Leçons de la pandémie : la Science Ouverte aurait pu assurer des pratiques rigoureuses, fiables et transparentes… Aurions-nous loupé le coche ?

Félicitons les auteurs, de plusieurs nationalités mais surtout français, pour un article publié dans BMC Medical Research Methodology le 5 juin 2021. Cette ‘déclaration pour des changements’ a été préparée avec rigueur. La traçabilité totale des données est bien faite, avec un dépôt sur OSF, et cette déclaration a été ‘co-signée’ par 371 chercheurs. Les annexes sont nombreuses et tous les codes sont sur GitHub.

Cet article de 18 pages avec 132 bonnes références est un exemple pour les vieux ! Ce sont les 3 étapes du processus de publication qui ont été considérées, avec quelques points que je choisis :

  • Enregistrement préalable des protocoles et modèle ‘Registered Reports’ devraient être OBLIGATOIRES, mais il faudra du temps ; je croise des chercheurs qui ne savent pas de quoi il s’agit ;
  • Parmi 8455 articles COVID-19 publiés au 1 juillet 2020, 699 (8,3 %) dans 341 revues à comité de lecture ont été acceptés le jour de la soumission (311) ou le lendemain (388) ; un conflit d’intérêt éditorial existait pour 297 (42,5 %) de ces 699 articles ;
  • Des articles avec des biais ou erreurs majeurs identifiés ont été publiés : ils seront inclus dans des revues systématiques, cités sans précaution, etc.. le mal est profond ;
  • Les preprints COVID ont été plus twittés, et partagés dans des news que les prepeints non-COVID ; parmi 1208 preprints COVID sur bioRxiv, le nombre médian de citations était 30 [15 – 85], et 444 (36,8 %) ont été cités au moins une fois dans des news ; parmi 4629 preprints COVID sur medRxiv, le nombre médian de citations était 12 [6 – 36], et 1124 (24,3 %) ont été cités au moins une fois dans des news ;
  • Etc….

L’illustration (figure 4) que je reproduis ci-dessous est bien faite avec des propositions de solutions. Il y a urgence pour sauver l’entreprise recherche malmenée par ma génération. Les responsables de cette course ‘publish or perish’ ne sont pas réellement conscients des dégâts qu’ils ont causé.

lonni 2

Ce sont les jeunes qui feront changer le système de recherche et de communication des données de la recherche. Pendant cette pandémie, nous avons vu le meilleur avec les partages sur le séquençage des virus et le pire ! Le pire était en France, non seulement à l’IHU de Marseille qui ne communique pas ses données sources pour faire des ré-analyses, mais au sein de nos tutelles qui, en ne disant rien, ont accepté cette situation. Le site Ouvrir la Science est génial, mais le Ministère n’insiste pas quand la Science n’est pas Ouverte !

PS : je connais les 2 premiers auteurs.

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