Le 22 octobre 2015, Richard Smith a publié un long billet sur le blog du BMJ intitulé : "A better way to publish science". Depuis qu'il a quitté la position de rédacteur en chef du BMJ (2004), Richard critique très sévèrement le système des publications, mais l'arrivée des revues prédatrices a encore aggravé la situation. Dans ce billet, Richard veut être constructif et proposer un mode de fonctionnement plus transparent de la science. Il explique qu'un chercheur doit avoir un protocole, que les données sources doivent être disponibles, que les institutions devraient évaluer la recherche et il pense que le modèle de la revue F1000Research est bon. Je suis bien d'accord, avec un vrai système de post-publication peer-review…., mais nous sommes loin de convaincre tous les chercheurs dont l'objectif premier est de publier, ce qui ne leur laisse plus de temps pour la recherche…. Son billet annonce des projets en cours, notamment F1000…. et F1000 Workspace… à regarder. En bref, la fin des revues biomédicales actuelles serait souhaitable, et remplacées par des validations institutionnelles… est-ce réaliste ?
Je me permets de reprendre ci-dessous la traduction en français du long billet de Richard Smith. La traduction a été faite par Isabelle Wachsmuth (OMS) que je remercie pour son autorisation de reproduction. Cette traduction a été postée sur le réseau HIFA-EVIPNet-Fr ; et merci à François Locher qui m'a fait suivre l'information.
Ci-joint une liste de ces problèmes actuels :
1. Les articles scientifiques actuels incluent rarement les données qui sont utilisées dans la publication, un défaut qui était inévitable dans l'ère du papier, mais auquel on peut maintenant facilement remédier.
2. Beaucoup de recherches ne sont toujours pas publiées ; seulement environ la moitié des essais cliniques sont publiés. Le pire, c'est les biais dans ce qui est publié avec le "positif et passionnant" ayant la priorité sur "le négatif et morne, mais important
3. Une grande partie de la recherche qui est publiée est de faible qualité. La raison majeure de cela est liée à la façon dont les scientifiques sont évalués, principalement de par ce qu'ils publient et où, il est devenu plus important de publier que de faire de la bonne science.
4. Beaucoup de recherches ne sont pas reproductibles, ce qui fait partie du problème des scientifiques de se précipiter pour publier, pour revendiquer une priorité et pour satisfaire les systèmes d'évaluation.
5. Beaucoup de recherches sont gaspillées, le Lancet estime que c'est 85 % dans la science biomédicale. Ceci est dû à beaucoup de raisons, y compris dû au fait que l'on répond à des questions ayant déjà des réponses, que les questions ne sont pas d'intérêt majeur, les méthodes sont inadéquates, les biais ne sont pas contrôlé et la recherche n'est pas publiée ou n'est pas accessible.
6. Il y a aussi beaucoup de pertes dans le système de publication avec des auteurs qui soumettent souvent la même publication à des journaux multiples, créant un chemin "de nivellement par le bas" avec des études qui sont alors passées en revue à maintes reprises (avec des études souvent qui n'ont pas était modifié et la perte des commentaires des critiques).
7. Le temps de publication reste toujours très long, des années dans quelques cas.
8. La preuve croissante montre un manque d'intégrité – et affranchi même la fraude – dans le peu de ce qui est publié.
9. Malgré la croissance de revues en accès libre/ouvert, une grande partie du processus de publication de la science n'est pas transparent, signifiant qu'il n'est pas clair de savoir pourquoi les décisions sont faites et sur quelles preuves, quelque chose que semble anti-scientifique.
10. Bien que la publication en accès libre ait grandi, seulement une minorité d'études de recherche sont disponibles de manière gratuite et pour la réutilisation.
11. Les financeurs de la recherche ne donnent pas souvent suite à la recherche qu'ils ont financé ; ils ne s'assurent pas toujours que c'est publié et manquent alors des occasions d'évaluer leurs décisions sur le rapport qualité-prix.
12. Les dernières années ont vu l'apparition "de journaux prédateurs," "les journaux" qui ne sont que des escroqueries financières. Les scientifiques bien établis ne vont pas probablement être victime de ces journaux, mais les jeunes scientifiques parfois peuvent volontairement se soumettre à ces journaux, sachant que ceux qui lisent leurs CV ne sauront pas capables de savoir qui sont les journaux prédateurs.
13. Certains peuvent aussi le voir comme un problème que les éditeurs de science continuent à faire des bénéfices substantiels de publier la recherche malgré la grande majorité de la valeur de la recherche (> 95 %) étant eux-mêmes dans la recherche plutôt que dans les processus des éditeurs et des rédacteurs.
14. Les éditeurs continuent à faire des bénéfices majeurs parce que les universités et les bailleurs de fonds comptent si lourdement sur les publications en évaluant des chercheurs. Il semble extraordinaire que les universités et les bailleurs de fonds aient si efficacement externalisé une fonction si principale, particulièrement quand "le jeu de publication" est si arbitraire.
Le rôle historique des journaux dans la publication de la science aurait dû, premièrement, fournir une certaine assurance qualité et, deuxièmement, trier les études, permettant aux chercheurs de voir les études importantes pour eux. Beaucoup de preuves montrent que les journaux ont échoué sur l'assurance qualité et que dans l'ère d'Internet avec les moteurs de recherche toujours plus sophistiqués la deuxième fonction est superflue – et marche à peine de toute façon quand il y a des dizaines de milliers de journaux.
