteurs trois éléments : Highlights, Graphical Abstract, et résumé classique. Voici une capture d'écran (Chemosphere 237 (2019) 124536) :

Mais la question n'est-elle pas : à l'heure des outils électroniques, a-t-on encore besoin de résumés ? Ne peut-on pas les remplacer par des podcasts ?

Nombreuses sont les revues qui commencent à ajouter des podcasts à leur contenu. Il y a le podcast qui est une interview ou un commentaire de l'auteur principal de la recherche illustrée. Ces podcasts peuvent durer 15 minutes, ce qui est long. Par exemple, l'interview d'un auteur pour illustrer un article sur la chirurgie de l'obésité dans le JAMA, dure 14 minutes.

Chaque numéro de certaines revues commence par un podcast du rédacteur en chef qui présente en moins de 10 minutes le contenu du numéro, ce qui autrefois était un éditorial. Par exemple, le podcast du numéro du 1 octobre du JAMA dure 9 minutes 10 s (image ci-dessous). Vous pouvez vous abonner pour recevoir directement les podcasts, et pour le groupe JAMA il existe 22 types d'abonnements à des podcasts..   de quoi écouter sur votre vélo, ou pendant les transports...

Des résumés graphiques suffisent parfois

Regardez ce résumé graphique publié dans le JAMA pour illustrer une étude dite négative. Il ne faut pas beaucoup de temps pour comprendre les points principaux. Ce résumé graphique est accompagné de Key Points (96 mots) et d'un résumé structuré de 428 mots. C'est un gros travail pour bien préparer ces éléments de l'article. Un rédacteur médical a aidé les auteurs dans ce cas. Donc les revues publient bien des études négatives de qualité, et certaines veulent faciliter la lecture des articles. Cet article a 34 auteurs, donc de nombreux français : bravo.

Quel est l'avenir des 'résumés graphiques' ? Vont-ils remplacer nos vieux résumés ?

Dans certaines disciplines, les revues ont adopté les 'graphical abstracts', avec des instructions spécifiques. Par exemple le Journal of Allergy and Clinical Immunology a des instructions pour ces abstracts. Voici leur définition "Un résumé graphique (GA) a pour but d'offrir un résumé visuel de l'approche expérimentale et des principales conclusions de l'article. Le résumé graphique idéal devrait pouvoir être autonome et devrait transmettre les principaux éléments de l'article (c'est-à-dire les méthodes, les résultats) sans demander au lecteur de se référer au résumé du texte. Un résumé graphique doit être spécialement conçu à cette fin et ne doit pas être une figure déjà présente dans l'article." Le graphical abstract (GA) est original et ne remplace pas le résumé habituel dans cette revue. Des logos sont proposés pour distinguer études animales, humaines, in vitro (voir image).

Voici un exemple d'abstract d'article original dans Analytical Chemistry. Tous les abstracts ont une image qui complète le texte :

Les auteurs doivent déclarer les liens d'intérêts... mais qu'en est-il pour les membres des comités de rédaction ?

Bon article dans BMJ Open du 23 juillet 2019 sur les pratiques de 130 revues scientifiques prestigieuses. Les auteurs ont sélectionné les 5 revues ayant les meilleurs facteurs d'impact dans 26 disciplines de médecine, chirurgie et radiologie. Ils ont donc eu 130 revues pour lesquelles ils ont cherché si elles demandaient les liens d'intérêts des auteurs d'articles, et des rédacteurs membres des comités de rédaction.

Voici le résultat principal du résumé : Although 99% (129/130) of journals required author’s Conflict of Interest (CoI) disclosure, only 12% (16/130) reported individual editors’ potential CoIs. Forty−five per cent (58/130) of journals were followers of the ICMJE Recommendations, and 73% (95/130) were COPE members. Most (69%; 90/130) were linked to a college, professional society/association or public institution. Only one journal did not have policies on individual authors’ and editors’ CoI disclosure.

Qu'en penser ?

