Il est trop tôt pour se rendre compte de la situation américaine et de ses impacts internationaux sur la santé et l’information. Je n’arrive pas à suivre car il y a trop d’informations. Je choisis deux thèmes.
Quelle fiabilité de PubMed ? Les algorithmes changent-ils ?
Cette base de données américaine avec 37 millions d’articles est bien sûr soumise aux injonctions trumpiennes sur les agences américaines. Il semble qu’il y ait aussi des modifications de la base… qui a été parfois déconnectée quelques heures. Dans un billet du 10 février, j’ai copié la liste des mots interdits par Trump, par exemple LGBT, etc….
Je copie un billet LinkedIn qui montre que les recherches PubMed ne sont plus fiables (allez lire les discussions) :
**Edit: I did this search due to the situation here in the US. The intent was to see how US PubMed performed the searching on topics containing the ”forbidden” words. Not looking if any papers were purged, only the search responses.**
I read that hashtagPubMed was down off and on, and therefore I did a test (March 2, 2025 around 10am EST) to compare results from the NIH PubMed to the European PubMed. The outcome of the searches made my chin fall down to the floor since they provided completely different results! I expected different, but not to this extent.
This really makes me upset and I see a very dark time for science here in the US, very heartbreaking.
These were the searches:
1. womens health in low income states in USA
2. transgender diversity and equal opportunities for promotion in USA.
The screenshots below are showing you the difference in the number of publications and content.
I will for sure absolutely NOT trust the NIH PubMed when searching for publications and I will use the European version from now on.
L’accès aux soins des transgenres est très très perturbé dans certains états américains
Le NEJM explique les mesures prises pour les soins de certaines catégories de population aux USA. Allez lire les détails, de l’article du 12 février 2025 Advancing Transgender Health amid Rising Policy Threats, mais voici une carte :
Je remercie AC Fritzinger qui m’a passé le lien LinkedIn
3 commentaires
Bonjour,
Un point d’attention sur le post LinkedIn cité : il compare PubMed et EuropePMC, qui sont en fait des choses assez différentes et ne se recoupent pas complètement. Le différentiel de résultat est normal, et peut aussi dépendre de la syntaxe, du choix des mots-clefs, etc. Ca avait été évoqué sur Mastodon, et des critiques sont également faites dans les commentaires du post directement sur LinkedIn.
Ca n’enlève rien aux risques encourus par PubMed, et aux problèmes techniques qu’a connu le moteur de recherche ces derniers jours. Utilisateur quotidien de PubMed, je ne constate pas de dégradation de l’outil pour l’instant, mais il faut en effet se préparer à ce que la base devienne inutilisable si l’administration Trump et le DOGE continuent sur leur lancée. Je vous signale deux bons billets que j’ai vu passer ces derniers jours sur le sujet : What if we can’t rely on PubMed? qui présente quelques alternatives https://absolutelymaybe.plos.org/2025/02/14/what-if-we-cant-rely-on-pubmed/ et Will they come for PubMed next? qui fait bien le point sur les risques courus par la base de données (de l’arrêt brutal au risque de contamination par des sources de mauvaise qualité) : https://www.medpagetoday.com/opinion/second-opinions/114383
Bonjour,
S’il est vrai que ce qui se passe aux États-Unis est dramatique et l’article du NEJM est plus que préocupant, il ne faut pas tout confondre. L’exemple présenté dans ce billet est une fausse alerte et démontre seulement la méconnaissance de la nature des 2 bases concernées.
S’il est vrai que le contenu de ces bases diffère, l’explication de la différence de résultats est dû principalement à la différence de fonctionnement de la recherche
La recherche dans PubMed se fait sur les métadonnées (titre, abstract, auteurs, nom du journal, mots-clés, etc.), mais pas sur le texte intégral.
Lorsque vous tapez ces requêtes dans la recherche simple de PubMed, voici que ce PubMed recherche vraiment (la plateforme interprète votre requête, c’est ce qu’on appelle le Automatic Term Mapping (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#automatic-term-mapping).
1. Pour la recherche « womens health in low income states in USA »
(« womens health »[Journal] OR (« womens »[All Fields] AND « health »[All Fields]) OR « womens health »[All Fields]) AND (« poverty »[MeSH Terms] OR « poverty »[All Fields] OR (« low »[All Fields] AND « income »[All Fields]) OR « low income »[All Fields]) AND (« state »[All Fields] OR « state s »[All Fields] OR « stated »[All Fields] OR « states »[All Fields] OR « stating »[All Fields]) AND « USA »[All Fields]
2. Pour la recherche « transgender diversity and equal opportunities for promotion in USA »
(« transgender persons »[MeSH Terms] OR (« transgender »[All Fields] AND « persons »[All Fields]) OR « transgender persons »[All Fields] OR « transgender »[All Fields] OR « transgendered »[All Fields] OR « transgenders »[All Fields]) AND (« diverse »[All Fields] OR « diversely »[All Fields] OR « diversities »[All Fields] OR « diversity »[All Fields]) AND (« equal »[All Fields] OR « equaled »[All Fields] OR « equaling »[All Fields] OR « equalisation »[All Fields] OR « equalise »[All Fields] OR « equalised »[All Fields] OR « equalises »[All Fields] OR « equalising »[All Fields] OR « equalities »[All Fields] OR « equality »[All Fields] OR « equalization »[All Fields] OR « equalizations »[All Fields] OR « equalize »[All Fields] OR « equalized »[All Fields] OR « equalizer »[All Fields] OR « equalizers »[All Fields] OR « equalizes »[All Fields] OR « equalizing »[All Fields] OR « equalled »[All Fields] OR « equalling »[All Fields] OR « equally »[All Fields] OR « equals »[All Fields]) AND (« opportune »[All Fields] OR « opportunities »[All Fields] OR « opportunity »[All Fields]) AND (« promote »[All Fields] OR « promoted »[All Fields] OR « promotes »[All Fields] OR « promoting »[All Fields] OR « promotion »[All Fields] OR « promotional »[All Fields] OR « promotions »[All Fields] OR « promotive »[All Fields]) AND « USA »[All Fields]
A contrario, Europe PMC est une base de données permettant une recherche dans les métadonnées et dans le texte intégral des documents que la base contient (45.8 million abstracts and 10.6 million fulltext articles).
Si vous lancez une requête sur le titre et le résumé dans PMC Europe vous obtenez (logiquement) moins de résultats que dans PubMed. L’exemple suivant ne retourne que 13 résultats : ((TITLE_ABS:(transgender) AND TITLE_ABS:(opportunities)) AND TITLE_ABS:(promotion))
Sur PubMed, la même requête retourne aussi 13 résultats : transgender[Title/Abstract] AND opportunities[Title/Abstract] AND promotion[Title/Abstract]
Je ne peux que vous suggérer de vous adresser aux bibliothécaires de votre institution lorsque vous avez des questions ou des doutes concernant des bases de données.
Petite correction: la base PMC Europe base contient (45.8 millions de fulltexts).