Stratégie de science ouverte 2026 à 2033 en France… les professionnels de santé en avance ?

Ce rapport a été publié par le MESR pour proposer la stratégie française de SO. Premier paragraphe de l’introduction : La science ouverte repose sur un principe essentiel qui consiste à rendre accessible, autant que possible, les méthodes, les matériaux et les résultats de la recherche. Elle amplifie le rayonnement de la recherche dans le monde académique et dans la société, contribue à améliorer la reproductibilité, la préservation et la réutilisation des matériaux de la recherche, et renforce l’intégrité et la transparence du processus scientifique.

C’est un rapport très documenté, gros travail avec de bonnes illustrations et références. Le travail aurait mérité un ‘executive summary’, voire une liste au début des principales recommandations. Les annexes sont excellentes. Félicitons tous les rédacteurs (page 91).

Une stratégie sur huit ans

Depuis 2018, la France a adopté deux plans nationaux pour la science ouverte, chacun sur trois à quatre ans. La nouvelle Stratégie de science ouverte (SSO) couvre une période plus longue, de 2026 à 2033. Elle comprend un premier plan d’action pour 2026-2029. Son principe est de rendre accessibles, autant que possible, les méthodes, les données et les résultats de la recherche. Il s’applique selon une règle déjà ancienne : « aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire ». Pour les professionnels de santé, cela signifie que les données de santé sensibles restent protégées.

Le bilan depuis 2018 est encourageant. Le taux de publications françaises en accès ouvert est passé de 38 % à 61 %. Il atteint 66 % pour les articles scientifiques. Les pratiques d’ouverture sont aussi associées à davantage de citations. En recherche médicale, un article qui partage ses données est cité 34,9 % de plus en moyenne. Pourtant, seules 20 % environ des publications en recherche médicale mentionnant des données déclarent les partager.

Pourquoi la science ouverte concerne la santé

Parmi les sept ambitions de la stratégie, plusieurs s’appuient sur des exemples médicaux.

• Tamiflu. C’est le seul exemple précis d’essais cliniques cité dans le document. L’oseltamivir a été stocké massivement lors de la pandémie H1N1 de 2009. En 2014, une revue systématique des rapports d’études cliniques jusque-là non publiés a remis en cause son efficacité. Selon la stratégie, la non-publication de ces essais aurait coûté 18 milliards de dollars. L’épisode reste emblématique du coût du biais de publication.

• Cochrane et les méta-analyses. Les méta-analyses sont considérées comme le plus haut niveau de preuve. Celles de Cochrane servent de base à 75 % des recommandations de l’OMS. Leur fiabilité dépend de l’accès à tous les résultats, positifs comme négatifs.

• Covid-19. La publication précoce du génome du virus a accéléré la mise au point des tests et des vaccins. La pandémie n’a pourtant pas transformé en profondeur les pratiques de partage des données.

• Génome humain et maladie d’Alzheimer. L’ouverture des séquences du Human Genome Project a permis d’identifier environ 20 000 cibles thérapeutiques potentielles. Le partage des données des consortiums ADNI et GAAIN a fait progresser la recherche sur la maladie d’Alzheimer.

• Accès des patients. Les abonnements payants sont décrits comme le principal obstacle qui empêche les patients d’accéder à une information scientifique fiable.

Les essais cliniques, un objectif à part entière

Les résultats des essais cliniques font l’objet d’un objectif stratégique propre, l’OS8 « Assurer la transparence des essais cliniques ». La stratégie reconnaît que le biais de publication fragilise les méta-analyses, conduit à des décisions cliniques fondées sur des informations partielles, gaspille des financements et contredit l’intégrité scientifique. Le règlement européen de 2014 impose de communiquer les résultats un an au plus tard après la fin de l’essai. Pourtant, aucun pays européen n’y parvient de manière satisfaisante, et le taux de communication dépasse rarement 50 %.

La France progresse. Pour les essais terminés entre 2012 et 2021 par des promoteurs académiques, le taux de communication est passé de 30 % en 2022 à 41 % en 2025, puis à 52 % selon les données de juin 2026. À trois ans, 48 % des essais à promoteur public ont partagé leurs résultats.

Le plan d’action 2026-2029 prévoit cinq mesures :

1. Accompagner les promoteurs académiques. Le Comité national de coordination de la recherche (CNCR) proposera des guides, une assistance et des webinaires.