• Il est plus facile de demander les liens d'intérêts des auteurs (sans les contrôler) que de déclarer ceux des comités de rédaction. Les revues qui adhèrent à ICMJE et COPE devraient déclarer les liens d'intérêts des comités de rédaction !
• Les liens d'intérêts financiers et surtout non financiers des membres des comités de rédaction ont un impact probable sur les décisions finales d'acceptation ou de refus...  Le pouvoir s'acquiert en étant membre d'un comité de rédaction car vous pouvez faciliter les publications de vos équipes et/ou amis... alors que certains concurrents seront barrés (pour de bonnes raisons).
• Un processus devrait toujours exister pour évaluer les articles soumis par des membres du comité de rédaction en toute indépendance... pour éviter trop de complaisance !
• On est loin de la transparence totale dans le fonctionnement des revues scientifiques.

Rigidité cadavérique (5/10) : croire l'incroyable au laboratoire avec les lignées cellulaires cancéreuses, les anticorps

Suite au billet du 19 août 2019 "Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables", j'ai proposé d'analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington.

Le chapitre 5 détaille des erreurs connues avec l'utilisation des lignées cellulaires fausses, et les difficultés liées aux anticorps utilisés au laboratoire. Encore plein d'histories agrémentées de témoignages et discussions avec les protagonistes. L'on assiste à des guerres entre équipes de chercheurs, alors que s'ils se mettaient autour d'une table, des erreurs seraient mises en évidence... mais ce sont des combats pour du financement de la recherche.

Une partie du chapitre revient sur les problématiques des fausses lignées cellulaires avec des exemples. Il y a bien sûr la description de la première lignée cellulaire cancéreuse isolée en 1951 : HeLa (nommée avec le prénom et le nom de la malade). Cette lignée a permis de grandes avancées, mais elle contamine probablement 10 à 20 % de toutes les lignées. Le livre contient des exemples précis de lignées cellulaires contaminées, et donne des nombres d'articles basés sur ces fausses lignées. R Harris a visité Genentech qui a une banque de 1 800 lignées cellulaires cancéreuses !

Non cité dans ce livre, l'article que j'utilise parfois sur cette problématique a été publié en 2017 dans PLOS One :"The ghosts of HeLa: How cell line misidentification contaminates the scientific literature". Dans cette recherche, les auteurs ont identifié 32 755 articles basés sur de fausses lignées cellulaires, eux mêmes cités par plus de 500 000 articles... J'ai analysé cet article dans un billet.  Il existe une liste des fausses lignées cellulaires cancéreuses. Lisez cet article ! Edifiant !

Une autre partie de ce chapitre est consacrée aux anticorps, dont les anticorps monoclonaux, utilisés dans les laboratoires de recherche. La variabilité de ces anticorps, obtenus souvent chez des animaux, est importante. Il y aurait environ 500 000 anticorps en vente, la plupart obtenus chez le lapin...   Il cite les firmes qui vendent ces anticorps, avec les difficultés d'avoir des produits fiables. Ce livre cite de nombreuses erreurs, les protagonistes qui se battent en lisant les publications des 'concurrents'. Il y a l'histoire d'une hormone qui pourrait faire maigrir, l'irisine...

Les 10 chapitres ont pour titre :

1. La bombe de Begley (billet du 6 septembre 2019)
2. C’est dur, même dans les bons jours (billet du 13 septembre 2019)
3. Un seau d’eau froide (billet du 20 septembre 2019)
4. Trompé par des souris (billet du 27 septembre 2019)
5. Croire l’incroyable (billet du 4 octobre 2019)
6. Sauter aux conclusions (billet du 11 octobre 2019)
7. Montrez vos données (billet du 18 octobre 2019)
8. Une culture cassée (billet du 25 octobre 2019)
9. Le challenge de la médecine de précision (billet du 31 octobre 2019)
10. Inventer une discipline (billet du 8 décembre 2019)

Nouveau rédacteur en chef du NEJM : rien de fantastique dans son premier éditorial

Nous avons annoncé l'arrivée de Eric J Rubin, infectiologue, qui succède 0 J Drazen comme rédacteur en chef du NEJM. Son éditorial du 12 septembre 2019 'Changing Principals, Keeping Principles' annonce la disparition du papier (And though print may not be dead, it might soon need palliative care.), mais rien d'autre. Nous avons vu que PNAS a supprimé le papier début 2019...  d'autres revues vont en faire autant..  pour rejoindre les modèles PLOS, BMC, et autres revues...