Ce qui est important ce ne sont pas maintenant les journaux, mais les études supportées par des données sur lesquelles ils sont basés.
Donc si la façon actuelle de publier la science est brisée (dysfonctionnelle) quelle serait une meilleure façon ?
L'idée principale actuelle est que cela devrait être un processus dirigé par des scientifiques pour des scientifiques fait que la publication de la science se fait de manière plus rapide et plus simple. Les études avec les données qui leur sont associées de devraient pas apparaitre dans les journaux, mais sur les bases de données dirigées par financeurs, les universités, ou d'autres institutions de recherche. Toutes les études seraient libres d'accès, signifiant que quelqu'un pourrait de n'importe où les voir (et les données sous-jacentes) et que le processus entier serait transparent de commencement à la fin – et il n'y aurait absolument aucune fin au débat sur les études et les données et que ce processus pourrait continuer indéfiniment.
Un processus possible
1. On pourrait fournir aux scientifiques un ensemble d'outils aux auteurs pour aider le processus d'écriture des protocoles et des études pour qu'ils soient de meilleure qualité. Les auteurs seraient encouragés à publier les protocoles.
2. Pour toutes les études, il serait exigé d'inclure les données qui appuient ces découvertes et qui seraient accessibles ouvertement sous une forme qui pourrait être utilisée par des critiques et des lecteurs. Le Logiciel qui forme la base principale d'un article doit être en open source.
3. Une fois que les études seraient soumises, elles seraient examinées selon un ensemble de critères explicites et exclues si non appropriées peut-être parce que ce ne sont pas des études de recherche ou qu'elles n'ont pas inclus les données sur lesquelles elles sont fondées. Il y aurait un processus d'appel.
4. Tous les articles qui ont passé l'étape initiale seraient publiés immédiatement et on leur affecterait un identifiant unique, les rendant citable.
5. Les auteurs de publication ne devraient choisir des reviewers que selon des critères explicites.
6. Les reviewers devraient notifier comment l'étude a été publiée et être sollicités pour faire des commentaires.
7. On donnerait des conseils aux reviewers sur ce qui est voulu et leur fonction principale devrait aider des auteurs à améliorer leur étude.
8. Les commentaires des reviewers seraient postés avec leur nom et leur affiliation et auraient leur propre identifiant unique, les rendant citables.
9. Les auteurs et d'autres utilisateurs inscrits (avec leur nom et affiliation) pourraient faire des remarques tant sur l'étude que sur les rapports des reviewers.
10. Les auteurs seraient entièrement responsables pour décider si et quand réviser leurs études. Toutes les nouvelles versions seraient publiées immédiatement, et seraient indépendamment citable et pourraient être ensuite envoyées aux réviseurs pour avoir d'autres commentaires.
11. Une citation dynamique et facilement comprise fournissant le numéro de version de l'étude et le statut du réviseur actuel serait utilisées et mises à jour automatiquement.
12. Toutes les études, indépendamment de l'arbitrage du statut, resteraient publiées sur la plate-forme. Pour ces études qui qui atteignent un accord et
la référence à un niveau positif explicite, toutes les versions d'étude, les rapports des critiques, les réponses des auteurs et d'autres matériels seraient aussi rendus disponible dans les bases de données d'indexation centrales et autres PubMed.
Le processus devrait être entièrement transparent, ouvert à tous, et fonctionner par des scientifiques pour des scientifiques. Un tel processus ne résoudrait pas tous les problèmes actuels de la publication de la science, mais il aiderait à résoudre certains d'entre eux.
· Des données complètes sur lesquelles se basent les études qui seraient disponibles à tous.
· Il serait plus facile de publier, signifiant que moins de recherche serait non publiée.
· Ouvrir les processus en temps réel de revue par les pairs et les commentaires par quelqu'un aideraient à améliorer la qualité de ce qu'est publié, avec toutes les études disponibles, mais seulement pour adresser les barrières de PubMed Central.
· La disponibilité complète des données et plus d'espace pour décrire les méthodes devrait aider avec la reproductibilité
· La transparence complète et la publication des protocoles pourraient aider à réduire les pertes.
· Les auteurs et les rreviewers ne gaspilleraient pas leur temps sur comment les études sont arrivées jusqu'à ce stade.
· La publication serait instantanée.
· La transparence complète, particulièrement la publication complète des données et la référence au logiciel qui a permis a d'utiliser les données devrait aider à augmenter l'intégrité de ce qui est publié.
· La base pour toutes les décisions serait transparente.
· Toutes les études et les données sous-jacentes seraient disponibles à tous.
· Les financeurs seraient des candidats évidents pour diriger le processus, signifiant qu'ils donneraient suite aux études qu'ils auraient financées et assureraient leur disponibilité à tous.
· Il n'y aurait aucun espace pour des journaux prédateurs.
· Les éditeurs actuels pourraient offrir des services de publication, mais il serait peu probables pour eux de faire de grands profits, immérités associés aux journaux.
· "La fin de journaux publiant la science" éviterait au moins que le processus non scientifique des évaluateurs utilisant le facteur d'impact d'un journal comme un substitut pour la valeur d'une étude. Il encouragerait une concentration sur des études plutôt que sur des journaux et l'utilisation d'autres mesures de non-bibliométrique.
· La prochaine étape devrait être une série d'expériences pour explorer l'utilisation de nouveaux processus. Certains sont déjà de près.
Les journaux ont servi la science pendant bien 400 ans, mais il y a maintenant des occasions claires de déplacer la publication de science du 17ème au 21e siècle.