2. Envoyer à chaque promoteur ses propres indicateurs de communication, pour permettre un dialogue régulier avec les ministères de la Santé et de la Recherche.

3. Développer un assistant de postage « souverain », sur le modèle de ClinicalTrials.gov et compatible avec le registre européen CTIS. Il doit structurer les résultats pour qu’ils soient réutilisables en santé publique et en recherche.

4. Plaider pour un suivi européen des taux de postage.

5. Réfléchir à un registre européen pour tous les types d’essais. Aujourd’hui, les essais qui ne portent ni sur un médicament ni sur un dispositif médical (chirurgie, stratégies de soins, interventions non médicamenteuses) sont le plus souvent enregistrés sur le registre américain.

La cible affichée est que 100 % des essais cliniques communiquent leurs résultats.

Les autres objectifs utiles aux médecins

La stratégie compte huit objectifs. Plusieurs concernent directement la recherche médicale.

• Évaluation (OS1). Les pratiques de science ouverte doivent être reconnues dans l’évaluation des chercheurs et des institutions, y compris « la communication des résultats négatifs quand cela est pertinent ». La France soutient la coalition CoARA, qui défend une évaluation plus qualitative, moins centrée sur le nombre de publications.

• Reproductibilité. La stratégie soutient le Réseau recherche reproductible. Plus de 70 % des chercheurs déclarent avoir déjà échoué à reproduire les expériences d’autres équipes.

• Qualité des publications (OS5). La stratégie s’inquiète de la croissance très rapide du nombre d’articles, qui a augmenté de près de 50 % entre 2016 et 2022. Elle s’inquiète aussi des « paper mills » (usines à articles) et des revues de faible qualité. Elle encourage les « registered reports », dans lesquels la méthode est évaluée avant les résultats et la revue s’engage à publier même un résultat négatif. Elle soutient aussi la discussion après publication (PubPeer), le repérage des articles rétractés et le dépôt des données associées aux articles. Les cibles sont 100 % d’articles français en accès ouvert et déposés dans HAL, ainsi que la fin progressive des frais de publication (APC) payés article par article.

• Données (OS6). La plateforme Recherche Data Gouv sera renforcée, avec une aide au dépôt fondée sur l’IA. Le règlement européen de 2025 sur l’espace européen des données de santé, qui impose la mise à disposition de ces données pour la recherche, est présenté comme un changement majeur.

• Intelligence artificielle. La stratégie reconnaît les avancées permises par l’IA, mais aussi ses risques : faux articles générés automatiquement, « phrases torturées » pour masquer le plagiat, sources rarement citées. Plutôt que de restreindre l’accès à la science, elle préfère renforcer l’ouverture et promouvoir une IA réellement open source, au-delà de la seule diffusion des poids des modèles (« open weights »).

Ce qu’il faut retenir pour la pratique

Pour un médecin qui mène ou lit des essais, la stratégie peut se résumer en quatre points :

1. Enregistrer ses essais et en poster les résultats, y compris négatifs, dans l’année qui suit la fin de l’essai.

2. Déposer ses articles dans HAL et, dans la mesure du possible, partager les données et les codes d’analyse.

3. Envisager les prépublications et les « registered reports ».

4. Savoir que ces pratiques compteront de plus en plus dans les financements, les évaluations et les carrières.

Exemples complémentaires (hors document)

La stratégie ne cite pas d’essais cliniques français précis. Deux études illustrent la situation :

• Un audit du CHU de Rennes (2024) portait sur 93 essais terminés entre 2011 et 2021. Il a montré que 61 % n’avaient aucun résultat disponible, ce qui représentait 6 735 participants et environ 5 millions d’euros.

• Une étude de 2022 portait sur 211 essais randomisés académiques en oncologie menés en France entre 2005 et 2015. (Créquit et al., J Cancer Policy 2022). The cumulative probability of results availability was 57% for cooperative groups, 41% for European organizations, 32% for oncologic hospitals, and 17% for university hospital at 10 years from the beginning of trials (p = 0.0006).

Le rapport du groupe de travail Transparence et publicité des résultats de la recherche en santé de mai 2025 est aussi à lire par les professionnels de santé. Il est cité en page 33 du rapport Science Ouverte.

Je remercie le réseau RESINT pour l’information