EJ Rubin était déjà membre de la rédaction du NEJM. Il évoque la recherche internationale pour identifier un nouveau rédacteur en chef qui était à 100 yards du bureau du NEJM à Boston. Il remercie J Drazen qui a développé les réseaux sociaux et détaille les principes du NEJM qui sont : Solliciting the best advice ; Partnering with authors ; Maintaining rigor ; Assuring objectivity.

C'est de de l'humour ou de la langue de bois, car le NEJM est le bras armé de l'indutrie pharmaceutique et son objectif est de maintenir un facteur d'impact élevé !

Faut-il utiliser une loterie pour financer des projets de recherche ? Bonne idée mais difficilement applicable

Cet article de début 2019, avec quelques formules mathématiques, apporte des réflexions sur un aspect du financement des projets de recherche. Il a été publié dans PLOS Biology par deux américains (un statisticien et un biologiste).

Nous savons que les projets de recherche engagent beaucoup d'énergie pour les rédiger, font travailler de nombreux jurys pour des taux de financement parfois inférieurs à 20 %... donc un gaspillage de ressources. Plus le système est compétitif, moins le processus semble efficace. Pour mieux convaincre les jurys, nous savons qu'au moins 20 % des auteurs de projets ajoutent des auteurs de complaisance, et que 10 à 20 % citent des articles de complaisance. Dans cet article, compte tenu des critiques des chercheurs sur des sélections difficiles, les auteurs proposent deux autres modes pour sélectionner des projets : la loterie ou les travaux antérieurs de l'équipe de recherche.

Voici une traduction du résumé : "Le financement de la recherche scientifique est alloué en grande partie au moyen d'un système de sollicitation et de classement des demandes de subventions concurrentielles. Dans ces concours, les propositions elles-mêmes ne sont pas les produits livrables recherchés par le bailleur de fonds, mais sont plutôt utilisées par ce dernier pour sélectionner les idées de recherche les plus prometteuses. Par conséquent, une partie de l'impact du programme de financement sur la science est dilapidée parce que les chercheurs candidats doivent consacrer du temps à la rédaction de propositions plutôt qu'à la recherche scientifique. Dans quelle mesure l'investissement global de la collectivité dans la préparation de la proposition annule-t-il l'impact scientifique du programme de financement ? Existe-t-il d'autres mécanismes d'attribution de fonds qui permettent de faire progresser la science plus efficacement ? Nous utilisons la théorie économique des concours pour analyser l'efficacité avec laquelle les concours de propositions de subventions font progresser la science et les comparons à des solutions de rechange proposées récemment, partiellement randomisées, comme les loteries. Nous constatons que l'effort que les chercheurs consacrent à la rédaction de propositions peut être comparable à la valeur scientifique totale de la recherche appuyée par le financement, surtout lorsque seulement quelques propositions peuvent être financées. De plus, lorsque les pressions professionnelles incitent les chercheurs à demander du financement pour des raisons qui vont au-delà de la valeur de la science proposée (p. ex., promotion, prestige), l'ensemble du programme peut en fait nuire au progrès scientifique lorsque le nombre de bourses est faible. Nous suggérons que l'efficacité perdue puisse être rétablie soit par des loteries partielles pour le financement, soit par le financement de chercheurs en fonction des succès scientifiques passés plutôt que par des propositions pour des travaux futurs."

Je remercie Thomas Kesteman

Auteurs de courtoisie en chirurgie : toujours une pratique fréquente dans les revues prestigieuses on non

Le JAMA Surgery (18 septembre 2019) a publié un article sur les pratiques des auteurs en chirurgie. Le rédacteur du JAMA Surgery est co-auteur avec cinq autres chirurgiens américains. Le titre évoque les auteurs de courtoisie, terme peu habituel. Les termes de gift ou guest authors (auteurs cadeaux ou auteurs honoraires) et ghost authors (auteurs fantômes) sont plus fréquents.

