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COVID-19 : dysfonctionnement de la diffusion des recherches… tous responsables ?

Note du 12 avril : les auteurs du preprint de Qeios discuté ci-dessous m’ont envoyé un courrier que j’ai copié dans un commentaire ci-dessous, à lire avec ce billet. Je les remercie pour leur vigilance.

Bonne idée que de décortiquer 3 articles pour montrer leurs impacts et l’absence d’esprit critique de la plupart des acteurs, des revues aux médias et aux politiques ! C’est la Revue de Médecine Interne qui a publié cette analyse le 24  mars 2021 (accès libre). Les auteurs ont considéré 3 articles et factuellement décrit des décisions prises dans la précipitation…  décisions prises sans lire les articles ?

  • L’article Gautret et al est le plus scandaleux car tout a été dit justifiant sa rétractation qui n’a pas été faite ? Comment croire qu’avec des tests PCR sur 6 jours chez 26 malades de l’IHU de Marseille recevant de l’hydroxychloroquine (HCQ), dont 6 perdus de vue (1 morts, 3 en réa..) comparés à 16 témoins suivis dans d’autres établissements, il est possible de montrer l’efficacité clinique d’une association HCQ et azithromycine ? Cet article publié le 20 mars est à l’origine de deux décrets datés du 25 et 26 mars 2020 autorisant la prescription de l’HCQ pour les patients COVID-19 pris en charge dans un établissement de santé, et limitant l’usage en médecine de ville, en interdisant sa dispensation en pharmacie d’officine en dehors des indications de son AMM. L’article était une coquille vide, avec des irrégularités…  comme l’inclusion d’enfants sans respecter le protocole soumis à un CPP et à l’ANSM.
  • L’autre article a été publié dans Qeios ! Immédiatement, en regardant de plus près, vous découvrez que c’est un site bizarre de prépublications, sans le moindre contrôle. Parmi l’advisory board, il y a un artiste français, Ramuntcho Matta (cherchez l’erreur). Qeios est un dépôt pour des prépublications non évaluées par des pairs…  L’article déposé par Makoto Miyara, de l’assistance publique de Paris a pour titre ‘Low rate of daily active tobacco smoking in patients with symptomatic COVID-19‘, et au 8 avril 2021, c’est la version V4 qui est la dernière (mise en ligne le 20 mai 2020). L’article évoque un effet protecteur de la nicotine. Les premières versions ont eu une forte audience, en particulier sur Twitter. Drôle ou inquiétant : 3 auteurs sur la V1 et 14 auteurs sur la V4 ! Que signifie être auteur ? Article de piètre valeur ayant donné lieu à un arrêté le 23 avril 2020, et un avis du HCSP le 9 mai.
  • L’article de Mehra dans The Lancet (22 mai 2020) a été très commenté. Il a été rétracté le 5 juin 2020 car l’accès aux données sources n’a pas été possible (faudrait-il rétracter tous les articles pour lesquels les données sources ne sont pas accessibles ?). Le 24 mai, le HCSP a arrêté l’HCQ dans l’essai Discovery, le 25 mai l’OMS arrêtait le bras HCQ de l’essai Solidarity, et le 26 mai l’ANSM suspendait les inclusions dans les essais évaluant HCQ.

Il y des figures qui reprennent la chronologie des faits pour chaque article considéré. Bonne discussion sur les rétractations d’articles, l’évaluation traditionnelle de la qualité des manuscrits, le partage des données, l’évaluation communautaire et les nouveaux modes de publication.

PS : je connais 3 des 5 auteurs

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Un commentaire

  • Je remercie les confrères qui m’ont envoyé la lettre ci-dessous que je copie ici :

    Cher Confrère,

    Dans votre rubrique intitulée « COVID-19 : dysfonctionnement de la diffusion des recherches… tous responsables ? » publiée sur votre blog le 09/04/2021 vous commentez l’article de Peretz F et al publié par la Revue de Médecine Interne (1).
    Nous voudrions apporter les précisions et les corrections suivantes concernant celui des trois articles commentés par Peretz et al. qui nous concerne directement en tant qu’auteurs, et à propos duquel votre texte suggère une pratique anormale concernant l’authorship :
    – Il est faux d’écrire « Les versions se distinguaient notamment sur le nombre d’auteurs : quatorze pour la version 4 versus trois pour la version 1 ». Les 3 premiers noms sont ceux qui étaient enregistrés sur Qeios lors de la soumission de cette première version ; les autres auteurs se sont enregistrés dans les 48h ce qui explique pourquoi il y a « 14 auteurs sur la V2 » mais la liste complète des auteurs était clairement mentionnée à la fin de l’article dans la rubrique « Author list » dans la V1 (cf pièce jointe). F Peretz et al auraient dû vérifier leurs données (i.e. télécharger l’article incriminé) avant de tirer des conclusions erronées. Enfin, l’article avec ses 14 auteurs, qui répondent tous aux critères de l’ICMJE, a été soumis pour publication en amont de son dépôt sur QEIOS, comme en attestent les échanges entre éditeurs et auteurs.