Ces auteurs ont déterminé la prévalence des auteurs ajoutés (courtesy/gift/guest) dans des articles de revues de chirurgie. Du 15 juillet au 27 octobre 2017, un sondage a été mené auprès des premiers auteurs et des auteurs séniors d'articles originaux, de revues de littérature, et d'essais cliniques publiés entre 2014 et 2015 dans huit revues chirurgicales classées comme ayant un facteur d'impact élevé ou faible. Voici une traduction des résultats du résumé de l'article :

Au total, 203 premiers auteurs et 254 auteurs séniors ont répondu (sur les 369 répondants qui ont fourni des données sur le sexe, 271 étaient des hommes et 98 étaient des femmes), la plupart participants à des programmes universitaires (premiers auteurs, 116 sur 168 [69,0 %] ; auteurs principaux, 173 sur 202 [85,6 %]). Au total, 17,2 % des répondants (42 sur 244) ont déclaré avoir ajouté des auteurs de courtoisie aux publications de l'enquête : 20,4 % par les premiers auteurs (32 sur 157) et 11,5 % par les auteurs séniors (10 sur 87), mais 53,7 % (131 sur 244) ont déclaré avoir ajouté des auteurs de courtoisie sur des publications antérieures et 33,2 % (81 sur 244) avaient été ajoutés comme auteur cadeau dans le passé. Bien que 45 des 85 auteurs séniors (52,9 %) pensent que le nombre d'auteurs de courtoisie a diminué, 93 des 144 premiers auteurs (64,6 %) pensent que ce nombre n'a pas changé ou a augmenté (P = .03). Il n'y avait pas de différence dans l'incidence des auteurs de courtoisie pour les revues à facteur d'impact faible par rapport aux revues à facteur d'impact élevé. Les premiers auteurs (29 sur 149 [19,5 %]) et les auteurs séniors (19 sur 85 [22,4 %]) ont tous deux fait état de pressions en faveur de la courtoisie, mais les pressions externes étaient plus fortes pour les revues à faible impact que pour celles à impact élevé (77 sur 166 [46,4 %] contre 60 sur 167 [35,9 %] ; P = .04). Plus d'auteurs dans les revues à faible impact que dans les revues à fort impact pensaient que la courtoisie était moins dommageable pour le milieu universitaire (55 sur 114 [48,2 %] contre 34 sur 117 [29,1 %]). Dans l'ensemble, les auteurs séniors ont fait état de résultats plus positifs que les premiers auteurs en ce qui a trait à la courtoisie (p. ex., amélioration du moral et évitement des conflits d'auteurs).

Conclusions and Relevance :

Le recours à la courtoisie est courant chez les premiers auteurs et les auteurs séniors dans les revues à faible impact et les revues à fort impact. Il y a différentes perceptions, pratiques et pressions en faveur de la pratique de la courtoisie en tant qu'auteur pour les premiers auteurs et les auteurs séniors. Comprendre ces pratiques mènera à une meilleure éducation pour éliminer cette pratique.

Ig Nobel 2019 : prix de médecine pour les pizzas italiennes ; hommage à J Chirac, prix IgNobel de la paix en1996

J'ai visionné la remise des prix Ig Nobel à Harvard le 12 septembre 2019. C'est un plaisir, même si la vidéo dure près de 1 h 30 min. Il y a les traditionnels lancers d'avions en papier et plein d'intermèdes drôles. Ceux qui parlent trop sont coupés par une fille de 8 ans qui vient leur crier : "PLEASE STOP, I'M BORED! PLEASE STOP, I'M BORED! thank you ....    jusqu'à ce qu'ils s'arrêtent. C'est drôle et certaines parties sont sous-titrées en anglais (notamment l'opéra sur les bad habits). La chorale du musée des mauvaises habitudes a chanté 4 fois pour lister les mauvaises habitudes des chercheurs, et expliquer pourquoi ils ont de mauvaises habitudes.

Sur le site, il y a un hommage à Jacques Chirac qui a gagné le prix IgNobel de la paix en 1996.

En 2019, le thème était les mauvaises habitudes. Les prix, remis par de vrais lauréats de prix Nobel, sont des trucs horribles et pas chers : un mug de café, contenant candies, brosse à dents, cigarette, téléphone portable, etc..   et surtout un billet de 10 trilliards de dollars. Le prix est présenté par le fondateur du prix IgNobel, Marc Abrahams qui s'intéresse aux recherches scientifiques les plus bizarres au monde. Dans sa conférence TED de 2014, il donne des exemples de prix IgNobel. Il commente la remise des prix IgNobel, en expliquant que les prix sont remis à des chercheurs qui nous font rire et réfléchir.