    – Vous indiquez également que « Qeios est un dépôt pour des prépublications non évaluées par des pairs… » : le principe des prépublications est qu’on est évalué par la communauté scientifique de manière ouverte et non par les pairs d’un comité éditorial restreint. Le site donne une définition des preprints “a preprint should not be considered the final version of the article, but as a draft for comment and discussion” (https://www.qeios.com/read/178789). Le pre-print de notre article est également disponible sur la plateforme medRxiv depuis le 12 juin 2020 (2). Notre pre-print s’inscrit complètement dans les règles que vous avez fort justement rappelées dans votre publication (3)

    – L’article de la RMI met sur le même plan deux articles dont les résultats ont été invalidés – un avec rétractation et l’autre par de nombreuses publications – et le nôtre dont les résultats ont été confirmés par d’autres publications (comme les auteurs de l’article de la Revue de Médecine Interne l’écrivent eux-mêmes « … et de nombreux articles publiés dans des revues classiques, sur des serveurs communautaires, ou auprès de revues dites disruptives, ont confirmé la moindre prévalence de fumeurs parmi les patients hospitalisés pour COVID-19 ». Cet amalgame est inapproprié et délétère pour notre travail car il peut engendrer des doutes sur sa qualité.

    – Il est également indiqué dans l’article « De plus, le 9 mai 2020, le HCSP émettait un avis relatif au lien entre tabagisme et COVID-19. Dans cet avis et après une analyse de l’ensemble des données disponibles, le HCSP recommandait, sur la base des connaissances et ressources disponibles au moment de l’avis, de réfuter dans toute communication publique l’information sur le tabac présenté comme protecteur vis à vis de l’infection par SARS-CoV-2. » Les auteurs de l’article de la RMI semblent ignorer que cet avis du HCSP a été rapidement modifié – et conclue maintenant (4) : « Au vu des éléments disponibles à ce jour, le HCSP recommande :
    – d’informer clairement qu’il n’y a pas d’argument pour présenter le tabac comme protecteur vis à vis de l’infection par SARS-CoV-2 à ce jour,
    – de poursuivre la recherche sur les liens entre tabac et Covid-19,
    – de maintenir et renforcer les dispositifs de lutte contre le tabac qui représente une des principales causes de morbi-mortalité en France. ».
    Nous sommes parfaitement en accord avec ces recommandations et nous menons actuellement 3 études prospectives, nationales, randomisées dans le cadre du PHRC-COVID 19, pour évaluer l’hypothèse (il ne s’agit que d’une hypothèse scientifique basée sur une constatation épidémiologique) d’une protection par les patchs de nicotine de la transmission et des manifestations de l’infection par le SARS-CoV-2.
    – Enfin, notre étude est certes observationnelle mais nous ne considérons pas, comme vous, qu’elle est de « piètre valeur ». Nous sommes tout à fait disposés à répondre à vos arguments scientifiques.

    1. Péretz F, Bonini-Vuillod J, Grivaux M, Duracinsky M, Chassany O. Littérature médicale et COVID-19 : comment trois articles ont influencé les médias et la décision publique en France. Rev Med Interne. 2021 Mar 23 French. DOI : 10.1016/j.revmed.2021.03.010 [Epub ahead of print]
    2. Miyara M, Tubach T, Pourcher V, et al. Low rate of daily smokers in patients with symptomatic COVID-19. medRxiv, 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.10.20127514
    3. Maisonneuve H, Plaud B, Caumes E. Pandémie à SARS-CoV- 2 : éthique et Intégrité oubliées devant la précipitation pour publier. Presse Med Form 2020; 1: 572–581 (https://doi.org/10.1016/j.lpmfor.2020.10.021)
    4. Haut Conseil de la Santé Publique. Avis relatif au lien entre le tabagisme et la Covid-19. (https://www.hcsp.fr/Explore.cgi/avisrapportsdomaine?clefr=818.)

    Nous connaissons votre intégrité scientifique, qui s’exprime sur votre blog de qualité que nous lisons régulièrement, nous espérons que vous entendrez notre demande de rétablir les faits.
    Zahir Amoura
    Makoto Miyara
    Florence Tubach
    Valérie Pourcher
    Capucine Morélot-Panzini
    Julien Haroche
    Guy Gorochov,
    Eric Caumes
    Pierre Hausfater
    Alain Combes
    Thomas Similowski

    Sorbonne Université,
    Groupe Hospitalier Universitaire APHP.Sorbonne-université, site Pitié-Salpêtrière

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