La liste des prix est suivie des références aux articles des lauréats

• Le prix de médecine a été attribué à ceux qui ont montré que manger des pizzas protégeait contre les maladies cardiaques et le cancer, à une condition : que la pizza soit faite et mangée en Italie.
• Le prix de psychologie a été attribué à un allemand qui a montré que tenir un crayon dans la bouche fait sourire et croire que vous êtes heureux, mais ce n'est pas le cas !
• Le prix de l'économie a été remis à ceux qui ont cherché quels billets étaient les plus contaminés : les billets roumains, et les dollars américains... l'euro s'en sort bien. Des entérocoques résistants à la vancomycine ont été identifiés sur les Leu roumains....
• Le prix d'anatomie a été remis à des français qui ne sont pas venus : ils ont montré une asymétrie de température entre les testicules chez des hommes nus ou habillés. Voici la conclusion de leur article "Lack of thermal symmetry was seen in the right and left scrotum, whether naked or clothed, and this applied regardless of position or activity when clothed. This thermal difference between right and left scrotum could contribute to the asymmetry in the male external genital organs."

Rigidité cadavérique (4/10) : trompés par des souris

Suite au billet du 19 août 2019 "Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables", j'ai proposé d'analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d'investigation qui raconte les coulisses de certaines publications.

Le chapitre 4 continue avec des tromperies causées par des études animales. Il commence par l'histoire de la fialuridine en 1993 pour traiter l'hépatite B : testée chez la souris, le rat, le singe et quelques hommes (court terme), cette molécule semblait bien tolérée et prometteuse. Elle est prescrite chez 15 volontaires sains pour quelques mois. Quand l'un a des troubles hépatiques sévères, la molécule est arrêtée chez tous les volontaires...  Finalement 5 morts, deux transplantations hépatiques....

Ensuite, il y a les expériences de McLeod, neurologue écossais bien connu qui a travaillé sur l'AVC, et analysé la reproductibilité d'expériences animales. Il fait dire à McLeod : "Me reading of the animal data for stroke is that it's not possible to say if they're good or bad models". Le chapitre a d'autres exemples soit d'échecs majeurs chez l'homme basés sur des expériences animales, soit de médicaments mal tolérés chez l'animal, mais ayant été développés avec succès chez l'homme !

Trop d'espoirs, de croyances sont basés sur des expériences animales...  mais comment faire ? R Harris raconte la visite de labos travaillant sur l'animal. Des exemples sur le financement insuffisant d'études de mauvaise qualité. Beaucoup de découvertes ont été faites par hasard chez l'homme directement.

Va-t-on se passer des études animales à l'avenir pour tester les nouvelles molécules ?

Toujours de bonnes citations, et je retiens celle de MacLeod et al dans PLOS Biology en 2015 : Risk of Bias in Reports of In Vivo Research: A Focus for Improvement.

Le gaspillage aux USA du aux études précliniques serait d'au moins 30 milliards par an !!!!

Les 10 chapitres ont pour titre :

1. La bombe de Begley (billet du 6 septembre 2019)
2. C’est dur, même dans les bons jours (billet du 13 septembre 2019)
3. Un seau d’eau froide (billet du 20 septembre 2019)
4. Trompé par des souris (billet du 27 septembre 2019)
5. Croire l’incroyable (billet du 4 octobre 2019)
6. Sauter aux conclusions (billet du 11 octobre 2019)
7. Montrez vos données (billet du 18 octobre 2019)
8. Une culture cassée (billet du 25 octobre 2019)
9. Le challenge de la médecine de précision (billet du 31 octobre 2019)
10. Inventer une discipline (billet du 8 décembre 2019)

La recherche sur la recherche, ou méta-recherche : un colloque international à l'Académie de Médecine, 25 novembre 2019

L'Académie nationale de médecine accueille le lundi 25 novembre un colloque avec des orateurs prestigieux. Il s'agit de la restitution du projet international MiRoR (Methods in Research on Research). Le titre du colloque : 'Meta-Research for Transforming Research'.

Le programme est alléchant avec une conférence de JPA Ioannidis, et une table ronde sur l'évaluation des chercheurs avec Frank Miedema, doyen de la faculté de médecine d'Utrecht. Le programme permettra d'avoir la communication des résultats du projet MiRoR. Seront abordés : signification statistique, reproductibilité, partage de données, intégrité,.. Les organisateurs français sont Isabelle Boutron et Philippe Ravaud qui ont développé une très bonne équipe de recherche à Paris : CRESS pour Centre of Research in Epidemiology and StatisticS. Le projet MiRoR est géré par l'équipe METHODS.

Inscription gratuite : bravo !

 

Les chercheurs tiennent au peer-review, même s'ils en voient les défauts... et ils préfèrent qualité à quantité pour les résultats

Une nouvelle enquête sur le peer-review a été faite par Science About Science, dix ans après la première et les résultats ont été communiqués lors de la semaine du peer-review.

Le rapport est consultable, et les points principaux sont (traduction du communiqué) :

• Depuis notre étude de 2009, la satisfaction des chercheurs à l'égard de l'évaluation par les pairs (peer- review) a augmenté. Les chercheurs ne veulent pas remplacer le processus ; ils veulent simplement l'améliorer.
• Avec l'augmentation du nombre de canaux d'information et du volume des résultats de recherche, les chercheurs sont préoccupés par la qualité.
• Pour bon nombre d'entre eux, il sera essentiel de trouver un moyen de mettre l'accent sur la qualité plutôt que sur la quantité des résultats de la recherche afin d'accroître la confiance.
• En plus d'améliorer les lignes directrices et la formation, les relecteurs veulent être reconnus pour le travail qu'ils font, en particulier par leurs employeurs.
• Peu de chercheurs croient que le public comprend le concept de l'évaluation par les pairs. Pour bien des gens, la solution pour mieux comprendre les résultats de la recherche consiste à fournir un contexte et des explications faciles à comprendre.

La lecture est intéressante et apporte beaucoup d'informations sur le peer-review. Ce type d'enquête est rare. Cette enquête électronique a été faite par Elsevier et Science About Science, il y a eu 3133 réponses exploitées (taux de réponse de 3,2 %). Toutes les disciplines scientifiques ont été ciblées, ainsi que tous les continents...  mais cet échantillon n'est probablement pas très représentatif des chercheurs dans le monde. Peut-on généraliser ? à qui ?????

Peer review week 2019 et préparez le congrès du peer review en septembre 2021

La 5ème semaine du Peer Review est passée (16 au 20 septembre 2019) avec pour thème la qualité du peer review. C'est l'occasion de grouper des évènements, et beaucoup de sites ont apporté des commentaires, voire des résultats d'enquête. L'enquête Elsevier / Science About Science a été dévoilée, et sera analysée demain. Elle a montré que les chercheurs croient dans le peer review. L'historique de ces semaines du peer review a été décrit sur Scholarly Kitchen. Ce sont 29 organisations qui participent activement, et le site dédié à cette semaine n'est pas assez documenté. En 2018, nous avions observé l'absence de la France.. pas de changement. Beaucoup d'informations ont été discutées sur twitter avec @PeerRevWeek (1293 tweets) #QualityInPeerReview ,.. Il ya eu beaucoup d'échanges pendant la semaine. Publons a été très actif en annonçant les listes des top reviewers. J'ai parcouru.. il y a quelques français, mais ce n'est que le début de ces statistiques..  attendons quelques années, quand les institutions reconnaitront le peer review comme uen activité universitaire? Je copie une partie de l'annonce de Publons : "This year, over 4,600 experts across 101 countries and 2,331 institutions were honored as world class reviewers and editors. They contributed 264,391 reviews across 8,949 journals during the 2018-19 Awards year, which represents an estimated time of over 1,32 millions hours* spent reviewing!".

Cette semaine a été l'occasion de faire de la publicité pour le prochain congrès international du Peer Review qui maintenant est bien installé à Chicago. Ce congrès, bien qu'encore très médical, devient le lieu de discussion et de communications de recherches sur le fonctionnement des revues et sur l'intégrité de la recherche.  Un éditorial appelant à faire de la recherche dans ces domaines a été conjointement publié dans le JAMA et le BMJ. METRICS (Meta-Research Innovation Center at Stanford) s'est joint aux deux organisateurs historiques, JAMA et BMJ. Une interview des organisateurs est sur Scholarly Kitchen..  et comme Annette Flanagin, j'ai participé au premier congrès de 1989. Félicitons Isabelle Boutron qui représente la France dans le comité d'organisation. Le congrès mondial du peer review va se tenir 3 mois après la World Conference of Research Integrity prévue en juin 2021 au Cap (Afrique du Sud).

Le peer review congress fait appel aux autres disciplines que les sciences de la santé et devient un lieu pour discuter l'intégrité. Dans ces éditoriaux pour promouvoir la recherche sur les revues scientifiques, il y a aussi : "In addition, many problems threatening the credibility of science such as research misconduct, deviation from authorship norms, conflicts of interest (financial or other), inadequate ethical oversight of research, misuse of statistical tests and analyses, sloppy reporting of research findings, and misleading information in news and social media coverage of research are still in need of effective evidence based solutions. We also seek to shed light on looming dangers from dishonest opportunists and rogue operators who threaten the foundation of the scientific enterprise. For each of these problems and threats, potential solutions and interventions need testing."

Du bon usage de l'esprit critique... quand ce qui dit le premier imbécile est relayé en quelques heures par d'autres imbéciles

LL'esprit critique : serait-il en voie de disparition ? Cette question est abordée dans le numéro 100 de la revue Books, en vente en kiosque depuis fin août 2019. Le sommaire est riche ; les articles ont été écrits par une trentaine de spécialistes (130 pages). C'est une lecture agréable, et j'ai acheté des livres analysés dans ce numéro. Ce que j'en retiens de façon très générale : l'esprit critique décline fortement en Chine depuis l'arrivée du président actuel ; le rire de 'résistance' résiste, mais avec peine, face aux funestes escadrons du rire ahuri et vide ; les japonais sont sous anesthésie ; le rappel de grandes figures de l'histoire (Diderot, Kant, Tocqueville,...).

Je cite un paragraphe de l'éditorial d'Olivier Postel-Vinay, directeur de publication : 'Internet aidant, la tendance actuelle est de mettre virtuellement à mort ou en prison ceux qui ne sont pas du même avis que nous, sans examen sérieux des fondements de leur position ni bien sûr de la nôtre. Comme à d'autres époques, sans doute, mais de manière particulièrement pernicieuse en raison de la liberté sans risque dont nous jouissons, et avec des effets d'amplification sans précédent, nous vilipendons, condamnons, excommunions à tort et à travers et, du même coup, valorisons sans plus d'examen des croyances ou des positions injustifiées voire injustifiables. Et ce d'autant plus allègrement que nous le faisons en troupeau, les moutons pensant trouver confirmation de ce qu'ils pensent dans le fait que d'autres pensent de même. Il s'ensuit une forte poussée de censure et d'autocensure".

Le numéro est divisé en 4 parties : 1) Du bon usage de l'esprit critique ; 2) Libre parole et censure ; 3) Lumières et anti-lumières ; 4) Science et non-science.

La partie Science et non-science a 8 articles, dont les 3 derniers :

• Grandeur et misère de la recherche médicale : un bon pamphlet envers les grandes revues, surtout Lancet (Wakefield) et NEJM avec des exemples ; "Plus on lit avec attention les revues médicales, plus on découvre de pièges" ; en conclusion "Il reste au médecin qui lit la littérature scientifique à naviguer entre le Charybde du cynisme et le Scylla de la crédulité. Dans ce voyage périlleux, son seul gouvernail peut être le bon usage de l'esprit critique".
• Peut-on parler de progrès en psychiatrie ? par Bernard Granger. Premier poste de dépenses de santé, la psychiatrie est un monde à part... les progrès en psychiatrie ne sont ni aussi visibles, ni aussi évaluables que ceux d'autres disciplines (cardio-vasculaire, etc..).
• Une double illusion : le bio et le glyphosate par Jean de kervasdoué. Bien documenté par un connaisseur, il voudrait nous appeler à la raison sur les mensonges du bio... Il ne s'agit pas de s'opposer au bio, il s'agit de réfuter les mensonges du bio "Les plantes dont on récolte fruits, racines feuilles ou tiges produisent des toxines naturelles". Et la dernière phrase : "Et comment prétendre, avec quelques autres, avoir raison contre l'essentiel de la meute médiatique qui a structuré et déformé l'opinion ?"
  

Félicitons la revue Books pour avoir réussi ce numéro avec un modèle économique faisant appel à la générosité de 641 contributeurs qui ont répondu à l'appel à travers Kisskissbank.

Ps : Je suis abonné et parmi les 641 contributeurs.